هذا هو قناع kmer الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
kmer-mask - مجموعة قناع ومرشح من متواليات النوكليوتيدات حسب محتوى kmer
موجز
كمر قناع {-رواية|-مؤكد} [-MDB مير قاعدة البيانات] [-الآنسة مير الحجم] [-دب قاعدة بيانات موجودة] [-m
الحجم الأدنى] [-e تمديد الحجم] [-حد منخفض l] [- العتبة h] [-t المواضيع] [-v] [-h
الرسم البياني] [-تروج \ يشجع \ يعزز \ ينمى \ يطور|-فصل|-ينبذ] -1 in 1. fastq [-2 in 2. fastq] -o بادئة الإخراج
الوصف
قناع وتصفية مجموعة التسلسلات (المفترض أن تتم قراءتها) حسب محتوى kmer. يمكن أن يكون اخفاء
تم القيام به للاحتفاظ بالتسلسل الجديد غير الموجود في قاعدة البيانات ، أو للاحتفاظ بالتسلسل المؤكد الحالي
في قاعدة البيانات. ستعمل التصفية على فصل التسلسلات كليًا أو جزئيًا أو غير مقنع.
OPTIONS
-MDB مير قاعدة البيانات
تحميل اخفاء كيلومترات من ميريل(1) مير قاعدة البيانات
-الآنسة مير الحجم
-دب قاعدة بيانات موجودة
حفظ اخفاء kmers ل موجود ديسيبل(1) ملف قاعدة بيانات موجودة لإعادة تشغيل أسرع
-1 in 1. fastq
-2 in 2. fastq
الإدخال يقرأ الملفات بتنسيق fastq أو fastq.gz أو fastq.bz2 أو fastq.xz. والثاني هو
اختياري ، لكنه يفسد تصنيف الإخراج إذا لم يكن موجودًا.
-o خارج
البادئة لقراءات الإخراج
خارج.fullymasked. [12] .fastq
قراءة مع الاحتفاظ بقواعد "الحد الأدنى" أدناه
خارجمقنع جزئيا. [12]. fastq
يقرأ بين
خارج.محتفظ. [12]. Fastq
يقرأ مع الاحتفاظ بأكثر من قواعد "الحد الأعلى"
خارج.مهملة. [12]. fastq
يقرأ مع حالة متضاربة
-m الحجم الأدنى
تجاهل ضربات قاعدة البيانات أقل من هذا العدد الكبير من الكيلومترات المتتالية (0)
-e تمديد الحجم
تمديد زيارات قاعدة البيانات عبر هذا العدد الكبير من kmers المفقودة (0)
-رواية الاحتفاظ بتسلسل جديد غير موجود في قاعدة البيانات
-مؤكد
احتفظ بالتسلسل المؤكد الموجود في قاعدة البيانات
-تروج \ يشجع \ يعزز \ ينمى \ يطور
قم بترقية القراءة الأقل RETAINED إلى حالة القراءة الأكثر RETAINED
read1 = بالكامل مقنع و read2 = مقنع جزئيًا -> كلاهما مقنع جزئيًا
-فصل
خفض ترتيب قراءة المزيد RETAINED إلى حالة القراءة الأقل RETAINED
read1 = بالكامل مقنع و read2 = مقنع جزئيًا -> كلاهما مقنع بالكامل
-ينبذ
تجاهل الأزواج ذات الحالة المتعارضة (DEFAULT) read1 = fullmasked and
read2 = مقنع جزئيًا -> يتم تجاهل كليهما
الإحصائيات on ستدير ، عدد of متواليات مع كمية المحتجزة:
-حد منخفض t
(0.3333)
- العتبة t
(0.6667)
-h الرسم البياني
كتابة رسم بياني لمقدار التسلسل RETAINED
-t t تستخدم t احسب المواضيع
-v إظهار التقدم
استخدم قناع kmer عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
