هذا هو أمر kraken الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
كراكن - تعيين تسميات تصنيفية لتسلسلات الحمض النووي القصيرة
موجز
كراكن [الخيارات]
OPTIONS
- ديسيبل اسم
اسم قاعدة بيانات Kraken (الافتراضي: لا شيء)
--الخيوط NUM
عدد المواضيع (الافتراضي: 1)
--fasta-input
الإدخال هو تنسيق FASTA
--fastq-الإدخال
الإدخال هو تنسيق FASTQ
--gzip مضغوط
الإدخال مضغوط بصيغة gzip
--bzip2-مضغوط
يتم ضغط الإدخال بواسطة bzip2
--بسرعة
عملية سريعة (استخدم الضربة الأولى أو الضربات)
--دقيقة الزيارات NUM
في العملية السريعة، عدد النتائج المطلوبة للتصنيف ملاحظة: يتم تجاهل هذا إذا
--بسرعة غير محدد
--غير مصنف اسم الملف
طباعة تسلسلات غير مصنفة إلى اسم الملف
--مصنف خارج اسم الملف
طباعة تسلسلات سرية إلى اسم الملف
--انتاج اسم الملف
طباعة الإخراج إلى اسم الملف (الافتراضي: stdout)؛ "-" سوف يمنع الإخراج العادي
--إخراج مصنف فقط
لا تطبع أي مخرجات Kraken للتسلسلات غير المصنفة
- التحميل المسبق
يقوم بتحميل قاعدة البيانات في الذاكرة قبل التصنيف
--يقترن
اسما الملفين المقدمين عبارة عن قراءات مقترنة
--تحقق من الأسماء
تأكد من أن كل زوج من القراءات له أسماء تتفق مع بعضها البعض؛ تجاهل إذا
--يقترن غير محدد
--مساعدة اطبع هذه الرسالة
--الإصدار
طباعة معلومات الإصدار
إذا لم يتم تحديد أي من العلامات *-input أو *-compressed، وكان الملف عاديًا
الملف، وتتم محاولة الكشف عن التنسيق تلقائيًا.
استخدم kraken عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
