هذا هو محدد موقع الأوامر الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
locuspocus - احسب إحداثيات الموقع لتعليق الجين المحدد
موجز
موقع [الخيارات] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]
الوصف
الخيارات الأساسية:
-d| --debug
طباعة رسائل تصحيح الأخطاء التفصيلية إلى المحطة (خطأ قياسي)
-h| --مساعدة
اطبع رسالة المساعدة هذه واخرج
-v| - الإصدار
طباعة رقم النسخة والخروج
تحليل iLocus:
-l| --دلتا: INT
عند تحليل مواضع الفاصل الزمني ، استخدم دلتا التالية لتوسيع مواضع الجينات وتضمينها
المناطق التنظيمية المحتملة ؛ الافتراضي هو 500
-s| - skipends
عند تعداد مواضع الفاصل الزمني ، استبعد غير الموضح (ويفترض أنه غير مكتمل)
iLoci في أي من طرفي التسلسل
-e| - فقط
الإبلاغ فقط عن أجزاء iLocus غير المكتملة في نهايات التسلسلات غير المُعلَّقة
(مكمل - القفز)
-y| - skipiiloci
لا تبلغ عن iLoci بين الجينات
خيارات الصقل:
-r| - صقل
بشكل افتراضي ، يتم تجميع الجينات في نفس iLocus إذا كان لديهم أي تداخل ؛ 'صقل'
يسمح الوضع بمعالجة أكثر دقة للجينات المتداخلة
-c| - cds
استخدام CDS بدلاً من UTRs لتحديد التداخل الجيني ؛ يعني وضع "تحسين"
-m| - minoverlap: INT
يجب أن يتداخل الحد الأدنى من عدد النيوكليوتيدات اثنين من الجينات ليتم تجميعهما في نفس المجموعة
iLocus. الافتراضي هو 1
خيارات الإخراج:
-n| --ناميفمت: STR
توفير سلسلة تنسيق بنمط printf لتجاوز تنسيق المعرف الافتراضي للحديث
موقع تم إنشاؤه ؛ الافتراضي هو "locus٪ lu" (locus1 ، locus2 ، إلخ) من أجل loci و "iLocus٪ lu"
(iLocus1 ، iLocus2 ، إلخ) لمواضع الفاصل الزمني ؛ لاحظ أن سلسلة التنسيق يجب أن تتضمن ملف
محدد٪ lu مفرد ليتم ملؤه بقيمة عدد صحيح طويل بدون إشارة
-i| --أيلنس: FILE
قم بإنشاء ملف بأطوال كل iLocus بين الجينات
-g| --خريطة جينية: FILE
اطبع مخططًا من كل تعليق توضيحي للجين إلى موضعه المقابل إلى المعطى
ملف
-o| --ملف: FILE
اسم الملف الذي ستكتب النتائج إليه ؛ الافتراضي هو المحطة (قياسي
انتاج)
-T| - ريتينيدس
الاحتفاظ بمعرفات الميزات الأصلية من ملفات الإدخال ؛ سوف تنشأ التعارضات إذا كانت المدخلات
يحتوي على قيم معرّف مكررة
-t| --ترانسمب: FILE
اطبع تعيينًا من كل تعليق توضيحي للنص إلى موضعه المقابل إلى ملف
ملف معين
-V| - الإسراف
تضمين جميع الميزات الفرعية للموقع (الجينات ، RNAs ، إلخ) في إخراج GFF3 ؛ تقصير
يتضمن فقط ميزات الموقع
خيارات الإدخال:
-f| --فلتر: TYPE
قائمة بأنواع الميزات مفصولة بفواصل لاستخدامها في إنشاء loci / iLoci ؛ الافتراضي هو
"جين"
-p| - الوالد: CT: PT
في حالة وجود ميزة من النوع $ CT بدون أحد الوالدين ، قم بإنشاء أصل لهذه الميزة
بنوع $ PT؛ على سبيل المثال ، mRNA: سيخلق الجين ميزة جينية كأحد الوالدين لـ
أي ميزة mRNA عالية المستوى ؛ يمكن تحديد هذا الخيار عدة مرات
-u| - زائف
تصحيح الجينات الكاذبة المسمى خطأ
استخدم locuspocus عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
