masai_mapper - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

masai_mapper - ماساي مابر

موجز

masai_mapper [خيارات]

الوصف

Masai هو مخطط قراءة سريع ودقيق يعتمد على بذور تقريبية ومتعددة
التراجع.

يرى http://www.seqan.de/projects/masai للمزيد من المعلومات.

(ج) حقوق الطبع والنشر 2011-2012 بواسطة Enrico Siragusa.

-h, --مساعدة

يعرض رسالة المساعدة هذه.

--الإصدار

عرض معلومات الإصدار

خيارات التعيين:

مم, - وضع الخرائط STR

حدد وضع التعيين. واحد من كل شيء ، الأفضل ، والأفضل على الإطلاق. الافتراضي: أي أفضل.

-مب, - رسم الخرائط NUM

الحد الأقصى لعدد القراءات المراد تعيينها مرة واحدة. في النطاق [10000..inf]. تقصير:
2147483647

-e, - أخطاء NUM

أقصى عدد من الأخطاء لكل قراءة. في النطاق [0..32]. الافتراضي: 5.

-سل, - طول البذور NUM

الحد الأدنى لطول البذرة. في النطاق [10..100]. الافتراضي: 33.

-ng, - لا فجوات

لا تحاذي القراءات مع الفجوات.

خيارات مؤشر الجينوم:

-x, --فهرس STR

حدد نوع فهرس الجينوم. واحد من esa و sa و qgram و fm. الافتراضي: sa.

-xp, --فهرس بادئة STR

حدد اسم بادئة فهرس الجينوم. الافتراضي: استخدم بادئة اسم ملف الجينوم.

خيارات الإخراج:

-o, --ملف إلاخراج FILE

حدد ملف الإخراج. الافتراضي: استخدم بادئة اسم الملف reads. أنواع الملفات الصالحة
هي: خام وسام.

-NC, - لا سيجار

لا تقم بإخراج سلسلة CIGAR. هذا يؤثر فقط على إخراج SAM.

خيارات التصحيح:

-ن.ف, - لا تحقق

لا تحقق من ضربات البذور.

-اختصار الثاني, --لا تفريغ

لا تفريغ النتائج.

-نانومتر, - لا متعدد

تعطيل التراجع المتعدد.

VERSION

إصدار masai_mapper: 0.7.1 [14053] آخر تحديث 2013-05-16

استخدم masai_mapper عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net