هذا هو الأمر المطابق الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
المطابق - محاذاة Waterman-Eggert المحلية لتسلسلتين
موجز
المنظر -تسلسل \ تدرج تسلسل -النتيجة تسلسل [-ملف البيانات البخور] [بدائل عدد صحيح]
[-جابوبن عدد صحيح] [-جابكستيند عدد صحيح] -ملف محاذاة
المنظر -مساعدة
الوصف
المنظر هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) القيادة "Alignment: Local".
OPTIONS
إدخال قسم
-تسلسل \ تدرج تسلسل
-النتيجة تسلسل
-ملف البيانات البخور
هذا هو ملف مصفوفة التسجيل المستخدم عند مقارنة التسلسلات. افتراضيا هو
ملف 'EBLOSUM62' (للبروتينات) أو ملف 'EDNAFULL' (للتسلسلات النووية). هؤلاء
تم العثور على الملفات في دليل "البيانات" لتثبيت EMBOSS.
إضافي قسم
بدائل عدد صحيح
هذا يحدد عدد المطابقات البديلة الإخراج. افتراضيا فقط أعلى
يظهر محاذاة التهديف. تمنحك القيمة 2 محاذاة معقولة أخرى. في
بعض الحالات ، على سبيل المثال البروتينات متعددة المجالات لـ cDNA ومقارنات الحمض النووي الجيني ،
قد تكون هناك محاذاة أخرى مثيرة للاهتمام وهامة. القيمة الافتراضية: 1
-جابوبن عدد صحيح
عقوبة الفجوة هي النتيجة التي يتم حذفها عند إنشاء فجوة. أفضل قيمة تعتمد
بشأن اختيار مصفوفة المقارنة. تفترض القيمة الافتراضية 14 أنك تستخدم ملف
مصفوفة EBLOSUM62 لتسلسل البروتين ، أو قيمة 16 ومصفوفة EDNAFULL لـ
تسلسل النوكليوتيدات. القيمة الافتراضية: @ ($ (acdprotein)؟ 14:16)
-جابكستيند عدد صحيح
طول الفجوة ، أو تمديد الفجوة ، تتم إضافة عقوبة إلى عقوبة الفجوة القياسية لـ
كل قاعدة أو بقايا في الفجوة. هذه هي المدة التي يتم فيها معاقبة الفجوات. عادة سوف تفعل ذلك
نتوقع بعض الفجوات الطويلة بدلاً من العديد من الفجوات القصيرة ، وبالتالي فإن عقوبة تمديد الفجوة
يجب أن تكون أقل من عقوبة الفجوة. الاستثناء هو مكان وجود أحد التسلسلين أو كليهما
قراءة واحدة مع وجود أخطاء تسلسلية محتملة وفي هذه الحالة تتوقع الكثير
فجوات قاعدة واحدة. يمكنك الحصول على هذه النتيجة عن طريق ضبط عقوبة الفجوة على صفر (أو للغاية
منخفضة) واستخدام عقوبة تمديد الفجوة للسيطرة على فجوة التهديف. القيمة الافتراضية:
@ ($ (acdprotein)؟ 4: 4)
الناتج قسم
-ملف محاذاة
استخدم matchere عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
