mauveAligner - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

mauveAligner - إنشاء محاذاة جينوم متعددة بكفاءة

موجز

mauveAligner [خيارات] ...
اسم الملف>

الوصف

تم تنفيذ خوارزميات المحاذاة mauveAligner و progressiveMauve كـ
برامج سطر الأوامر المضمنة في برنامج Mauve القابل للتنزيل. عندما تشغيل من
سطر الأوامر ، توفر هذه البرامج خيارات غير متوفرة بعد في الواجهة الرسومية.

OPTIONS

- الخرج =ضع اسم الملف.
يطبع على الشاشة بشكل افتراضي

- أمهات ابحث عن MUMs فقط ، ولا تحاول تحديد الكتل الخطية محليًا (LCBs)

--لا العودية لا تقم بإجراء تحديد ارتساء متكرر (ضمنيًا
- محاذاة بلا فجوات)

--لا- LCB- التمديد في حالة تحديد LCBs ، لا تحاول تمديد LCBs

- حجم البذور =الحجم المبدئي للمطابقة الأولية ، الافتراضي هو log_2 (متوسط ​​طول التسلسل)

- ماكس تمديد التكرارات =قصر امتدادات LCB على هذا العدد من المحاولات ،
الافتراضي هو 4

- القضاء على الادراج تخلص من التضمينات المرتبطة في مباريات المجموعة الفرعية.

- الوزن =الحد الأدنى لوزن LCB في أزواج أساسية لكل تسلسل

- مطابقة المدخلات =استخدم ملف المطابقة المحدد بدلاً من البحث عن التطابقات

--lcb-match-input يشير إلى أن ملف إدخال المطابقة يحتوي على المطابقات التي تم إجراؤها
متجمعة في LCBs

--lcb-input =استخدم ملف lcb المحدد بدلاً من إنشاء LCBs (يتخطى LCB
توليد)

- مسار الخدش =بالنسبة للجينومات الكبيرة ، استخدم دليلًا لتخزين البيانات المؤقتة.
يجب أن تعطى مرتين أو أكثر بمسارات مختلفة.

--id- مصفوفة =إنشاء إحصائيات LCB وكتابتها إلى الملف المحدد

- حجم الجزيرة =أوجد الجزر الأكبر من الرقم المحدد

- ناتج الجزيرة =جزر الإخراج الملف المحدد (يتطلب - حجم الجزيرة)

- حجم العمود الفقري =ابحث عن امتدادات للعمود الفقري أطول من العدد المحدد من bp

- أقصى فجوة العمود الفقري =اسمح لمقاطعة العمود الفقري بفجوات تصل إلى هذا الطول
بي بي

- إخراج العمود الفقري =جزر الإخراج الملف المحدد (يتطلب - حجم الجزيرة)

- التغطية-الإخراج =إخراج قائمة التغطية إلى الملف المحدد (- لـ stdout)

- يكرر يولد خريطة متكررة. يمكن تحديد تسلسل واحد فقط

- إخراج دليل شجرة =اكتب شجرة إرشادية للملف المحدد

- وصلة خطية افترض أن تسلسل الإدخال على علاقة خطية - ليس لديهم إعادة ترتيب

فجوات انحياز ضوابط:
- محاذاة بلا فجوات لا تقم بإجراء محاذاة فجوة

- أقصى طول محاذاة فجوة =أقصى عدد من الأزواج الأساسية لمحاولة المحاذاة معها
تقويم الأسنان ذو فجوات

- min-recursive-gap-length =الحد الأدنى لحجم الفجوات التي سينفذها موف بشكل تكراري
تشغيل إرساء MUM (الافتراضي هو 200)

وقعت تبديل البخور الخيارات:
- ناتج المصفوفة - التحويل =اكتب LCBs كمصفوفة تبديل موقعة إلى
الملف المحدد

- المصفوفة - الحد الأدنى للوزن =سيتم كتابة مصفوفة التقليب لكل
مجموعة LCBs بوزن بين هذه القيمة وقيمة --وزن

انحياز الناتج الخيارات:
--alignment-output-dir =إخراج مجموعة من ملفات المحاذاة (واحد لكل LCB) إلى ملف
دليل معين

- تنسيق المحاذاة الناتج =يختار تنسيق الإخراج لـ - المحاذاة-الإخراج- دير

- إخراج المحاذاة =اكتب محاذاة تنسيق XMFA للملف المحدد

تنسيقات إخراج المحاذاة المدعومة هي: phylip، clustal، msf، nexus، mega، codon

استخدم mauveAligner عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net