mauveToXMFA - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

addUnalignedIntervals - جزء من حزمة mauveAligner
جهاز العرض - جزء من حزمة mauveAligner
backbone_global_to_local - جزء من حزمة mauveAligner
bbAnalyze - جزء من حزمة mauveAligner
createBackboneMFA - جزء من حزمة mauveAligner
getAlignmentWindows - جزء من حزمة mauveAligner
getOrthologList - جزء من حزمة mauveAligner
makeBadgerMatrix - جزء من حزمة mauveAligner
mauveToXMFA - جزء من حزمة mauveAligner
mfa2xmfa - جزء من حزمة mauveAligner
ProjectAndStrip - جزء من حزمة mauveAligner
RandomGeneSample - جزء من حزمة mauveAligner
ScoreAlignment - جزء من حزمة mauveAligner
StripGapColumns - جزء من حزمة mauveAligner
StripSubsetLCBs - جزء من حزمة mauveAligner
toGrimmFormat - جزء من حزمة mauveAligner
toMultiFastA - جزء من حزمة mauveAligner
toRawSequence - جزء من حزمة mauveAligner
UniqueMerCount - جزء من حزمة mauveAligner
uniquifyTrees - جزء من عبوة mauveAligner
xmfa2maf - جزء من حزمة mauveAligner

الوصف

تنتمي هذه الأدوات إلى حزمة mauveAligner. لم يتم توثيقها بشكل صريح ولكن
يطبعون سطرًا موجزًا ​​يتكرر هنا.

addUnalignedIntervals الفاصلة ملف> <الإخراج الفاصلة ملف>

جهاز العرض xmfa> <الإخراج xmfa> <mfa يليها إدخال> <mfa يليها الإخراج> <list of
متسلسلة إلى يشمل، بدء at 0>

backbone_global_to_local <xmfa ملف> <العمود الفقري ملف> <الإخراج ملف>

ب تحليل <xmfa ملف> <دليل شجرة> <العمود الفقري فيما يليها ملف> <العمود الفقري العقيد ملف> <مشروح
يليها فهرس> <الإخراج ملف>

يبدأ فهرس التسلسل المشروح من 0.

createBackboneMFA الفاصلة ملف> <الإخراج MFA الاسم>

getAlignmentWindows <XMFA محاذاة> <نافذة الطول> <نافذة نقل كمية> <base الناتج
اسم الملف>

getOrthologList getOrthologList xmfa> <العمود الفقري يليها ملف> <المرجع الجينوم> <CDS
تقويم العظام اسم الملف> <CDS انحياز قاعدة الاسم>

MakeBadgerMatrix MakeBadgerMatrix xmfa> <الإخراج فرو الغرير ملف> <LCB رابطة ملف>

mauveToXMFA mauveToXMFA <بنفسجي انحياز إدخال> <XMFA الإخراج>

mfa2xmfa <وزارة الخارجية انحياز إدخال> <XMFA انحياز الإخراج> [غير منحاز سريع انتاج]

مشروع وخط xmfa> <الإخراج xmfa> ...

تبدأ معرفات التسلسل الرقمي عند 0.

عشوائي xmfa> <العمود الفقري يليها ملف> <sample الجينوم> <رقم of الجينات>
<الإخراج قاعدة الاسم> [عشوائي بذرة]

محاذاة <صحيح محاذاة> <محسوبة محاذاة> [تطورت تسلسل ملف] [سلاغان]

StripGapColumns XMFA> <الإخراج XMFA>

الشريط xmfa> bbcols> <الإخراج xmfa> [دقيقة LCB بحجم] [دقيقة الجينوم]
[بطريقة عشوائية عينة فرعية إلى X كيلو بايت]

toGrimmFormat <بنفسجي محاذاة> <الجينوم 1 مركز حقوق الإنسان أطوال> ... N مركز حقوق الإنسان أطوال>

toMultiFastA الفاصلة ملف> <الإخراج قاعدة الاسم>

toRawSequence تسلسل> <الإخراج ملف>

فريد <مرتبة الأربعاء قائمة>

com.uniquifyTrees <nexus إدخال ملف> <nexus الناتج ملف>

يجب أن تحتوي جميع الأشجار في ملف الإدخال على نفس عدد الأصناف ونفس التصنيف
التسميات

xmfa2maf <xmfa إدخال> <maf الإخراج>

استخدم mauveToXMFA عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net