تحليل mcmc-عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

تحليل mcmc_ - تحليل MCMC

موجز

mcmc_ana Analysis [OPTIONS] بيانات MCMC

الوصف

يقرأ هذا البرنامج مخرجات MCMC، من ملف واحد أو عدة ملفات، من البرامج الموجودة في BEEP
طَرد. من المهم أن تكون نفس الأعمدة موجودة في كل ملف إدخال.

نمط الإدخال:
الإخراج من تكرارات MCMC على التنسيق

أين
هو لوغاريتم الاحتمال بالتنسيق العائم
هي علامة التبويب مسافة بيضاء تفصل بين الحقول
هو عدد صحيح للترتيبي للتكرار
هي قائمة من الحقول مفصولة بفواصل منقوطة تحتوي على
معلمات MCMC

تتم كتابة معلمات MCMC وإعطاؤها أسماء بواسطة السطر الأول في الملف،
الذي هو على الشكل
# ل ن [ ( )]+
يجب أن تكون الأسماء فريدة من نوعها، ولكن ليس من الضروري أن تكون كذلك. ال هو واحد
of
الطفو
تعويم السجل
عدد صحيح
شجرة
orthologypairs
ويستخدم للاستدلال على كيفية تحليل وتحليل بقية الأسطر.

تنسيق الإخراج:
تقرير عن تشغيل MCMC، مع التقديرات اللاحقة للمعلمات.

OPTIONS

-b [تعويم|INT]
النسبة المئوية (0 <= x <1)، أو عدد (x عدد صحيح >= 1) للمدخل المطلوب
تم التخلص منها كحرق. الافتراضي: 0.1.

-p STRING
ارسم المعلمة المسماة . الإخراج عمودين، رقم التكرار و
قيمة المعلمة في التكرار.

-i STRING
تجاهل المعلمة المسماة. راجع سطر الرأس في مخرجات MCMC لمعرفة أسماء الأعمدة. أنت
يمكن تسمية عدة أعمدة مرة واحدة باستخدام تنسيق مفصول بفواصل، (على سبيل المثال -i
الطول، الاسم). لا يسمح بوجود مسافات بين أسماء الأعمدة.

-t إخراج اللاتكس للتحليل.

-l عد والإبلاغ عن عدد العينات في ملف الإدخال.

-mp NT الحد الأقصى لعدد النقاط للرسم.

-س تشير بوضوح إلى النقاط في المؤامرات.

-كودا ملف الإخراج لحزمة CODA في R

-أشجار الكودات
مثل -coda، ولكنه يتضمن معلمات الشجرة. يتم إخراج كل شجرة كمعرف عدد صحيح
(ترتيب الزيارة في السلسلة، 1,2، XNUMX،...). تأكد من استخدام -i لإخفاء أي أشجار
تحتوي على أطوال / مرات / معدلات.

-P سلاسل متوازية. وهذا يعني أنه تم إدراج عدة ملفات للعينات (المتوازية).

URL

الصفحة الرئيسية لـ Prime-phylo: http://prime.sbc.su.se

استخدم mcmc_analogy عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net