Megablast - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ، impala ، megablast ، rpsblast ،
seedtop - أداة بحث المحاذاة المحلية الأساسية

موجز

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F شارع] [-G N] [-I "بداية توقف"] [-J "بداية توقف"] [-M شارع]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a اسم الملف] [-d N] [-e X] [-g F] -i اسم الملف
-j اسم الملف [-m] [-o اسم الملف] -p شارع [-q N] [-r N] [-t N]

انفجار 2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F شارع] [-G N] [-H] [-I "بداية توقف"]
[-J "بداية توقف"] [-K N] [-L] [-M شارع] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d شارع] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i اسم الملف]
[-j اسم الملف] [-k شارع] [-m N] [-n] [-o اسم الملف] -p شارع [-q N] [-r N] [-س] [-ر N] [-ش]
[-الخامس N] [-ث N] [-ص N] [-ض N]

بلاستول [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F شارع] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L بدء توقف] [-M شارع] [-O اسم الملف] [-P N] [-Q N] [-R اسم الملف] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d شارع] [-e X] [-f X] [-g F] [-i اسم الملف]
[-l شارع] [-m N] [-n] [-o اسم الملف] -p شارع [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

Blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F شارع] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L بدء توقف] [-M شارع] [-O اسم الملف] [-P N] [-Q N] [-R اسم الملف] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d شارع] [-e X] [-f X] [-g F] [-i اسم الملف] [-l شارع]
[-m N] [-n] [-o اسم الملف] -p شارع [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

بلاستكل 3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F شارع] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L بدء توقف]
[-M شارع] [-O اسم الملف] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d شارع] [-e X] [-f X] [-g F] [-i اسم الملف] [-m N] [-n] [-o اسم الملف] -p شارع [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u شارع] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

com.blastpgp [-] [-A N] [-B اسم الملف] [-C اسم الملف] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M شارع] [-N X] [-O اسم الملف] [-P N] [-Q اسم الملف] [-R اسم الملف] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d شارع] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i اسم الملف] [-j N] [-k اسم الملف] [-l شارع] [-m N] [-o اسم الملف] [-p شارع] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

الظبى [-] [-E N] [-F شارع] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M شارع] [-O اسم الملف] [-P اسم الملف]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d شارع] [-e X] [-h X] [-i اسم الملف] [-j N] [-m N] [-o اسم الملف]
[-v N] [-y X] [-z N]

ميجابلاست [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F شارع] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L بدء توقف] [-M N]
[-N N] [-O اسم الملف] [-P N] [-Q اسم الملف] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d شارع] [-e X] [-f] [-g F] [-i اسم الملف] [-l شارع] [-m N] [-n]
[-o اسم الملف] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

com.rpsblast [-] [-F شارع] [-I] [-J] [-L بدء توقف] [-N X] [-O اسم الملف] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d اسم الملف [-e X] [-i اسم الملف] [-l اسم الملف] [-m N]
[-o اسم الملف] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

بذرة [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M شارع] [-O اسم الملف]
[-S N] [-X N] [-d شارع] [-e X] [-f] [-i اسم الملف] [-k اسم الملف] [-o اسم الملف] [-p شارع]
[-q N] [-r N]

الوصف

توثق صفحة الدليل هذه الأوامر بإيجاز bl2seq, انفجار, بلاستول, بلاستكل 3,
com.blastpgp, الظبى, ميجابلاست, com.rpsblastو بذرة. هذه الأوامر موثقة
معًا لأن لديهم الكثير من الخيارات الشائعة.

bl2seq يقوم بإجراء مقارنة بين تسلسلين باستخدام إما blastn أو blastp
الخوارزمية. يجب أن يكون كلا التسلسلين إما نيوكليوتيدات أو بروتينات.

انفجار 2 يقارن تسلسلاً مقابل قاعدة بيانات محلية أو تسلسل ثانٍ ؛ هو - هي
يدمج معظم وظائف كليهما bl2seq و بلاستول، ولكن يستخدم نصف
محرك داخلي تجريبي جديد.

بلاستول و Blastall_old العثور على أفضل التطابقات في قاعدة بيانات محلية للتسلسل.
بلاستول يستخدم محركًا أحدث من Blastall_old افتراضيًا ، ولكنه يدعم استخدام ملفات
المحرك أيضًا (عند الاستدعاء مع الخيار -V F).

بلاستكل 3 يصل إلى أحدث محرك بحث NCBI BLAST (الإصدار 2.0). البرنامج وراء
تمت كتابة الإصدار 2.0 من BLAST من الصفر للسماح لـ BLAST بالتعامل مع التحديات الجديدة
التي تطرحها قواعد البيانات المتسلسلة في السنوات القادمة. التحديثات على هذا البرنامج سوف
تواصل في السنوات القادمة.

com.blastpgp يجري عمليات بحث فجوة ويمكن استخدامها لإجراء عمليات بحث تكرارية في
وضع psi-blast و phi-blast.

الظبى يبحث في قاعدة بيانات مصفوفات الدرجات ، التي تم إعدادها بواسطة كوبيمات(1) ، إنتاج يشبه الانفجار
الناتج.

ميجابلاست يستخدم الخوارزمية الجشعة لـ Webb Miller et al. لتسلسل النوكليوتيدات
البحث عن محاذاة وسلسلة العديد من الاستعلامات لتوفير الوقت المستغرق في مسح قاعدة البيانات.
تم تحسين هذا البرنامج لمحاذاة التسلسلات التي تختلف قليلاً كنتيجة لـ
التسلسل أو "أخطاء" أخرى مماثلة. إنه أسرع بما يصل إلى 10 مرات من الأكثر شيوعًا
برامج تشابه التسلسل وبالتالي يمكن استخدامها لمقارنة مجموعتين كبيرتين بسرعة
من المتواليات ضد بعضها البعض.

com.rpsblast يبحث (Reverse PSI-BLAST) في تسلسل استعلام مقابل قاعدة بيانات لملفات التعريف.
هذا هو عكس PSI-BLAST الذي يبحث في ملف تعريف مقابل قاعدة بيانات التسلسلات ،
ومن هنا جاء "عكس". com.rpsblast يستخدم خوارزمية تشبه بلاست ، للعثور على كلمة مفردة أو مزدوجة
يضرب ثم ينفذ تمديد غير معقد على هذه المباريات المرشحة. اذا كان
يتم إنتاج محاذاة غير مقيدة بدرجة عالية بدرجة كافية ، ويتم تنفيذ امتداد فجوة
ويتم الإبلاغ عن تلك المحاذاة (ذات الفجوات) ذات القيمة المتوقعة المنخفضة بدرجة كافية. هذه
يتناقض الإجراء مع IMPALA الذي يقوم بحساب Smith-Waterman بين
الاستعلام وكل ملف تعريف ، بدلاً من استخدام نهج الكلمات لتحديد المطابقات
يجب أن تمتد.

بذرة يجيب على سؤالين بسيطين نسبيًا:
1. إعطاء تسلسل وقاعدة بيانات للأنماط ، أي الأنماط تحدث في التسلسل
و أين؟
2. إعطاء نمط وقاعدة بيانات تسلسل ، والتي تحتوي على تسلسل نمط و
أين؟

تدعم بعض هذه الأوامر أنواعًا متعددة من المقارنة ، يحكمها -p
علامة ("البرنامج"):

يقارن blastp تسلسل استعلام الأحماض الأمينية بقاعدة بيانات تسلسل البروتين.

يقارن blastn تسلسل استعلام النيوكليوتيدات بقاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات.

يقارن blastx منتجات الترجمة المفاهيمية المكونة من ستة إطارات لاستعلام نيوكليوتيد
تسلسل (كلا الخيوط) مقابل قاعدة بيانات تسلسل البروتين. ل bl2seqأطلقت حملة
يجب أن يكون النوكليوتيدات هو التسلسل الأول المعطى.

يقارن psitblastn تسلسل استعلام بروتيني بقاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات
تترجم ديناميكيًا في جميع إطارات القراءة الستة (كلا الجدولين) باستخدام ملف
مصفوفة خاصة بالموضع تم إنشاؤها بواسطة PSI-BLAST.

يقارن tblastn تسلسل استعلام بروتيني بقاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات
تترجم ديناميكيًا في جميع إطارات القراءة الستة (كلا الخيطين). ل bl2seq,
يجب أن يكون النيوكليوتيد هو التسلسل الثاني المعطى.

يقارن tblastx الترجمات المكونة من ستة إطارات لتسلسل استعلام نيوكليوتيد مقابل
ترجمة ستة إطارات لقاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات.

OPTIONS

يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه.

- طباعة رسالة الاستخدام

-A (bl2seq)
تسلسل الإدخال في شكل نسخة الانضمام

-A N (blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ، megablast)
حجم نافذة الزيارات المتعددة ؛ بشكل عام الافتراضي هو 0 (للامتدادات ذات النتيجة الواحدة) ، ولكن
القيمة الافتراضية هي 40 عند استخدام قوالب غير متجاورة.

-B N (انفجار 2)
إنتاج الإخراج أثناء الطيران:
0 لا شيء (افتراضي)
جدول واحد للتعويضات وقيم الجودة
2 إضافة تسلسل البيانات
3 نص ASN.1
4 ثنائي ASN.1

-B N (بلاستال ، بلاستول_ولد)
عدد الاستعلامات المتسلسلة ، في وضع blastn أو tblastn

-B اسم الملف (بلاستبجي بي)
إعادة تشغيل ملف محاذاة الإدخال لـ PSI-BLAST

-C X (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3)
استخدم الإحصائيات المستندة إلى التكوين لـ blastp أو tblastn:
T أو t أو D أو d
الافتراضي (يعادل 1 For انفجار 2 و Blastall_old و ل 2 For بلاستول
و بلاستكل 3)
0 أو F أو f
لا توجد إحصاءات على أساس التكوين
1 الإحصائيات القائمة على التركيب كما في NAR 29: 2994-3005 ، 2001
2 تعديل النتيجة على أساس التكوين كما في المعلوماتية الحيوية 21: 902-911 ، 2005 ،
مشروطة بخصائص التسلسل
3 تعديل النتيجة على أساس التكوين كما في المعلوماتية الحيوية 21: 902-911 ، 2005 ،
دون قيد أو شرط
عند تمكين الإحصائيات في blastall أو blastall_old أو blastcl3 (أي، وليس انفجار 2) ،
إلحاق u (غير حساس لحالة الأحرف) للوضع يتيح استخدام قيم p الموحدة
الجمع بين المحاذاة وقيم p التركيبية في الجولة 1 فقط.

-C اسم الملف (بلاستبجي بي)
ملف الإخراج من أجل PSI-BLAST Checkpointing

-C N (بذرة)
يسجل فقط أم لا (افتراضي = 1)

-D N (bl2seq)
تنسيق الإخراج:
0 تقليدي (افتراضي)
1 جدولي

-D N (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3)
ترجمة التسلسلات في قاعدة البيانات وفقًا للكود الجيني N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (الافتراضي هو 1 ؛ ينطبق فقط على tblast *)

-D N (ميجابلاست)
نوع الإخراج:
0 نقاط نهاية المحاذاة والنتيجة
1 جميع نقاط نهاية الأجزاء غير المحددة
2 إخراج BLAST تقليدي (افتراضي)
3 تنسيق سطر واحد مفصول بعلامات جدولة
4 نص تزايدي ASN.1
5 تزايدي ثنائي ASN.1

-D N (بذرة)
رفض التكلفة للمحاذاة (افتراضي = 99999)

-E N (bl2seq، blastcl3، megablast)
تمديد فجوة التكاليف N (-1 يستدعي السلوك الافتراضي)

-E N (blast2 ، blastall ، blastall_old)
تمديد فجوة التكاليف N (-1 يستدعي السلوك الافتراضي: غير شجاع إذا كان جشعًا ، 2
غير ذلك)

-E N (blastpgp، impala، seedtop)
تمديد فجوة التكاليف N (الافتراضي هو 1)

-F شارع (bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastpgp ،
blastcl3، impala، megablast، rpsblast) خيارات مرشح DUST أو SEG ؛ التخلف عن السداد
T لـ bl2seq و blast2 و blastall و blastall_old و blastcl3 و megablast و F For
blastpgp و impala و rpsblast.

-F (بذرة)
تسلسل التصفية مع SEG.

-G N (bl2seq، blastcl3، megablast)
فتح فجوة التكاليف N (-1 يستدعي السلوك الافتراضي)

-G N (blast2 ، blastall ، blastall_old)
فتح فجوة التكاليف N (-1 يستدعي السلوك الافتراضي: غير شجاع إذا كان جشعًا ، 5 إذا
باستخدام البرمجة الديناميكية)

-G N (blastpgp، impala، seedtop)
فتح فجوة التكاليف N (الافتراضي هو 11)

-H (انفجار 2)
إنتاج مخرجات HTML

-H N (بلاستبجي بي)
نهاية المنطقة المطلوبة في الاستعلام (-1 يشير إلى نهاية الاستعلام)

-H (إمبالا)
تعليمات الطباعة (تختلف عن رسالة الاستخدام)

-H N (ميجابلاست)
أقصى عدد من HSPs لحفظها لكل تسلسل قاعدة بيانات (الافتراضي هو 0 ، غير محدود)

-I "بداية توقف"(bl2seq ، blast2)
الموقع على التسلسل (الاستعلام) الأول (ينطبق فقط إذا تم تحديد الملف بامتداد -i يحتوي
تسلسل واحد)

-I (blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ، impala ، megablast ،
rpsblast، seedtop) اعرض البيانات الجغرافية في الخطوط التعريفية

-J "بداية توقف"(bl2seq ، blast2)
الموقع على التسلسل الثاني (الموضوع) (ينطبق فقط إذا تم تحديد الملف بامتداد -j
يحتوي على تسلسل واحد)

-J (blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ، impala ، megablast ،
rpsblast ، seedtop) صدق تحديد الاستعلام

-K N (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp)
عدد أفضل الزيارات من منطقة للاحتفاظ بها. معطلة بشكل افتراضي. إذا استخدمت القيمة 100
موصى به. قيم عالية جدًا لـ -v or -b هي أيضا مقترحة.

-K N (بذرة)
مضاعف حجم المخزن المؤقت الداخلي (طول استعلام wrt ؛ افتراضي = 2)

-L (انفجار 2)
استخدم طاولة بحث (Mega BLAST الكلاسيكية) بعرض 12

-L بدء توقف (blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، megablast ،
rpsblast) الموقع على تسلسل الاستعلام (لـ rpsblast ، صالح فقط في وضع blastp)

-M شارع (bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ،
blastpgp، impala، seedtop) استخدم المصفوفة شارع (افتراضي = BLOSUM62)

-M N (ميجابلاست)
الحد الأقصى للطول الإجمالي لطلبات البحث لبحث واحد (الافتراضي = 5000000)

-N (انفجار 2)
إظهار المدخلات فقط لمعرفات التسلسل في الإخراج المجدول

-N X (blastpgp، rpsblast)
عدد وحدات البت لبدء الفجوة (افتراضي = 22.0)

-N N (ميجابلاست)
نوع قالب الكلمات غير المتصل:
0 ترميز (افتراضي)
1 الأمثل
2 اثنان في وقت واحد

-O اسم الملف (blastall ، blastall_old ، blastcl3 ،
blastpgp، impala، megablast، rpsblast، seedtop) كتابة (ASN.1) محاذاة التسلسل
إلى اسم الملف؛ صالح فقط لـ blastpgp و impala و rpsblast و seedtop مع -Jو
صالح فقط لـ megablast مع -د 2.

-P X (انفجار 2)
حد النسبة المئوية للهوية

-P N (blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ، rpsblast)
اضبط على 1 لوضع الضربة الواحدة أو 0 لوضع الضربة المتعددة (افتراضي). لا ينطبق
لتفجير.

-P اسم الملف (إمبالا)
قراءة ملفات تعريف المصفوفة من قاعدة البيانات اسم الملف

-P N (ميجابلاست)
الحد الأقصى لعدد المواضع لقيمة التجزئة (تم الضبط على 0 [افتراضي] للتجاهل)

-Q N (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3)
ترجمة الاستعلام وفقًا للشفرة الجينية N في /usr/share/ncbi/data/gc.prt (افتراضي
هو 1)

-Q اسم الملف (بلاستبجي بي)
ملف الإخراج لمصفوفة PSI-BLAST في ASCII

-Q اسم الملف (ميجابلاست)
إخراج الاستعلام المقنع ؛ يستوجب -D 2

-R (انفجار 2)
احسب محاذاة Smith-Waterman المثلى محليًا. (هذا الخيار متاح فقط
ل tblastn.)

-R اسم الملف (بلاستال ، بلاستول_ولد)
اقرأ ملف نقاط تفتيش PSI-TBLASTN اسم الملف

-R (بلاستكل3)
البحث عن RPS Blast

-R اسم الملف (بلاستبجي بي)
ملف الإدخال لـ PSI-BLAST إعادة التشغيل

-R (ميجابلاست)
تقرير معلومات السجل في نهاية الإخراج

-S N (bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ،
megablast) استعلام جدائل للبحث في قاعدة البيانات عن blastn و blastx و tblastx:
1 العلوي
2 أسفل
3 كلاهما (افتراضي)

-S N (بلاستبجي بي)
بداية المنطقة المطلوبة في الاستعلام (الافتراضي = 1)

-S N (بذرة)
تكلفة القطع (الافتراضي = 30)

-T (bl2seq ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ، megablast ،
rpsblast) إنتاج مخرجات HTML

-T N (انفجار 2)
نوع قالب الكلمات غير المتصل:
0 ترميز (افتراضي)
1 الأمثل
2 اثنان في وقت واحد

-U (bl2seq ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ، megablast ،
rpsblast) استخدم تصفية الأحرف الصغيرة لتسلسل الاستعلام

-V (bl2seq ، blastall ، megablast)
قوة استخدام المحرك القديم

-V (انفجار 2)
استخدام نهج متغير حجم الكلمات لمسح قاعدة البيانات

-W N (bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ،
blastpgp، megablast، rpsblast) استخدم كلمات بالحجم N (طول أفضل تطابق مثالي ؛
يستدعي الصفر السلوك الافتراضي ، ماعدا مع megablast ، والتي يتم تعيينها افتراضيًا على 28 ، و
blastpgp ، والتي يتم تعيينها افتراضيًا على 3. تختلف القيم الافتراضية للأوامر الأخرى
"البرنامج": 11 لـ blastn و 28 لـ megablast و 3 لكل شيء آخر.)

-X N (bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ،
blastpgp ، megablast ، rpsblast ، seedtop) قيمة إسقاط X لمحاذاة فجوة (in
بت) (صفر يستدعي السلوك الافتراضي ، إلا مع megablast ، والذي يتم تعيينه افتراضيًا على 20 ،
و rpsblast و seedtop ، والتي يتم تعيينها افتراضيًا إلى 15. القيم الافتراضية للآخر
تختلف الأوامر حسب "البرنامج": 30 لـ blastn و 20 لـ megablast و 0 لـ tblastx و
15 لكل شيء آخر.)

-Y X (bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ،
blastpgp، megablast، rpsblast) الطول الفعال لمساحة البحث (استخدم صفر لـ
الحجم الحقيقي)

-Z N (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ،
megablast ، rpsblast) قيمة إسقاط X لـ [البرمجة الديناميكية؟] نهائية
المحاذاة بالبتات (الافتراضي هو 100 لـ blastn و megablast ، 0 لـ tblastx ، 25 لـ
الآخرين)

-a اسم الملف (bl2seq)
كتابة إخراج النص ASN.1 إلى اسم الملف

-a N (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ،
impala، megablast، rpsblast) عدد الخيوط المراد استخدامها (الافتراضي واحد)

-b N (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ،
impala، megablast، rpsblast) عدد تسلسلات قاعدة البيانات لإظهار المحاذاة لـ
(ب) (الافتراضي هو 250)

-c (انفجار 2)
قناع الأحرف الصغيرة

-c N (إمبالا)
ثابت في العد الكاذب لإصدار متعدد المسارات ؛ 0 (افتراضي) يستخدم طريقة الانتروبيا ؛
وإلا يوصى بقيمة قريبة من 30

-c N (إمبالا)
ثابت في الأعداد الزائفة لإصدار متعدد المسارات (الافتراضي هو 10)

-d N (bl2seq)
استخدم حجم قاعدة البيانات النظري لـ N (يشير الصفر إلى الحجم الحقيقي)

-d شارع (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ،
impala، megablast، seedtop) قاعدة بيانات للاستخدام (الافتراضي هو nr لجميع الملفات التنفيذية
باستثناء blast2 ، الأمر الذي يتطلب تسلسل FASTA ثانيًا إذا لم يتم تعيين ذلك)

-d اسم الملف (اربسبلاست)
قاعدة بيانات RPS BLAST

-e X قيمة التوقع (E) (افتراضي = 10.0)

-f X (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3)
عتبة التمديد للضربات ، الافتراضي إذا كانت صفر: 0 لـ blastn و megablast ، 11 لـ
blastp و 12 لـ blastx و 13 لـ tblasn و tblastx.

-f N (بلاستبجي بي)
عتبة تمديد النتائج (الافتراضي 11)

-f (ميجابلاست)
إظهار المعرفات الكاملة في الإخراج (افتراضي: GIs أو الملحقات فقط)

-f (بذرة)
فرض البحث عن الأنماط حتى لو كانت محتملة للغاية

-g F (bl2seq ، blastall ، blastall_old ، blastcl3)
لا تقم بإجراء محاذاة ذات فجوات (N / A لـ tblastx)

-g (انفجار 2)
استخدم خوارزمية جشعة للامتدادات ذات الفجوات

-g F (ميجابلاست)
جعل megablast غير مجاور توليد كلمات لكل قاعدة من قاعدة البيانات
(إلزامي مع محرك BLAST الحالي)

-h N (انفجار 2)
عقوبة إزاحة الإطار للفجوة خارج الإطار (blastx ، tblastn فقط ؛ الافتراضي هو
صفر)

-h X (blastpgp ، إمبالا)
عتبة القيمة الإلكترونية للتضمين في نموذج متعدد المسارات (افتراضي = 0.002 لـ blastpgp ،
0.005 للإمبالا)

-i اسم الملف
قراءة (الاستعلام الأول) تسلسل أو تعيين من اسم الملف (الافتراضي هو stdin ؛ ليس هناك حاجة ل
blastpgp في حالة إعادة التشغيل من scoremat)

-j اسم الملف (bl2seq، blast2)
قراءة التسلسل الثاني (الموضوع) أو تعيين من اسم الملف

-j N (بلاستبجي بي)
أقصى عدد من التمريرات لاستخدامها في إصدار متعدد باس (افتراضي = 1)

-k شارع (انفجار 2)
نمط PHI-BLAST

-k اسم الملف (blastpgp ، seedtop)
إدخال ملف الدخول لـ PHI-BLAST (افتراضي = ملف hit_file)

-l شارع (blastall ، blastall_old ، blastpgp ، megablast)
قصر البحث في قاعدة البيانات على قائمة [سلسلة] GI

-l اسم الملف (اربسبلاست)
سجل الرسائل إلى اسم الملف بدلا من الخطأ القياسي.

-m (bl2seq)
استخدم Mega Blast للبحث

-m N (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ،
إمبالا ، ميجابلاست ، آر بي إس بلاست) خيارات عرض المحاذاة:
0 زوجي (افتراضي)
1 استعلام إرساء يعرض الهويات
2 استعلام مرتبط ، بلا هويات
3 استعلام ثابت ، إظهار الهويات
4 مسطح استعلام مرتبط ، بدون هويات
5 استعلام مرتكز ، بلا هويات ونهايات غير حادة
6 استعلام مسطح مرتبط ، بدون هويات ونهايات غير حادة
7 إخراج XML Blast (غير متوفر للإمبالا)
8 جدولي (غير متوفر للإمبالا)
9 جدولي مع سطور تعليق (غير متوفر للإمبالا)
نص 10 ASN.1 (غير متاح لـ impala أو rpsblast)
11 ASN.1 ثنائي (غير متوفر للإمبالا أو rpsblast)

-n (انفجار 2)
إظهار GIs في تسلسل معرفات

-n (blastall، blastall_old، blastcl3)
بحث MegaBlast

-n (ميجابلاست)
استخدم امتداد non-greedy (البرمجة الديناميكية) للحصول على درجات فجوة أفيني

-o اسم الملف
اكتب تقرير المحاذاة النهائي ل اسم الملف بدلا من stdout

-p شارع (bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3)
استخدم "البرنامج" (نوع المقارنة) شارع. الوصف يغطي هذا القسم
الخيار بمزيد من التفصيل.

-p شارع (بلاستبجي بي)
خيار برنامج PHI-BLAST (افتراضي = blastpgp)

-p X (ميجابلاست)
النسبة المئوية المحددة للهوية (افتراضي = 0)

-p F (اربسبلاست)
تسلسل الاستعلام هو نيوكليوتيدات وليس بروتين

-p شارع (بذرة)
إسم البرنامج:
باتماتش يشير إلى الأنماط التي تحدث في تسلسل
يشير patternp إلى التسلسلات التي تحتوي على نمط

-q N (bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ،
megablast، seedtop) عقوبة لعدم تطابق النيوكليوتيدات (الانفجار فقط) (افتراضي = -10
لـ seedtop ، -3 لكل شيء آخر)

-q N (بلاستبجي بي)
إدخال Scoremat ASN.1 لبيانات نقطة التفتيش:
0 لا يوجد إدخال نقاط (افتراضي)
1 إعادة التشغيل من ملف نقاط تحقق ASCII scoremat
2 إعادة التشغيل من ملف نقاط التحقق الثنائي

-r N (bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ،
megablast، seedtop) مكافأة مقابل تطابق نيوكليوتيدات (انفجار فقط) (افتراضي = 10 لـ
seedtop ، -10 لكل شيء آخر)

-s (انفجار 2)
No-op (مطلوب سابقًا إنشاء كلمات لكل قاعدة من قاعدة البيانات)

-s (blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp)
احسب محاذاة Smith-Waterman المثلى محليًا. بالنسبة إلى blastall و blastall_old و
blastcl3 ، هذا متاح فقط في وضع tblastn المربوط.

-s N (ميجابلاست)
الحد الأدنى من نقاط النتائج المراد الإبلاغ عنها (0 للسلوك الافتراضي)

-t N (bl2seq ، blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3)
طول قالب الكلمة غير المتجاور (أكبر إنترون مسموح به في ملف
تسلسل النوكليوتيدات عند ربط عدة تخصيصات متميزة ؛ افتراضي = 0 ؛
تعمل القيم السالبة على تعطيل الارتباط لكل من blastall و blastall_old و blastcl3.)

-t N[u] (بلاستبجي بي)
تعديل النتيجة على أساس التكوين. يتم تفسير الحرف الأول على النحو التالي:
0 أو F أو f
لا توجد إحصاءات على أساس التكوين
1 الإحصائيات القائمة على التكوين كما في NAR 29: 2994-3005 ، 2001
2 ، T ، أو t
تعديل النتيجة على أساس التكوين كما في المعلوماتية الحيوية 21: 902-911 ، 2005 ،
مشروطة بخصائص التسلسل في الجولة 1 (افتراضي)
3 تعديل النتيجة على أساس التكوين كما في المعلوماتية الحيوية 21: 902-911 ، 2005 ،
دون قيد أو شرط في الجولة 1

عندما تكون الإحصائيات القائمة على التركيب قيد الاستخدام ، إلحاق u (غير حساس لحالة الأحرف) إلى
تتطلب الحجة قيمة p موحدة تجمع بين قيمة المحاذاة والقيمة p التركيبية
القيمة في الجولة 1 فقط.

-t N (ميجابلاست)
طول قالب الكلمة غير المتجاور (الكلمة المتجاورة إذا كانت 0 [افتراضي])

-u (انفجار 2)
قم فقط بالمحاذاة غير المحددة (دائمًا TRUE لـ tblastx)

-u شارع (بلاستكل3)
قصر البحث في قاعدة البيانات على نتائج بحث Entrez2

-u N (بلاستبجي بي)
إخراج Scoremat ASN.1 لبيانات نقاط التفتيش:
0 لا يوجد إخراج سجل (افتراضي)
ملف واحد لإخراج نقاط فحص ASCII (يتطلب -J)
2 ملف نقاط فحص الناتج الثنائي (يتطلب -J)

-v N (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ،
impala، megablast، rpsblast) عدد الأوصاف ذات السطر الواحد المراد إظهارها (V) (افتراضي =
500)

-w N (انفجار 2)
حجم النافذة (الحد الأقصى للمسافة المسموح بها بين زوج من النتائج الأولية ؛ 0 استدعاء
السلوك الافتراضي ، -1 يوقف عدة ضربات)

-w N (blastall، blastall_old، blastcl3)
عقوبة تحول الإطار (خوارزمية OOF ل blastx)

-y X (blast2 ، blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ،
impala ، rpsblast) إسقاط X للإضافات غير المقيدة بالبتات (0.0 تستدعي الإعداد الافتراضي
السلوك: 20 لـ blastn ، و 10 لـ megablast ، و 7 لجميع الآخرين.)

-y N (ميجابلاست)
قيمة إسقاط X للتمديد غير المعقد (الافتراضي هو 10)

-z N (انفجار 2)
أطول طول intron للربط غير المتساوي HSP (tblastn فقط ؛ الافتراضي هو 0)

-z N (blastall ، blastall_old ، blastcl3 ، blastpgp ، إمبالا ،
megablast، rpsblast) الطول الفعال لقاعدة البيانات (استخدم صفر للحجم الحقيقي)

استخدم Megablast عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net