هذا هو الأمر mkdssp الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
mkdssp - حساب البنية الثانوية للبروتينات في ملف PDB
موجز
mkdssp [الخيار] pdbfile [dsspfile]
الوصف
• mkdssp تم تصميم البرنامج في الأصل من قبل Wolfgang Kabsch و Chris Sander إلى
توحيد تعيين الهيكل الثانوي. DSSP هي قاعدة بيانات للهيكل الثانوي
التخصيصات (وأكثر من ذلك بكثير) لجميع مدخلات البروتين في بنك بيانات البروتين (PDB) و
mkdssp هو التطبيق الذي يحسب إدخالات DSSP من إدخالات PDB. يرجى الملاحظة
أن mkdssp هل ليس تنبأ الهيكل الثانوي.
OPTIONS
إذا استدعيت mkdssp بمعامل واحد فقط ، سيتم تفسيره كملف PDB إلى
العملية والإخراج سترسل إلى stdout. إذا تم تحديد معلمة ثانية فهذا هو
يتم تفسيره على أنه اسم ملف DSSP المراد إنشاؤه. كل من ملف الإدخال والإخراج
قد تحتوي الأسماء على .gz أو .bz2 كامتداد ينتج عنه الضغط المناسب.
-i, --إدخال اسم الملف
اسم ملف PDB ملف منسق يحتوي على بيانات بنية البروتين. هذا
قد يكون الملف ملفًا مضغوطًا بواسطة gzip أو bzip2.
-o, --انتاج اسم الملف
اسم ملف DSSP الملف المراد إنشاؤه. إذا كان اسم الملف ينتهي بـ gz. أو bz2
يتم إنشاء ملف مضغوط.
-v, - الإسراف
اكتب المعلومات التشخيصية.
--الإصدار
اطبع رقم الإصدار واخرج.
-h, --مساعدة
اطبع رسالة المساعدة واخرج. الدليل الذي يحتوي على نصوص المحلل اللغوي لـ
السّيدة.
نظرية
يعمل برنامج DSSP عن طريق حساب تخصيص البنية الثانوية المعطى على الأرجح
التركيب ثلاثي الأبعاد للبروتين. يقوم بذلك عن طريق قراءة موضع الذرات في ملف
البروتين (سجلات ATOM في ملف PDB) متبوعًا بحساب طاقة الرابطة H.
بين كل الذرات. ثم يتم استخدام أفضل اثنين من الروابط H لكل ذرة لتحديد أكثرها
الفئة المحتملة للبنية الثانوية لكل بقايا في البروتين.
هذا يعني أنك بحاجة إلى بنية ثلاثية الأبعاد كاملة وصالحة لكي يتمكن البروتين من ذلك
احسب الهيكل الثانوي. لا يوجد سحر في DSSP ، لذلك على سبيل المثال لا يمكن تخمين
بنية ثانوية لبروتين متحور ليس لديك هيكل ثلاثي الأبعاد له.
DSSP FILE FORMAT
جزء الرأس من كل ملف DSSP هو شرح ذاتي ، ويحتوي على بعض المعلومات
تم نسخها من ملف PDB وهناك بعض الإحصائيات التي تم جمعها أثناء حساب ملف
الهيكل الثانوي.
يحتوي النصف الثاني من الملف على معلومات البنية الثانوية المحسوبة لكل
بقايا. فيما يلي شرح موجز لكل عمود.
عمود الاسم الوصف
────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────────────────────
# عدد المخلفات حسب mkdssp
RESIDUE رقم البقايا كما هو محدد بواسطة ملف PDB
متبوعًا بمعرف سلسلة.
AA رمز الحرف الواحد للحمض الأميني. اذا هذا
الحرف صغير وهذا يعني أن هذا هو a
السيستين التي تشكل جسر الكبريت مع
الأحماض الأمينية الأخرى في هذا العمود مع نفس الشيء
حرف صغير.
هيكل هذا عمود معقد يحتوي على عدة فروع
الأعمدة. العمود الأول يحتوي على حرف
مشيرا إلى الهيكل الثانوي المعين ل
هذه البقايا. القيم الصالحة هي:
رمز الوصف
H ألفا الحلزون
جسر بي بيتا
إي ستراند
جي هيليكس-3
أنا اللولب 5
تي بدوره
S بيند
فيما يلي ثلاثة أعمدة تشير إلى
كل نوع من أنواع الحلزون الثلاثة (3 و 4 و 5)
ما إذا كانت هذه البقايا مرشحة في التشكيل
هذا اللولب. أ > يشير الحرف إلى أنه يبدأ ملف
اللولب ، الرقم يشير إلى أنه داخل مثل هذا
الحلزون وأ < حرف يعني أنه ينهي اللولب.
يحتوي العمود التالي على حرف S إذا كان هذا
بقايا هو منحنى محتمل.
ثم هناك عمود يشير إلى chirality
ويمكن أن يكون هذا إيجابيًا أو سلبيًا
(على سبيل المثال ، يكون التواء ألفا موجبًا أو
سلبي).
يحتوي العمودان الأخيران على تسميات جسر بيتا.
الأحرف الصغيرة هنا تعني جسرًا متوازيًا وبالتالي
الحالة الكبيرة تعني عدم التوازي.
BP1 و BP2 هما المرشحان الأول والثاني لزوج الجسر ، هذا
متبوعًا بحرف يشير إلى الورقة.
ACC إمكانية الوصول إلى هذه البقايا ، هذا هو
معبراً عنها بالمربع Ångstrom
يمكن الوصول إليها عن طريق جزيء الماء.
NH -> O..O -> HN أربعة أعمدة ، تعطي لكل بقايا
H- تربط الطاقة ببقايا أخرى حيث يكون
البقايا الحالية إما متقبل أو مانح.
يحتوي كل عمود على رقمين ، الأول هو
إزاحة من المخلفات الحالية إلى
بقايا الشريك في رابطة H (في DSSP
ترقيم) ، الرقم الثاني هو المحسوب
الطاقة لهذه الرابطة H.
TCO جيب تمام الزاوية بين C = O لـ
المخلفات الحالية و C = O من المخلفات السابقة. ل
alpha-helices، TCO قريب من +1، للصفائح بيتا
التكلفة الإجمالية للملكية قريبة من -1. لا تستخدم للهيكل
تعريف.
Kappa زاوية الرابطة الافتراضية (زاوية الانحناء) المحددة بواسطة
ذرات C-alpha الثلاث لبقايا التيار
- 2 ، الحالية والحالية + 2. تستخدم لتعريف
bend (رمز الهيكل 'S').
زوايا التواء العمود الفقري للببتيد PHI و PSI IUPAC.
X-CA و Y-CA و Z-CA إحداثيات C-alpha
التاريخ
تم كتابة تطبيق DSSP الأصلي بواسطة Wolfgang Kabsch و Chris Sander في باسكال.
هذا الإصدار هو إعادة كتابة كاملة في C ++ بناءً على كود المصدر الأصلي. عدد قليل من الحشرات
تم إصلاحها منذ ذلك الحين وتم تعديل الخوارزميات هنا وهناك.
ALL
الكود بحاجة ماسة إلى تحديث. أول شيء يحتاج إلى التنفيذ هو
تحسين التعرف على pi-helices. التحسين الثاني هو استخدام الزاوية المعتمدة
حساب طاقة الرابطة H.
استخدم mkdssp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
