هذا هو الأمر NAST-iEr الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
nast-ier - أداة محاذاة الحمض النووي المستندة إلى NAST
الوصف
تقوم أداة المحاذاة NAST-iEr بمحاذاة تسلسل نيوكليوتيد خام واحد مقابل واحد أو أكثر
تسلسلات NAST المنسقة.
تتضمن خوارزمية المحاذاة محاذاة ملف تعريف البرمجة الديناميكي العالمي إلى الثابت
(بتنسيق NAST) تضاعف تسلسلات القالب المحاذاة دون أي عقوبة نهاية الفجوة.
NAST-iEr هو جزء من مجموعة microbiomeutil.
OPTIONS
مطلوب:
--query_FASTA
قاعدة بيانات الاستعلام بتنسيق FASTA (التسلسل إلى محاذاة NAST)
اختياري: (ما لم الافتراضات . ليست تعيين!)
--db_NAST
قاعدة بيانات مرجعية بتنسيق NAST (افتراضي:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
قاعدة بيانات مرجعية بتنسيق FASTA (افتراضي:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
- عدد_أعلى_أوقات
عدد أفضل النتائج لاستخدامها في محاذاة الملف الشخصي (الافتراضي: 10)
- قيمة
قطع التقييم لأهم النتائج (الافتراضي: 1e-50)
استخدم NAST-iEr عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
