توقع البروتين - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

التنبؤ بالبروتين - تحليل تسلسل البروتين

موجز

توقع البروتين [--معالجات الانفجار] [--num-cpus|c] [--debug|d] [--help] [--make-file|m]
[--makedebug] [--man] [--method] [--dryrun|n] [--numresmax] [--output-dir|o]
[--print-ext-method-map] [--profnumresmin] [--psicexe] [--prot-name|p] [--sequence|seq|s]
[--seqfile] [--spkeyidx] [--target]* [--version|v] [--work-dir|w]

توقع البروتين [--bigblastdb] [--big80blastdb] [--pfam2db] [--pfam3db] [--prodomblastdb]
[--prositedat] [--prositeconvdat] [--swissblastdb]

التنبؤ بالبروتين [--setacl|acl] [-- دمج ذاكرة التخزين المؤقت] [-- مخزن قوة التخزين المؤقت]
[-- ادفع نقدا]

الوصف

يدير موقع Predictprotein مجموعة من طرق تحليل تسلسل البروتين:

المجموعة الأساسية طرق
يتم تشغيل هذه الأساليب بواسطة الهدف الافتراضي "الكل":

ميزة ملحق الهدف صفحة الرجل
------- ------ --------- --------
حركة الذرة profbval profbval، profb4snap profbval(1)
Transmem البكتيري- proftmb proftmb، proftmbdat com.proftmb(1)
براميل بيتا النخالية
لفائف ملفوفة لفائف ملفوفة لفائف، لفائف_الخام لفائف(1)
ملفات(1)
جسور ثاني كبريتيد ثنائي كبريتيد ثنائي كبريتيد ديسولفيندر(1)
مصطلحات علم الجينات metastudent metastudent.BPO.txt، com.metastudent(1)
ميتاستودنت.CCO.txt،
metastudent.MFO.txt
انفجار انفجار المحاذاة المحليةPsiOutTmp، chk، com.blastpgp(1)
انفجارPsiMat,
انفجارPsiAli,
BlastpSwissM8 بلاستول(1)
التعقيد المحلي ncbi-seg segNorm، segNormGCG ncbi-seg(1)
نورس ثانوي غير منتظم، مجموع نورس نورسب(1)
بناء
يتنبأ التوطين النووي بـ nls nls و nlsDat و nlsSum توقع(1)
مسح Pfam hmmer v2 hmm2pfam hmm2pfam hmm2pfam(1)
مسح Pfam hmmer v3 hmm3pfam hmm3pfam، hmm3pfamTbl، هممسكان(1)
hmm3pfamDomTbl
PROSITE مسح prosite prosite_scan(1)
بروتين البروتين إيزيس profisis(1)
مواقع التفاعل
الهيكل الثانوي، الأستاذ profRdb بروفيسور(1)
إمكانية الوصول من
ملف تعريف التسلسل
الهيكل الثانوي، الأستاذ prof1Rdb بروفيسور(1)
إمكانية الوصول من
تسلسل واحد
الهيكل الثانوي، reprof توبيخ(1)
إمكانية الوصول من
تسلسل واحد
دكتوراه عبر الغشاء phdPred، phdRdb بروفيسور(1)
حلزونات
حلقات غير منظمة norsnet norsnet نورسنت(1)

اختياري طرق
هذه الطرق غير قابلة لإعادة التوزيع أو تعتمد على برامج غير قابلة لإعادة التوزيع (المشار إليها
بواسطة '*'). يجب عليك الحصول على المكونات غير القابلة لإعادة التوزيع بنفسك قبل أن تتمكن من ذلك
استخدم هذه الأساليب.

يتم تشغيل هذه الأساليب بواسطة الهدف "اختياري".

ميزة ملحق الهدف صفحة الرجل
------- ------ --------- --------
المناطق المضطربة اضطراب metadisorder mdisorder metadisorder(1)
loctree3 التحت خلوي {arch,bact,euka}.lc3 loctree3(1)
تمهم * تمهمم غ
بروتين-RNA، Somena Somena سومينا(1)
البروتين الحمض النووي
مواقع التفاعل
موقف محدد psic * psic، clustalngz نفسية(1)
التهم المستقلة runNewPSIC(1)
وقاعدته متعددة كلوستالو(1)
محاذاة بسيطة
حلزونات الغشاء tmhmm tmhmm na
تمسيج تمسيج com.tmseg(1)
المناطق الوظيفية consurf _consurf.grades كونسورف(1)

خدماتنا
وسيطة سطر Cmd لقاعدة البيانات
-------- -----------------
قاعدة بيانات الانفجار الكبيرة (Uniprot+PDB) --bigblastdb
big_80 (هوية تسلسل كبيرة @ 80٪ -big80blastdb
مستوى التكرار) قاعدة بيانات الانفجار
قاعدة بيانات الانفجار السويسرية --swissblastdb
قاعدة بيانات pfam v2 --pfam2db
قاعدة بيانات pfam v3 --pfam3db
prosite_convert.dat --prositeconvdat

خدماتنا لـ اختياري الأهداف

وسيطة سطر Cmd لقاعدة البيانات
-------- -----------------
قاعدة بيانات الانفجار الكبيرة (Uniprot+PDB) --bigblastdb
prosite.dat --prositedat
الكلمة الأساسية لـ Swiss-Prot-to-access --spkeyidx
"فهرس" لـ loctree

توليد خدماتنا
بإذن من فيكتور يوركوفسكي:

* rostlab-data-prosite_convert prosite.dat prosite_convert.dat
* بيرل /usr/share/loctree/Perl/keyindex4loctree.pl <keyindex.txt> keyindex_loctree.txt
* همبريس بفام-A.hmm

الناتج شكل
يتم إيداع مخرجات الطريقة في - إخراج دير. كل أسلوب له اسم ملف واحد أو أكثر
الملحقات المرتبطة به، انظر الجدول أعلاه. الرجوع إلى صفحة الرجل من
طرق فردية لمزيد من التفاصيل. يتم ضغط الامتدادات التي تنتهي بـ `gz' بـ
GZIP(1).

المراجع

روست، ب.، ياشداف، ج.، وليو، ج. (2004). خادم PredictProtein. الدقة الأحماض النووية,
32 (مشكلة خادم الويب)، W321-6.

في حالة العثور على البروتين التنبؤي والأدوات المفيدة، يرجى الاستشهاد بما يلي:

* المراجع الخاصة بـ PredictProtein، انظر أعلاه

* مراجع الأدوات التي استخدمتها، راجع المراجع في صفحة الدليل الخاصة بالأداة

OPTIONS

- معالجات الانفجار
عدد المعالجات المستخدمة، الافتراضي = 1

-c, --num-cpus
إنشاء وظائف، الافتراضي = 1

-d, --Debug
--مساعدة
اطبع رسالة تعليمات موجزة ومخارج.

-m, --make-file
إنشاء ملف للاستخدام، الافتراضي = /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk

--makedebug
وسيطة تصحيح الأخطاء لـ make، انظر جعل(1)

--رجل
صفحة التوثيق هذه

--طريقة
يصف معلمات التحكم في الطريقة ويطلب طرقًا للتشغيل متى --استهداف ليس
الكل. مثال التنسيق:

--method=norsp,win=50

* ابدأ باسم الطريقة، على سبيل المثال "norsp"

* قائمة معلمات التحكم في الأسلوب، على سبيل المثال الفوز = 50

لا تدعم كل الطرق تمرير معلمات التحكم بهذه الطريقة نظرًا لبدائيتها
واجهات سطر الأوامر.

-n, --ركض جاف
لا تنفذ، فقط تظهر ما هو على وشك أن يتم تشغيله

--numresmax
الحد الأقصى لطول التسلسل، الافتراضي: 6000. تسلسلات أطول من هذا سوف تجعل
فشل توقع البروتين مع رمز الخطأ المعني، راجع الأخطاء.

-o, - إخراج دير
الموقع النهائي لملفات الإخراج، مطلوب ما لم يتم استخدام التخزين المؤقت.

--print-ext-method-map
طباعة خريطة الامتداد إلى الأسلوب. مفيد كملف إدخال لفحص الاتساق.
شكل: .

--profnumresmin
الحد الأدنى لطول التسلسل المطلوب بواسطة الأستاذ، افتراضيًا: 17. تسلسلات أقصر من هذا
سيؤدي إلى فشل البروتين التنبؤي مع رمز الخطأ المعني، راجع الأخطاء.

--psicexe
غلاف psic قابل للتنفيذ، افتراضي: /usr/share/rost-runpsic/runNewPSIC.pl

-p, --اسم بروت
الاسم الأساسي لملفات النتائج واسم البروتين في - على سبيل المثال - ملفات FASTA. الافتراضي =
"الاستعلام".

الأسماء الصالحة هي من مجموعة الأحرف "[[:alnum:]._-]".

-s, - مثل, --تسلسل
إدخال تسلسل الأحماض الأمينية بحرف واحد

--seqfile
ملف تسلسل الأحماض الأمينية FASTA؛ إذا `-'، تتم قراءة الإدخال القياسي

--spkeyidx
ملف "فهرس" معرف الكلمة الرئيسية من Swiss-Prot لـ loctree(1).

--استهداف=سلسلة
مجموعات الطريقة للتشغيل. أعط هذه الحجة لكل هدف تحتاجه. الافتراضي:
قيمة "default_targets" في ملف التكوين؛ «كل» إذا لم يعطى ذلك.

بعض الأهداف المثيرة للاهتمام:

الكل الأساليب التي هي GPL أو قابلة لإعادة التوزيع إلى كيانات غير تجارية

اختياري
الأساليب التي لا تتناسب مع الكل

انظر إلى /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk للحصول على قائمة الأهداف ("استخدم المصدر
لوقا").

-v, --الإصدار
طباعة نسخة الحزمة

-w, --work-dir
دليل العمل، اختياري

قاعدة البيانات الخيارات
--bigblastdb
الطريق إلى قاعدة بيانات الانفجار الشاملة

--big80blastdb
المسار إلى قاعدة بيانات الانفجار الشاملة عند مستوى تكرار هوية التسلسل بنسبة 80%

--pfam2db
قاعدة بيانات Pfam v2، على سبيل المثال Pfam_ls

--pfam3db
قاعدة بيانات Pfam v3، على سبيل المثال بفام-أ.هم

--prodomblastdb
عفا عليها الزمن. يتم الاحتفاظ بهذه الوسيطة فقط للحفاظ على التوافق مع الإصدارات الأقدم.

--prositedat
المسار إلى ملف "prosite.dat"، انظر


--prositeconvdat
المسار إلى ملف `prosite_convert.dat'، انظر


--swissblastdb
المسار إلى قاعدة بيانات الانفجار SwissProt

مخبأ ذات صلة الخيارات
- acl, --setacl
ضبط قوائم التحكم بالوصول. يتم تعيين قوائم التحكم في الوصول فقط في حالة النتائج
المخزنة في ذاكرة التخزين المؤقت. هذا الخيار غير فعال على خلاف ذلك. جميع قوائم ACL السابقة موجودة
خسر - لا دمج. يتحكم بت القراءة في إمكانية تصفح النتائج. البتات الأخرى ليست كذلك
مستخدم. على سبيل المثال

u:lkajan:4,u:gyachdav:4,g:lkajan:4,o::0

--دمج ذاكرة التخزين المؤقت
--nocache-merge
دمج/عدم دمج النتائج في ذاكرة التخزين المؤقت. --دمج ذاكرة التخزين المؤقت إعادة استخدام النتائج الموجودة بالفعل في ذاكرة التخزين المؤقت؛
هذا يتحول --ادفع نقدا يعمل تلقائيًا. --دمج ذاكرة التخزين المؤقت لا يتوافق مع
--force-cache-store.

--nocache-merge هو الافتراضي ما لم

· --ادفع نقدا قيد التشغيل و

· --noforce-cache-store ساري المفعول و

· --استهداف يستخدم و

· ذاكرة التخزين المؤقت ليست فارغة

--دمج ذاكرة التخزين المؤقت يتم تجاهله بصمت إذا كانت ذاكرة التخزين المؤقت فارغة.

--force-cache-store
--noforce-cache-store
تمكين/تعطيل فرض تخزين النتائج في ذاكرة التخزين المؤقت. يدل --ادفع نقدا. تقصير:
--noforce-cache-store

بدافع --noforce-cache-store عندما يعثر البروتين التنبؤي على نتائج مخزنة مؤقتًا، فإنه يجلبها ببساطة
لهم من ذاكرة التخزين المؤقت ولا تتم أي معالجة (حتى لو كانت النتائج غير كاملة). مع
--force-cache-store لا يقوم البروتين التنبؤي بجلب أي شيء من ذاكرة التخزين المؤقت ولكنه يفعل ذلك
تخزين النتائج، واستبدال ما تم تخزينه مؤقتًا بالكامل.

--force-cache-store لا يتوافق مع --دمج ذاكرة التخزين المؤقت.

--ادفع نقدا
--nuse-cache
استخدم/لا تستخدم ذاكرة التخزين المؤقت للتنبؤ بنتائج البروتين. تقصير: --nuse-cache.

يمكن توفير الخيار "use_cache" في ملفات التكوين لتجاوز الخيار الافتراضي.

أخطاء

253 التسلسل طويل جدًا، انظر --numresmax

254 التسلسل قصير جدًا، وأقصر من الحد الأدنى للطول الذي يطلبه الأستاذ. يرى
--profnumresmin.

أمثلة

Predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp

Predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp --target query.profRdb --target loctree3

Predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --output-dir /tmp/pp

مخبأ أمثلة
تخزين النتائج في ذاكرة التخزين المؤقت، لا تهتم بتخزين الملفات فيها - إخراج دير:
Predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7

إذا لم يكن موجودًا في مخزن ذاكرة التخزين المؤقت، وإلا فاجلب النتائج من ذاكرة التخزين المؤقت إلى - إخراج دير:
Predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7 --output-dir /tmp/pp

البيئة

توقع البروتين
موقع ملف تكوين Predictproteinrc الذي سيتم استخدامه، مما يؤدي إلى تجاوز التكوينات الأخرى
ملفات

استخدم Predictprotein عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net