هذا هو الأمر probabel.pl الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
probabel - قم بلف حول ثنائيات ProbABEL الثلاثة ، لتبسيط استخدامها
موجز
بروبيل كروم-ستارت توقف الكروم METHOD المجموعة فئة الساعة : النمط الظاهري [خيارات أخرى]
الوصف
بروبيل عبارة عن غلاف حول ثنائيات ProbABEL الثلاثة: خطي, Palogistو باكوكسف.
تم تصميمه لتبسيط تشغيل دراسة الارتباط على مستوى الجينوم (GWAS) من خلال حفظ ملف
وقت المستخدم الثمين بطريقتين:
1) يقوم بإجراء تحليل الانحدار لجميع الكروموسومات من كروم-ستارت إلى توقف الكروم.
2) على عكس الثنائيات الثلاثة المذكورة أعلاه ، مع بروبيل لا يحتاج المستخدم
لتحديد مواقع ملفات البيانات الجينية المطلوبة. موقعهم مركزي
تدار في ملف التكوين (/etc/probabel_config.cfg بشكل افتراضي).
OPTIONS
مطلوب: أمر خط الخيارات
كروم-ستارت
رقم الكروموسوم لبدء التحليل عنده.
نهاية الكروم
رقم الكروموسوم لإنهاء التحليل عند.
لاحظ أنه يمكن إجراء تحليل لكروموسوم واحد عن طريق تحديد نفس العدد لـ
كروم-ستارت و توقف الكروم. في الواقع ، هذه هي طريقة إجراء التحليل لـ X أو Y.
كروموسوم
METHOD يمكن أن تكون طريقة الانحدار التي يجب استخدامها واحدة من خطي, جمارك، or com.coxph.
المجموعة اسم المجموعة على النحو المحدد في /etc/probabel_config.cfg ملف. باستخدام
معرف مجموعة من ملف التكوين الذي تعرفه ثنائيات ProbABEL الثلاثة الفعلية
مكان العثور على ملفات معلومات النمط الجيني (ملفات الجرعات و / أو الاحتمالية
الملفات).
فئة الساعة : النموذج الجيني المستخدم. يمكن للإثنين - مضافة للنموذج المضاف
(يتطلب بيانات التركيب الجيني في شكل جرعات) ، أو --جميع الموديلات لتشغيل جميع النماذج الجينية:
مضاف ، متنحي ، مهيمن ، مهيمن و 2df.
النمط الظاهري
اسم ملف النمط الظاهري ، بدون امتداده (الذي يجب أن يكون PHE!).
أخرى الخيارات
سيتم تمرير أي خيارات مدرجة بعد الخيارات السابقة (الإلزامية) إلى الأساسي
الثنائية: خطي, Palogist or باكوكسف، يعتمد على METHOD.
الخيار الأكثر استخدامًا هو -o الخيار ، متبوعًا باسم ملف ، فهذا يحدد
بداية اسم الملف لملفات الإخراج.
إضافي الخيارات
-ح ، --مساعدة احصل على مساعدة إضافية حول كيفية الجري بروبيل. في هذه الحالة لا أحد من الآخر
يجب تحديد الخيارات.
أمثلة
يؤدي هذا إلى إجراء مسح ارتباط على مستوى الجينوم باستخدام الانحدار الخطي والوراثي الإضافي
نموذج على مجموعة مجموعتي_الكبيرة للنمط الظاهري my_phenotype:
احتمال 1 22 خطي "My_Large_Cohort" - إضافة my_phenotype
استخدم probabel.pl عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
