هذا هو بروتين الأمرortho5 الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
proteinortho5 - أداة الكشف عن تقويم العظام
موجز
بروتين أورثو 5 [OPTIONS] فاستا 1 فاستا 2 [فاستا...]
الوصف
Proteinortho هي أداة قائمة بذاتها موجهة نحو مجموعات البيانات الكبيرة وتستفيد منها
تقنيات الحوسبة الموزعة عند تشغيلها على أجهزة متعددة النواة. ينفذ ملف
نسخة موسعة من أفضل توجيهات المحاذاة المتبادلة. تم تطبيق بروتينورثو على
تحسب البروتينات المتعامدة في المجموعة الكاملة لجميع الجينومات eubacterial المتاحة البالغ عددها 717
في NCBI في بداية عام 2009. نجح المؤلفون في تحديد ثلاثين بروتينًا موجودًا في
99٪ من البروتينات البكتيرية.
OPTIONS
-e = القيمة الإلكترونية للانفجار [افتراضي: 1e-05]
-p = برنامج التفجير {blastn | blastp | blastn + | blastp +} [افتراضي: blastp +]
-مشروع =
بادئة لجميع أسماء ملفات النتائج [افتراضي: myproject]
-النسج
تفعيل امتداد PoFF لفصل التسلسلات المتشابهة عن طريق المتلازمات السياقية
(يتطلب .gff لكل ملف .fasta)
-dups = PoFF: عدد التكرارات للتجاورات الاستكشافية ، لتحديد مكررة
المناطق (الافتراضي: 0)
-cs = PoFF: حجم أقصى سلسلة فرعية مشتركة (MCS) لمطابقات التقارب (الافتراضي: 3)
-الفا =
PoFF: وزن المتجاورات مقابل تشابه التسلسل (الافتراضي: 0.5)
-وصف كتابة ملفات الوصف (لإدخال NCBI FASTA فقط)
-احتفظ يخزن نتائج الانفجار المؤقتة لإعادة استخدامها
-فرض إعادة حساب نتائج الانفجار في أي حال
-cpus = عدد المعالجات المراد استخدامها [افتراضي: تلقائي]
-النفلاست
تطبيق selfblast ، ويكتشف paralogs بدون تقويم العظام
-الأغنية
الإبلاغ عن الجينات المفردة دون أي إصابة
-الهوية =
دقيقة. هوية النسبة المئوية لأفضل ضربات الانفجار [افتراضي: 25]
-cov = دقيقة. تغطية أفضل محاذاة الانفجار في٪ [الافتراضي: 50]
-conn = دقيقة. اتصال جبري [الافتراضي: 0.1]
-سم = دقيقة. التشابه للنتائج الإضافية (0..1) [الافتراضي: 0.95]
-خطوة = 1 -> إنشاء مؤشرات 2 -> تشغيل الانفجار (و ff-adv -النسج تم تعيين) 3 ->
المجموعات 0 -> الكل (افتراضي)
-blastpath =
المسار إلى الانفجار المحلي الخاص بك (إذا لم يكن مثبتًا عالميًا)
-إفراط
يبقيك على اطلاع حول التقدم
تنظيف قم بإزالة جميع الملفات غير الضرورية بعد المعالجة
-رسم بياني إنشاء ملفات الرسم البياني (العلاقات التقويمية الزوجية)
-ديبوغ يعطي معلومات مفصلة لتتبع الأخطاء
يمكن تحديد معلمات الانفجار الأكثر تحديدًا بواسطة
-blastParameters ="[المعلمات]" (على سبيل المثال -blastParameters ="-seg لا")
في حالة توزيع الوظائف على عدة آلات ، استخدم
-startat = رقم الملف المطلوب البدء به (الافتراضي: 0)
-stopat = رقم الملف الذي سينتهي بـ (الافتراضي: -1)
استخدم proteinortho5 عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
