هذا هو معدل الأمر 4site_doublerep الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
rate4site - كاشف لمواقع الأحماض الأمينية المحفوظة
موجز
rate4site [الخيارات] -s
الوصف
معدل التطور ليس ثابتًا بين مواقع الأحماض الأمينية: بعض المواقف تتطور ببطء
ويشار إليها عمومًا باسم "محفوظة" ، بينما يتطور الآخرون بسرعة ويشار إليهم
إلى "متغير". تقابل تغيرات المعدل مستويات مختلفة من التنقية
اختيار العمل على هذه المواقع. يمكن أن يكون التحديد المنقي نتيجة هندسية
القيود المفروضة على طي البروتين في هيكله ثلاثي الأبعاد ، والقيود المفروضة على الأحماض الأمينية
المواقع المشاركة في النشاط الأنزيمي أو في الارتباط بالرابط أو ، بدلاً من ذلك ، في الأحماض الأمينية
المواقع التي تشارك في تفاعلات البروتين البروتين. Rate4Site بحساب النسبي
معدل التطور في كل موقع باستخدام نموذج تطوري قائم على الاحتمالية. هذا يسمح
مع الأخذ في الاعتبار العملية العشوائية الكامنة وراء تطور التسلسل داخل البروتين
العائلات وشجرة النشوء والتطور للبروتينات في الأسرة. درجة الحفظ
في موقع يتوافق مع معدل تطور الموقع.
اليومية
المدخل الوحيد الإلزامي إلى Rate4Site هو ملف MSA. ثم يحسب البرنامج ملف
شجرة النشوء والتطور التي تتوافق مع MSA المتاح (يمكن للمستخدم أيضًا إدخال ملف
شجرة محسوبة مسبقًا). ثم تحسب درجة الحفظ النسبية لكل موقع في
MSA. يتم ذلك باستخدام طريقة بايز التجريبية أو كحد أقصى
طريقة الاحتمال (Pupko et al. ، 2002). الاختلافات بين الطريقتين
شرح بالتفصيل في Mayrose et al (2004).
المراجع
Mayrose، I.، Graur، D.، Ben-Tal، N.، and Pupko، T. 2004. مقارنة الأسعار الخاصة بالموقع-
طرق الاستدلال: طرق بايزي متفوقة. مول بيول إيفول 21: 1781-1791.
OPTIONS
-s MSA_FILE
اسم ملف تسلسل الإدخال. التنسيقات التالية مدعومة: Mase و Molphy و
فيليب ، كلوستال ، فاستا
-t اسم ملف شجرة الإدخال (بتنسيق Newick)
-o ملف إلاخراج
ملف إخراج النتائج
-اسم تسلسل مرجعي في MSA. تتم طباعة درجات الحفظ بناءً على
الأحماض الأمينية في هذا التسلسل.
-k عدد فئات جاما المنفصلة
- نموذج تطوري. يتم دعم نماذج الأحماض الأمينية التالية:
DAY (-md) ، JTT (-mj) ، REV (-mr) ، aaJC (-ma) ، LG (-Ml) ، WAG (-Mw).
بالنسبة للنيوكليوتيدات ، يتم دعم النماذج التالية: JC (-mn) ، HKY (-Mh) ، Tamura92 (-Mt) ، GTR (-Mg).
-b علامة تحسين أطوال الفروع:
-bn = لا يوجد تحسين لأطوال الفروع
-bh = التحسين باستخدام نموذج متجانس (لا يوجد تباين معدل بين المواقع)
-bg = التحسين باستخدام نموذج جاما
-i علم طريقة استنتاج السعر:
-Im = يتم استنتاج المعدلات باستخدام طريقة الاحتمالية القصوى
-Ib = يتم استنتاج المعدلات باستخدام طريقة Bayes التجريبية
-z طريقة بناء الشجرة
zj = الشجرة المشتركة المجاورة مع مسافات جوكس كانتور
zn = شجرة مرتبطة بالجوار مع أقصى مسافات احتمالية
-h رسالة تعليمات قصيرة
استخدم rate4site_doublerep عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
