raxmlHPC-PTHREADS - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

الاستخدام - احتمالية الحد الأقصى المعشاة للإبطاء

الوصف

استخدم raxml مع دعم AVX (1 قطعة واحدة)

هذا هو الإصدار 8.2.4 من RAxML الذي تم إصداره بواسطة Alexandros Stamatakis في 02 أكتوبر 2015.

مع مساهمات التعليمات البرمجية المقدرة للغاية من قبل: Andre Aberer (HITS) Simon Berger
(ضربات) أليكسي كوزلوف (ضربات) كاسيان كوبرت (ضربات) ديفيد داو (كيت وضربات)
نيك باتنجيل (سانديا) واين فايفر (SDSC) أكيفومي إس تانابي (NRIFS)

يرجى أيضًا الرجوع إلى دليل RAxML

الرجاء الإبلاغ عن الأخطاء عبر مجموعة RAxML google! من فضلك أرسل لنا جميع ملفات الإدخال ، بالضبط
الاستدعاء وتفاصيل HW ونظام التشغيل ، بالإضافة إلى جميع رسائل الخطأ المطبوعة
الى الشاشة.

raxmlHPC [-SSE3 | -AVX | -PTHREADS | -PTHREADS-SSE3 | -PTHREADS-AVX | -HYBRID | -HYBRID-SSE3 | HYBRID-AVX]

-s التسلسل -n ضع اسم الملف -m الاستبدال

[- weightFileName] [-A SecondaryStructureSubstModel] [-b
bootstrapRandomNumberSeed] [-B wcCriterionThreshold] [-c numberOfCategories] [-C]
[-d] [-D] [- احتمال إبسيلون] [-ElusioneFileName] [-f
أ | أ | ب | ب | ج | ج | د | د | ه | ه | و | ز | ز | ح | ح | أنا | أنا | ي | ي | ك | م | ن | ن | س | ص | P | q | r | R | s | S | t | T | u | v | V | w | W | x | y]
[-F] [-g groupingFileName] [-G placethreshold] [-h] [-H] [-i
initialRearrangementSetting] [-I autoFC | autoMR | autoMRE | autoMRE_IGN] [-j] [-J
MR | MR_DROP | MRE | STRICT | STRICT_DROP | T_ ] [-k] [-K] [-L MR | MRE | T_ ]
[-M] [-o outGroupName1 [، outGroupName2 [، ...]]] [- O] [-p parsimonyRandomSeed] [-P
نموذج بروتيني] [-q multiModelFileName] [-r binaryConstraintTree] [-R
binaryModelParamFile] [-S SecondaryStructureFile] [-t userStartingTree] [-T
numberOfThreads] [-u] [-U] [-v] [-V] [-woutputDirectory] [-W SlideWindowSize]
[-x fastBootstrapRandomNumberSeed] [-X] [-y] [-Y
quartetGroupingFileName | ancestralSequenceCandidatesFileName] [-z multipleTreesFile]
[- # | -N numberOfRuns | autoFC | autoMR | autoMRE | autoMRE_IGN]
[- مسكيت] [- صامت] [- فحص بلا تسلسل] [- لا - bfgs]
[--asc-corr = ستاماتاكيس | فيلسنشتاين | لويس]
[- علامة الاختيار] [- auto-prot = ml | bic | aic | aicc]
[--epa-keep-placements = number] [- epa-تراكم-عتبة = عتبة]
[--epa-prob-threshold = threshold] [--JC69] [- K80] [- HKY85]

-a حدد اسم ملف وزن العمود لتعيين أوزان فردية لكل عمود
المحاذاة. يجب أن تكون هذه الأوزان أعدادًا صحيحة مفصولة بأي نوع وعدد
المسافات البيضاء في ملف منفصل ، راجع ملف "example_weights" للحصول على مثال.

-A حدد أحد نماذج استبدال البنية الثانوية المطبقة في RAxML.
يتم استخدام نفس التسمية الموجودة في دليل PHASE ، النماذج المتاحة: S6A ، S6B ،
S6C ، S6D ، S6E ، S7A ، S7B ، S7C ، S7D ، S7E ، S7F ، S16 ، S16A ، S16B

الافتراضي: نموذج GTR ذو 16 حالة (S16)

-b حدد عددًا صحيحًا (أصل عشوائي) وقم بتشغيل التمهيد

الافتراضي: إيقاف

-B تحديد رقم النقطة العائمة بين 0.0 و 1.0 التي سيتم استخدامها كقطع
عتبة معايير الإقلاع القائمة على MR. الإعداد الموصى به هو 0.03.

الافتراضي: 0.03 (الإعداد الموصى به تجريبياً)

-c حدد عدد فئات معدل مميزة لـ RAxML عند نموذج المعدل
يتم تعيين عدم التجانس على CAT يتم تصنيف المعدلات الفردية لكل موقع إلى
numberOfCategories معدل الفئات لتسريع العمليات الحسابية.

الافتراضي: 25

-C تمكين الإخراج المطول للخيارين "-L" و "-fi". هذا سينتج أكثر ، مثل
بالإضافة إلى المزيد من ملفات الإخراج المطولة

الافتراضي: إيقاف

-d بدء تحسين ML من شجرة البداية العشوائية

الافتراضي: إيقاف

-D معيار تقارب بحث ML. سيؤدي هذا إلى قطع عمليات البحث ML إذا كان الأقارب
مسافة روبنسون-فولدز بين الأشجار التي تم الحصول عليها من SPR كسولين متتاليين
دورات أصغر أو تساوي 1٪. يوصى بالاستخدام لمجموعات البيانات الكبيرة جدًا بتنسيق
شروط التصنيف. على الأشجار التي تحتوي على أكثر من 500 فئة ، سيؤدي ذلك إلى وقت التنفيذ
تحسينات بنسبة تقارب 50٪ بينما تسفر فقط عن أشجار أسوأ قليلاً.

الافتراضي: إيقاف

-e قم بتعيين دقة تحسين النموذج في وحدات احتمالية السجل للتحسين النهائي لـ
طوبولوجيا الشجرة

الافتراضي: 0.1
للنماذج التي لا تستخدم نسبة تقدير المواقع الثابتة

0.001 للنماذج باستخدام نسبة تقدير المواقع الثابتة

-E حدد اسم ملف الاستبعاد ، الذي يحتوي على مواضع المحاذاة
كنت ترغب في استبعاده. التنسيق مشابه لـ Nexus ، يجب أن يحتوي الملف على إدخالات
مثل "100-200 300-400" ، لاستبعاد كتابة عمود واحد ، على سبيل المثال ، "100-100" ، إذا كنت
باستخدام نموذج مختلط ، سيتم كتابة ملف نموذج تم تكييفه بشكل مناسب.

-f حدد الخوارزمية:

"-fa": تحليل Bootstrap سريع والبحث عن شجرة ML ذات أفضل درجات في برنامج واحد
تشغيل "-f A": حساب حالات الأسلاف الهامشية على شجرة مرجعية جذرية متوفرة
باستخدام "-t" "-fb": ارسم معلومات ثنائية القسم على شجرة مزودة بقاعدة "-t"
على أشجار متعددة

(على سبيل المثال ، من bootstrap) في ملف محدد بواسطة "-z"

"-f B": تحسين مقياس br-len ومعلمات النموذج الأخرى (GTR و alpha وما إلى ذلك) على شجرة
مزود بـ "-t".
تحتاج الشجرة إلى احتواء أطوال الفروع. لن يتم تحسين أطوال الفروع ،
تم قياسه من خلال قيمة واحدة مشتركة.

"-fc": تحقق مما إذا كان يمكن قراءة المحاذاة بشكل صحيح بواسطة RAxML "-f C": سلف
اختبار التسلسل لـ Jiajie ، سيحتاج المستخدمون أيضًا إلى تقديم قائمة بأسماء الأصناف عبر
-Y مفصولة بمسافات "-fd": تسلق التل السريع الجديد

افتراضي في

"-f D": تسلق التل السريع باستخدام RELL bootstraps "-fe": تحسين النموذج + الفرع
أطوال شجرة إدخال معينة ضمن GAMMA / GAMMAI فقط "-f E": تنفيذ سريع جدًا
البحث التجريبي عن الشجرة ، حاليًا فقط لاختبار "-f F": تنفيذ سريع
البحث التجريبي عن الشجرة ، في الوقت الحالي فقط لاختبار "-fg": حساب لكل سجل موقع
مرت احتمالية وجود شجرة خام واحدة عبرها

"-z" واكتبها في ملف يمكن أن تقرأه CONSEL
سيتم تقدير معلمات النموذج على الشجرة الأولى فقط!

"-f G": احسب لكل سجل موقع احتمالية مرور شجرة خام أخرى عبرها
"-z" واكتبها في ملف يمكن أن تقرأه CONSEL. معلمات النموذج
سيتم إعادة تقدير لكل شجرة

"-fh": حساب اختبار احتمالية السجل (SH-test) بين أفضل شجرة تم تمريرها عبر "-t"
ومجموعة من الأشجار الأخرى التي مرت عبر "-z" سيتم تقدير معلمات النموذج
على الشجرة الأولى فقط!

"-f H": حساب اختبار احتمالية السجل (اختبار SH) بين أفضل شجرة تم تمريرها عبر "-t"
ومجموعة من الأشجار الأخرى التي مرت عبر "-z" ستكون معلمات النموذج
إعادة تقدير لكل شجرة

"-fi": حساب درجات IC و TC (Salichos and Rokas 2013) على شجرة مزودة بـ "-t"
على أساس أشجار متعددة
(على سبيل المثال ، من bootstrap) في ملف محدد بواسطة "-z"

"-f I": خوارزمية تجذير شجرة بسيطة للأشجار غير المقطوعة.
يقوم بجذر الشجرة عن طريق تجذيرها في الفرع الذي يوازن الشجرة الفرعية بشكل أفضل
أطوال (مجموع الفروع في الأشجار الفرعية) للشجرة الفرعية اليمنى واليسرى. أ
فرع مع التوازن الأمثل لا وجود لها دائما! تحتاج إلى تحديد الشجرة
تريد الوصول إلى الجذر عبر "-t".

"-fj": إنشاء مجموعة من ملفات محاذاة التمهيد من ملف alignemnt الأصلي.
تحتاج إلى تحديد أصل باستخدام "-b" وعدد التكرارات باستخدام "- #"

"-f J": حساب قيم دعم شبيهة بـ SH على شجرة معينة يتم تمريرها عبر "-t". "-fk":
إصلاح أطوال الفروع الطويلة في مجموعات البيانات المقسمة مع البيانات المفقودة باستخدام

خوارزمية سرقة طول الفرع.
يعمل هذا الخيار فقط مع "-t" و "-M" و "-q". سوف تطبع
شجرة ذات أطوال فرع أقصر ، ولكن لها نفس درجة الاحتمالية.

"-fm": قارن بين قسمين بين حزمتين من الأشجار تمر عبر "-t" و "-z"
على التوالى. سيؤدي هذا إلى إرجاع ارتباط بيرسون بين جميع الأقسام الثنائية
وجدت في ملفي الشجرة. ملف يسمى
ستتم طباعة RAxML_bipartitionFrequencies.outpuFileName الذي يحتوي على ملحق
ترددات ثنائية التقسيم زوجية من المجموعتين

"-fn": حساب درجة احتمالية تسجيل جميع الأشجار الموجودة في ملف شجرة مقدم من
"-z" ضمن GAMMA أو GAMMA + P-Invar سيتم تقدير معلمات النموذج على
الشجرة الأولى فقط!

"-f N": حساب درجة احتمالية تسجيل جميع الأشجار الموجودة في ملف شجرة مقدم من
"-z" ضمن GAMMA أو GAMMA + P-Invar سيتم إعادة تقدير معلمات النموذج لـ
كل شجرة

"-fo": تسلق التل السريع القديم والأبطأ بدون قطع إرشادي "-fp": أداء
إضافة MP تدريجية نقية لتسلسلات جديدة إلى شجرة بداية غير مكتملة والخروج
"-f P": إجراء وضع نسبي للأشجار الفرعية المحددة في ملف تم تمريره
عبر "-z" في شجرة مرجعية معينة

التي تحتوي على هذه الأشجار الفرعية التي يتم تمريرها عبر "-t" باستخدام
خوارزمية التنسيب التطوري.

"-fq": آلة حاسبة رباعية سريعة "-fr": حساب زوجي Robinson-Foulds (RF)
المسافات بين جميع أزواج الأشجار في ملف شجرة تمر عبر "-z"

إذا كانت الأشجار تحتوي على علامات عقدة يتم تمثيلها كقيم دعم صحيح ، فسيقوم البرنامج أيضًا
حساب نكهتين من
مسافة روبنسون-فولدز الموزونة (WRF)

"-f R": حساب جميع مسافات Robinson-Foulds (RF) الزوجية بين شجرة مرجعية كبيرة
مرت عبر "-t"

والعديد من الأشجار الصغيرة (التي يجب أن تحتوي على مجموعة فرعية من تصنيف الشجرة الكبيرة) مرت عبرها
"-z".
يهدف هذا الخيار إلى التحقق من معقولية السلالات الكبيرة جدًا
لا يمكن فحصها بصريًا بعد الآن.

"-fs": تقسيم محاذاة متعددة الجينات مقسمة إلى كل منها
المحاذاة الفرعية "-f S": حساب انحياز الموضع الخاص بالموقع باستخدام ترك واحد خارج
اختبار مستوحى من خوارزمية التنسيب التطوري "-ft": قم بعمل شجرة عشوائية
عمليات البحث على شجرة بداية ثابتة واحدة "-f T": قم بالتحسين الشامل النهائي لـ ML
شجرة من بحث التمهيد السريع في الوضع المستقل "-fu": تنفيذ الصرفي
معايرة الوزن باستخدام أقصى احتمال ، سيؤدي ذلك إلى إرجاع متجه للوزن.

تحتاج إلى توفير محاذاة صرفية وشجرة مرجعية عبر "-t"

"-fv": صنف مجموعة من التسلسلات البيئية في شجرة مرجعية باستخدام شامل
قراءة الإدخالات
سوف تحتاج إلى بدء RAxML بشجرة مرجعية غير شاملة وملف
محاذاة تحتوي على جميع التسلسلات (مرجع + استعلام)

"-f V": صنف مجموعة من التسلسلات البيئية في شجرة مرجعية باستخدام شامل
قراءة الإدخالات
سوف تحتاج إلى بدء RAxML بشجرة مرجعية غير شاملة وملف
محاذاة تحتوي على جميع التسلسلات (مرجع + استعلام) تحذير: هذا اختبار
التنفيذ من أجل معالجة أكثر كفاءة لمجموعات البيانات متعددة الجينات / الجينوم الكامل!

"-fw": حساب اختبار ELW على مجموعة من الأشجار التي تم تمريرها عبر "-z"
سيتم تقدير معلمات النموذج على الشجرة الأولى فقط!

"-f W": حساب اختبار ELW على مجموعة من الأشجار التي تم تمريرها عبر "-z"
سيتم إعادة تقدير معلمات النموذج لكل شجرة

"-fx": حساب مسافات ML الزوجية ، سيتم تقدير معلمات نموذج ML على MP
بداية الشجرة أو الشجرة المعرفة من قبل المستخدم التي تم تمريرها عبر "-t" ، مسموح بها فقط للأجهزة المستندة إلى GAMMA
نماذج عدم تجانس المعدل

"-fy": صنف مجموعة من المتواليات البيئية في شجرة مرجعية باستخدام البخل
سوف تحتاج إلى بدء RAxML بشجرة مرجعية غير شاملة وملف
محاذاة تحتوي على جميع التسلسلات (مرجع + استعلام)

الإعداد الافتراضي لـ "-f": تسلق التل السريع الجديد

-F تمكين عمليات البحث في شجرة ML ضمن نموذج CAT للأشجار الكبيرة جدًا دون التبديل إلى
جاما في النهاية (يحفظ الذاكرة). يمكن أيضًا استخدام هذا الخيار مع GAMMA
لتفادي التحسين الشامل لأفضل شجرة ML في
النهاية.

الافتراضي: إيقاف

-g تحديد اسم الملف لشجرة قيود متعددة الاختصاصات لا تحتاجها هذه الشجرة
لتكون شاملة ، أي يجب ألا تحتوي على جميع الأصناف

-G تمكين استدلال خوارزمية التنسيب التطوري القائم على ML من خلال تحديد أ
قيمة العتبة (يتم تقييم جزء من فروع الإدراج باستخدام بطيء
عمليات الإدراج تحت ML).

-h اعرض رسالة المساعدة هذه.

-H تعطيل ضغط النمط.

افتراضي في

-i إعداد إعادة الترتيب الأولي للتطبيق اللاحق للتغييرات الطوبولوجية
مرحلة جديدة

-I تحليل إقلاع لاحق. يستخدم:

"-I autoFC" للمعيار المستند إلى التردد "-I autoMR" لقاعدة الأغلبية
معيار شجرة الإجماع "-I autoMRE" لشجرة الإجماع الموسعة لقاعدة الأغلبية
المعيار "-I autoMRE_IGN" للمقاييس المشابهة لـ MRE ، لكن يتضمن قسمين
تحت عتبة ما إذا كانت متوافقة

أم لا. هذا يحاكي التوعية بخطر الألغام ولكنه أسرع في الحساب.

تحتاج أيضًا إلى تمرير ملف شجرة يحتوي على عدة نسخ متماثلة للتمهيد عبر "-z"

-j يحدد أنه يجب كتابة ملفات الشجرة الوسيطة في ملف أثناء المواصفة
عمليات البحث في شجرة ML و BS.

الافتراضي: إيقاف

-J حساب شجرة الإجماع على قاعدة الأغلبية باستخدام "-J MR" أو حكم الأغلبية الموسعة
شجرة إجماع مع "-J MRE" أو شجرة إجماع صارمة مع "-J STRICT". ل
حد الإجماع المخصص> = 50٪ ، حدد T_ ، حيث 100> = NUM> = 50.
الخيارات "-J STRICT_DROP" و "-J MR_DROP" ستنفذ خوارزمية تحدد
قطرات صغيرة تحتوي على أصناف مارقة على النحو الذي اقترحه Pattengale et al. في ورقة
"الكشف عن إجماع النشوء والتطور الخفي". ستحتاج أيضًا إلى توفير شجرة
ملف يحتوي على عدة أشجار غير مأهولة عبر "-z"

-k يحدد أن الأشجار التي تم تمهيدها يجب أن تتم طباعتها بأطوال الفروع. ال
سيتم تشغيل bootstraps لفترة أطول قليلاً ، لأنه سيتم تحسين معلمات النموذج في
نهاية كل شوط تحت GAMMA أو GAMMA + P-Invar على التوالي.

الافتراضي: إيقاف

-K حدد أحد نماذج الاستبدال متعددة الحالات (بحد أقصى 32 حالة) المطبقة في
RAxML. النماذج المتاحة هي: ORDERED ، MK ، GTR

الافتراضي: نموذج GTR

-L حساب أشجار الإجماع المسمى بواسطة دعم IC وقيمة TC الإجمالية كـ
المقترحة في Salichos and Rokas 2013. حساب شجرة الإجماع على قاعدة الأغلبية باستخدام
"-L MR" أو شجرة إجماع حول قاعدة الأغلبية الموسعة مع "-L MRE". للعرف
حد الإجماع> = 50٪ ، حدد "-L T_ "، حيث 100> = NUM> = 50. ستفعل
بالطبع تحتاج أيضًا إلى توفير ملف شجرة يحتوي على عدة أشجار غير محمية عبر
"-z"!

-m نموذج ثنائي (مورفولوجي) أو نيوكليوتيد أو متعدد الحالات أو حمض أميني
الاستبدال:

الثنائية:

"-m BINCAT [X]"
: تحسين خاص بالموقع

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. يمكن تقييم الشجرة النهائية
تلقائيًا ضمن BINGAMMA ، اعتمادًا على خيار البحث الشجري. مع ال
ملحق "X" اختياري يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m BINCATI [X]"
: تحسين خاص بالموقع

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. يمكن تقييم الشجرة النهائية
تلقائيًا ضمن BINGAMMAI ، اعتمادًا على خيار البحث عن الأشجار. مع ال
ملحق "X" اختياري يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m ASC_BINCAT [X]"
: تحسين خاص بالموقع

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. يمكن تقييم الشجرة النهائية
تلقائيًا ضمن BINGAMMA ، اعتمادًا على خيار البحث الشجري. مع ال
ملحق "X" اختياري يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية. ASC
ستصحح البادئة احتمال تحيز التأكيد.

"-m بنجاما [X]"
: نموذج GAMMA لتغاير المعدل (سيتم تقدير معامل ألفا).

باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m ASC_BINGAMMA [X]": نموذج GAMMA لتغاير المعدل (ستكون معلمة ألفا
مُقدَّر).
ستصحح بادئة ASC احتمال تحيز التأكيد. مع ال
ملحق "X" اختياري يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m BINGAMMAI [X]"
: مثل BINGAMMA ، ولكن مع تقدير نسبة المواقع الثابتة.

باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

نيوكليوتيدات:

"-m GTRCAT [X]"
: GTR + تحسين معدلات الاستبدال + تحسين مواقع محددة

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. قد تكون الشجرة النهائية
تم تقييمه ضمن GTRGAMMA ، اعتمادًا على خيار البحث الشجري. مع خيار
الملحق "X" يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m GTRCATI [X]"
: GTR + تحسين معدلات الاستبدال + تحسين مواقع محددة

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. قد تكون الشجرة النهائية
تم تقييمه ضمن GTRGAMMAI ، اعتمادًا على خيار البحث الشجري. مع خيار
الملحق "X" يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m ASC_GTRCAT [X]"
: GTR + تحسين معدلات الاستبدال + تحسين مواقع محددة

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. قد تكون الشجرة النهائية
تم تقييمه ضمن GTRGAMMA ، اعتمادًا على خيار البحث الشجري. مع خيار
الملحق "X" يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية. البادئة ASC
سوف يصحح احتمالية تحيز التأكيد.

"-m GTRGAMMA [X]"
: GTR + تحسين معدلات الاستبدال + نموذج معدل GAMMA

عدم التجانس (سيتم تقدير معامل ألفا).
باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m ASC_GTRGAMMA [X]": GTR + تحسين معدلات الاستبدال + نموذج معدل GAMMA
عدم التجانس (سيتم تقدير معامل ألفا). سوف تكون بادئة ASC صحيحة
احتمال تحيز التأكيد. يمكنك باستخدام الملحق "X" الاختياري
تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m GTRGAMMAI [X]"
: مثل GTRGAMMA ، ولكن مع تقدير نسبة المواقع الثابتة.

باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

متعدد الدول:

"-m MULTICAT [X]"
: تحسين خاص بالموقع

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. يمكن تقييم الشجرة النهائية
تلقائيًا ضمن MULTIGAMMA ، اعتمادًا على خيار البحث الشجري. مع ال
ملحق "X" اختياري يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m MULTICATI [X]"
: تحسين خاص بالموقع

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. يمكن تقييم الشجرة النهائية
تلقائيًا ضمن MULTIGAMMAI ، اعتمادًا على خيار البحث الشجري. مع ال
ملحق "X" اختياري يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m ASC_MULTICAT [X]"
: تحسين خاص بالموقع

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. يمكن تقييم الشجرة النهائية
تلقائيًا ضمن MULTIGAMMA ، اعتمادًا على خيار البحث الشجري. مع ال
ملحق "X" اختياري يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية. ASC
ستصحح البادئة احتمال تحيز التأكيد.

"-m MULTIGAMMA [X]"
: نموذج GAMMA لتغاير المعدل (سيتم تقدير معامل ألفا).

باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m ASC_MULTIGAMMA [X]": نموذج GAMMA لتغاير المعدل (ستكون معلمة ألفا
مُقدَّر).
ستصحح بادئة ASC احتمال تحيز التأكيد. مع ال
ملحق "X" اختياري يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m MULTIGAMMAI [X]"
: مثل MULTIGAMMA ، ولكن مع تقدير نسبة المواقع الثابتة.

باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

يمكنك استخدام ما يصل إلى 32 حالة حرف مميزة لتشفير مناطق متعددة الولايات ، هم
يجب استخدامها بالترتيب التالي: 0 ، 1 ، 2 ، 3 ، 4 ، 5 ، 6 ، 7 ، 8 ، 9 ، أ ، ب ، ج ، د ، هـ ،
F ، G ، H ، I ، J ، K ، L ، M ، N ، O ، P ، Q ، R ، S ، T ، U ، V ، على سبيل المثال ، إذا كان لديك 6 عناصر مميزة
تشير الأحرف إلى أنك ستستخدم 0 ، 1 ، 2 ، 3 ، 4 ، 5 لترميز هذه. الاستبدال
يمكن تحديد نموذج للمناطق متعددة الولايات عبر خيار "-K"

أحماض أمينية:

"-m PROTCATmatrixName [F | X]"
: مصفوفة AA محددة + تحسين معدلات الاستبدال + تحسين
الموقع المحدد

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. قد تكون الشجرة النهائية
يتم تقييمها تلقائيًا ضمن PROTGAMMAmatrixName [F | X] ، اعتمادًا على الشجرة
خيار البحث. باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML لـ
الترددات الأساسية.

"-m PROTCATImatrixName [F | X]"
: مصفوفة AA محددة + تحسين معدلات الاستبدال + تحسين
الموقع المحدد

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. قد تكون الشجرة النهائية
يتم تقييمها تلقائيًا ضمن PROTGAMMAImatrixName [F | X] ، اعتمادًا على الشجرة
خيار البحث. باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML لـ
الترددات الأساسية.

"-m ASC_PROTCATmatrixName [F | X]"
: مصفوفة AA محددة + تحسين معدلات الاستبدال + تحسين
الموقع المحدد

المعدلات التطورية التي يتم تصنيفها إلى عدد من الفئات متميزة
فئات معدل لزيادة الكفاءة الحسابية. قد تكون الشجرة النهائية
يتم تقييمها تلقائيًا ضمن PROTGAMMAmatrixName [F | X] ، اعتمادًا على الشجرة
خيار البحث. باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML لـ
الترددات الأساسية. ستصحح بادئة ASC احتمالية التأكد
انحياز، نزعة.

"-m PROTGAMMAmatrixName [F | X]"
: مصفوفة AA محددة + تحسين معدلات الاستبدال + نموذج معدل GAMMA

عدم التجانس (سيتم تقدير معامل ألفا).
باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m ASC_PROTGAMMAmatrixName [F | X]": مصفوفة AA محددة + تحسين الاستبدال
معدلات + نموذج معدل جاما
عدم التجانس (سيتم تقدير معامل ألفا). سوف تكون بادئة ASC صحيحة
احتمال تحيز التأكيد. يمكنك باستخدام الملحق "X" الاختياري
تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

"-m PROTGAMMAImatrixName [F | X]"
: مثل PROTGAMMAmatrixName [F | X] ، ولكن مع تقدير نسبة الثابت
المواقع.

باستخدام الملحق "X" الاختياري ، يمكنك تحديد تقدير ML للترددات الأساسية.

نماذج الاستبدال AA المتاحة: DAYHOFF ، DCMUT ، JTT ، MTREV ، WAG ، RTREV ، CPREV ،
VT، BLOSUM62، MTMAM، LG، MTART، MTZOA، PMB، HIVB، HIVW، JTTDCMUT، FLU، STMTREV،
DUMMY و DUMMY2 و AUTO و LG4M و LG4X و PROT_FILE و GTR_UNLINKED و GTR مع "F" الاختياري
الملحق يمكنك تحديد ما إذا كنت تريد استخدام الترددات الأساسية التجريبية. AUTOF و
لم يعد AUTOX مدعومًا بعد الآن ، إذا حددت AUTO فسيختبر الجهاز الفرعي.
موديلات مع وبدون ترددات قاعدة تجريبية الآن! يرجى ملاحظة أن ل
نماذج مقسمة يمكنك بالإضافة إلى تحديد نموذج AA لكل جين في
ملف التقسيم (انظر الدليل للحصول على التفاصيل). لاحظ أيضًا أنه إذا قمت بتقدير AA GTR
المعلمات على مجموعة بيانات مقسمة ، سيتم ربطها (مقدرة بشكل مشترك) عبر
جميع الأقسام لتجنب المبالغة في تحديد المعلمات

-M قم بالتبديل على تقدير أطوال الفروع الفردية لكل قسم. فقط له تأثير
عند استخدامها مع "-q" أطوال الفروع للأقسام الفردية ستكون
مطبوعة لفصل الملفات يتم حساب المتوسط ​​المرجح لأطوال الفروع بواسطة
باستخدام أطوال الأقسام المعنية

الافتراضي: إيقاف

-n يحدد اسم ملف الإخراج.

-o حدد اسم مجموعة خارجية مفردة أو قائمة مفصولة بفواصل للمجموعات الخارجية ، على سبيل المثال
"-o Rat" أو "-o Rat ، Mouse" ، في حالة عدم وجود مجموعات خارجية متعددة أحادية النمط
سيتم تحديد الاسم الأول في القائمة كمجموعة خارجية ، لا تترك مسافات بينهما
أسماء الأصناف!

-O قم بتعطيل التحقق من وجود تسلسل غير محدد تمامًا في المحاذاة. البرنامج سوف
لا تخرج برسالة خطأ عند تحديد "-O".

افتراضي: تم تمكين الاختيار

-p حدد بذرة رقم عشوائي لاستنتاجات البخل. هذا يسمح لك
إعادة إنتاج نتائجك وسيساعدني في تصحيح أخطاء البرنامج.

-P حدد اسم الملف لنموذج بديل AA (بروتين) محدد بواسطة المستخدم. هذا الملف
يجب أن يحتوي على 420 إدخالًا ، أول 400 هو معدلات استبدال AA (هذا يجب أن يكون
تكون مصفوفة متماثلة) وآخر 20 هي الترددات الأساسية التجريبية

-q حدد اسم الملف الذي يحتوي على تخصيص النماذج للمحاذاة
أقسام لنماذج متعددة للاستبدال. للحصول على صيغة هذا الملف من فضلك
استشر الدليل.

-r حدد اسم الملف لشجرة القيود الثنائية. هذه الشجرة لا تحتاج أن تكون
شامل ، أي يجب ألا يحتوي على جميع الأصناف

-R حدد اسم الملف لملف معلمة النموذج الثنائي الذي كان موجودًا مسبقًا
تم إنشاؤه باستخدام RAxML باستخدام الامتداد -f خيار تقييم شجرة ه. يجب أن يكون اسم الملف
يكون: RAxML_binaryModelParameters.runID

-s حدد اسم ملف بيانات المحاذاة بتنسيق PHYLIP

-S حدد اسم ملف هيكل ثانوي. يمكن أن يحتوي الملف على "." ل
أعمدة المحاذاة التي لا تشكل جزءًا من الأصل والأحرف "() <> [] {}" إلى
تحديد مناطق الجذع والعقدة الكاذبة

-t حدد اسم ملف شجرة البداية للمستخدم بتنسيق Newick

-T إصدار PTHREADS فقط! حدد عدد سلاسل الرسائل التي تريد تشغيلها. تاكد من
اضبط "-T" على أقصى عدد من وحدات المعالجة المركزية لديك على جهازك ، وإلا ، فهناك
سيكون انخفاض كبير في الأداء!

-u استخدم الوسيط للتقريب المنفصل لنموذج معدل GAMMA
عدم التجانس

الافتراضي: إيقاف

-U حاول حفظ الذاكرة باستخدام التنفيذ المستند إلى SEV لأعمدة الفجوة على مساحة كبيرة
المحاذاة التقنية موصوفة هنا:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/470 هذا سوف يعمل فقط للحمض النووي و / أو
بيانات البروتين وفقط مع الإصدار SSE3 أو AVX-vextorized من الكود.

-v عرض معلومات الإصدار

-V تعطيل عدم تجانس المعدل بين نموذج المواقع واستخدام واحد بدون تغاير المعدل
بدلاً من. يعمل فقط إذا قمت بتحديد نموذج CAT لتغاير المعدل.

افتراضي: استخدام معدل التجانس

-w المسار الكامل (!) إلى الدليل الذي تكتب إليه RAxML ملفات الإخراج الخاصة به

افتراضي: الدليل الحالي

-W حجم النافذة المنزلق لخوارزمية تحيز الموضع الخاصة بالموقع فقط
فعال عند استخدامه مع "-f S"

افتراضي: 100 موقع

-x حدد عددًا صحيحًا (أصل عشوائي) وقم بتشغيل التمهيد السريع تنبيه:
على عكس الإصدار 7.0.4 ، ستجري RAxML نسخًا متكررة من BS سريعة وفقًا لنموذج
معدل عدم التجانس الذي حددته عبر "-m" وليس افتراضيًا ضمن CAT

-X مثل خيار "-y" أدناه ، إلا أن البحث عن البخل أكثر سطحية.
سوف تقوم RAxML بعمل شجرة البخل العشوائية لترتيب الإضافة التدريجية
إعادة الإعمار دون إجراء أي SPRs إضافية. قد يكون هذا مفيدًا لـ
مجموعات بيانات الجينوم الكامل واسعة جدًا ، نظرًا لأن هذا يمكن أن يولد المزيد من الناحية الطوبولوجية
بداية مختلفة من الأشجار.

الافتراضي: إيقاف

-y إذا كنت تريد حساب شجرة بداية البخل باستخدام RAxML فقط ، فحدد "-y" ، ملف
سيخرج البرنامج بعد حساب شجرة البداية

الافتراضي: إيقاف

-Y قم بتمرير اسم ملف تجميع رباعي يحدد أربع مجموعات يتم من خلالها رسم الرباعية
يجب أن يحتوي تنسيق إدخال الملف على 4 مجموعات بالشكل التالي: (دجاج ، إنسان ،
لوتش) ، (بقرة ، كارب) ، (فأر ، جرذ ، فقمة) ، (حوت ، ضفدع) ؛ يعمل فقط في تركيبة
مع -f ف!

-z حدد اسم الملف لملف يحتوي على عدة أشجار ، على سبيل المثال من bootstrap
التي يجب استخدامها لرسم قيم ثنائية القسم على شجرة مزودة بـ "-t" ، It
يمكن استخدامها أيضًا لحساب احتمالات سجل كل موقع جنبًا إلى جنب مع "-fg" و
لقراءة مجموعة من الأشجار لخيارين آخرين ("-fh" ، "-fm" ، "-fn").

- # | -N حدد عدد عمليات التشغيل البديلة على أشجار البداية المميزة معًا
باستخدام الخيار "-b" ، سيؤدي هذا إلى استدعاء تحليل دفعة متعددة. لاحظ أن "-N"
تمت إضافته كبديل لأن "- #" يتسبب أحيانًا في حدوث مشكلات مع بعض
أنظمة تقديم الوظائف MPI ، حيث يتم استخدام "- #" غالبًا لبدء التعليقات. اذا أنت
تريد استخدام معايير التمهيد ، حدد "- # autoMR" أو "- # autoMRE" أو "- #
autoMRE_IGN "للمعايير المستندة إلى شجرة الأغلبية (انظر -I الخيار) أو "- #
autoFC "للمعيار المستند إلى التردد. سيعمل Bootstopping فقط في
مع "-x" أو "-b"

الافتراضي: تحليل واحد

- بسيط طباعة ملفات الإخراج التي يمكن تحليلها بواسطة المسكيت.

الافتراضي: إيقاف

--صامتة لإيقاف طباعة التحذيرات المتعلقة بالتسلسلات المتطابقة تمامًا
مواقع غير محددة في المحاذاة

الافتراضي: إيقاف

- لا تحقق متتالية تعطيل التحقق من إدخال MSA للتسلسلات المتطابقة تمامًا
مواقع غير محددة.
قد يؤدي تمكين هذا الخيار إلى توفير الوقت ، لا سيما بالنسبة للتطور النسبي الكبير
المحاذاة. قبل استخدام هذا ، تأكد من التحقق من المحاذاة باستخدام "-fc"
اختيار!

الافتراضي: إيقاف

- لا-bfgs تعطيل الاستخدام التلقائي لطريقة BFGS لتحسين معدلات GTR على غير المقسمة
مجموعات بيانات الحمض النووي

افتراضي: تشغيل BFGS

--asc-corr يسمح بتحديد نوع تصحيح الانحياز المؤكد الذي ترغب في استخدامه.
هناك 3

الأنواع المتوفرة: --asc-corr=رافعة الحجارة: التصحيح القياسي بواسطة بول لويس
--asc-corr=فيلسنشتاين: تصحيح أدخله Joe Felsenstein يسمح بـ
صراحة حدد

عدد المواقع الثابتة (إذا كانت معروفة) التي يريد المرء تصحيحها.

--asc-corr=ستاماتاكيس: تصحيح أدخلته بنفسي يسمح بذلك بشكل صريح
تحديد
عدد المواقع الثابتة لكل حرف (إذا كان معروفًا) يريد المرء تصحيحه
ل.

- علامة الاختيار عند استخدام هذا الخيار ، سيتحقق RAxML فقط من وجود جميع إشارات سطر الأوامر
المحددة متوفرة ثم الخروج

مع رسالة تسرد جميع أعلام سطر الأوامر غير الصالحة أو برسالة تفيد
أن جميع الأعلام صالحة.

- حماية تلقائية=ml| bic | aic | aicc عند استخدام تحديد نموذج البروتين التلقائي ، يمكنك اختيار
معيار اختيار هذه النماذج.

ستختبر RAxML جميع وحدات البروت الفرعية المتاحة. الموديلات باستثناء LG4M و LG4X و
النماذج المستندة إلى GTR ، مع الترددات الأساسية التجريبية وبدونها. يمكنك الاختيار
بين الاختيار المستند إلى درجة ML ومعايير BIC و AIC و AICc.

الافتراضي: مل

--epa-keep-places=عدد حدد عدد المواضع المحتملة التي تريد الاحتفاظ بها
لكل قراءة في خوارزمية وكالة حماية البيئة.

لاحظ أن القيم الفعلية المطبوعة ستعتمد أيضًا على إعدادات
--epa-prob-threshold=عتبة !

الافتراضي: 7

--epa-prob-threshold=عتبة تحديد نسبة مئوية لتضمين الإمكانات
مواضع القراءة اعتمادًا على ملف

الحد الأقصى لوزن الموضع لهذه القراءة. إذا قمت بتعيين هذه القيمة على 0.01 موضع
التي لها وزن موضع بنسبة 1 في المائة من الحد الأقصى للتنسيب ستظل كذلك
طبع إلى ملف إذا كان الإعداد --epa-keep-places يسمح بذلك

الافتراضي: 0.01

- عتبة تراكمية - إيبا=عتبة تحديد عتبة الوزن الاحتمالية المتراكمة
التي تُطبع لها مواضع مختلفة للقراءة

إلى ملف. ستتم طباعة مواضع القراءة حتى مجموع موضعها
وصلت الأوزان إلى القيمة الحدية. لاحظ أن هذا الخيار لا يمكن أن يكون كذلك
تستخدم بالاشتراك مع --epa-prob-threshold ولا مع --epa-keep-places!

- JC69 حدد أن جميع أقسام الحمض النووي ستتطور وفقًا لنموذج Jukes-Cantor ، هذا
يتجاوز جميع المواصفات النموذجية الأخرى لأقسام الحمض النووي.

الافتراضي: إيقاف

--K80 تحديد أن جميع أقسام الحمض النووي ستتطور تحت نموذج K80 ، وهذا يلغي كل شيء
مواصفات نموذجية أخرى لأقسام الحمض النووي.

الافتراضي: إيقاف

--HKY85 تحديد أن جميع أقسام الحمض النووي ستتطور وفقًا لنموذج HKY85 ، وهذا يتجاوز
جميع المواصفات النموذجية الأخرى لأقسام الحمض النووي.

الافتراضي: إيقاف

هذا هو الإصدار 8.2.4 من RAxML الذي تم إصداره بواسطة Alexandros Stamatakis في 02 أكتوبر 2015.

مع مساهمات التعليمات البرمجية المقدرة للغاية من قبل: Andre Aberer (HITS) Simon Berger
(ضربات) أليكسي كوزلوف (ضربات) كاسيان كوبرت (ضربات) ديفيد داو (كيت وضربات)
نيك باتنجيل (سانديا) واين فايفر (SDSC) أكيفومي إس تانابي (NRIFS)

استخدم raxmlHPC-PTHREADS عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net