هذا هو الأمر soapdenovo2 الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
Soapdenovo2 - طريقة تجميع قصيرة القراءة يمكنها بناء مجموعة مسودة de novo
موجز
Soapdenovo_63mer Soapdenovo_127mer
المُقدّمة
SOAPdenovo هي طريقة تجميع جديدة قصيرة القراءة يمكنها بناء مجموعة مسودة de novo
للجينومات ذات الحجم البشري. تم تصميم البرنامج خصيصًا لتجميع Illumina GA
قراءات قصيرة. إنه يخلق فرصًا جديدة لبناء تسلسلات مرجعية وحملها
إجراء تحليلات دقيقة للجينومات غير المكتشفة بطريقة فعالة من حيث التكلفة.
1) دعم كمر كبير يصل إلى 127 للاستفادة من القراءات الطويلة. يتم توفير ثلاثة إصدارات.
31. يدعم الإصدار 31mer kmer فقط <= XNUMX.
ثانيًا. يدعم الإصدار 63mer kmer فقط <= 63 ويضاعف استهلاك الذاكرة أكثر من
إصدار 31mer ، حتى يتم استخدامه مع kmer <= 31.
ثالثا. الإصدار 127mer يدعم kmer فقط <= 127 ومضاعفة استهلاك الذاكرة من
إصدار 63mer ، حتى يتم استخدامه مع kmer <= 63.
يرجى ملاحظة أنه مع وجود kmer الأطول ، ستنخفض كمية العقد بشكل ملحوظ ،
وبالتالي فإن استهلاك الذاكرة عادة ما يكون أقل من الضعف مع الإصدار المحول.
لمزيد من المعلومات ، انظر إلى الدليل في / usr / share / doc / soapdenovo2 أو على soapdenovo
موقع على شبكة الإنترنت.
استخدم Soapdenovo2 عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
