هذا هو الأمر trimseqe الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
trimseq - إزالة الأحرف غير المرغوب فيها من بداية ونهاية التسلسل (التسلسلات)
موجز
تريمسيك -تسلسل seqall [-نافذة او شباك عدد صحيح] [-نسبه مئويه الطفو] [-صارم منطقية]
[-نجمة منطقية] -غادر منطقية -حق منطقية -تسق com.seqoutall
تريمسيك -مساعدة
الوصف
تريمسيك هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) أوامر "التحرير".
OPTIONS
إدخال قسم
-تسلسل seqall
إضافي قسم
-نافذة او شباك عدد صحيح
يحدد هذا حجم المنطقة التي يتم أخذها في الاعتبار عند تحديد ما إذا كان ملف
نسبة الغموض أكبر من العتبة. تعني القيمة 5 أن أ
منطقة 5 أحرف في التسلسل يتم إزاحتها على طول التسلسل من النهايات و
يتم التشذيب فقط إذا كانت هناك نسبة غموض أكبر أو متساوية من
نسبة العتبة. القيمة الافتراضية: 1
-نسبه مئويه الطفو
هذا هو الحد الأدنى لنسبة الغموض في النافذة المطلوبة من أجل
تقليم تسلسل. القيمة الافتراضية: 100.0
-صارم منطقية
في التسلسلات النووية ، قم بقص ليس فقط N و X ، ولكن أيضًا النيوكليوتيدات IUPAC
رموز الغموض M و R و W و S و Y و K و V و H و D و B. في تسلسل البروتين ، لا تقطع
فقط X ولكن أيضًا B و Z. القيمة الافتراضية: N
-نجمة منطقية
في تسلسل البروتين ، قم بقطع ليس فقط X ، ولكن أيضًا القيمة الافتراضية *: N
متقدم قسم
-غادر منطقية
القيمة الافتراضية: ص
-حق منطقية
القيمة الافتراضية: ص
الناتج قسم
-تسق com.seqoutall
استخدم trimseqe عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
