vcftools - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

vcftools - تحليل ملفات VCF

موجز

com.vcftools [OPTIONS]

الوصف

يتم تشغيل برنامج vcftools من سطر الأوامر. الواجهة مستوحاة من PLINK و
لذلك يجب أن تكون مألوفة إلى حد كبير لمستخدمي تلك الحزمة. تأخذ الأوامر الشكل التالي:

vcftools - vcf file1.vcf --chr 20 - frreq

يخبر الأمر أعلاه vcftools بالقراءة في الملف file1.vcf ، واستخراج المواقع على
كروموسوم 20 ، واحسب تردد الأليل في كل موقع. الأليل الناتج
يتم تخزين تقديرات التردد في ملف الإخراج ، out.freq. كما في المثال أعلاه ،
يتم إرسال الإخراج من vcftools بشكل أساسي إلى ملفات الإخراج ، بدلاً من عرضها في ملف
الشاشة.

لاحظ أن بعض الأوامر قد تكون متاحة فقط في أحدث إصدار من vcftools. ليحصل
أحدث إصدار ، يجب عليك استخدام SVN للتحقق من أحدث رمز ، كما هو موضح في ملف
الصفحة الرئيسية.

لاحظ أيضًا أن الأنماط الجينية متعددة الصيغة الصبغية غير مدعومة حاليًا.

الباقة الأساسية مزيد من الخيارات
--vcf
يحدد هذا الخيار ملف VCF المراد معالجته. الملفات بحاجة إلى فك ضغطها
قبل استخدامها مع vcftools. تتوقع vcftools وجود ملفات بتنسيق VCF v4.0 ، أ
المواصفات التي يمكن العثور عليها هنا.

- gzvcf
يمكن استخدام هذا الخيار بدلاً من الخيار --vcf لقراءة الملفات المضغوطة (بتنسيق gzipped)
ملفات VCF مباشرة. لاحظ أن هذا الخيار يمكن أن يكون بطيئًا جدًا عند استخدامه مع الحجم الكبير
الملفات.

--خارج
يحدد هذا الخيار بادئة اسم ملف الإخراج لجميع الملفات التي تم إنشاؤها بواسطة vcftools.
على سبيل المثال ، إذا تم ضبطه على output_filename ، فستكون جميع ملفات الإخراج
من النموذج output_filename. ***. إذا تم حذف هذا الخيار ، فسيتم حذف جميع ملفات الإخراج
لديك البادئة "خارج".

موقع الفرز مزيد من الخيارات
--CHR
فقط معالجة المواقع مع مطابقة معرّف الكروموسوم

--من بي بي

--إلى BP
تحدد هذه الخيارات النطاق المادي للمواقع التي ستتم معالجتها. مواقع خارج
من هذا النطاق سيتم استبعاده. لا يمكن استخدام هذه الخيارات إلا جنبًا إلى جنب مع
--CHR.

--snp
قم بتضمين SNP (s) مع المعرف المطابق. يمكن استخدام هذا الأمر عدة مرات بالترتيب
لتضمين أكثر من SNP.

--snps
قم بتضمين قائمة SNPs الواردة في ملف. يجب أن يحتوي الملف على قائمة معرفات SNP ،
بمعرف واحد لكل سطر.

- استثناء
استبعاد قائمة SNPs الواردة في ملف. يجب أن يحتوي الملف على قائمة معرفات SNP ،
بمعرف واحد لكل سطر.

- المواقف
قم بتضمين مجموعة من المواقع على أساس قائمة الوظائف. كل سطر من المدخلات
يجب أن يحتوي الملف على كروموسوم وموضع (مفصول بعلامات جدولة). يجب أن يكون الملف
لديها خط الرأس. يتم استبعاد المواقع غير المدرجة في القائمة.

--سرير

- استثناء السرير
قم بتضمين أو استبعاد مجموعة من المواقع على أساس ملف BED. الثلاثة الأولى فقط
الأعمدة (chrom و chromStart و chromEnd) مطلوبة. يجب أن يحتوي ملف BED على ملف
خط الرأس.

- تمت تصفيته - الكل

- تمت تصفيته

- حافظ على التصفية
تُستخدم هذه الخيارات لتصفية المواقع على أساس علامة FILTER الخاصة بهم. ال
الخيار الأول يزيل جميع المواقع بعلامة FILTER. يمكن استخدام الخيار الثاني ل
استبعاد المواقع بعلامة تصفية محددة. يمكن استخدام الخيار الثالث للاختيار
المواقع على أساس أعلام التصفية المحددة. يمكن أن يكون الخياران الثاني والثالث
تستخدم عدة مرات لتحديد عوامل تصفية متعددة. الخيار - keep-filtered هو
تم تطبيقه قبل خيار إزالة التصفية.

- مين
قم بتضمين المواقع ذات الجودة الأعلى من هذا الحد فقط.

- min-meanDP

- max-meanDP
قم بتضمين المواقع ذات العمق المتوسط ​​ضمن العتبات المحددة بواسطة هذه الخيارات.

--ماف

--ماكس ماف
قم فقط بتضمين المواقع ذات الترددات الصغرى للأليل ضمن النطاق المحدد.

- non-ref-af

- ماكس غير المرجع af
قم بتضمين المواقع ذات التردد غير المرجعي فقط ضمن النطاق المحدد.

--مسحة
يقيِّم مواقع توازن هاردي-واينبرغ باستخدام اختبار دقيق ، كما هو محدد بواسطة
ويجينتون ، كاتلر وأبيكاسيس (2005). المواقع ذات القيمة الاحتمالية أقل من الحد الأدنى
التي تم تحديدها بواسطة هذا الخيار تعتبر خارج HWE ، وبالتالي يتم استبعادها.

- جينو
استبعاد المواقع على أساس نسبة البيانات المفقودة (المحددة لتكون بين
0 و 1).

- مين أليلات

--ماكس أليلات
قم بتضمين المواقع التي تحتوي على عدد من الأليلات ضمن النطاق المحدد فقط. ل
على سبيل المثال ، لتضمين المواقع ثنائية الأليلات فقط ، يمكن للمرء استخدام:

vcftools --vcf file1.vcf --min-alleles 2 - max-alleles 2

--قناع

- عكس القناع

- قناع مين
قم بتضمين المواقع على أساس ملف يشبه FASTA. يحتوي الملف المقدم على ملف
تسلسل من الأرقام الصحيحة (بين 0 و 9) لكل موضع على الكروموسوم
تحديد ما إذا كان يجب تصفية موقع في هذا الموضع أم لا. مثال على ملف القناع
ستبدو:

>1
0000011111222 ...

في هذا المثال ، تقع المواقع الموجودة في ملف VCF ضمن القواعد الخمس الأولى لملف
سيتم الاحتفاظ ببداية الكروموسوم 1 ، بينما سيتم الاحتفاظ بالمواقع في الموضع 6 وما بعده
تخرج. العدد الصحيح للعتبة الذي يحدد ما إذا كانت المواقع قد تمت تصفيتها أم لا هو
اضبط باستخدام الخيار --mask-min ، والذي يتم تعيينه افتراضيًا على 0. والكروموسومات الموجودة في
يجب فرز ملف القناع بنفس ترتيب ملف VCF. خيار القناع
يستخدم لتحديد ملف القناع الذي سيتم استخدامه ، في حين أن الخيار --invert-mask يمكن استخدامه
تستخدم لتحديد ملف القناع الذي سيتم عكسه قبل تطبيقه.

فرد فلاتر
--indv
حدد فردًا ليتم الاحتفاظ به في التحليل. يمكن استخدام هذا الخيار عدة مرات
مرات لتحديد عدة أفراد.

--احتفظ
قدم ملفًا يحتوي على قائمة بالأفراد ليتم تضمينهم في تحليل لاحق.
يجب تضمين كل معرف فردي (كما هو محدد في عنوان VCF) في ملف
خط منفصل.

- حذف- indv
حدد فردًا لإزالته من التحليل. يمكن استخدام هذا الخيار
عدة مرات لتحديد عدة أفراد. إذا كان الخيار --indv أيضًا
محددًا ، فسيتم تنفيذ الخيار --indv قبل الخيار --remove-indv.

--إزالة
قدم ملفًا يحتوي على قائمة بالأفراد المطلوب استبعادهم في التحليل اللاحق.
يجب تضمين كل معرف فردي (كما هو محدد في عنوان VCF) في ملف
خط منفصل. إذا تم استخدام الخيارين --keep و - remove ، فسيتم استخدام الخيارين
- يتم تنفيذ خيار --keep قبل الخيار --remove.

--mon-indv-meanDP

- max-indv-meanDP
احسب متوسط ​​التغطية على أساس كل فرد. الأفراد فقط مع
يتم تضمين التغطية ضمن النطاق المحدد بواسطة هذه الخيارات لاحقًا
يحلل.

--عقل
حدد الحد الأدنى لسعر المكالمة لكل فرد.

- مرحلي
يستبعد أولاً جميع الأفراد الذين لديهم جميع الأنماط الجينية بدون مراحل ، وبالتالي
يستبعد جميع المواقع ذات الأنماط الجينية غير المرحلية. وبالتالي تتكون البيانات المتبقية
من البيانات المرحلية فقط.

الطراز العرقى فلاتر
- حذف-تصفية-جنو-الكل

- إزالة مرشح جنو
يزيل الخيار الأول جميع الأنماط الجينية بعلامة FILTER. يمكن أن يكون الخيار الثاني
تستخدم لاستبعاد الأنماط الجينية بعلامة مرشح محددة.

- minGQ
استبعاد جميع الأنماط الجينية بجودة أقل من الحد المحدد بواسطة هذا الخيار
(جي كيو).

- دقيقة
استبعاد جميع الأنماط الجينية بعمق تسلسل أقل من المحدد بواسطة هذا الخيار
(موانئ دبي)

الناتج إحصائيات
- متغير

--العد

- frreq2

- العد 2
معلومات تردد الإخراج لكل موقع. ينتج التردد --freq تردد الأليل في a
ملف مع اللاحقة ".frq". يقوم الخيار --counts بإخراج ملف مشابه بامتداد
اللاحقة ".frq.count" ، التي تحتوي على عدد الأليل الخام في كل موقع. - frreq2
وخيارات --count2 تستخدم لمنع معلومات الأليل في ملف الإخراج. في
في هذه الحالة ، يعتمد ترتيب التكرار / التهم على الترقيم في ملف VCF.

--عمق
يولد ملفًا يحتوي على متوسط ​​العمق لكل فرد. هذا الملف له اللاحقة
".idepth".

- عمق الموقع

- موقع متوسط ​​العمق
يولد ملفًا يحتوي على العمق لكل موقع. يقوم خيار - عمق الموقع بإخراج ملف
العمق لكل موقع تم تلخيصه عبر الأفراد. هذا الملف له اللاحقة ".ldepth".
وبالمثل ، فإن - الموقع - متوسط ​​العمق ينتج متوسط ​​العمق لكل موقع ، و
ملف الإخراج له اللاحقة ".ldepth.mean".

- العمق الجيني
يولد ملفًا (ربما يكون كبيرًا جدًا) يحتوي على عمق كل نمط وراثي بامتداد
ملف VCF. يتم إعطاء الإدخالات المفقودة القيمة -1. الملف له اللاحقة
".gdepth".

- جودة الموقع
يُنشئ ملفًا يحتوي على جودة SNP لكل موقع ، كما هو موجود في العمود QUAL
من ملف VCF. هذا الملف له اللاحقة ".lqual".

--هيت يحسب مقياس تغاير الزيجوت على أساس فردي. على وجه التحديد ، فإن
يتم تقدير معامل زواج الأقارب ، F ، لكل فرد باستخدام طريقة
لحظات. الملف الناتج له اللاحقة ".het".

- صعب
يُبلغ عن قيمة p لكل موقع من اختبار توازن هاردي-واينبرغ (كما هو محدد
بقلم ويجينتون ، كاتلر وأبيكاسيس (2005)). الملف الناتج (مع لاحقة ".hwe")
يحتوي أيضًا على الأعداد المرصودة من متجانسات الزيجوت ومتغايرة الزيجوت و
الأرقام المتوقعة المقابلة ضمن HWE.

--مفقود
يولد ملفين يبلغان عن النواقص على كل فرد ولكل موقع
أساس. يحتوي الملفان على لاحقات ".imiss" و ".lmiss" على التوالي.

--hap-r2

- جينو- R2

--النافذة

--ld-window-BP

- دقيقة- r2
تُستخدم هذه الخيارات للإبلاغ عن إحصائيات اختلال التوازن (LD)
يلخصها إحصاء r2. يقوم الخيار --hap-r2 بإعلام vcftools بإخراج ملف
يقوم الملف بالإبلاغ عن إحصاء r2 باستخدام أنماط الفرد المرحلية. هذا هو التقليد
غالبًا ما يتم الإبلاغ عن قياس صعوبة التعلم في أدبيات علم الوراثة السكانية. إذا على مراحل
الأنماط الفردانية غير متاحة ، ثم يمكن استخدام الخيار --geno-r2 ، الذي يحسب
معامل الارتباط التربيعي بين الأنماط الجينية المشفرة بالرقم 0 و 1 و 2 إلى
تمثل عدد الأليلات غير المرجعية في كل فرد. نفس الشئ
كمقياس LD الذي أبلغت عنه PLINK. يُخرج إصدار النمط الفرداني ملفًا بامتداد
لاحقة ".hap.ld" ، في حين أن إصدار النمط الجيني ينتج ملفًا باللاحقة
".geno.ld". يتضمن إصدار النمط الفرداني الخيار - مرحلي.

يحدد خيار --ld-window الحد الأقصى لفصل SNP لحساب
LD. وبالمثل ، يمكن استخدام الخيار --ld-window-bp لتحديد الحد الأقصى المادي
فصل SNPs المدرجة في حساب LD. أخيرًا ، يحدد - min-r2 ملف
الحد الأدنى لقيمة r2 التي لم يتم الإبلاغ عن إحصائية LD التي دونها.

--SNPdnsity
لحساب عدد وكثافة تعدد الأشكال في سلال الحجم المحددة بواسطة هذا الخيار.
ملف الإخراج الناتج له اللاحقة ".snpden".

- TSTv
تحسب نسبة الانتقال / التحويل في سلال بالحجم المحدد بواسطة هذا
خيار. ملف الإخراج الناتج له اللاحقة ". TSTv". الملخص هو أيضا
تم توفيره في ملف مع اللاحقة ".TsTv.summary".

--تصفية- ملخص
يولد ملخصًا لعدد SNPs ونسبة Ts / Tv لكل فئة FILTER.
ملف الإخراج له اللاحقة '.FILTER.summary.

- المواقع المفلترة
ينشئ ملفين يسردان المواقع التي تم الاحتفاظ بها أو إزالتها بعد التصفية. ال
يسرد الملف الأول ، مع اللاحقة ".kept.sites" ، المواقع التي يحتفظ بها vcftools بعد المرشحات
وقد طبقت. الملف الثاني ، بالملحق ".removed.sites" ، يعرض قائمة بالمواقع
تمت إزالتها بواسطة المرشحات المطبقة.

- سينغلتونس
سيؤدي هذا الخيار إلى إنشاء ملف يوضح بالتفصيل موقع الفردي ، و
الفردية تحدث فيها. يبلغ الملف عن كل من الفرديين الحقيقيين والخاصة
doubleletons (أي SNPs حيث يحدث الأليل الصغير فقط في فرد واحد و
هذا الفرد هو متماثل الزيجوت لذلك الأليل). ملف الإخراج له اللاحقة
".singletons".

- site-pi

- windows- بي
تُستخدم هذه الخيارات لتقدير مستويات تنوع النوكليوتيدات. الخيار الأول
يقوم بذلك على أساس كل موقع ، ويكون لملف الإخراج اللاحقة ".sites.pi". ال
الخيار الثاني يحسب تنوع النوكليوتيدات في النوافذ ، مع حجم النافذة
المحددة في وسيطة الخيار. الإخراج لهذا الخيار له اللاحقة
".windowed.pi". تتطلب النسخة ذات النوافذ بيانات مرحلية ، وبالتالي استخدام هذا
الخيار يعني الخيار - مرحلي.

الناتج in أخرى تنسيقات
--O12 ينتج هذا الخيار الأنماط الجينية كمصفوفة كبيرة. يتم إنتاج ثلاثة ملفات. ال
أولاً ، مع اللاحقة ".012" ، تحتوي على الأنماط الجينية لكل فرد على حدة
خط. يتم تمثيل الأنماط الجينية في صورة 0 و 1 و 2 ، حيث يمثل الرقم ذلك
عدد الأليلات غير المرجعية. يتم تمثيل الأنماط الجينية المفقودة بـ -1. ال
الملف الثاني ، مع اللاحقة ".012.indv" تفاصيل الأفراد المدرجة في الرئيسي
ملف. يعرض الملف الثالث ، مع اللاحقة ".012.pos" ، تفاصيل مواقع المواقع المضمنة في
الملف الرئيسي.

- دافع
ينتج هذا الخيار أنماط الفرد المرحلية بتنسيق لوحة مرجعية IMPUTE. كدفعة
يتطلب بيانات مرحلية ، استخدام هذا الخيار يعني أيضًا - مرحلي. غير مرحلي
لذلك يتم استبعاد الأفراد والأنماط الجينية. المواقع ثنائية الأليلات فقط هي
المدرجة في الإخراج. يؤدي استخدام هذا الخيار إلى إنشاء ثلاثة ملفات. الوخز
يحتوي ملف haplotype على اللاحقة ".impute.hap" ، ويحتوي ملف وسيلة الإيضاح IMPUTE على
اللاحقة ".impute.hap.legend". الملف الثالث مع لاحقة ".impute.hap.indv" ،
تفاصيل الأفراد المدرجين في ملف النمط الفرداني ، على الرغم من أن هذا الملف ليس كذلك
التي يحتاجها IMPUTE.

- الدات

--ldhat- جنو
تنتج هذه الخيارات البيانات بتنسيق LDhat. يتطلب استخدام هذه الخيارات أيضًا
--CHR الخيار الذي يستخدمه. ينتج عن الخيار --ldhat بيانات مرحلية فقط ، وبالتالي
يعني أيضًا - مرحليًا ، مما يؤدي إلى وجود أفراد وأنماط وراثية غير مرحلية
مستبعد. بدلاً من ذلك ، يعامل الخيار --ldhat-geno جميع البيانات على أنها
غير مرحلي ، وبالتالي ينتج ملفات LDhat بتنسيق وراثي / غير مرحلي. في أي
الحالة ، يتم إنشاء ملفين مع اللاحقات ".ldhat.sites" و ".ldhat.locs" ،
والتي تتوافق مع ملفات الإدخال الخاصة بمواقع LDhat و locs على التوالي.

--بيجل- GL
ينتج هذا الخيار معلومات احتمالية التركيب الجيني للإدخال في BEAGLE
برنامج. يتطلب هذا الخيار احتواء ملف VCF على علامة FORMAT GL ، والتي يمكنها ذلك
يتم إخراجها بشكل عام بواسطة متصلين SNP مثل GATK. يتطلب استخدام هذا الخيار أ
يتم تحديد الكروموسوم عبر الخيار --chr. ملف الإخراج الناتج (بامتداد
اللاحقة ".BEAGLE.GL") تحتوي على احتمالات النمط الجيني لمواقع biallelic ، وهي
مناسب للإدخال في BEAGLE عبر الوسيطة "like =".

--طقطقة
يقوم هذا الخيار بإخراج بيانات النمط الجيني بتنسيق PLINK PED. يتم إنشاء ملفين ،
مع اللواحق ".ped" و ". خريطة". لاحظ أنه سيتم إخراج مواقع ثنائية الأليلات فقط.
يمكن العثور على مزيد من التفاصيل حول هذه الملفات في وثائق PLINK.

ملاحظة: يمكن أن يكون هذا الخيار بطيئًا جدًا في مجموعات البيانات الكبيرة. استخدام الخيار --chr لـ
يُنصح بتقسيم مجموعة البيانات.

--plink-tped
يمكن أن يكون الخيار --plink أعلاه بطيئًا للغاية في مجموعات البيانات الكبيرة. بديل
قد يكون أسرع بكثير هو الإخراج بتنسيق PLINK المنقول.
يمكن تحقيق ذلك باستخدام الخيار --plink-tped ، والذي ينتج ملفين بامتداد
اللاحقات ".tped" و ".tfam".

--تراجع
يُستخدم الخيار --recode لإنشاء ملف VCF من ملف VCF للإدخال
طبقت الخيارات المحددة من قبل المستخدم. ملف الإخراج له اللاحقة
".recode.vcf".

بشكل افتراضي ، تتم إزالة حقول INFO من ملف الإخراج ، كقيم INFO
قد يتم إبطالها من خلال إعادة الترميز (على سبيل المثال ، قد يلزم أن يكون العمق الإجمالي
يعاد حسابها إذا تمت إزالة الأفراد). يمكن أن تكون هذه الوظيفة الافتراضية
تم تجاوزه باستخدام --keep-INFO الخيار حيث يحدد ال
مفتاح INFO للاحتفاظ به في ملف الإخراج. يمكن استخدام علامة --keep-INFO بشكل متعدد
مرات. بدلاً من ذلك ، يمكن استخدام الخيار --keep-INFO-all للاحتفاظ بجميع INFO
الحقول.

منوع
--مستخرج صيغة المعلومات
استخراج المعلومات من حقول التركيب الجيني في ملف VCF المتعلقة بملف محدد
معرف FORMAT. على سبيل المثال ، باستخدام الخيار "--extract-FORMAT-info GT"
استخراج جميع مداخل GT (أي Genotype). ملف الإخراج الناتج له
اللاحقة ". .شكل'.

--يحصل على معلومات
يستخدم هذا الخيار لاستخراج المعلومات من حقل INFO في ملف VCF. ال
تحدد الوسيطة علامة INFO المراد استخراجها ، ويمكن أن يكون الخيار
تستخدم عدة مرات لاستخراج عدة إدخالات INFO. الملف الناتج ،
ذات اللاحقة ".INFO" ، تحتوي على معلومات INFO المطلوبة في علامة تبويب مفصولة
طاولة. على سبيل المثال ، لاستخراج علامتي NS و DB ، يمكن للمرء استخدام الأمر:

vcftools --vcf file1.vcf --get-INFO NS --get-INFO DB

VCF قم بتقديم مقارنة مزيد من الخيارات
خيارات مقارنة الملفات حاليًا في حالة تدفق ومن المحتمل أن تكون عربات التي تجرها الدواب. اذا أنت
العثور على خطأ ، الرجاء الإبلاغ عنه. لاحظ أن المرشحات على مستوى التركيب الجيني غير مدعومة في هذه
خيارات.

- فرق

- gzdiff
حدد ملف VCF للمقارنة مع الملف المحدد بواسطة الخيار --vcf.
يُخرج ملفين يصفان المواقع والأفراد المشتركين / الفريدين لكل منهما
ملف. تحتوي هذه الملفات على اللاحقات ".diff.sites_in_files" و
".diff.indv_in_files" على التوالي. يمكن استخدام إصدار --gzdiff للقراءة
ملفات VCF المضغوطة.

- موقع الخلاف
تُستخدم جنبًا إلى جنب مع الخيار --diff لحساب التنافر على موقع بواسطة
أساس الموقع. ملف الإخراج الناتج له اللاحقة ".diff.sites".

- خلاف - indv
تُستخدم جنبًا إلى جنب مع الخيار --diff لحساب الخلاف على
أساس فردي. ملف الإخراج الناتج له اللاحقة ".diff.indv".

- مصفوفة الخلاف
تُستخدم جنبًا إلى جنب مع الخيار --diff لحساب مصفوفة الاختلاف. هذا
الخيار يعمل فقط مع المواقع ثنائية الأليلات مع الأليلات المطابقة الموجودة في
كلا الملفين. ملف الإخراج الناتج له اللاحقة ".diff.discordance.matrix".

- خطأ تبديل الفرق
تُستخدم مع الخيار --diff لحساب أخطاء التدريج
(تحديدًا "تبديل الأخطاء"). يقوم هذا الخيار بإنشاء ملفي إخراج يصفان
تم العثور على أخطاء التبديل بين المواقع ، ومتوسط ​​خطأ التبديل لكل فرد.
هذان الملفان لهما اللاحقات ".diff.switch" و ".diff.indv.switch"
على التوالي.

مزيد من الخيارات لا يزال in تطوير
الخيارات التالية لم يتم الانتهاء منها بعد ، ومن المحتمل أن تحتوي على أخطاء ، ومن المحتمل
للتغيير في المستقبل.

- fst

- gzfst
احسب FST لزوج من ملفات VCF ، مع تحديد الملف الثاني بواسطة هذا
خيار. يتم حساب FST حاليًا باستخدام الصيغة الموضحة في ملف
المواد التكميلية لورقة HapMap للمرحلة الأولى. حاليًا ، فقط زوجي FST
الحسابات مدعومة ، على الرغم من أن هذا من المرجح أن يتغير في المستقبل. ال
- يمكن استخدام خيار gzfst لقراءة ملفات VCF المضغوطة.

--LROH تحديد المسافات الطويلة من الزيجوت المتماثل.

- الترابط
إخراج إحصاءات القرابة الفردية.

استخدم vcftools عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net