wiggle2gff3p - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

wiggle2gff3.pl - يحول ملفات تنسيق UCSC WIG إلى ملفات gff3

موجز

wiggle2gff3.pl [خيارات] WIG_FILE> load_data.gff3

يحول ملفات تنسيق UCSC WIG إلى ملفات gff3 مناسبة للتحميل في GBrowse
قواعد بيانات. يستخدم هذا في البيانات الكمية عالية الكثافة مثل CNV و SNP والتعبير
صفائف.

الوصف

استخدم هذا المحول عندما يكون لديك بيانات كمية كثيفة لعرضها باستخدام xyplot ،
الكثافة ، أو الحروف الرسومية لخريطة الحرارة ، والعديد من عناصر البيانات (بالآلاف) ليتم تحميلها في GBrowse. هو - هي
ينشئ ملفًا ثنائيًا أو أكثر من الملفات الثنائية ذات الكفاءة في استخدام المساحة والتي تحتوي على البيانات الكمية ، مثل
بالإضافة إلى ملف GFF3 صغير يمكن تحميله في Chado أو قواعد بيانات GBrowse الأخرى.

الاستخدام النموذجي كما يلي:

٪ wiggle2gff3.pl - الطريقة = microarray_oligo my_data.wig> my_data.gff3

مزيد من الخيارات
الخيارات التالية مقبولة:

- الطريقة = قم بتعيين طريقة تمثيل خطوط GFF3
كل نقطة بيانات كمية في المسار.
الإعداد الافتراضي هو "microarray_oligo".

- المصدر = قم بتعيين الحقل المصدر لملف GFF3. الافتراضي هو
لا شيء.

--gff3 إنشاء ملف بتنسيق GFF3 (الافتراضي)

--ملف تعريف إنشاء ملف بتنسيق "ملف مميز" - هذا هو ملف
تنسيق مبسط يستخدم لتحميلات GBrowse. هذا
الخيار غير متوافق مع الخيار gff3.

--sample إذا كان هذا صحيحًا ، فسيتم أخذ عينات من الملفات الكبيرة جدًا (> 5 ميجابايت)
للحصول على الانحراف الأدنى والأقصى والمعياري ؛ خلاف ذلك
سيتم فحص الملف بأكمله للحصول على هذه الإحصائيات.
سيؤدي ذلك إلى معالجة الملفات بشكل أسرع ولكن قد يفوتك ذلك
القيم.

- المسار = حدد الدليل الذي تريد وضع التذبذب الثنائي فيه
الملفات. الافتراضي هو الدليل المؤقت الحالي
(/ تمة أو كل ما هو مناسب لنظام التشغيل الخاص بك).

- القاعدة = مثل "--path".

--trackname تحديد قاعدة اسم المسار لإنشاء ملف wigfile

- مساعدة هذه الوثائق.

سيقبل هذا البرنامج النصي مجموعة متنوعة من أنماط الخيارات ، بما في ذلك الخيارات المختصرة
("--meth = foo") وخيارات الحرف الواحد ("-m foo") والمتغيرات الشائعة الأخرى.

ثنائي تذبذب ملفات
يمكن قراءة ملفات "wiggle" الثنائية التي تم إنشاؤها بواسطة هذه الأداة باستخدام ملحق
السيرة الذاتية :: الرسومات :: وحدة تذبذب. يتم قياس البيانات الكمية إلى نطاق 1-255
(يفقد الكثير من الدقة ، ولكن لا يزال أكثر من كافٍ لتصور البيانات) ، ويتم تخزينه
بتنسيق معبأ حيث يتوافق كل ملف مع طول كروموسوم واحد أو
كونتيج.

بمجرد الإنشاء ، لا ينبغي نقل الملفات الثنائية أو إعادة تسميتها ، إلا إذا كنت حريصًا على ذلك
إجراء التغييرات المقابلة على أسماء المسار التي قدمتها السمة "wigfile" في GFF3
خطوط ميزة الملف. يجب أيضًا توخي الحذر عند استخدام الأمر cp لنسخ ملف
ملفات ثنائية يتم تنسيقها مع "ثغرات" بطريقة لا تنقصها البيانات
تشغل أي مساحة على القرص. إذا قمت بتجميعها ، فستمتلئ الثقوب بالأصفار وملف
ستضيع وفورات الفضاء. من الأفضل استخدام الأمر "tar" مع خيار --sparse الخاص به إلى
نقل الملفات من مكان إلى آخر.

مثال شعر مستعار قم بتقديم
هذا المثال منhttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# اسم الملف: example.wig
#
# 300 الرسم البياني الشريطي العريض الأساسي ، يتم تشغيل AutoScale افتراضيًا == الرسم البياني
سيتغير # حدًا ديناميكيًا لإظهار النطاق الكامل للبيانات دائمًا
# في نافذة العرض ، الأولوية = 20 موضعًا مثل الرسم البياني الثاني
# ملاحظة ، نظام إحداثيات ذو نسبي صفري ونصف مفتوح قيد الاستخدام لتنسيق السرير
نوع المسار = اسم wiggle_0 = وصف "تنسيق السرير" = "تنسيق BED" \
الرؤية = بالألوان الكاملة = 200,100,0،0,100,200،20 بديل اللون = XNUMX،XNUMX،XNUMX أولوية = XNUMX
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# 150 رسمًا بيانيًا شريطيًا عريضًا للقاعدة في مواضع متباعدة بشكل عشوائي ،
# خط العتبة المرسوم عند y = 11.76
# إيقاف نطاق العرض التلقائي مضبوطًا على [0:25]
# الأولوية = 10 مواضع هذا الرسم البياني الأول
# ملاحظة ، نظام إحداثيات نسبي واحد قيد الاستخدام لهذا التنسيق
نوع المسار = اسم wiggle_0 = "variableStep" الوصف = "تنسيق متغير الخطوة" \
الرؤية = مقياس تلقائي كامل = إيقاف عرض حدود = 0.0: 25.0 لون = 255,200,0،XNUMX،XNUMX \
yLineMark = 11.76 yLineOnOff = في الأولوية = 10
المتغير خطوة chrom = chr19 span = 150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# 200 رسم بياني واسع النطاق في كل 300 قاعدة ، رسم بياني بارتفاع 50 بكسل
# إيقاف تشغيل تلقائي وضبط نطاق العرض على [0: 1000]
# الأولوية = 30 موضعًا كرسم بياني ثالث
# ملاحظة ، نظام إحداثيات نسبي واحد قيد الاستخدام لهذا التنسيق
نوع المسار = اسم wiggle_0 = "fixedStep" الوصف = رؤية "الخطوة الثابتة" = ممتلئة \
autoScale = خارج حدود العرض = 0: 1000 اللون = 0,200,100،100،50 maxHeightPixels = 20: XNUMX: XNUMX \
نوع الرسم البياني = أولوية النقاط = 30
ثابت الخطوة كروم = بدء chr19 = 59307401 خطوة = 300 سبان = 200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

يمكنك تحويل هذا إلى ملف GFF3 قابل للتحميل باستخدام الأمر التالي:

wiggle2gff3.pl --meth = example --so = example --path = / var / gbrowse / db example.wig \
> example.gff3

سيبدو الإخراج كما يلي:

## gff-الإصدار 3

مثال chr19 59302001 59304700. . . الاسم = تنسيق السرير ؛ wigfile = / var / gbrowse / db / track001.chr19.1199828298.wig
مثال chr19 59304701 59308020. . . الاسم = متغير الخطوة ؛ wigfile = / var / gbrowse / db / track002.chr19.1199828298.wig
مثال chr19 59307401 59310400. . . الاسم = ثابت الخطوة ؛ wigfile = / var / gbrowse / db / track003.chr19.1199828298.wig

استخدم wiggle2gff3p عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net