هذا هو تطبيق Linux المسمى codonPhyML والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له كـ codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق المسمى codonPhyML عبر الإنترنت مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
SCREENSHOTS
Ad
كودون
الوصف
يستخدم codonPhyML نماذج ماركوفيان كودون للتطور في إعادة بناء نسالة. بالنظر إلى مجموعة من الأنواع التي تتميز بتسلسل الحمض النووي الخاص بها كمدخلات ، سيعيد codonPhyML شجرة النشوء والتطور التي تصف علاقتها التطورية بأفضل شكل. تم نشر ورقتنا البحثية التي تصف codonPhyML في مجلة "Molecular Biology and Evolution" (MBE). لمزيد من التفاصيل اتبع الرابط: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML على غلاف MBE! تحقق من ذلك (أغسطس 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.بالنسبة للإصدار متعدد النماذج من CodonPhyML ، يرجى استخدام كرة تار "codonphyml_multi.tgz".
المميزات
- نماذج كودون ماركوفيان للتطور: Goldman & Yang 1994 ، Muse & Gaut 1994 ، Kosiol et al 2007 ، Schneider et al 2005 ، Yap et al 2010
- البحث عن طوبولوجيا شجرة NNI و SPR
- معلمات معدل الاستبدال المقدرة بالاحتمالية القصوى
- دعم متعدد النواة من خلال OpenMP
- احتمالية قابلة للمقارنة عبر نماذج مختلفة (مثل AA و NT و CODON)
الجمهور
العلوم / البحث والتعليم
واجهة المستخدم
وحدة التحكم / المحطة الطرفية ، سطر الأوامر
لغة البرمجة
C
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.
