هذا هو تطبيق Linux المسمى ISVASE والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم ISVASE1.1.tar.gz. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق المسمى ISVASE مع OnWorks عبر الإنترنت مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
SCREENSHOTS
Ad
ISVASE
الوصف
لتوليد mRNAs الناضجة الصحيحة ، يجب تحديد exons وضمها معًا بدقة وكفاءة بواسطة آلية الربط RNA. وتجدر الإشارة إلى أن حوالي ثلث أو نصف الطفرات المسببة للأمراض تؤثر على تضفير الحمض النووي الريبي. ومع ذلك ، هناك القليل من أدوات المعلوماتية الحيوية لتحديد متغيرات التسلسل المرتبطة بأحداث الربط (SVASE) استنادًا إلى بيانات RNA-seq. لقد طورنا ISVASE ، وهي أداة بسيطة ومريحة لتحديد SVASE مباشرةً باستخدام بيانات RNA-seq. مقارنةً بالبرنامج الحالي PVAAS ، تتميز طريقتنا بالعديد من المزايا مثل المرشحات الصارمة المعتمدة على القواعد والمرشحات الإحصائية في كل خطوة ، ومتغيرات تسلسل الكشف لأحداث الربط المعروفة ، ومتغيرات تسلسل التعريف في جزأين من الربط (الوصلة) بشكل منفصل ، وتحول تقاطع الكشف الأحداث إذا كانت تقدم شرحًا توضيحيًا معروفًا للربط ، وتقييم إشارة الربط ، والمقارنة مع طفرة الحمض النووي المعروفة و / أو بيانات تحرير RNA ، ووقت التشغيل القصير.
المميزات
- إنها الأداة الأولى لتحديد متغير التسلسل المرتبط بحدث الربط لكل من متغيرات الربط الجديدة ومتغيرات الربط المعروفة.
- يحدد ISVASE متغيرات التسلسل لكل متغير من أشكال الربط أولاً ، ثم يحدد متغيرات التسلسل لجميع متغيرات الربط ذات الصلة (بداية ونهاية الوصلة نفسها) لتحليل المقارنة والاختبار الإحصائي.
- يحدد ISVASE متغيرات التسلسل لكلا جزأي التقاطع بشكل منفصل ويحكم عليها ، والتي يمكن أن تميز تأثير متغيرات التسلسل لجزء مختلف من التقاطع.
- يطبق ISVASE عدة عوامل تصفية صارمة تعتمد على القواعد وعوامل تصفية إحصائية في خطوات مختلفة.
- يأخذ ISVASE في الاعتبار أحداث تحويل الوصلة وإشارات الوصلات (5s و 3 ss) لإزالة متغيرات الربط الخاطئة.
- يمكن لـ ISVASE استخدام طفرة الحمض النووي التي يوفرها المستخدم وبيانات تحرير الحمض النووي الريبي لتحديد نوع المصدر لمتغيرات التسلسل.
- يحصل ISVASE على تسلسل مرافقة لمتغيرات التسلسل للبحث عن عزر محسن الربط الخارجي.
- يمكن لـ ISVASE تحويل ملف متغير التسلسل الافتراضي إلى ملف تنسيق إدخال ANNOVAR للتعليق التوضيحي المتغير.
- يستخدم ISVASE 8 أرقام لإظهار خصائص متغيرات التسلسل المرتبطة بأحداث الربط.
الجمهور
بحث علمي
لغة البرمجة
بيرل
الفئات
يمكن أيضًا جلب هذا التطبيق من https://sourceforge.net/projects/isvase/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.
