هذا هو تطبيق Linux المسمى MethyMer والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في موفر الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق عبر الإنترنت المسمى MethyMer مع OnWorks مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
SCREENSHOTS
Ad
ميثيمير
الوصف
MethyMer هي أداة تعتمد على لغة Python تهدف إلى اختيار بادئات محددة لتضخيم جزر CpG الكاملة. هذه المناطق صعبة من حيث اختيار البادئات المناسبة بسبب تعقيدها المنخفض، وثراء polyN، وCG، وما إلى ذلك.
يتمتع MethyMer بنظام تسجيل مرن قادر على اختيار الاشعال في المناطق التي بها مشكلات (مثل جزر SpG) ويتضمن اختبار الخصوصية (استنادًا إلى محاذاة ربطة العنق ضد الجينوم المعالج بالكبريتيت).
كما يتضمن أيضًا بيانات مثيلة TCGA CpG (المصفوفات الدقيقة) والتعبير الجيني (RNA-Seq)، بالإضافة إلى نتائج تحليل ارتباط تعبير المثيلة لـ 20 نوعًا من أنواع السرطان البشرية.
يتم أيضًا دمج بيانات التعليقات التوضيحية لمناطق الجينوم ENCODE في MethyMer
شرح المميزات:
- انتقاء مجموعات من الأزواج التمهيدية القادرة على تضخيم جزيرة CpG الكاملة أو غيرها من المناطق الجينومية المستهدفة؛
- نظام تسجيل مرن وقابل للتعديل
- اختبار الخصوصية
- بيانات مثيلة CpG المتكاملة (المصفوفات الدقيقة Illumina Infinium Human Methylation 450K) لـ 20 نوعًا من الأورام، المستمدة من TCGA
- بيانات دراسة جمعيات مثيلة TCGA RNA-Seq – CpG المتكاملة
- التصور: مؤامرة محتوى CG، مؤامرة النتيجة، مؤامرة خصوصية التمهيدي، شرح الجينوم ENCODE، بيانات TCGA
واجهة المستخدم
وحدة التحكم / المحطة
لغة البرمجة
Python
التصنيفات
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/methymer/. وقد تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمة التشغيل المجانية لدينا.
