هذا هو تطبيق Linux المسمى ParaSim والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم parasim-v0.05.zip. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل هذا التطبيق المسمى ParaSim وتشغيله عبر الإنترنت مجانًا مع OnWorks.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
SCREENSHOTS
Ad
ParaSim
الوصف
تتطلب تقييمات التنوع والمقارنات بين قواعد بيانات المركبات الكبيرة حساب أوجه التشابه بين ملايين المركبات في وقت معقول. تعالج ParaSim هذا التحدي من خلال موازنة الحسابات وفقًا لعدد نوى الحوسبة المتوفرة على جهاز واحد. تم تحسينه من أجل إنتاجية أعداد كبيرة جدًا من هياكل الاستعلام مقابل أعداد كبيرة جدًا من الهياكل المرجعية. كميزة خاصة، يسمح ParaSim بتخزين مجموعات البيانات التي يتم الاستعلام عنها بشكل متكرر والوصول إليها ككائنات ثابتة في الذاكرة لأوقات استجابة قصيرة.
يقوم ParaSim بحساب أوجه التشابه الكيميائية بناءً على البصمات الهيكلية الثنائية. وهو لا يحسب بصمات الأصابع بمفرده ولكنه يعتمد على برامج طرف ثالث للقيام بذلك. بشكل أساسي، يمكن لـ ParaSim استخدام جميع أنواع البصمات الهيكلية التي يمكن تخزينها في مجموعة من البتات (مجموعة البتات).
انظر ويكي (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) للحصول على وثائق مفصلة.
ردود الفعل موضع تقدير كبير!
شرح المميزات:
- يستخدم نوى الحوسبة المتعددة
- يمكن تخزين بصمات الأصابع والوصول إليها باستمرار في الذاكرة
- النتائج المبلغ عنها: معرف جزيء الاستعلام، ومعرف الجزيء المرجعي، ومعامل التشابه، واختياريًا، بيانات إضافية مثل سلسلة Smiles/InChi-Key/Chime وما إلى ذلك.
- يسمح بعدد محدد من قبل المستخدم من الزيارات لكل استعلام وحدود التشابه
- يسمح بأحجام مختلفة لمجموعات بتات بصمات الأصابع
- يوفر معلومات مفصلة عن التقدم عند الطلب
- لا التثبيت المطلوب
- يقرأ بصمات الأصابع كمجموعات بت مشفرة بـ Base64 من ملفات .txt أو .txt.gz
- تم تضمين التطبيقات التجريبية لـ RDKit وPipelinePilot(TM) وKnime
- تم تضمين البرامج النصية للبحث مباشرة من ملفات SDF أو Smiles
الجمهور
المطورون، المستخدمون النهائيون/سطح المكتب، المختبرون، العلوم/البحث
واجهة المستخدم
سطر الأوامر ، وحدة التحكم / المحطة الطرفية
لغة البرمجة
ج ، بيرل ، بايثون
التصنيفات
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/parasim/. وقد تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمة التشغيل المجانية لدينا.
