هذا هو تطبيق Linux المسمى PASHA: Parallelized Short Read Assembly والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم Pasha-1.0.10.tar.bz2. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في موفر الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل هذا التطبيق المسمى PASHA وتشغيله عبر الإنترنت: Parallelized Short Read Assembly مع OnWorks مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
باشا: مجموعة القراءة القصيرة الموازية
Ad
الوصف
PASHA عبارة عن مجمّع قراءة قصيرة متوازي للجينومات الكبيرة باستخدام الرسوم البيانية لـ De Bruijn. من خلال الاستفادة من كل من وحدات المعالجة المركزية متعددة النواة ذات الذاكرة المشتركة ومجموعات حوسبة الذاكرة الموزعة ، أثبت PASHA قدرته على إجراء تجميع عالي الجودة لجينومات كبيرة في وقت معقول مع موارد حوسبة متواضعة. يُظهر تقييمنا باستخدام ثلاث مجموعات بيانات ثنائية نهائية صغيرة حقيقية أن PASHA قادرة على إنتاج تجميعات أفضل بتغطية جينوم مماثلة ومعدلات تجميع خاطئة مقارنة بثلاثة مجمعات رائدة: Velvet و ABySS و SOAPdenovo. علاوة على ذلك ، تحقق PASHA أسرع سرعة لجميع مجموعات البيانات الثلاثة على وحدة معالجة مركزية واحدة. بالنسبة للجينوم البشري ، تحقق PASHA جودة تجميع تنافسية باستخدام ABySS وهي قادرة على إكمال التجميع في حوالي 21 ساعة ، وهو أسرع بنحو 2.38 مرة من ABySS على نفس تكوينات الأجهزة.
واجهة المستخدم
وحدة التحكم / المحطة
لغة البرمجة
C + +
الفئات
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/pasha/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.
