هذا هو تطبيق Linux المسمى sRNAWorkbench والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم UEA_Workbench_4.7_update.zip. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في موفر الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق عبر الإنترنت المسمى sRNAWorkbench مع OnWorks مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
SCREENSHOTS
Ad
sRNAWorkbench
الوصف
مجموعة من الأدوات لتحليل بيانات RNA (sRNA) الصغيرة من أجهزة تسلسل الجيل التالي. بما في ذلك تحديد ملامح التعبير عن mirco RNA المعروف (miRNA)، وتحديد miRNA الجديد في بيانات التسلسل العميق وتحديد المعالم الأخرى المثيرة للاهتمام ضمن البيانات الوراثية عالية الإنتاجية
المميزات
- مزيل المحول: يزيل أجزاء المحول من بيانات تسلسل القراءة القصيرة الخام ويخرج البيانات إلى تنسيق FASTA.
- عامل التصفية: ينتج نسخة مفلترة من مجموعة بيانات sRNA، يتم التحكم فيها من خلال عدة معايير محددة من قبل المستخدم، بما في ذلك طول التسلسل والوفرة والتعقيد والنقل وإزالة الحمض النووي الريبي الريباسي.
- miRCat2 (تصنيف miRNA): يتنبأ بجزيئات miRNA الناضجة وسلائفها من مجموعة بيانات sRNA والجينوم.
- SiLoCo (مقارنة موضع RNA قصير التداخل): يقارن مستويات تعبير sRNA في عينات متعددة عن طريق تجميع sRNAs في مواضع بناءً على الموقع الجينومي
- ta-siRNA (RNA المتداخل القصير المفعول): التنبؤ بـ ta-siRNAs على مراحل في مجموعات بيانات sRNA النباتية.
- miRPof (ملف تعريف miRNA): يحدد مستويات التعبير الطبيعية لـ sRNAs المطابقة لـ miRNAs المعروفة في miRBase.
- شرح دبوس الشعر: ينشئ بنية ثانوية من تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) ويسلط الضوء على المناطق ذات الاهتمام باستخدام RNAplot
- VisSR (تصور sRNAs): إنشاء تمثيل مرئي لـ sRNAs والميزات الجينومية المستوردة من قبل المستخدم.
- PAREsnip2: تحديد أهداف ميرنا التي يتضح من خلال التحلل
الجمهور
بحث علمي
واجهة المستخدم
تأرجح جافا
لغة البرمجة
C ++ ، جافا
الفئات
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/. وقد تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمة التشغيل المجانية لدينا.
