এটি হল কমান্ড বেবেল যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
Babel, obabel — রসায়ন এবং আণবিক মডেলিং ডেটা ফাইলের জন্য একটি রূপান্তরকারী
সাইনোপিসিস
Babel [-H সাহায্য-বিকল্প]
Babel [বিকল্প] [-i ইনপুট টাইপ] ইনফাইল [-o আউটপুট-টাইপ] আউটফাইল
obabel [-H সাহায্য-বিকল্প]
obabel [বিকল্প] [-i ইনপুট টাইপ | -: "স্মাইল-স্ট্রিং"] ইনফাইল [-o আউটপুট-টাইপ] -O আউটফাইল
বর্ণনাঃ
Babel একটি ক্রস-প্ল্যাটফর্ম প্রোগ্রাম যা ব্যবহৃত অনেক ফাইল ফরম্যাটের মধ্যে আন্তঃরূপান্তর করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে
আণবিক মডেলিং এবং গণনামূলক রসায়ন এবং সম্পর্কিত ক্ষেত্রগুলি।
obabel এবং Babel সামান্য ভিন্ন। প্রথমটি সাধারণ ইউনিক্স কনভেনশনের কাছাকাছি
কমান্ডলাইন প্রোগ্রামগুলির জন্য এবং ব্যবহারকারীর যখন প্যারামিটার মান নির্দিষ্ট করতে হবে তখন আরও নমনীয়
বিকল্পের উপর। সঙ্গে Babel এটি শুধুমাত্র তখনই কাজ করে যখন বিকল্পটি লাইনে শেষ হয়; সঙ্গে obabel
এই ধরনের কোন সীমাবদ্ধতা প্রযোজ্য নয়। স্মাইল স্ট্রিং-এ প্রবেশ করার জন্য এটির আরও একটি শর্টকাট রয়েছে, যা
একটি ইনপুট ফাইলের জায়গায় ব্যবহার করা যেতে পারে।
ওপেন ব্যাবেল হল রসায়ন সফটওয়্যার তৈরির জন্য একটি সম্পূর্ণ প্রোগ্রামার টুলকিট। জন্য
আরও তথ্য, বাবেল ওয়েব পেজ খুলুনhttp://openbabel.org/>.
বিকল্প
যদি শুধুমাত্র ইনপুট এবং আউটপুট ফাইল দেওয়া হয়, Open Babel থেকে ফাইলের ধরন অনুমান করবে
ফাইলের নাম এক্সটেনশন।
-: "স্মাইল-স্ট্রিং"
SMILES স্ট্রিং লিখুন এবং একটি ইনপুট ফাইলের জায়গায় এটি ব্যবহার করুন। SMILES স্ট্রিং হওয়া উচিত
উদ্ধৃতি চিহ্নে আবদ্ধ। একাধিক ব্যবহার করা যেতে পারে, এবং একটি অণু শিরোনাম হতে পারে
উদ্ধৃতি মধ্যে আবদ্ধ যদি অন্তর্ভুক্ত.
-a অপশন
বিন্যাস-নির্দিষ্ট ইনপুট বিকল্প। দেখা -H বিন্যাস-আইডি একটি নির্দিষ্ট দ্বারা অনুমোদিত বিকল্পগুলির জন্য
বিন্যাস
-- শিরোনাম যোগ করুন
বর্তমান অণু শিরোনামে পাঠ্য যোগ করুন
--সংযোজন সূত্র
বর্তমান অণু শিরোনামের পরে আণবিক সূত্র যোগ করুন
-b ডেটিভ বন্ড রূপান্তর করুন: যেমন, [N+]([O-])=O থেকে N(=O)=O
-c কেন্দ্রের পারমাণবিক স্থানাঙ্ক (0,0,0)
-C একই নামের অন্যদের সাথে প্রথম ফাইলে অণুগুলিকে একত্রিত করুন
-e ত্রুটির পরে চালিয়ে যান
-d হাইড্রোজেন মুছুন
---ত্রুটির স্তর 2
প্রদর্শিত ত্রুটি এবং সতর্কতার স্তর ফিল্টার করুন:
1 = শুধুমাত্র গুরুতর ত্রুটি
2 = সতর্কতাও অন্তর্ভুক্ত করুন (ডিফল্ট)
3 = তথ্যমূলক বার্তাগুলিও অন্তর্ভুক্ত করুন
4 = ডেটাতে পরিবর্তনের "অডিট লগ" বার্তা অন্তর্ভুক্ত করুন
5 = ডিবাগিং বার্তাগুলিও অন্তর্ভুক্ত করুন
-f # একাধিক এন্ট্রি ইনপুটের জন্য, প্রথম এন্ট্রি হিসাবে অণু # দিয়ে আমদানি শুরু করুন
-F উপলব্ধ আঙ্গুলের ছাপ প্রকার আউটপুট
-h হাইড্রোজেন যোগ করুন
-H আউটপুট ব্যবহারের তথ্য
-H বিন্যাস-আইডি
আউটপুট ফর্ম্যাটিং তথ্য এবং ফর্ম্যাটের জন্য বিকল্পগুলি নির্দিষ্ট করা হয়েছে৷
-হল
আউটপুট ফরম্যাটিং তথ্য এবং সব ফরম্যাটের জন্য বিকল্প
-i
ইনপুট বিন্যাস নির্দিষ্ট করে, উপলব্ধ বিন্যাসের জন্য নীচে দেখুন
-j
-- যোগ দিন
একটি একক আউটপুট অণু এন্ট্রিতে সমস্ত ইনপুট অণু যোগ করুন
-k কম্পিউটেশনাল কেমিস্ট্রি মডেলিং কীওয়ার্ড অনুবাদ করুন (যেমন, GAMESS এবং Gaussian)
-m অনুমতি দিতে একাধিক আউটপুট ফাইল তৈরি করুন:
- একটি ইনপুট ফাইল বিভক্ত করা - প্রতিটি অণুকে ধারাবাহিকভাবে সংখ্যাযুক্ত করুন
আউটপুট ফাইল
- ব্যাচ রূপান্তর - একাধিক ইনপুট ফাইলের প্রতিটিকে একটি নির্দিষ্ট ফাইলে রূপান্তর করুন
আউটপুট ফরমেট
-l # একাধিক এন্ট্রি ইনপুটের জন্য, শেষ এন্ট্রি হিসাবে অণু # দিয়ে আমদানি বন্ধ করুন
-o বিন্যাস-আইডি
আউটপুট বিন্যাস নির্দিষ্ট করে, উপলব্ধ বিন্যাসের জন্য নীচে দেখুন
-O আউটফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করুন। এই বিকল্প প্রযোজ্য obabel কেবল.
-p pH-এর জন্য উপযুক্ত হাইড্রোজেন যোগ করুন (phmodel.txt-এ রূপান্তর ব্যবহার করুন)
--সম্পত্তি
একটি সম্পত্তি যোগ করুন বা প্রতিস্থাপন করুন (যেমন, একটি MDL SD ফাইলে)
-s স্মার্ট
শুধুমাত্র নির্দিষ্ট SMARTS প্যাটার্নের সাথে মিলে যাওয়া অণুগুলিকে রূপান্তর করুন
-- পৃথক
পৃথক আণবিক রেকর্ডে সংযোগ বিচ্ছিন্ন টুকরা
-t সমস্ত ইনপুট ফাইল একটি একক অণু বর্ণনা করে
--শিরোনাম খেতাব
আণবিক শিরোনাম যোগ করুন বা প্রতিস্থাপন করুন
-x অপশন
বিন্যাস-নির্দিষ্ট আউটপুট বিকল্প। দেখা -H বিন্যাস-আইডি একটি নির্দিষ্ট দ্বারা অনুমোদিত বিকল্পগুলির জন্য
বিন্যাস
-v স্মার্ট
শুধুমাত্র অণু রূপান্তর না মেলে স্মার্ট প্যাটার্ন নির্দিষ্ট
-V আউটপুট সংস্করণ নম্বর এবং প্রস্থান করুন
-z জিজিপ দিয়ে আউটপুট কম্প্রেস করুন
ফাইল ফরম্যাট
নিম্নলিখিত ফর্ম্যাটগুলি বর্তমানে ওপেন ব্যাবেল দ্বারা সমর্থিত:
acr -- Carine ASCI ক্রিস্টাল
alc -- আলকেমি বিন্যাস
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
bgf -- MSI BGF ফরম্যাট
বক্স -- ডক 3.5 বক্স ফরম্যাট
bs -- বল এবং স্টিক বিন্যাস
c3d1 -- Chem3D কার্টেসিয়ান 1 বিন্যাস
c3d2 -- Chem3D কার্টেসিয়ান 2 বিন্যাস
caccrt -- Cacao Cartesian বিন্যাস
ক্যাশে -- CAChe MolStruct ফরম্যাট [শুধুমাত্র লিখুন]
cacint -- Cacao অভ্যন্তরীণ বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
পারেন -- ক্যানোনিকাল স্মাইল ফরম্যাট
গাড়ী -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR ফরম্যাট [শুধুমাত্র পঠনযোগ্য]
ccc -- CCC ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
cdx -- ChemDraw বাইনারি বিন্যাস [শুধু পঠনযোগ্য]
cdxml -- ChemDraw CDXML ফরম্যাট
cht -- Chemtool বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
cif -- ক্রিস্টালোগ্রাফিক তথ্য ফাইল
cml -- রাসায়নিক মার্কআপ ভাষা
cmlr -- CML প্রতিক্রিয়া বিন্যাস
com -- গাউসিয়ান 98/03 কার্টেসিয়ান ইনপুট [শুধুমাত্র লিখুন]
অনুলিপি -- কাঁচা টেক্সট কপি করে [শুধুমাত্র লিখুন]
crk2d -- রাসায়নিক সম্পদ কিট 2D ডায়াগ্রাম বিন্যাস
crk3d -- কেমিক্যাল রিসোর্স কিট 3D ফরম্যাট
csr -- Accelrys/MSI কোয়ান্টা CSR ফরম্যাট [শুধুমাত্র লিখুন]
cssr -- CSD CSSR ফরম্যাট [শুধুমাত্র লিখুন]
ct -- ChemDraw সংযোগ টেবিল বিন্যাস
dmol -- DMol3 স্থানাঙ্ক বিন্যাস
ent -- প্রোটিন ডেটা ব্যাংক ফরম্যাট
fa -- FASTA বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
fasta -- FASTA বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
fch -- গাউসিয়ান ফরম্যাট করা চেকপয়েন্ট ফাইল ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
fchk -- গাউসিয়ান ফরম্যাট করা চেকপয়েন্ট ফাইল ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
fck -- গাউসিয়ান ফরম্যাট করা চেকপয়েন্ট ফাইল ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
feat -- বৈশিষ্ট্য বিন্যাস
fh -- Fenske-Hal Z-Matrix বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
ঠিক করুন -- স্মাইল ফিক্স ফরম্যাট [শুধুমাত্র লিখুন]
fpt -- আঙুলের ছাপ বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
ফ্র্যাক্ট -- ফ্রী ফর্ম ফ্র্যাকশনাল ফরম্যাট
fs -- ব্যাবেল ফাস্ট সার্চিং ডাটাবেস খুলুন
fsa -- FASTA বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
g03 -- গাউসিয়ান 98/03 আউটপুট [শুধুমাত্র পঠনযোগ্য]
g98 -- গাউসিয়ান 98/03 আউটপুট [শুধুমাত্র পঠনযোগ্য]
gam -- গেমস আউটপুট [শুধু পঠনযোগ্য]
gamin -- গেম ইনপুট [শুধুমাত্র লিখুন]
gamout -- গেমস আউটপুট [শুধুমাত্র পঠনযোগ্য]
gau -- গাউসিয়ান 98/03 কার্টেসিয়ান ইনপুট [শুধুমাত্র লিখুন]
gjc -- গাউসিয়ান 98/03 কার্টেসিয়ান ইনপুট [শুধুমাত্র লিখুন]
gjf -- গাউসিয়ান 98/03 কার্টেসিয়ান ইনপুট [শুধুমাত্র লিখুন]
gpr -- রাসায়নিক বিন্যাস
gr96 -- GROMOS96 বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
hin -- HyperChem HIN ফরম্যাট
ইঞ্চি -- IUPAC InChI [শুধুমাত্র লিখুন]
inp -- গেম ইনপুট [শুধুমাত্র লিখুন]
ins -- ShelX ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
জিন -- জাগুয়ার ইনপুট বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
jout -- জাগুয়ার আউটপুট ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
mdl -- MDL MOL বিন্যাস
mmd -- ম্যাক্রোমডেল বিন্যাস
mmod -- ম্যাক্রোমডেল বিন্যাস
mol -- MDL MOL ফরম্যাট
mol2 -- Sybyl Mol2 ফরম্যাট
molreport -- বাবেল অণু রিপোর্ট খুলুন [শুধুমাত্র লিখুন]
moo -- MOPAC আউটপুট ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
mop -- MOPAC কার্টেসিয়ান বিন্যাস
mopcrt -- MOPAC কার্টেসিয়ান বিন্যাস
mopin -- MOPAC অভ্যন্তরীণ
mopout -- MOPAC আউটপুট বিন্যাস [শুধুমাত্র পঠনযোগ্য]
mpc -- MOPAC কার্টেসিয়ান বিন্যাস
mpd -- Sybyl বর্ণনাকারী বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
mpqc -- MPQC আউটপুট ফরম্যাট [শুধুমাত্র পঠনযোগ্য]
mpqcin -- MPQC সরলীকৃত ইনপুট বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
nw -- NWChem ইনপুট বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
nwo -- NWChem আউটপুট বিন্যাস [শুধু পঠনযোগ্য]
pc -- PubChem ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
pcm -- PCModel বিন্যাস
pdb -- প্রোটিন ডেটা ব্যাংক ফরম্যাট
pov -- POV-রে ইনপুট বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
pqs -- সমান্তরাল কোয়ান্টাম সলিউশন ফরম্যাট
প্রিপ -- অ্যাম্বার প্রিপ ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
qcin -- Q-Chem ইনপুট বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
qcout -- Q-Chem আউটপুট বিন্যাস [শুধুমাত্র পঠনযোগ্য]
রিপোর্ট -- বাবেল রিপোর্ট ফরম্যাট খুলুন [শুধুমাত্র লিখুন]
res -- ShelX ফরম্যাট [শুধু পঠনযোগ্য]
rxn -- MDL RXN ফরম্যাট
sd -- MDL MOL বিন্যাস
sdf -- MDL MOL বিন্যাস
smi -- স্মাইল ফরম্যাট
sy2 -- Sybyl Mol2 ফরম্যাট
tdd -- থার্মো বিন্যাস
পরীক্ষা -- পরীক্ষার বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
থার্ম -- থার্মো বিন্যাস
tmol -- TurboMole স্থানাঙ্ক বিন্যাস
txyz -- টিঙ্কার MM2 বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
unixyz -- UniChem XYZ ফরম্যাট
vmol -- ViewMol ফরম্যাট
xed -- XED বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
xml -- সাধারণ XML বিন্যাস [শুধু পঠনযোগ্য]
xyz -- XYZ কার্টেসিয়ান স্থানাঙ্ক বিন্যাস
yob -- YASARA.org YOB ফরম্যাট
zin -- ZINDO ইনপুট বিন্যাস [শুধুমাত্র লিখুন]
বিন্যাসে বিকল্প
স্বতন্ত্র ফাইল ফরম্যাটে অতিরিক্ত ফরম্যাটিং বিকল্প থাকতে পারে।
ইনপুট ফরম্যাট বিকল্পগুলির আগে 'a', যেমন -as
আউটপুট ফরম্যাটের বিকল্পগুলির আগে 'x', যেমন -xn
আরও নির্দিষ্ট তথ্য এবং বিকল্পের জন্য, -H ব্যবহার করুন
যেমন, -Hcml
উদাহরণ
স্ট্যান্ডার্ড রূপান্তর:
babel -ixyz ethanol.xyz -opdb ethanol.pdb
STDIN-এ SMI ফাইল থেকে STDOUT-এ লেখা Mol2 ফাইলে রূপান্তর:
babel -ismi -omol2
একটি মাল্টি-মলিকিউল ফাইলকে new1.smi, new2.smi ইত্যাদিতে বিভক্ত করুন:
babel infile.mol new.smi -m
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে বেবেল অনলাইন ব্যবহার করুন
