bcftools - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

samtools - সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট/ম্যাপ (SAM) ফরম্যাটের জন্য ইউটিলিটি

bcftools - বাইনারি কল ফরম্যাট (BCF) এবং VCF এর জন্য ইউটিলিটি

সাইনোপিসিস

samtools view -bt ref_list.txt -o aln.bam aln.sam.gz

samtools sort aln.bam aln.sorted

samtools index aln.sorted.bam

samtools idxstats aln.sorted.bam

samtools ভিউ aln.sorted.bam chr2:20,100,000-20,200,000

samtools মার্জ out.bam in1.bam in2.bam in3.bam

samtools faidx ref.fasta

samtools pileup -vcf ref.fasta aln.sorted.bam

samtools mpileup -C50 -gf ref.fasta -r chr3:1,000-2,000 in1.bam in2.bam

samtools tview aln.sorted.bam ref.fasta

bcftools index in.bcf

bcftools ভিউ in.bcf chr2:100-200 > out.vcf

bcftools ভিউ -Nvm0.99 in.bcf > out.vcf 2> out.afs

বর্ণনাঃ

Samtools হল ইউটিলিটিগুলির একটি সেট যা BAM বিন্যাসে সারিবদ্ধকরণগুলি পরিচালনা করে। এটি আমদানি করে
থেকে এবং SAM (সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট/ম্যাপ) ফরম্যাটে রপ্তানি করে, সাজানো, মার্জ করা এবং
সূচীকরণ, এবং যেকোনো অঞ্চলে দ্রুত পঠন পুনরুদ্ধার করার অনুমতি দেয়।

Samtools একটি প্রবাহে কাজ করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। এটি একটি ইনপুট ফাইল `-' মান হিসাবে বিবেচনা করে
ইনপুট (stdin) এবং একটি আউটপুট ফাইল `-' স্ট্যান্ডার্ড আউটপুট (stdout) হিসাবে। বেশ কিছু কমান্ড করতে পারেন
এইভাবে ইউনিক্স পাইপের সাথে মিলিত হবে। Samtools সর্বদা আউটপুট সতর্কতা এবং ত্রুটি বার্তা
স্ট্যান্ডার্ড ত্রুটি আউটপুট (stderr)।

Samtools একটি দূরবর্তী FTP বা HTTP সার্ভারে একটি BAM (SAM নয়) ফাইল খুলতে সক্ষম যদি
BAM ফাইলের নাম `ftp://' অথবা `http://' দিয়ে শুরু হয়। Samtools বর্তমান কাজ পরীক্ষা করে
সূচী ফাইলের জন্য ডিরেক্টরি এবং অনুপস্থিতিতে সূচী ডাউনলোড করবে। Samtools না
সম্পূর্ণ প্রান্তিককরণ ফাইলটি পুনরুদ্ধার করুন যদি না এটি করতে বলা হয়।

SAMTOOLS কম্যান্ডস এবং বিকল্প

দৃশ্য samtools ভিউ [-bchuHS] [-t in.refList] [-o আউটপুট] [-f reqFlag] [-F skipFlag]
[-q minMapQ] [-l লাইব্রেরি] [-r readGroup] [-R rgFile] | [অঞ্চল 1
[...]]

SAM বা BAM ফরম্যাটে সমস্ত বা সাব অ্যালাইনমেন্ট এক্সট্র্যাক্ট/প্রিন্ট করুন। যদি কোন অঞ্চল না হয়
নির্দিষ্ট, সমস্ত প্রান্তিককরণ মুদ্রিত হবে; অন্যথায় শুধুমাত্র প্রান্তিককরণ
নির্দিষ্ট অঞ্চল ওভারল্যাপিং আউটপুট হবে। একটি প্রান্তিককরণ দেওয়া যেতে পারে
একাধিকবার যদি এটি একাধিক অঞ্চলকে ওভারল্যাপ করে। একটি অঞ্চল উপস্থাপন করা যেতে পারে,
উদাহরণস্বরূপ, নিম্নলিখিত বিন্যাসে: `chr2' (পুরো chr2), `chr2:1000000'
(1,000,000bp থেকে শুরু হওয়া অঞ্চল) বা `chr2:1,000,000-2,000,000' (এর মধ্যে অঞ্চল
শেষ পয়েন্ট সহ 1,000,000 এবং 2,000,000bp)। স্থানাঙ্ক 1-ভিত্তিক।

বিকল্পগুলি:

-b BAM বিন্যাসে আউটপুট।

-f INT FLAG ক্ষেত্রে উপস্থিত INT-এর সমস্ত বিটের সাথে শুধুমাত্র আউটপুট প্রান্তিককরণ।
INT /^0x[0-9A-F]+/ [0] ফরম্যাটে হেক্সে হতে পারে

-F INT আইএনটি [0] এ উপস্থিত বিটগুলির সাথে প্রান্তিককরণ এড়িয়ে যান

-h আউটপুটে হেডার অন্তর্ভুক্ত করুন।

-H শুধুমাত্র হেডার আউটপুট.

-l STR লাইব্রেরিতে শুধুমাত্র আউটপুট পড়া হয় STR [শূন্য]

-o ফাইল আউটপুট ফাইল [stdout]

-q INT INT [0] এর চেয়ে ছোট MAPQ এর সাথে প্রান্তিককরণ এড়িয়ে যান

-r STR রিড গ্রুপে শুধুমাত্র আউটপুট পড়া হয় STR [শূন্য]

-R ফাইল তালিকাভুক্ত পঠিত গোষ্ঠীতে আউটপুট পড়ে ফাইল [খালি]

-s ভাসা নমুনা থেকে টেমপ্লেট/জোড়ার ভগ্নাংশ; পূর্ণসংখ্যা অংশ চিকিত্সা করা হয়
র্যান্ডম সংখ্যা জেনারেটরের বীজ হিসাবে [-1]

-S ইনপুট SAM এ আছে। যদি @SQ হেডার লাইন অনুপস্থিত থাকে, তাহলে `-টি' বিকল্প হয়
প্রয়োজন।

-c প্রান্তিককরণ মুদ্রণের পরিবর্তে, শুধুমাত্র তাদের গণনা করুন এবং মুদ্রণ করুন
মোট সংখ্যা সমস্ত ফিল্টার বিকল্প, যেমন `-f', `-এফ' এবং `-q' , হয়
একাউন্টে নেওয়া

-t ফাইল এই ফাইলটি TAB-সীমাবদ্ধ। প্রতিটি লাইনে অবশ্যই রেফারেন্স নাম থাকতে হবে
এবং রেফারেন্সের দৈর্ঘ্য, প্রতিটি স্বতন্ত্র রেফারেন্সের জন্য একটি লাইন;
অতিরিক্ত ক্ষেত্র উপেক্ষা করা হয়. এই ফাইলটিও এর ক্রম নির্ধারণ করে
বাছাই মধ্যে রেফারেন্স ক্রম. আপনি যদি `samtools faidx চালান ',
ফলাফল সূচক ফাইল .ফাই এই হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে
ফাইল.

-u আউটপুট আনকম্প্রেস BAM. এই বিকল্পটি ব্যয় করা সময় বাঁচায়
কম্প্রেশন/ডিকম্প্রেশন এবং আউটপুট হলে এইভাবে পছন্দ করা হয়
অন্য samtools কমান্ডে পাইপ করা হয়েছে।

টিভিভিউ samtools tview [-p chr:pos] [-s STR] [-d প্রদর্শন] [ref.fasta]

টেক্সট অ্যালাইনমেন্ট ভিউয়ার (ncurses লাইব্রেরির উপর ভিত্তি করে)। ভিউয়ারে, `?' চাপুন
সাহায্যের জন্য এবং বিন্যাসে একটি অঞ্চল থেকে প্রান্তিককরণ শুরু চেক করতে `g' টিপুন
একই রেফারেন্স দেখার সময় `chr10:10,000,000' বা `=10,000,000' এর মতো
ক্রম.

বিকল্প:

-d প্রদর্শন (H)tml বা (C)urses বা (T)এক্সট হিসাবে আউটপুট

-p chr:pos সরাসরি এই অবস্থানে যান

-s STR প্রদর্শন শুধুমাত্র এই নমুনা বা রিড গ্রুপ থেকে পঠিত

mpileup samtools mpileup [-EBugp] [-C capQcoef] [-r REG] [-f in.fa] [-l তালিকা] [-M
capMapQ] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]]

এক বা একাধিক BAM ফাইলের জন্য BCF বা পাইলআপ তৈরি করুন। প্রান্তিককরণ রেকর্ড হয়
@RG হেডার লাইনে নমুনা শনাক্তকারী দ্বারা গোষ্ঠীবদ্ধ। যদি নমুনা শনাক্তকারী হয়
অনুপস্থিত, প্রতিটি ইনপুট ফাইল একটি নমুনা হিসাবে গণ্য করা হয়।

পাইলআপ বিন্যাসে (ব্যতীত -uor-g), প্রতিটি লাইন একটি জিনোমিক অবস্থানের প্রতিনিধিত্ব করে,
ক্রোমোজোমের নাম, স্থানাঙ্ক, রেফারেন্স বেস, রিড বেস, রিড নিয়ে গঠিত
গুণাবলী এবং প্রান্তিককরণ ম্যাপিং গুণাবলী। মিল সম্পর্কিত তথ্য, অমিল,
ইনডেল, স্ট্র্যান্ড, ম্যাপিং গুণমান এবং একটি পাঠের শুরু এবং শেষ সবই এনকোড করা হয়েছে
পঠিত বেস কলাম। এই কলামে, একটি বিন্দু রেফারেন্সের সাথে মিলের জন্য দাঁড়িয়েছে
ফরোয়ার্ড স্ট্র্যান্ডের ভিত্তি, বিপরীত স্ট্র্যান্ডের সাথে মিলের জন্য একটি কমা, একটি '>' বা
রেফারেন্স স্কিপের জন্য '<', ফরোয়ার্ড স্ট্র্যান্ডে অমিলের জন্য 'ACGTN' এবং
বিপরীত স্ট্র্যান্ডে অমিলের জন্য `acgtn'। একটি প্যাটার্ন `\+[0-9]+[ACGTNacgtn]+'
এই রেফারেন্স অবস্থান এবং পরবর্তী মধ্যে একটি সন্নিবেশ আছে নির্দেশ করে
রেফারেন্স অবস্থান। সন্নিবেশের দৈর্ঘ্য পূর্ণসংখ্যা দ্বারা দেওয়া হয়
প্যাটার্ন, সন্নিবেশিত ক্রম অনুসরণ করে। একইভাবে, একটি প্যাটার্ন
`-[0-9]+[ACGTNacgtn]+' রেফারেন্স থেকে মুছে ফেলার প্রতিনিধিত্ব করে। মুছে ফেলা হয়েছে
নিম্নলিখিত লাইনগুলিতে বেসগুলি `*' হিসাবে উপস্থাপন করা হবে। এছাড়াও পড়া বেস এ
কলাম, একটি চিহ্ন `^' একটি পাঠের শুরুকে চিহ্নিত করে। চরিত্রের ASCII
অনুসরণ `^' মাইনাস 33 ম্যাপিং গুণমান দেয়। একটি চিহ্ন `$' এর শেষ চিহ্নিত করে
একটি পঠিত অংশ।

ইনপুট বিকল্প:

-6 মানটি ইলুমিনা 1.3+ এনকোডিং-এ রয়েছে। -A এড়িয়ে যাবেন না
বৈকল্পিক কলিংয়ে অস্বাভাবিক পঠিত জোড়া।

-B বেসের গণনার জন্য সম্ভাব্য পুনর্বিন্যাস নিষ্ক্রিয় করুন
প্রান্তিককরণ গুণমান (BAQ)। BAQ হল রিডের ফ্রেড-স্কেল করা সম্ভাব্যতা
ভিত্তি ভুলভাবে সংযোজন করা হচ্ছে। এই বিকল্প প্রয়োগ ব্যাপকভাবে কমাতে সাহায্য করে
মিসলাইনমেন্টের কারণে মিথ্যা SNPs।

-b ফাইল ইনপুট BAM ফাইলের তালিকা, প্রতি লাইনে একটি ফাইল [শূন্য]

-C INT পঠিত পাঠের জন্য ম্যাপিং গুণমান ডাউনগ্রেড করার জন্য গুণাঙ্ক
অত্যধিক অমিল। একটি phred-স্কেল সম্ভাব্যতা q সহ একটি রিড দেওয়া হয়েছে
ম্যাপ করা অবস্থান থেকে তৈরি করা হচ্ছে, নতুন ম্যাপিং গুণমান
sqrt((INT-q)/INT)*INT সম্পর্কে। একটি শূন্য মান এটি নিষ্ক্রিয় করে
কার্যকারিতা; যদি সক্রিয় করা হয়, BWA-এর জন্য প্রস্তাবিত মান হল 50। [0]

-d INT একটি অবস্থানে, সর্বাধিক পড়ুন INT প্রতি ইনপুট BAM পড়ে। [250]

-E বর্ধিত BAQ গণনা। এই বিকল্পটি বিশেষ করে জন্য সংবেদনশীলতা সাহায্য করে
MNPs, কিন্তু নির্দিষ্টতা একটু আঘাত করতে পারে.

-f ফাইল সার্জারির faidxFASTA বিন্যাসে ইনডেক্স করা রেফারেন্স ফাইল। ফাইল হতে পারে
ঐচ্ছিকভাবে দ্বারা সংকুচিত রাজিপ. [খালি]

-l ফাইল BED বা অবস্থান তালিকা ফাইল যেখানে অঞ্চল বা সাইটের একটি তালিকা ধারণকারী
পাইলআপ বা বিসিএফ তৈরি করা উচিত [নাল]

-q INT একটি প্রান্তিককরণের জন্য সর্বনিম্ন ম্যাপিং গুণমান ব্যবহার করা হবে [0]

-Q INT একটি বেসের জন্য ন্যূনতম ভিত্তি গুণমান বিবেচনা করা উচিত [13]

-r STR শুধুমাত্র অঞ্চলে পাইলআপ তৈরি করুন STR [সমস্ত সাইট]

আউটপুট বিকল্প:

-D প্রতি-নমুনা পড়ার গভীরতার আউটপুট

-g জিনোটাইপ সম্ভাবনা গণনা করুন এবং বাইনারি কল বিন্যাসে আউটপুট করুন
(বিসিএফ)।

-S প্রতি-নমুনা আউটপুট ফ্রেড-স্কেলড স্ট্র্যান্ড বায়াস P-মান

-u অনুরূপ, একই, সমতুল্য -g ব্যতীত আউটপুটটি সংকুচিত বিসিএফ, যা
পাইপিং জন্য পছন্দ.

অপশন সমূহ উন্নত জেনোটাইপ সম্ভাবনা গুনতি (জন্য -g or -উ):

-e INT ফ্রেড-স্কেল করা গ্যাপ এক্সটেনশন সিকোয়েন্সিং ত্রুটির সম্ভাবনা। হ্রাস করা INT
দীর্ঘ indels বাড়ে. [২০]

-h INT মডেলিং হোমোপলিমার ত্রুটির জন্য সহগ। একটি দেওয়া l-লম্বা
হোমোপলিমার রান, আকারের একটি সূচকের সিকোয়েন্সিং ত্রুটি s মডেল করা হয়
as INT*s/l। [100]

-I INDEL কলিং করবেন না

-L INT গড় প্রতি নমুনা গভীরতা উপরে হলে INDEL কলিং এড়িয়ে যান INT.
[250]

-o INT ফ্রেড-স্কেল করা ফাঁক খোলা সিকোয়েন্সিং ত্রুটি সম্ভাবনা। হ্রাস করা INT বিশালাকার
আরও ইনডেল কল করতে। [৪০]

-p এর সংবেদনশীলতা বাড়াতে নমুনা প্রতি -m এবং -F থ্রেশহোল্ড প্রয়োগ করুন
কলিং ডিফল্টরূপে উভয় বিকল্পই সকলের থেকে পুল করা রিডের জন্য প্রয়োগ করা হয়
নমুনা।

-P STR প্ল্যাটফর্মের কমা সীমাবদ্ধ তালিকা (এর দ্বারা নির্ধারিত @আরজি-পিএল) যা থেকে
indel প্রার্থী প্রাপ্ত হয়. এটা indel সংগ্রহ করার সুপারিশ করা হয়
সিকোয়েন্সিং টেকনোলজির প্রার্থীরা যাদের ইনডেল ত্রুটির হার কম
যেমন ইলুমিনা। [সমস্ত]

রিহেডার samtools রিহেডার

শিরোনামটি প্রতিস্থাপন করুন in.bam শিরোনাম সহ in.header.sam. এই আদেশ হল
একটি BAM->SAM->BAM রূপান্তর দিয়ে হেডার প্রতিস্থাপনের চেয়ে অনেক দ্রুত।

বিড়াল samtools cat [-h header.sam] [-o out.bam] [...]

BAMs সংযুক্ত করুন। প্রতিটি ইনপুট BAM এর ক্রম অভিধান অবশ্যই অভিন্ন হতে হবে,
যদিও এই কমান্ড এটি পরীক্ষা করে না। এই কমান্ড একটি অনুরূপ কৌশল ব্যবহার করে
রিহেডার যা দ্রুত BAM সংযোজন সক্ষম করে।

সাজান samtools বাছাই [-nof] [-m maxMem]

বামদিকের স্থানাঙ্ক দ্বারা সারিবদ্ধকরণ বাছাই করুন। ফাইল .বাম তৈরি করা হবে।
এই কমান্ডটি অস্থায়ী ফাইলও তৈরি করতে পারে %d.bam যখন পুরো
প্রান্তিককরণ মেমরিতে লাগানো যাবে না (বিকল্প -m দ্বারা নিয়ন্ত্রিত)।

বিকল্পগুলি:

-o স্ট্যান্ডার্ড আউটপুট চূড়ান্ত প্রান্তিককরণ আউটপুট.

-n ক্রোমোসোমাল স্থানাঙ্কের পরিবর্তে পঠিত নাম অনুসারে সাজান

-f ব্যবহার সম্পূর্ণ আউটপুট পথ হিসাবে এবং সংযুক্ত করবেন না .বাম প্রত্যয়.

-m INT আনুমানিক সর্বাধিক প্রয়োজনীয় মেমরি। [500000000]

মার্জ samtools মার্জ [-nur1f] [-h inh.sam] [-R reg]
[...]

একাধিক সাজানো প্রান্তিককরণ মার্জ করুন। সমস্ত ইনপুটের হেডার রেফারেন্স তালিকা
BAM ফাইল, এবং @SQ হেডার inh.sam, যদি থাকে, সব একই উল্লেখ করতে হবে
রেফারেন্স ক্রম সেট. হেডার রেফারেন্স তালিকা এবং (যদি না দ্বারা ওভাররাইড করা হয়
-h) `@' এর হেডার in1.bam এ কপি করা হবে আউট.বাম, এবং অন্যান্য শিরোনাম
ফাইল উপেক্ষা করা হবে।

বিকল্পগুলি:

-1 আউটপুট কমপ্রেস করতে zlib কম্প্রেশন লেভেল 1 ব্যবহার করুন

-f উপস্থিত থাকলে আউটপুট ফাইল ওভাররাইট করতে বল করুন।

-h ফাইল এর লাইন ব্যবহার করুন ফাইল যেমন `@' শিরোনাম কপি করা হবে আউট.বাম, প্রতিস্থাপন
অন্যথায় থেকে অনুলিপি করা হবে যে কোনো হেডার লাইন in1.bam. (ফাইল is
প্রকৃতপক্ষে SAM বিন্যাসে, যদিও যেকোন প্রান্তিককরণ রেকর্ড এটি থাকতে পারে
উপেক্ষা করা হয়েছে।)

-n ইনপুট প্রান্তিককরণগুলি ক্রোমোসোমালের পরিবর্তে পঠিত নাম অনুসারে বাছাই করা হয়
স্থানাঙ্ক

-R STR দ্বারা নির্দেশিত নির্দিষ্ট অঞ্চলে ফাইল মার্জ STR [খালি]

-r প্রতিটি প্রান্তিককরণে একটি RG ট্যাগ সংযুক্ত করুন। ট্যাগ মান ফাইল থেকে অনুমান করা হয়
নাম থাকবে না।

-u সংকুচিত বিএএম আউটপুট

সূচক samtools সূচক

দ্রুত এলোমেলো অ্যাক্সেসের জন্য সূচক সাজানো প্রান্তিককরণ। ইনডেক্স ফাইল .বাই হবে
সৃষ্টি করেছেন।

idxstats samtools idxstats

ইনডেক্স ফাইলে পরিসংখ্যান পুনরুদ্ধার করুন এবং মুদ্রণ করুন। আউটপুট TAB দিয়ে সীমাবদ্ধ করা হয়েছে
প্রতিটি লাইনে রেফারেন্স সিকোয়েন্সের নাম, ক্রম দৈর্ঘ্য, # ম্যাপ করা রিড রয়েছে
এবং #টি আনম্যাপ করা রিড।

faidx samtools faidx [অঞ্চল 1 [...]]

FASTA বিন্যাসে সূচী রেফারেন্স ক্রম বা সূচী থেকে পরবর্তী নির্যাস
রেফারেন্স ক্রম। যদি কোন অঞ্চল নির্দিষ্ট করা না থাকে, faidx ফাইল ইনডেক্স করবে এবং
সৃষ্টি .ফাই ডিস্কে যদি অঞ্চলগুলি নির্দিষ্ট করা হয়, তাহলে পরবর্তীগুলি৷
পুনরুদ্ধার করা হবে এবং FASTA ফরম্যাটে stdout এ প্রিন্ট করা হবে। ইনপুট ফাইল করতে পারেন
মধ্যে সংকুচিত করা RAZF বিন্যাস।

fixmate samtools fixmate

নাম অনুসারে সাজানো থেকে সঙ্গী স্থানাঙ্ক, ISIZE এবং সঙ্গী সম্পর্কিত পতাকা পূরণ করুন
প্রান্তিককরণ

rmdup samtools rmdup [-sS]

সম্ভাব্য PCR সদৃশগুলি সরান: যদি একাধিক পঠিত জোড়া অভিন্ন বহিরাগত থাকে
স্থানাঙ্ক, শুধুমাত্র সর্বোচ্চ ম্যাপিং গুণমান সহ জোড়া বজায় রাখুন। জোড়ায় -
শেষ মোড, এই কমান্ড কেবল FR ওরিয়েন্টেশনের সাথে কাজ করে এবং ISIZE এর প্রয়োজন
সঠিকভাবে সেট করা। এটি জোড়াবিহীন পড়ার জন্য কাজ করে না (যেমন দুটি প্রান্ত ম্যাপ করা হয়েছে
বিভিন্ন ক্রোমোজোম বা অনাথ রিড)।

বিকল্পগুলি:

-s একক-শেষ পড়ার জন্য ডুপ্লিকেট সরান। ডিফল্টরূপে, কমান্ড কাজ করে
পেয়ারড-এন্ড শুধুমাত্র পঠিত হয়।

-S পেয়ারড-এন্ড রিডস এবং সিঙ্গেল-এন্ড রিডস ট্রিট করুন।

শান্ত samtools calmd [-EeubSr] [-C capQcoef]

MD ট্যাগ তৈরি করুন। যদি MD ট্যাগটি ইতিমধ্যে উপস্থিত থাকে তবে এই কমান্ডটি একটি দেবে
সতর্কতা যদি জেনারেট করা MD ট্যাগ বিদ্যমান ট্যাগ থেকে আলাদা হয়। আউটপুট SAM
গতানুগতিক.

বিকল্পগুলি:

-A সাথে যৌথভাবে ব্যবহার করা হলে -r এই বিকল্পটি মূল ভিত্তি ওভাররাইট করে
গুণমান.

-e একটি রিড বেসকে রূপান্তর করুন = যদি এটি সারিবদ্ধ রেফারেন্সের সাথে অভিন্ন হয়
ভিত্তি Indel কলার এই মুহূর্তে = বেস সমর্থন করে না।

-u আউটপুট আনকম্প্রেস BAM

-b আউটপুট সংকুচিত BAM

-S ইনপুটটি হেডার লাইন সহ SAM

-C INT খারাপভাবে ম্যাপ করা রিডের ম্যাপিং গুণমান ক্যাপ করার জন্য সহগ। দেখুন
পাইলআপ বিস্তারিত জানার জন্য কমান্ড। [০]

-r BQ ট্যাগ (-A ছাড়া) বা ক্যাপ বেস কোয়ালিটি BAQ (-A সহ) দ্বারা গণনা করুন।

-E বর্ধিত BAQ গণনা। এই বিকল্পের জন্য নির্দিষ্টতা ব্যবসা
সংবেদনশীলতা, যদিও প্রভাব ছোট।

লক্ষ্য কাটা samtools targetcut [-Q minBaseQ] [-i in Penalty] [-0 em0] [-1 em1] [-2 em2] [-f
রেফ]

এই কমান্ডটি পাঠের ধারাবাহিকতা পরীক্ষা করে লক্ষ্য অঞ্চলগুলি সনাক্ত করে
গভীরতা, লক্ষ্যগুলির হ্যাপ্লয়েড ঐক্যমত্য ক্রম গণনা করে এবং এর সাথে একটি SAM আউটপুট করে
প্রতিটি ক্রম একটি লক্ষ্যের সাথে সম্পর্কিত। যখন বিকল্প -f ব্যবহার হচ্ছে, BAQ হবে
প্রয়োগ করা এই আদেশ হল কেবল ফসমিড থেকে ফসমিড ক্লোন কাটার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে
পুল সিকোয়েন্সিং [রেফ. কিটজম্যান এট আল। (2010)]।

ফেজ samtools ফেজ [-AF] [-k len] [-b উপসর্গ] [-q minLOD] [-Q minBaseQ]

কল এবং ফেজ হেটেরোজাইগাস SNPs. বিকল্পগুলি:

-A অস্পষ্ট ফেজ সঙ্গে ড্রপ রিড.

-b STR BAM আউটপুটের উপসর্গ। যখন এই বিকল্পটি ব্যবহার করা হয়, ফেজ-0 রিড হবে
ফাইলে সংরক্ষিত STR.0.bam এবং ফেজ-1 পড়ে STR.1.বাম। ফেজ অজানা
রিডগুলি এলোমেলোভাবে দুটি ফাইলের একটিতে বরাদ্দ করা হবে। চিমেরিক পড়ে
সুইচের ত্রুটিগুলি সংরক্ষণ করা হবে STR.chimeric.bam. [খালি]

-F কাইমেরিক রিড ঠিক করার চেষ্টা করবেন না।

-k INT স্থানীয় ফেজিংয়ের জন্য সর্বাধিক দৈর্ঘ্য। [১৩]

-q INT হেটেরোজাইগোট কল করার জন্য ন্যূনতম ফ্রেড-স্কেল করা LOD। [৪০]

-Q INT হেট কলিং-এ ন্যূনতম বেস কোয়ালিটি ব্যবহার করতে হবে। [১৩]

BCFTOOLS কম্যান্ডস এবং বিকল্প

দৃশ্য bcftools দৃশ্য [-AbFGNQSucgv] [-D seqDict] [-l listLoci] [-s তালিকার নমুনা] [-i
gapSNPratio] [-t মিউটরেট] [-p varThres] [-m varThres] [-P পূর্বে] [-1 nGroup1]
[-d minFrac] [-U nPerm] [-X permThres] [-T trioType] in.bcf [এলাকা]

BCF এবং VCF এর মধ্যে রূপান্তর করুন, বৈকল্পিক প্রার্থীদের কল করুন এবং অ্যালিল অনুমান করুন
ফ্রিকোয়েন্সি।

ইনপুট আউটপুট বিকল্প:

-A বৈকল্পিক সাইটগুলিতে সমস্ত সম্ভাব্য বিকল্প অ্যালিল ধরে রাখুন। গতানুগতিক,
ভিউ কমান্ড অসম্ভাব্য অ্যালিল বাতিল করে।

-b বিসিএফ ফরম্যাটে আউটপুট। ডিফল্ট VCF.

-D ফাইল VCF->BCF রূপান্তরের জন্য সিকোয়েন্স অভিধান (ক্রোমোজোমের নামের তালিকা)
[খালি]

-F নির্দেশ করুন PL r921 বা তার আগে তৈরি হয়েছে (অর্ডারিং আলাদা)।

-G সমস্ত পৃথক জিনোটাইপ তথ্য দমন করুন।

-l ফাইল সাইটের তালিকা যেখানে তথ্য আউটপুট করা হয় [সমস্ত সাইট]

-N এমন সাইটগুলি এড়িয়ে যান যেখানে REF ক্ষেত্রটি A/C/G/T নয়৷

-Q QCALL সম্ভাবনা বিন্যাস আউটপুট করুন

-s ফাইল ব্যবহার করার জন্য নমুনার তালিকা। ইনপুট প্রথম কলাম নমুনা দেয়
নাম এবং দ্বিতীয়টি ploidy দেয়, যা শুধুমাত্র 1 বা 2 হতে পারে। কখন
2য় কলাম অনুপস্থিত, নমুনা ploidy 2 হতে অনুমান করা হয়.
আউটপুট, নমুনার ক্রম একটি মধ্যে অভিন্ন হবে ফাইল.
[খালি]

-S ইনপুটটি BCF এর পরিবর্তে VCF।

-u সংকুচিত বিসিএফ আউটপুট (বল -বি)।

ঐক্যমত/ভেরিয়েন্ট কল করা হচ্ছে বিকল্প:

-c Bayesian অনুমান ব্যবহার করে বৈকল্পিক কল. এই বিকল্পটি স্বয়ংক্রিয়ভাবে
বিকল্প আহ্বান করে -e.

-d ভাসা কখন -v ব্যবহার করা হচ্ছে, যেখানে নমুনার ভগ্নাংশ দ্বারা আচ্ছাদিত লোকি বাদ দিন
পাঠগুলি ফ্লোটের নীচে রয়েছে। [০]

-e সাইটের অনুমান সহ শুধুমাত্র সর্বাধিক-সম্ভাবনা অনুমান সম্পাদন করুন
অ্যালিল ফ্রিকোয়েন্সি, হার্ডি-ওয়েনবার্গ ভারসাম্য পরীক্ষা করা এবং পরীক্ষা করা
LRT এর সাথে অ্যাসোসিয়েশন।

-g বৈকল্পিক সাইটগুলিতে প্রতি-নমুনা জিনোটাইপগুলি কল করুন (ফোর্স -সি)

-i ভাসা INDEL-থেকে-SNP মিউটেশন হারের অনুপাত [0.15]

-m ভাসা উন্নত মাল্টিঅ্যালেলিক এবং বিরল-ভেরিয়েন্ট কলিংয়ের জন্য নতুন মডেল। আরেকটা
LRT-এর P(chi^2) FLOAT থ্রেশহোল্ড অতিক্রম করলে ALT অ্যালিল গৃহীত হয়।
প্যারামিটারটি শক্তিশালী বলে মনে হয় এবং প্রকৃত মান সাধারণত হয় না
ফলাফল অনেক প্রভাবিত; ব্যবহার করার জন্য একটি ভাল মান হল 0.99। এই হল
প্রস্তাবিত কলিং পদ্ধতি। [০]

-p ভাসা একটি সাইট একটি বৈকল্পিক হিসাবে বিবেচিত হয় যদি P(ref|D)

-P STR পূর্ব বা প্রাথমিক অ্যালিল ফ্রিকোয়েন্সি বর্ণালী। যদি STR হতে পারে সম্পূর্ণ, শর্ত2,
ফ্ল্যাট অথবা পূর্ববর্তী বৈকল্পিক থেকে ত্রুটি আউটপুট সমন্বিত ফাইল
কলিং রান

-t ভাসা বৈকল্পিক কলিং [0.001] এর জন্য স্কেল করা মিউটশন রেট

-T STR জোড়া/ত্রয়ী কলিং সক্ষম করুন। ত্রয়ী কলিংয়ের জন্য, বিকল্প -s সাধারণত
ত্রয়ী সদস্য এবং তাদের অর্ডার কনফিগার করার জন্য প্রয়োগ করা প্রয়োজন।
অপশনে সরবরাহ করা ফাইলটিতে -s, প্রথম নমুনা হতে হবে
সন্তান, দ্বিতীয় পিতা এবং তৃতীয় জন মা। বৈধ
এর মান STR হল `pair', `trioauto', `trioxd' এবং `trioxs', যেখানে
'জোড়া' দুটি ইনপুট নমুনার মধ্যে পার্থক্য কল করে, এবং 'ট্রাইঅক্সড'
(`trioxs') উল্লেখ করে যে ইনপুটটি X ক্রোমোজোম নন-PAR থেকে এসেছে
অঞ্চল এবং শিশুটি একটি মহিলা (পুরুষ)। [খালি]

-v শুধুমাত্র আউটপুট বৈকল্পিক সাইট (ফোর্স -c)

বিপরীত হত্তয়া কল করা হচ্ছে এবং এসোসিয়েশন পরীক্ষা বিকল্প:

-1 INT গ্রুপ-১ নমুনার সংখ্যা। এই বিকল্পটি ভাগ করার জন্য ব্যবহৃত হয়
কনট্রাস্ট SNP কলিং বা অ্যাসোসিয়েশন পরীক্ষার জন্য নমুনা দুটি গ্রুপে বিভক্ত।
যখন এই বিকল্পটি ব্যবহার করা হয়, নিম্নলিখিত VCF INFO আউটপুট করা হবে:
PC2, PCHI2 এবং QCHI2। [০]

-U INT অ্যাসোসিয়েশন পরীক্ষার জন্য স্থানান্তরের সংখ্যা (শুধুমাত্র এর সাথে কার্যকর -1)
[0]

-X ভাসা শুধুমাত্র P(chi^2) এর জন্য পারমুটেশন সঞ্চালন করুন -U)
[0.01]

সূচক bcftools সূচক in.bcf

এলোমেলো অ্যাক্সেসের জন্য সূচী বাছাই BCF.

বিড়াল bcftools বিড়াল in1.bcf [in2.bcf [...]]]

বিসিএফ ফাইল সংযুক্ত করুন। ইনপুট ফাইল বাছাই করা প্রয়োজন এবং আছে
একই ক্রমে প্রদর্শিত অভিন্ন নমুনা.

স্যাম বিন্যাসে

সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট/ম্যাপ (SAM) ফরম্যাট TAB-ডিলিমিটেড। হেডার লাইন ছাড়াও যা
`@' চিহ্ন দিয়ে শুরু করা হয়, প্রতিটি প্রান্তিকরেখার মধ্যে থাকে:

┌────┬───────┬──────────────────────────────────── ──────────────────────┐
│পর্বতমালার টোল │ ক্ষেত্র │ বিবরণ │
├────┼───────┼──────────────────────────────────── ──────────────────────┤
│ 1 │ QNAME │ কোয়েরি টেমপ্লেট/জোড়া নাম │
│ 2 │ ফ্ল্যাগ │ বিটওয়াইজ ফ্ল্যাগ │
│ 3 │ RNAME │ রেফারেন্স সিকোয়েন্স NAME │
│ 4 │ POS │ ক্লিপ করা অনুক্রমের 1-ভিত্তিক বাম অবস্থান/স্থানাঙ্ক │
│ 5 │ MAPQ │ ম্যাপিং গুণমান (ফ্রেড-স্কেলড) │
│ 6 │ CIAGR │ বর্ধিত CIGAR স্ট্রিং │
│ 7 │ MRNM │ মেট রেফারেন্স সিকোয়েন্স NaMe (`=' যদি RNAME এর মতো হয়) │
│ 8 │ MPOS │ 1-ভিত্তিক মেট পজিশন │
│ 9 │ TLEN │ অনুমিত টেমপ্লেট দৈর্ঘ্য (সদৃশ আকার) │
│10 │ SEQ │ কোয়েরি SEQuence একই স্ট্র্যান্ডে রেফারেন্স হিসাবে │
│11 │ QUAL │ ক্যোয়ারী কোয়ালিটি (ASCII-33 ফ্রেড বেস কোয়ালিটি দেয়) │
│12+ │ OPT │ পরিবর্তনশীল ঐচ্ছিক ক্ষেত্র ফরম্যাটে TAG:VTYPE:VALUE │
└────┴───────┴──────────────────────────────────── ──────────────────────┘

FLAG ক্ষেত্রের প্রতিটি বিট এইভাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়েছে:

┌───────┬─────┬─────────────────────────────────── ───────────────┐
│ পতাকা │ chr │ বিবরণ │
├───────┼─────┼─────────────────────────────────── ───────────────┤
│0x0001 │ p │ পাঠটি ক্রমানুসারে জোড়া হয়েছে │
│0x0002 │ P │ রিডটি সঠিক জোড়ায় ম্যাপ করা হয়েছে │
│0x0004 │ u │ ক্যোয়ারী ক্রম নিজেই আনম্যাপ করা হয়েছে │
│0x0008 │ U │ সঙ্গী আনম্যাপ করা হয়েছে │
│0x0010 │ r │ প্রশ্নের স্ট্র্যান্ড (বিপরীতের জন্য 1) │
│0x0020 │ R │ সঙ্গীর স্ট্র্যান্ড │
│0x0040 │ 1 │ পঠিতটি একটি জোড়ায় প্রথম পঠিত │
│0x0080 │ 2 │ রিড হল একটি জোড়ায় দ্বিতীয় পঠিত │
│0x0100 │ s │ প্রান্তিককরণ প্রাথমিক নয় │
│0x0200 │ f │ পঠিত প্ল্যাটফর্ম/বিক্রেতার গুণমান পরীক্ষায় ব্যর্থ হয় │
│0x0400 │ d │ রিডটি হয় একটি PCR বা একটি অপটিক্যাল ডুপ্লিকেট │
└───────┴─────┴─────────────────────────────────── ───────────────┘
যেখানে দ্বিতীয় কলামটি FLAG ক্ষেত্রের স্ট্রিং উপস্থাপনা দেয়।

Vcf বিন্যাসে

ভেরিয়েন্ট কল ফরম্যাট (VCF) হল একটি TAB- সীমাবদ্ধ বিন্যাস যার প্রতিটি ডেটা লাইন থাকে
নিম্নলিখিত ক্ষেত্র:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ───────────────────────────────
│পর্বতমালার টোল │ ক্ষেত্র │ বিবরণ │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ───────────────────────────────
│ 1 │ CHROM │ CHROMosome নাম │
│ 2 │ POS │ ভেরিয়েন্টের সবচেয়ে বাম অবস্থান │
│ 3 │ আইডি │ অনন্য বৈকল্পিক আইডেন্টিফায়ার │
│ 4 │ REF │ রেফারেন্স অ্যালিল │
│ 5 │ ALT │ Alternate অ্যালিল(গুলি), কমা দ্বারা পৃথক করা হয়েছে │
│ 6 │ QUAL │ বৈকল্পিক/রেফারেন্স কোয়ালিটি │
│ 7 │ ফিল্টার │ ফিল্টার প্রয়োগ করা হয়েছে │
│ 8 │ তথ্য │ বৈকল্পিক সম্পর্কিত তথ্য, সেমি-কোলন দ্বারা পৃথক করা হয়েছে │
│ 9 │ ফর্ম্যাট │ জিনোটাইপ ক্ষেত্রগুলির ফর্ম্যাট, কোলন দ্বারা পৃথক করা (ঐচ্ছিক) │
│10+ │ নমুনা │ নমুনা জিনোটাইপ এবং প্রতি-নমুনা তথ্য (ঐচ্ছিক) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ───────────────────────────────

নিম্নলিখিত টেবিল দেয় তথ্য samtools এবং bcftools দ্বারা ব্যবহৃত ট্যাগ।

┌──────┬───────────┬────────────────────────────── ────────────────────────────────────────────────── ────────────────────┐
│ ট্যাগ │ বিন্যাস │ বিবরণ │
├──────┼───────────┼────────────────────────────── ────────────────────────────────────────────────── ────────────────────┤
└──────┴───────────┴────────────────────────────── ────────────────────────────────────────────────── ────────────────────┘

উদাহরণ

o যখন BAM-তে SAM আমদানি করুন @SQ লাইনগুলি হেডারে উপস্থিত রয়েছে:

samtools ভিউ -bS aln.sam > aln.bam

If @SQ লাইন অনুপস্থিত:

samtools faidx ref.fa
samtools view -bt ref.fa.fai aln.sam > aln.bam

কোথায় ref.fa.fai দ্বারা স্বয়ংক্রিয়ভাবে উত্পন্ন হয় faidx কমান্ড।

o সংযুক্ত করুন RG সাজানো প্রান্তিককরণ মার্জ করার সময় ট্যাগ করুন:

পার্ল-ই' প্রিন্ট
"@RG\tID:ga\tSM:hs\tLB:ga\tPL:ইলুমিনা\n@RG\tID:454\tSM:hs\tLB:454\tPL:454\n"' > rg.txt
samtools merge -rh rg.txt merged.bam ga.bam 454.bam

একটি মধ্যে মান RG ট্যাগ ফাইলের নাম দ্বারা নির্ধারিত হয় যেটি থেকে পাঠ করা হচ্ছে। এই
উদাহরণ, মধ্যে merged.bam, থেকে পড়ে গা.বাম সংযুক্ত করা হবে RG:Z:gaথেকে পড়ার সময়
454.বাম সংযুক্ত করা হবে RG:Z:454.

o একজন ডিপ্লয়েড ব্যক্তির জন্য SNPs এবং সংক্ষিপ্ত INDEL কল করুন:

samtools mpileup -ugf ref.fa aln.bam | bcftools ভিউ -bvcg -> var.raw.bcf
bcftools দেখুন var.raw.bcf | vcfutils.pl varFilter -D 100 > var.flt.vcf

সার্জারির -D varFilter বিকল্পটি সর্বাধিক পঠিত গভীরতা নিয়ন্ত্রণ করে, যার সাথে সামঞ্জস্য করা উচিত
গড় পড়ার গভীরতার প্রায় দ্বিগুণ। এক যোগ বিবেচনা করতে পারেন -সি 50 থেকে mpileup যদি ম্যাপিং
অত্যধিক অমিল রয়েছে এমন পাঠের জন্য গুণমানকে অত্যধিক মূল্যায়ন করা হয়। এই বিকল্পটি প্রয়োগ করা হচ্ছে
সাধারণত সাহায্য করে BWA- সংক্ষিপ্ত কিন্তু অন্য ম্যাপার নাও হতে পারে।

o একজন ডিপ্লয়েড ব্যক্তির জন্য ঐকমত্য ক্রম তৈরি করুন:

samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -cg - | vcfutils.pl vcf2fq >
cns.fq

o একজোড়া নমুনা থেকে সোমাটিক মিউটেশন কল করুন:

samtools mpileup -DSuf ref.fa aln.bam | bcftools ভিউ -bvcgT জোড়া -> var.bcf

আউটপুট তথ্য ক্ষেত্রের মধ্যে, CLR দ্বারা সম্ভাবনার মধ্যে ফ্রেড-লগ অনুপাত দেয়
দুটি নমুনা স্বাধীনভাবে চিকিত্সা করা, এবং জিনোটাইপ প্রয়োজন দ্বারা সম্ভাবনা
অভিন্ন হতে এই CLR কার্যকরভাবে সোমাটিক আত্মবিশ্বাস পরিমাপ একটি স্কোর
কল উচ্চতর ভাল.

o একটি পারিবারিক ত্রয়ী থেকে কল ডি নভো এবং সোমাটিক মিউটেশন:

samtools mpileup -DSuf ref.fa aln.bam | bcftools view -bvcgT pair -s samples.txt ->
var.bcf

ফাইল samples.txt সদস্য এবং আদেশ নির্দিষ্ট করে তিনটি লাইন গঠিত হওয়া উচিত
নমুনা (শিশু-বাবা-মায়ের ক্রমে)। একইভাবে, CLR Phred-লগ দেয়
ত্রয়ী সীমাবদ্ধতার সাথে এবং ছাড়া সম্ভাবনার অনুপাত। ইউজিটি সবচেয়ে সম্ভাবনা দেখায়
ত্রয়ী সীমাবদ্ধতা ছাড়া জিনোটাইপ কনফিগারেশন, এবং CGT সবচেয়ে সম্ভাবনা দেয়
জিনোটাইপ কনফিগারেশন ত্রয়ী সীমাবদ্ধতাকে সন্তুষ্ট করে।

o পর্যায় এক ব্যক্তি:

samtools calmd -AEur aln.bam ref.fa | samtools ফেজ -বি উপসর্গ -> ফেজ.আউট

সার্জারির শান্ত INDEL-এর চারপাশে মিথ্যা হেটেরোজাইগোট কমাতে কমান্ড ব্যবহার করা হয়।

o একাধিক ডিপ্লয়েড ব্যক্তিদের জন্য SNPs এবং সংক্ষিপ্ত সূচকগুলি কল করুন:

samtools mpileup -P ILLUMINA -ugf ref.fa *.bam | bcftools ভিউ -bcvg -> var.raw.bcf
bcftools দেখুন var.raw.bcf | vcfutils.pl varFilter -D 2000 > var.flt.vcf

থেকে ব্যক্তি চিহ্নিত করা হয় SM ট্যাগ @আর জি হেডার লাইন। ব্যক্তি হতে পারে
এক প্রান্তিককরণ ফাইলে পুল করা; এক ব্যক্তি একাধিক ফাইলে বিভক্ত হতে পারে।
সার্জারির -P বিকল্পটি নির্দিষ্ট করে যে ইনডেল প্রার্থীদের শুধুমাত্র পঠিত গ্রুপ থেকে সংগ্রহ করা উচিত
সাথে @আরজি-পিএল ট্যাগ সেট করা হয়েছে ইলুমিনা. পঠিত অনুক্রম থেকে সূচক প্রার্থী সংগ্রহ করা
একটি ইন্ডেল-প্রবণ প্রযুক্তি দ্বারা ইনডেল কলিংয়ের কার্যকারিতা প্রভাবিত করতে পারে।

নোট করুন যে একটি নতুন কলিং মডেল রয়েছে যা দ্বারা আহ্বান করা যেতে পারে

bcftools view -m0.99...

যা ডিফল্ট পদ্ধতির কিছু গুরুতর সীমাবদ্ধতা ঠিক করে।

ফিল্টারিংয়ের জন্য, প্রথম প্রয়োগ করে সেরা ফলাফল পাওয়া যাবে বলে মনে হচ্ছে SnpGap ফিল্টার এবং
তারপর কিছু মেশিন লার্নিং পদ্ধতি প্রয়োগ করা

vcf-টীকা -f SnpGap=n
ভিসিএফ ফিল্টার...

উভয়েই পাওয়া যাবে vcftools এবং htslib প্যাকেজ (নীচের লিঙ্ক)।

o একাধিক ব্যক্তির কাছ থেকে সাইটের তালিকায় অ্যালিল ফ্রিকোয়েন্সি স্পেকট্রাম (AFS) সংগ্রহ করুন:

samtools mpileup -Igf ref.fa *.bam > all.bcf
bcftools দেখুন -bl sites.list all.bcf > sites.bcf
bcftools view -cGP cond2 sites.bcf > /dev/null 2> sites.1.afs
bcftools view -cGP sites.1.afs sites.bcf > /dev/null 2> sites.2.afs
bcftools view -cGP sites.2.afs sites.bcf > /dev/null 2> sites.3.afs
......

কোথায় sites.list রেফারেন্স সমন্বিত প্রতিটি লাইনের সাথে সাইটের তালিকা রয়েছে
ক্রম নাম এবং অবস্থান। পরবর্তী bcftools কমান্ড EM দ্বারা AFS অনুমান করে।

o অন্যান্য SNP কলারদের জন্য BAQ প্রয়োগকৃত প্রান্তিককরণ ডাম্প করুন:

samtools calmd -bAr aln.bam > aln.baq.bam

এটি যোগ করে এবং সংশোধন করে NM এবং MD একই সময়ে ট্যাগ। দ্য শান্ত আদেশও আসে
সাথে -C বিকল্প, এক হিসাবে একই পাইলআপ এবং mpileup. এটি সাহায্য করে আবেদন করুন.

সীমাবদ্ধতা

o unaligned শব্দ ব্যবহৃত bam_import.c, bam_endian.h, bam.c এবং bam_aux.c.

o Samtools পেয়ারড-এন্ড rmdup আনপেয়ারড রিডের জন্য কাজ করে না (যেমন অরফান রিড বা শেষ
বিভিন্ন ক্রোমোজোমে ম্যাপ করা হয়েছে)। যদি এটি একটি উদ্বেগ হয়, Picard এর ব্যবহার করুন
মার্কডুপ্লিকেট যা এই ক্ষেত্রে সঠিকভাবে পরিচালনা করে, যদিও একটু ধীর।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে bcftools ব্যবহার করুন