এটি bowtie2-বিল্ড কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
bowtie2-build - bowtie2-build-* এর জন্য মোড়ক
সাইনোপিসিস
bowtie2-বিল্ড [অপশন]*
বর্ণনাঃ
বেন ল্যাংমেড দ্বারা বোটি 2 সংস্করণ 2.2.6 ([ইমেল সুরক্ষিত], www.cs.jhu.edu/~langmea)
রেফারেন্স_ইন
রেফ সিকোয়েন্স সহ ফাইলগুলির কমা দ্বারা পৃথক করা তালিকা
bt2_index_base
এই dir/basename দিয়ে ফাইলগুলিতে bt2 ডেটা লিখুন
*** Bowtie 2 সূচী শুধুমাত্র v2 এর সাথে কাজ করে (v1 নয়)। একইভাবে v1 সূচকের জন্য। ***
বিকল্প
-f রেফারেন্স ফাইল ফাস্তা (ডিফল্ট)
-c cmd লাইনে প্রদত্ত রেফারেন্স ক্রম (যেমন )
--বৃহৎ-সূচক
ফোর্স জেনারেটেড ইনডেক্স 'বড়' হতে পারে, এমনকি যদি রেফের 4 বিলিয়নেরও কম থাকে
নিউক্লিয়োটাইডস
-a/---নোয়াটো
স্বয়ংক্রিয় নিষ্ক্রিয় করুন -p/--bmax/--dcv মেমরি-ফিটিং
-p/---প্যাকড
অভ্যন্তরীণভাবে প্যাক করা স্ট্রিং ব্যবহার করুন; ধীর, কম স্মৃতি
--বিম্যাক্স
ব্লকওয়াইজ প্রত্যয়-অ্যারে নির্মাতার জন্য max bucket sz
--bmaxdivn
রেফ লেনের বিভাজক হিসাবে সর্বাধিক বালতি এসজেড (ডিফল্ট: 4)
--dcv
ব্লকওয়াইজের জন্য ডিফ-কভার পিরিয়ড (ডিফল্ট: 1024)
--nodc ডিফ-কভার অক্ষম করুন (অ্যালগরিদম চতুর্মুখী হয়ে যায়)
-r/---নোরেফ
.3/.4 সূচক ফাইল তৈরি করবেন না
-3/---justref
শুধু .3/.4 ইনডেক্স ফাইল তৈরি করুন
-o/---অফরেট
SA প্রতি 2^ নমুনা করা হয় BWT অক্ষর (ডিফল্ট: 5)
-t/---ফতাবচার
প্রারম্ভিক লুকআপে ব্যবহৃত অক্ষরের #টি (ডিফল্ট: 10)
--বীজ
র্যান্ডম নম্বর জেনারেটরের জন্য বীজ
-q/--- শান্ত
ভার্বোস আউটপুট (ডিবাগিংয়ের জন্য)
-h/--- সাহায্য
টুল এবং এর বিকল্পগুলির বিস্তারিত বিবরণ মুদ্রণ করুন
-- ব্যবহার
এই ব্যবহার বার্তা প্রিন্ট করুন
--সংস্করণ
প্রিন্ট সংস্করণ তথ্য এবং প্রস্থান
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে bowtie2-build অনলাইন ব্যবহার করুন