এটি হল bp_fetchp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
bp_fetch.pl - বায়োপারল ইনডেক্সড ডাটাবেস থেকে সিকোয়েন্স আনে
সাইনোপিসিস
bp_fetch.pl সুইস:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG সুইস:ROA1_HUMAN
বর্ণনাঃ
Bioperl-এ DB অ্যাক্সেস সিস্টেম ব্যবহার করে সিকোয়েন্স আনে। এর সবচেয়ে সাধারণ ব্যবহার হল
bpindex.pl ব্যবহার করে নির্মিত বায়োপারল সূচক থেকে সিকোয়েন্স bp_fetch করতে বা সিকোয়েন্স আনতে
NCBI ওয়েবসাইট থেকে
সিকোয়েন্স পুনরুদ্ধারের জন্য বিন্যাস ইচ্ছাকৃতভাবে GCG/EMBOSS বিন্যাসের মত
নিম্নলিখিত:
db: নাম
একটি 'মেটা' ডাটাবেস টাইপ করার সম্ভাবনা সহ, হচ্ছে
মেটা::ডিবি:নাম
মেটা তথ্য তিন ধরনের এক হতে পারে
স্থানীয় - স্থানীয় সূচীযুক্ত ফ্ল্যাট ফাইল ডাটাবেস
নেট - নেটওয়ার্কযুক্ত http: ভিত্তিক ডাটাবেস
ace - ACeDB ডাটাবেস
কোনো মেটা ডিবি তথ্য ছাড়াই ডাটাবেসের নামের জন্য এই তথ্য ডিফল্ট 'স্থানীয়'
বিকল্প
-fmt - আউটপুট বিন্যাস
ফাস্তা (ডিফল্ট), EMBL, Raw, swiss or GCG
-acc - স্ট্রিং একটি অ্যাক্সেস নম্বর, একটি নয়
আইডি।
শুধুমাত্র বিশেষজ্ঞ ব্যবহারের জন্য বিকল্প
-dir - সূচী ফাইল খুঁজতে ডিরেক্টরি
(BIOPERL_INDEX পরিবেশ পরিবর্তনশীলকে ওভাররাইড করে)
-type - খুলতে DBM ফাইলের ধরন
(BIOPERL_INDEX_TYPE পরিবেশ পরিবর্তনশীলকে ওভাররাইড করে)
পরিবেশ
bp_index এবং bp_fetch কোঅর্ডিনেট যেখানে ডাটাবেস এনভায়রনমেন্ট ভেরিয়েবল ব্যবহার করে থাকে
BIOPERL_INDEX। এটি -dir বিকল্প ব্যবহার করে ওভাররাইড করা যেতে পারে। সূচকের ধরন (SDBM বা
DB_File বা অন্য একটি সূচক ফাইল) BIOPERL_INDEX_TYPE ভেরিয়েবল দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হয়। এই
SDBM_File এ ডিফল্ট
ব্যবহার IT নিজের
bp_fetch হল বায়োপারল মডিউলগুলির চারপাশে একটি মোড়ক যা Bio::DB::BioSeqI সমর্থন করে
বিমূর্ত ইন্টারফেস। এর মধ্যে রয়েছে:
লেখক কোড
জেমস গিলবার্ট - ফাস্ট ইনডেক্সার, অ্যাবস্ট্রাক্ট ইনডেক্সার
Aaron Mackay - GenBank এবং GenPept DB অ্যাক্সেস
Ewan Birney - EMBL .dat indexer
অনেক মানুষ - SeqIO কোড
এই মডিউলগুলি সরাসরি ব্যবহার করা যেতে পারে, যা এই স্ক্রিপ্টটিকে সিস্টেম হিসাবে ব্যবহার করার চেয়ে অনেক ভাল
কল বা একটি পাইপ থেকে পড়ার জন্য। এটি কিভাবে ব্যবহার করা হয় তা দেখতে bp_fetch এর সোর্স কোডটি পড়ুন।
প্রসারিত IT
bp_fetch ডাটাবেসে অ্যাক্সেস প্রদানের জন্য বিভিন্ন মডিউল ব্যবহার করে। যেকোন মডিউল
যা Bio::DB::BioSeqI ইন্টারফেসের সদস্যতা এখানে ব্যবহার করা যেতে পারে। ফ্ল্যাট ফাইলের জন্য
indexers, Bio::Index::Abstract প্রসারিত করার মাধ্যমে এটি সর্বোত্তম করা হয়, যেমনটি করা হয়েছে
Bio::Index::EMBL এবং Bio::Index::Fasta। অন্যান্য ডাটাবেস অ্যাক্সেসের জন্য আপনার প্রয়োজন হবে
আপনার নিজের ইন্টারফেস রোল.
নতুন আউটপুট ফরম্যাটের জন্য, আপনাকে একটি নতুন SeqIO মডিউল যোগ করতে হবে। সবচেয়ে সহজ জিনিস দেখতে হয়
Bio::SeqIO::ফাস্টে এবং আপনার নিজের ফরম্যাটের জন্য কীভাবে এটি হ্যাক করবেন তা বের করুন (এটিকে কিছু বলুন
স্পষ্টতই ভিন্ন)।
প্রতিক্রিয়া
মেইলিং পাখি
ব্যবহারকারীর প্রতিক্রিয়া এই এবং অন্যান্য Bioperl মডিউলগুলির বিবর্তনের একটি অবিচ্ছেদ্য অংশ। পাঠান
আপনার মন্তব্য এবং পরামর্শ বায়োপারল মেইলিং লিস্টে। আপনার অংশগ্রহণ
অনেক প্রশংসা করা হয়
[ইমেল সুরক্ষিত] - সাধারণ আলোচনা
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - মেইলিং তালিকা সম্পর্কে
প্রতিবেদন বাগ
বায়োপারল বাগ ট্র্যাকিং সিস্টেমে বাগ রিপোর্ট করুন আমাদের বাগ এবং তাদের ট্র্যাক রাখতে সাহায্য করতে
রেজোলিউশন বাগ রিপোর্টগুলি ওয়েবের মাধ্যমে জমা দেওয়া যেতে পারে:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে bp_fetchp ব্যবহার করুন
