এটি হল ChimeraSlayer কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
chimeraslayer - PCR পরিবর্ধিত DNA-তে সম্ভাব্য কাইমেরা সনাক্ত করে
বর্ণনাঃ
ChimeraSlayer হল একটি কাইমেরিক সিকোয়েন্স সনাক্তকরণ ইউটিলিটি, প্রায় পূর্ণ দৈর্ঘ্যের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ
সেঞ্জার সিকোয়েন্স এবং ছোট 454-FLX সিকোয়েন্স (~500bp)।
Chimeric 16S ফ্ল্যাগ করার জন্য কাইমেরা স্লেয়ার নিম্নলিখিত ধাপগুলিকে জড়িত করে৷
rRNA ক্রম:
1. একটি ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের শেষগুলি রেফারেন্সের অন্তর্ভুক্ত ডাটাবেসের বিরুদ্ধে অনুসন্ধান করা হয়
একটি কাইমেরার সম্ভাব্য পিতামাতা সনাক্ত করতে কাইমেরা-মুক্ত 16S সিকোয়েন্স
2. একটি কাইমেরার প্রার্থী পিতামাতাদের নির্বাচিত করা হয় যারা একটি শাখাযুক্ত সেরা গঠন করে
NAST-ফরম্যাট করা ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সে স্কোরিং অ্যালাইনমেন্ট
3. ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের NAST সারিবদ্ধকরণ একটি 'কাইমেরা-সচেতন' প্রোফাইলে উন্নত করা হয়েছে-
নির্বাচিত রেফারেন্স প্যারেন্ট সিকোয়েন্সে NAST ভিত্তিক পুনর্বিন্যাস
4. একটি বিবর্তনীয় ফ্রেমওয়ার্ক বৃহত্তর প্রদর্শনের জন্য পাওয়া প্রশ্নের ক্রমগুলিকে ফ্ল্যাগ করতে ব্যবহৃত হয়
সিকোয়েন্স হোমোলজি একটি ইন সিলিকো কাইমেরা নির্বাচিত যেকোনো দুটির মধ্যে গঠিত
রেফারেন্স অভিভাবক ক্রম.
কাইমেরা স্লেয়ার চালানোর জন্য, আপনার nast-ier দ্বারা উত্পন্ন NAST- বিন্যাসকৃত ক্রমগুলির প্রয়োজন
ইউটিলিটি।
ChimeraSlayer হল microbiomeutil স্যুটের অংশ।
বিকল্প
প্রয়োজনীয়
--query_NAST
সারিবদ্ধ বিন্যাসে ক্যোয়ারী সিকোয়েন্স ধারণকারী মাল্টি-ফাস্ট ফাইল
সাধারণ অপশন
--db_NAST
NAST ফরম্যাটে db (ডিফল্ট:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
ফাস্টা ফরম্যাটে db (মেগাব্লাস্ট ফরম্যাট) (ডিফল্ট:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
-n তুলনা করার জন্য শীর্ষ ম্যাচিং ডাটাবেস সিকোয়েন্সের সংখ্যা (ডিফল্ট 15)
-R সর্বনিম্ন বিচ্যুতি অনুপাত ডিফল্ট: 1.007
-P মিলে যাওয়া ক্রমগুলির মধ্যে ন্যূনতম শতাংশ পরিচয় (ডিফল্ট: 90)
পরামিতি থেকে সুর কাইমেরা প্যারেন্ট নির্বাচক:
স্কোরিং পরামিতি:
-M ম্যাচ স্কোর (ডিফল্ট: +5)
-N অমিল জরিমানা (ডিফল্ট: -4)
-Q ডাটাবেস সিকোয়েন্সের সাথে মিল করে সর্বনিম্ন ক্যোয়ারী কভারেজ (ডিফল্ট: 70)
-T একাধিক প্রান্তিককরণের সর্বাধিক ট্রাভার্স (ডিফল্ট: 1)
পরামিতি থেকে সুর কাইমেরাফাইলোচেকার
-- উইন্ডো সাইজ
ডিফল্ট 50
--উইন্ডোস্টেপ
ডিফল্ট 5
--মিনবিএস
কাইমেরা কল করার জন্য ন্যূনতম বুটস্ট্র্যাপ সমর্থন (ডিফল্ট: 90)
--সংখ্যা_বিএস_প্রতিলিপি
ডিফল্ট: 100 X
--low_range_finer_BS
(ডিফল্ট: 10) যদি গণনা করা BS minBS এবং (minBS - low_range_finer_BS) এর মধ্যে হয়,
তারপর num_finer_BS_replicates গণনা করা হয়।
--num_finer_BS_replicates
(ডিফল্ট: 1000)
-S কম্পিউটিং বুটস্ট্র্যাপের জন্য ব্রেকপয়েন্টের প্রতিটি পাশে নমুনা হিসাবে SNP-এর শতাংশ
সমর্থন (ডিফল্ট: 10)
--সংখ্যা_পিতামাতার_পরীক্ষা
কাইমেরা পরীক্ষা করার জন্য সম্ভাব্য পিতামাতার সংখ্যা (ডিফল্ট: 3)
--MAX_CHIMERA_PARENT_PER_ID
এর উপরে perID সহ কাইমেরা/প্যারেন্ট অ্যালাইনমেন্টগুলি নন-কাইমেরা হিসাবে বিবেচিত হয়
(ডিফল্ট 100; বন্ধ)
মিক্স অপশন
--প্রিন্ট ফাইনাল অ্যালাইনমেন্ট
ক্যোয়ারী সিকোয়েন্স এবং পেয়ার অফ ক্যান্ডিডেট কাইমেরা প্যারেন্টের মধ্যে সারিবদ্ধতা দেখায়
--প্রিন্ট সিলাইনমেন্ট
ChimeraSlayer আউটপুটে ChimeraSlayer প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করুন
--exec_dir
দৌড়ানোর আগে এখানে chdir
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে ChimeraSlayer ব্যবহার করুন
