cleanasn - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

cleanasn - NCBI ASN.1 অবজেক্টে অনিয়ম পরিষ্কার করুন

সাইনোপিসিস

পরিষ্কার [-] [-A ফাইলের নাম] [-C Str] [-D Str] [-F Str] [-K Str] [-L ফাইলের নাম] [-M ফাইলের নাম]
[-N Str] [-P Str] [-Q Str] [-R] [-S Str] [-T] [-U Str] [-V Str] [-X Str] [-Z Str] [-a Str]
[-b] [-c] [-d Str] [-f Str] [-i ফাইলের নাম] [-j ফাইলের নাম] [-k ফাইলের নাম] [-m Str] [-n পথ]
[-o ফাইলের নাম] [-p পথ] [-q পথ] [-r পথ] [-v পথ] [-x EXT]

বর্ণনাঃ

পরিষ্কার NCBI ASN.1 অবজেক্টে অনিয়ম পরিষ্কার করার জন্য একটি ইউটিলিটি প্রোগ্রাম।

বিকল্প

বিকল্পগুলির একটি সারাংশ নীচে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে।

- প্রিন্ট ব্যবহার বার্তা

-A ফাইলের নাম
অ্যাক্সেস তালিকা ফাইল

-C Str সিকোয়েন্স অপারেশন, str এ ফ্ল্যাগ অনুযায়ী:
গ কম্প্রেস
ডিকম্প্রেস
v সেগমেন্টেড সিকোয়েন্সের ভিতরে ভার্চুয়াল ফাঁক
s সেগমেন্টেড সেটকে ডেল্টা সিকোয়েন্সে রূপান্তর করুন

-D Str str এ ফ্ল্যাগ অনুযায়ী বর্ণনাকারী পরিষ্কার করুন:
টি শিরোনাম সরান
গ মন্তব্য সরান
n Nuc-Prot সেট শিরোনাম সরান
e Pop/phy/Mut/Eco সেট শিরোনাম সরান
m mRNA শিরোনাম সরান
p প্রোটিন শিরোনাম সরান

-F Str str এ ফ্ল্যাগ অনুযায়ী বৈশিষ্ট্যগুলি পরিষ্কার করুন:
u ব্যবহারকারী-বস্তু অপসারণ
d db_xrefs সরান
e সরান /প্রমান এবং /অনুমান
r অপ্রয়োজনীয় জিন xrefs সরান
f ফিউজ ডুপ্লিকেট বৈশিষ্ট্য
k প্যাকেজ কোডিং-অঞ্চল বা অংশ বৈশিষ্ট্য
z EC নম্বর মুছুন বা আপডেট করুন

-K Str str এ ফ্ল্যাগ অনুযায়ী একটি সাধারণ পরিচ্ছন্নতা সম্পাদন করুন:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ বেসিক ক্লিনআপ (একটি বাহ্যিক ইউটিলিটির মাধ্যমে)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n বর্ণনাকারীর ক্রমকে স্বাভাবিক করুন
u NcbiCleanup ব্যবহারকারী অবজেক্টগুলি সরান
গ জেনেটিক কোড সিঙ্ক্রোনাইজ করুন
d সিডিএস আংশিক পুনরায় সিঙ্ক্রোনাইজ করুন
m mRNA আংশিক পুনরায় সিঙ্ক্রোনাইজ করুন
t পেপটাইড আংশিক পুনরায় সিঙ্ক্রোনাইজ করুন
একটি ঐক্যমত্য বিভক্তি সমন্বয়
আমি "সবচেয়ে খারাপ" সেক-আইডিতে প্রচার করি

-L ফাইলের নাম
লগ ফাইল

-M ফাইলের নাম
ম্যাক্রো ফাইল

-N Str str এ ফ্ল্যাগ অনুযায়ী লিঙ্কগুলি পরিষ্কার করুন:
o ওভারল্যাপ দ্বারা CDS mRNA লিঙ্ক করুন
p পণ্য দ্বারা CDS mRNA লিঙ্ক করুন
r বৈশিষ্ট্য আইডি পুনরায় বরাদ্দ করুন
f অনুপস্থিত পারস্পরিক বৈশিষ্ট্য আইডি ঠিক করুন
গ ফিচার আইডি সাফ করুন

-P প্রকাশনার বিকল্প:
একটি সমস্ত প্রকাশনা সরান
s ক্রমিক নম্বর সরান
f চিত্র, সংখ্যাকরণ এবং নাম সরান
r মন্তব্য সরান
u শুধুমাত্র PMID প্রকাশনা আপডেট করুন
# PMID দিয়ে অপ্রকাশিত প্রতিস্থাপন করুন

-Q Str প্রতিবেদন:
গ রেকর্ড গণনা
r ASN.1 BSEC রিপোর্ট
s ASN.1 SSEC রিপোর্ট
n NORM বনাম SSEC রিপোর্ট
ই PopPhyMutEco অটোডিফ রিপোর্ট
ওভারল্যাপ রিপোর্ট
l অক্ষাংশ-দ্রাঘিমাংশের দেশ পার্থক্য
d লগ SSEC পার্থক্য
g GenBank SSEC পার্থক্য
f asn2gb/asn2flat পার্থক্য
h Seg-to-delta GenBank পার্থক্য
v ভ্যালিডেটর SSEC পার্থক্য
m জিন/আরএনএ/পিসিআর আধুনিকীকরণ করুন
u অপ্রকাশিত পাব সন্ধান
p প্রকাশিত পাব লুকআপ
j আনইনডেক্সড জার্নাল রিপোর্ট
x কাস্টম স্ক্যান

-R আইডি থেকে রিমোট ফেচিং (এনসিবিআই সিকোয়েন্স ডেটাবেস)

-S Str সিলেক্টিভ ডিফারেন্স ফিল্টার (ক্যাপিটাল অক্ষর স্কিপ)
s SSEC
b BSEC
একজন লেখক
p প্রকাশনা
l অবস্থান
r RNA
q কোয়ালিফায়ার সাজানোর অর্ডার
g Genbank ব্লক
k প্যাকেজ CdRegion বা অংশ বৈশিষ্ট্য
m প্রকাশনা সরান
o ডুপ্লিকেট বায়োসেক প্রকাশনা ছেড়ে দিন
d স্বয়ংক্রিয় সংজ্ঞা লাইন
e Pop/phy/Mut/Eco সেট সংজ্ঞা লাইন

-T ট্যাক্সোনমি লুকআপ

-U Str str এ পতাকাগুলির প্রতি আধুনিকীকরণ করুন:
g জিন
r RNA
পি পিসিআর প্রাইমার

-V Str যাচাইকারীর তীব্রতা দ্বারা বৈশিষ্ট্যগুলি সরান:
r প্রত্যাখ্যান
ই ত্রুটি
w সতর্কতা
i তথ্য

-X Str বিবিধ বিকল্প, প্রতি str:
d স্বয়ংক্রিয় সংজ্ঞা লাইন
e Pop/phy/Mut/Eco সেট সংজ্ঞা লাইন
n তাত্ক্ষণিক NC শিরোনাম
m তাত্ক্ষণিক NM শিরোনাম
x বিশেষ XM শিরোনাম
p ইনস্ট্যান্টিয়েট প্রোটিন শিরোনাম
c কোডিং সিকোয়েন্সের জন্য mRNA তৈরি করুন
f পারস্পরিক প্রোটিন_আইডি/ট্রান্সক্রিপ্ট_আইডি ঠিক করুন

-Z Str নির্দেশিত ব্যবহারকারী-অবজেক্ট সরান

-a Str ASN.1 প্রকার
কোনো (ডিফল্ট)
e Seq-এন্ট্রি
b Bioseq
s বায়োসেক-সেট
m Seq- জমা দিন
t ব্যাচ প্রসেসিং [স্ট্রিং]

-b ইনপুট ASN.1 হল বাইনারি

-c ইনপুট ASN.1 সংকুচিত হয়

-d Str উৎস ডাটাবেস
কোনো (ডিফল্ট)
g GenBank
e EMBL
d DDBJ
b EMBL বা DDBJ
r RefSeq
n NCBI
v শুধুমাত্র সেগমেন্টেড সিকোয়েন্স
w সেগমেন্টেড সিকোয়েন্স বাদ দিন
x EMBL/DDBJ বাদ দিন
y gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts বাদ দিন

-f Str সাবস্ট্রিং ফিল্টার

-i ফাইলের নাম
একক ইনপুট ফাইল (স্টডিনে ডিফল্ট)

-j ফাইলের নাম
প্রথম ফাইলের নাম

-k ফাইলের নাম
শেষ ফাইলের নাম

-m Str ফ্ল্যাটফাইল মোড:
r মুক্তি
e Entrez
s সেকুইন
d ডাম্প

-n পথ
asn2flat এক্সিকিউটেবল (ডিফল্ট হল /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o ফাইলের নাম
একক আউটপুট ফাইল (stdout থেকে ডিফল্ট)

-p পথ
সমস্ত মিলে যাওয়া ফাইল প্রক্রিয়া করুন পথ

-q পথ
ffdiff এক্সিকিউটেবল (ডিফল্ট হল /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r পথ
ফলাফলের জন্য পথ

-v পথ
asnval এক্সিকিউটেবল (ডিফল্ট হল /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x EXT এর সাথে ব্যবহারের জন্য ফাইল নির্বাচন প্রত্যয় -p (এ ডিফল্ট .ent)

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে cleanasn ব্যবহার করুন