cmbuild - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

cmbuild - কাঠামোগতভাবে টীকাযুক্ত RNA মাল্টিপল সিকোয়েন্স থেকে কোভেরিয়েন্স মডেল(গুলি) তৈরি করুন
প্রান্তিককরণ(গুলি)

সাইনোপিসিস

cmbuild [বিকল্প]

বর্ণনাঃ

প্রতিটি একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণের জন্য একটি সহভারি মডেল তৈরি করুন এবং এটি সংরক্ষণ করুন
একটি নতুন ফাইল .

প্রান্তিককরণ ফাইলটি অবশ্যই স্টকহোম বা SELEX বিন্যাসে হতে হবে এবং অবশ্যই ঐকমত্য থাকতে হবে
সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার টীকা। cmbuild নির্ধারণ করতে ঐক্যমত্য কাঠামো ব্যবহার করে
মুখ্যমন্ত্রীর স্থাপত্য।

হতে পারে '-' (ড্যাশ), যার অর্থ এই ইনপুটটি থেকে পড়া stdin একটি ফাইলের পরিবর্তে।
'-' ব্যবহার করতে, আপনাকে অবশ্যই এর সাথে সারিবদ্ধ ফাইল বিন্যাসটিও উল্লেখ করতে হবে -- তথ্য , হিসাবে হিসাবে
-- তথ্য স্টকহোম-এর (আমাদের বাস্তবায়নে বর্তমান সীমাবদ্ধতার কারণে, MSA ফাইল
নন-রিউইন্ডেবল ইনপুট স্ট্রীমে ফর্ম্যাটগুলি স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা যায় না।)

সম্ভবত না '-' (stdout), কারণ সিএম ফাইল পাঠানো হচ্ছে stdout সংঘর্ষ হবে
প্রোগ্রামের অন্যান্য পাঠ্য আউটপুট সহ।

CM(গুলি) লেখার পাশাপাশি , cmbuild এছাড়াও প্রতিটি জন্য একটি একক লাইন আউটপুট
মডেল stdout তৈরি করা হয়েছে. প্রতিটি লাইনে নিম্নলিখিত ক্ষেত্র রয়েছে: "aln": এর সূচক
সিএম তৈরি করতে ব্যবহৃত প্রান্তিককরণ; "idx": CM এর সূচক ; "নাম":
মুখ্যমন্ত্রীর নাম; "nseq": সিএম তৈরি করতে ব্যবহৃত প্রান্তিককরণের ক্রম সংখ্যা;
"eff_nseq": মডেল তৈরি করতে ব্যবহৃত সিকোয়েন্সের কার্যকরী সংখ্যা; "alen": দৈর্ঘ্য
CM নির্মাণের জন্য ব্যবহৃত প্রান্তিককরণের; "ক্লেন": প্রান্তিককরণ থেকে কলামের সংখ্যা
ঐক্যমত (মিল) কলাম হিসাবে সংজ্ঞায়িত; "bps": CM-এ বেসপেয়ারের সংখ্যা; "bifs":
সিএম-এ দ্বিখণ্ডনের সংখ্যা; "rel এনট্রপি: CM": এর মোট আপেক্ষিক এনট্রপি
ঐক্যমত কলামের সংখ্যা দ্বারা বিভক্ত মডেল; "rel এনট্রপি: HMM": মোট আপেক্ষিক
মাধ্যমিক কাঠামো উপেক্ষা করে মডেলের এনট্রপি ঐক্যমতের সংখ্যা দ্বারা বিভক্ত
কলাম. "description": মডেল/সারিবদ্ধকরণের বর্ণনা।

বিকল্প

-h সাহায্য; কমান্ড লাইন ব্যবহার এবং উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি সংক্ষিপ্ত অনুস্মারক মুদ্রণ করুন।

-n নতুন মুখ্যমন্ত্রীর নাম বলুন . ডিফল্ট হল সারিবদ্ধকরণের নাম ব্যবহার করা (যদি একটি হয়
উপস্থিত ), অথবা, যে ব্যর্থ, নাম . If
একাধিক প্রান্তিককরণ রয়েছে, -n কাজ করে না, এবং প্রতিটি প্রান্তিককরণ
একটি নাম টীকা থাকা আবশ্যক (স্টকহোম #=জিএফ আইডি টীকা হিসাবে)।

-F মঞ্জুর করুন ওভাররাইট করা এই বিকল্প ছাড়া, যদি ইতিমধ্যে
বিদ্যমান, cmbuild একটি ত্রুটি সঙ্গে প্রস্থান.

-o ফাইলে সারাংশ আউটপুট নির্দেশ করুন , বরং থেকে stdout

-O প্রতিটি মডেল তৈরি হওয়ার পরে, একটি ফাইলে টীকাযুক্ত উত্স প্রান্তিককরণগুলি পুনরায় সংরক্ষণ করুন
স্টকহোম ফরম্যাটে। ক্রমগুলি কী আপেক্ষিক ক্রম ওজনের সাথে টীকা করা হয়
নিয়োগ করা হয়েছিল। সারিবদ্ধকরণগুলি একটি রেফারেন্স টীকা লাইনের সাথে টীকা করা হয়
সম্মতি হিসাবে কোন কলাম বরাদ্দ করা হয়েছে তা নির্দেশ করে। যদি উৎস প্রান্তিককরণ ছিল
রেফারেন্স টীকা ("#=GC RF") এর সম্মতির অবশিষ্টাংশ দিয়ে প্রতিস্থাপিত হবে
ঐক্যমত্য কলামের মডেল এবং '।' কলাম সন্নিবেশের জন্য, যদি না --হাত
বিকল্পটি ঐকমত্য অবস্থান নির্দিষ্ট করার জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল, যে ক্ষেত্রে এটি হবে
অপরিবর্তিত

-- devhelp প্রিন্ট সাহায্য, সঙ্গে হিসাবে -h , তবে বিশেষজ্ঞের বিকল্পগুলিও অন্তর্ভুক্ত করুন যা নয়
সঙ্গে প্রদর্শিত -h . এই বিশেষজ্ঞ বিকল্পগুলির জন্য প্রাসঙ্গিক হবে বলে আশা করা হয় না
ব্যবহারকারীদের বিশাল সংখ্যাগরিষ্ঠতা এবং তাই ম্যানুয়াল পৃষ্ঠায় বর্ণনা করা হয় না। একমাত্র
তারা আসলে কি করে তা বোঝার জন্য সম্পদ হল সংক্ষিপ্ত এক-লাইন
বর্ণনা আউটপুট যখন -- devhelp সক্রিয় করা হয়েছে, এবং উৎস কোড।

বিকল্প কন্ট্রোলিং মডেল নির্মাণ

এই বিকল্পগুলি নিয়ন্ত্রণ করে যে কীভাবে ঐক্যমত্য কলামগুলি একটি প্রান্তিককরণে সংজ্ঞায়িত করা হয়।

--দ্রুত ঐকমত্য কলামগুলিকে স্বয়ংক্রিয়ভাবে সংজ্ঞায়িত করুন যেগুলির একটি ভগ্নাংশ আছে >=৷ symfrac of
ফাঁক বিরোধিতা হিসাবে অবশিষ্টাংশ. (এর জন্য নীচে দেখুন --সিমফ্রাক বিকল্প।) এই হল
ডিফল্ট.

--হাত কোনটি নির্ধারণ করতে রেফারেন্স কোঅর্ডিনেট টীকা ব্যবহার করুন (#=GC RF লাইন, স্টকহোমে)
কলাম হল ঐক্যমত, এবং যা সন্নিবেশ। যেকোন নন-গ্যাপ অক্ষর a নির্দেশ করে
ঐক্যমত কলাম। (উদাহরণস্বরূপ, ঐক্যমত্য কলামগুলিকে "x" দিয়ে চিহ্নিত করুন এবং কলামগুলি সন্নিবেশ করুন৷
সঙ্গে ".".) এই বিকল্পটি বলা হয়েছিল --আরএফ ইনফার্নালের পূর্ববর্তী সংস্করণে (0.1
1.0.2 পর্যন্ত)।

--সিমফ্রাক
একটি ঐক্যমত্য কলাম সংজ্ঞায়িত করার জন্য প্রয়োজনীয় অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ থ্রেশহোল্ড সংজ্ঞায়িত করুন যখন
ব্যবহার না --হাত. ডিফল্ট হল 0.5। প্রতিটি কলামে প্রতীক ভগ্নাংশ হয়
অ্যাকাউন্টে আপেক্ষিক ক্রম ওজন নেওয়ার পরে গণনা করা হয়। এটি সেট করা হচ্ছে
0.0 এর মানে হল যে প্রতিটি প্রান্তিককরণ কলাম ঐক্যমত হিসাবে বরাদ্দ করা হবে, যা হতে পারে
কিছু ক্ষেত্রে দরকারী। এটিকে 1.0 তে সেট করার মানে হল যে শুধুমাত্র কলামগুলি যেগুলি 0 ফাঁক অন্তর্ভুক্ত করে৷
ঐকমত্য হিসাবে বরাদ্দ করা হবে। এই বিকল্পটি প্রতিস্থাপন করে -- গ্যাপথ্রেস পছন্দ
ইনফার্নালের পূর্ববর্তী সংস্করণ থেকে (0.1 থেকে 1.0.2), সহ সমান (1.0 -
) উদাহরণস্বরূপ একটি কমান্ডের জন্য আচরণ পুনরুত্পাদন cmbuild -- গ্যাপথ্রেস 0.8
পূর্ববর্তী সংস্করণে, ব্যবহার করুন cmbuild --সিমফ্রাক 0.2 এই সংস্করণের সাথে।

--নোস সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার টীকা উপেক্ষা করুন, যদি থাকে, এবং এর সাথে একটি সিএম তৈরি করুন
শূন্য বেসপেয়ার এই মডেল একটি প্রোফাইল HMM অনুরূপ হবে এবং cm অনুসন্ধান এবং
cmscan প্রোগ্রামগুলি এইচএমএম অ্যালগরিদম ব্যবহার করবে যা এটির জন্য সিএমের চেয়ে দ্রুত
মডেল. অতিরিক্তভাবে, একটি শূন্য বেসপেয়ার মডেলের সাথে ক্রমাঙ্কিত করার প্রয়োজন নেই সেমি ক্যালিব্রেট
দৌড়ানোর আগে cm অনুসন্ধান এর সাথে. দ্য --নোস বিকল্পটি ব্যবহার করা আবশ্যক যদি না থাকে
সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার টীকা .

--গবেষণা
ফাইলে RIBOSUM ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করে প্যারামিটারাইজ নির্গমন একটি লা গবেষণা স্কোর করে .
সঙ্গে --গবেষণা সক্রিয়, সমস্ত প্রান্তিককরণ ঠিক এক থাকতে হবে
ক্রম বা --কল বিকল্পটিও সক্রিয় করা আবশ্যক। প্রতিটি ক্রম সব অবস্থান
সম্মতি "কলাম" হিসাবে বিবেচিত হবে। আসলে, এই জন্য নির্গমন স্কোর
মডেলিং এর পার্থক্যের কারণে মডেলগুলি RIBOSUM স্কোরের সাথে অভিন্ন হবে না
ইনফার্নাল এবং RSEARCH এর মধ্যে কৌশল, কিন্তু তারা যতটা সম্ভব একই রকম হবে।
RIBOSUM ম্যাট্রিক্স ফাইলগুলি ইনফার্নালের সাথে "matrices/" সাবডিরেক্টরিতে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে
শীর্ষ-স্তরের "ইনফারনাল-xxx" ডিরেক্টরি। RIBOSUM ম্যাট্রিক্স হল প্রতিস্থাপন স্কোর
পৃথক একক আটকে থাকা কাঠামোগত RNA-এর জন্য বিশেষভাবে প্রশিক্ষিত ম্যাট্রিক্স
অবশিষ্টাংশ এবং ভিত্তি জোড়া প্রতিস্থাপন স্কোর. আরও তথ্যের জন্য RSEARCH দেখুন
প্রকাশনা (ক্লেইন এবং এডি, বিএমসি বায়োইনফরমেটিক্স 4:44, 2003)।

অন্যান্য মডেল নির্মাণ বিকল্প

--খালি
থেকে একটি নাল মডেল পড়ুন . নাল মডেল প্রতিটি RNA এর সম্ভাব্যতা সংজ্ঞায়িত করে
ব্যাকগ্রাউন্ড সিকোয়েন্সে নিউক্লিওটাইড, প্রতিটি নিউক্লিওটাইডের জন্য ডিফল্ট 0.25 ব্যবহার করা হয়।
নাল ফাইলের বিন্যাস ব্যবহারকারীর নির্দেশিকায় নির্দিষ্ট করা আছে।

--পূর্বে
এর আগে একটি Dirichlet পড়ুন , ডিফল্ট মিশ্রণ Dirichlet প্রতিস্থাপন. দ্য
পূর্ববর্তী ফাইলের বিন্যাস ব্যবহারকারীর নির্দেশিকায় নির্দিষ্ট করা আছে।

ব্যবহার -- devhelp অতিরিক্ত, অন্যথায় নথিভুক্ত, মডেল নির্মাণ বিকল্প দেখতে।

বিকল্প কন্ট্রোলিং RELATIVE ওজন

cmbuild একটি অ্যাডহক সিকোয়েন্স ওয়েটিং অ্যালগরিদম ব্যবহার করে কম ওজনের সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত
ক্রম এবং আপওয়েট দূরত্ব সম্পর্কিত বেশী. এই মডেল কম তৈরির প্রভাব আছে
অসম ফাইলোজেনেটিক উপস্থাপনা দ্বারা পক্ষপাতদুষ্ট। উদাহরণস্বরূপ, দুটি অভিন্ন ক্রম হবে
সাধারণত প্রতিটি একটি সিকোয়েন্সের অর্ধেক ওজন পায়। এই বিকল্প নিয়ন্ত্রণ
যা অ্যালগরিদম ব্যবহার করা হয়।

--wpb হেনিকফ পজিশন-ভিত্তিক সিকোয়েন্স ওয়েটিং স্কিম ব্যবহার করুন [হেনিকফ এবং হেনিকফ,
জে. মো. বায়োল 243:574, 1994]। এটি ডিফল্ট।

--wgsc Gerstein/Sonnhammer/chothia ওয়েটিং অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন [Gerstein et al, J. Mol.
বায়োল 235:1067, 1994]।

--ওয়ান
ক্রম ওজন বন্ধ করুন; যেমন স্পষ্টভাবে সমস্ত ক্রম ওজন 1.0 এ সেট করুন।

--প্রদত্ত
ইনপুট সারিবদ্ধকরণ ফাইলে টীকা হিসাবে দেওয়া ক্রম ওজন ব্যবহার করুন. যদি না
ওজন দেওয়া হয়েছে, ধরে নিন তারা সব 1.0। ডিফল্ট নতুন নির্ধারণ করা হয়
গারস্টেইন/সোনহ্যামার/চোথিয়া অ্যালগরিদম দ্বারা সিকোয়েন্স ওজন, কোনো উপেক্ষা করে
টীকাযুক্ত ওজন

--wblosum
ডিফল্টের পরিবর্তে সিকোয়েন্সগুলি ওজন করতে BLOSUM ফিল্টারিং অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন
জিএসসি ওয়েটিং। একটি নির্দিষ্ট শতাংশ পরিচয়ে ক্রমগুলিকে ক্লাস্টার করুন (দেখুন --প্রশস্ত);
প্রতিটি ক্লাস্টারের মোট ওজন নির্ধারণ করুন 1.0, সদস্যদের মধ্যে সমানভাবে বিতরণ করা হয়
যে ক্লাস্টার.

--প্রশস্ত
এর আচরণ নিয়ন্ত্রণ করে --wblosum শতাংশ সেট করে ওজন করার বিকল্প
সারিবদ্ধকরণ ক্লাস্টার করার জন্য পরিচয় .

বিকল্প কন্ট্রোলিং কার্যকর ক্রম NUMBER টি

আপেক্ষিক ওজন নির্ধারণ করার পরে, তাদের মোট কার্যকরী যোগফলের জন্য স্বাভাবিক করা হয়
ক্রমিক নম্বর, eff_nseq. এই সংখ্যাটি অনুক্রমের প্রকৃত সংখ্যা হতে পারে৷
প্রান্তিককরণ, কিন্তু এটি প্রায় সবসময় তার চেয়ে ছোট। ডিফল্ট এনট্রপি ওজন
পদ্ধতি (--ইন্ট) তথ্য বিষয়বস্তু কমাতে কার্যকর ক্রম সংখ্যা হ্রাস করে
(আপেক্ষিক এনট্রপি, বা সত্যিকারের হোমোলজগুলিতে গড় প্রত্যাশিত স্কোর) প্রতি ঐক্যমত্য অবস্থান। দ্য
লক্ষ্য আপেক্ষিক এনট্রপি একটি দুই-প্যারামিটার ফাংশন দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হয়, যেখানে দুটি
পরামিতি সঙ্গে সেট করা হয় --এরে এবং --এসিগমা।

--ইন্ট কার্যকর ক্রম সংখ্যা নির্ধারণ করতে এনট্রপি ওজন নির্ধারণের কৌশলটি ব্যবহার করুন
একটি টার্গেট মানে ম্যাচ স্টেট আপেক্ষিক এনট্রপি দেয়। এই বিকল্পটি ডিফল্ট, এবং
দিয়ে বন্ধ করা যেতে পারে --এনোন ডিফল্ট টার্গেট মানে ম্যাচ স্টেট আপেক্ষিক
এনট্রপি কমপক্ষে 0.59টি বেসপেয়ার সহ মডেলের জন্য 1 বিট এবং মডেলগুলির জন্য 0.38 বিট
শূন্য basepairs সঙ্গে, কিন্তু সঙ্গে পরিবর্তিত --এরে ডিফল্ট 0.59 বা 0.38 বিট
মডেলের মোট আপেক্ষিক এনট্রপি হলে স্বয়ংক্রিয়ভাবে পরিবর্তিত হয় (সারাংশ মিল
রাষ্ট্রীয় আপেক্ষিক এনট্রপি) একটি কাটঅফের চেয়ে কম, যা ডিফল্টরূপে 6.0 বিট, কিন্তু
বিশেষজ্ঞের সাথে পরিবর্তন করা যেতে পারে, অনথিভুক্ত --এক্স বিকল্প আপনি যদি সত্যিই চান
সেই বিকল্পের সাথে খেলুন, সোর্স কোডটি দেখুন।

--এনোন
এনট্রপি ওয়েটিং কৌশল বন্ধ করুন। কার্যকরী ক্রম সংখ্যা মাত্র
প্রান্তিককরণে ক্রম সংখ্যা।

--এরে
লক্ষ্য গড় ম্যাচ স্টেট আপেক্ষিক এনট্রপি হিসাবে সেট করুন . বাই ডিফল্ট টার্গেট
প্রতি ম্যাচ পজিশনে আপেক্ষিক এনট্রপি কমপক্ষে 0.59 সহ মডেলের জন্য 1 বিট
বেসপেয়ার এবং শূন্য বেসপেয়ার সহ মডেলগুলির জন্য 0.38।

--এমিনসেক
ন্যূনতম অনুমোদিত কার্যকর ক্রম সংখ্যা হিসাবে সংজ্ঞায়িত করুন .

--হুমরে
লক্ষ্য HMM মানে ম্যাচ স্টেট আপেক্ষিক এনট্রপি হিসাবে সেট করুন . জন্য এনট্রপি
বেসপেয়ারিং ম্যাচ স্টেটগুলি প্রান্তিক বেসপেয়ার নির্গমন ব্যবহার করে গণনা করা হয়
সম্ভাবনা

--eset
এনট্রপি ওজনের জন্য কার্যকর ক্রম সংখ্যা হিসাবে সেট করুন .

বিকল্প কন্ট্রোলিং ছাঁকনি P7 এইচএমএম নির্মাণ

প্রতিটি মুখ্যমন্ত্রীর জন্য যে cmbuild constructs, একটি সহগামী ফিল্টার p7 HMM ইনপুট থেকে নির্মিত হয়
পাশাপাশি প্রান্তিককরণ। এই বিকল্পগুলি ফিল্টার এইচএমএম নির্মাণ নিয়ন্ত্রণ করে:

--p7ere
ফিল্টার p7 HMM এর জন্য লক্ষ্য গড় ম্যাচ স্টেট আপেক্ষিক এনট্রপি সেট করুন . By
ডিফল্ট টার্গেট আপেক্ষিক এনট্রপি প্রতি ম্যাচ পজিশন হল 0.38 বিট।

--p7ml ফিল্টার HMM হিসাবে CM থেকে নির্মিত সর্বাধিক সম্ভাবনা p7 HMM ব্যবহার করুন৷ এই HMM হবে
মুখ্যমন্ত্রীর সাথে যতটা সম্ভব অনুরূপ হতে হবে (যদিও অগত্যা মাধ্যমিক সম্পর্কে অজ্ঞ
গঠন)।

ব্যবহার -- devhelp অতিরিক্ত, অন্যথায় নথিভুক্ত, ফিল্টার HMM নির্মাণ বিকল্প দেখতে.

বিকল্প কন্ট্রোলিং ছাঁকনি P7 এইচএমএম ক্যালিব্রেশন

প্রতিটি ফিল্টার এইচএমএম তৈরি করার পরে, cmbuild ব্যবহার করার জন্য উপযুক্ত ই-মান প্যারামিটার নির্ধারণ করে
ফিল্টার করার সময় cm অনুসন্ধান এবং cmscan অনুক্রমের একটি সেট নমুনা করে এবং তাদের অনুসন্ধান করে
প্রতিটি HMM ফিল্টার কনফিগারেশন এবং অ্যালগরিদম সহ।

--এমএন স্থানীয় MSV ফিল্টার HMM ক্রমাঙ্কনের জন্য নমুনাকৃত সিকোয়েন্সের সংখ্যা সেট করুন .
ডিফল্টরূপে 200।

--EvN স্থানীয় ভিটারবি ফিল্টার এইচএমএম ক্রমাঙ্কনের জন্য নমুনাকৃত সিকোয়েন্সের সংখ্যা সেট করুন
. ডিফল্টরূপে 200।

--এলএফএন স্থানীয় ফরোয়ার্ড ফিল্টার HMM ক্রমাঙ্কনের জন্য নমুনাকৃত অনুক্রমের সংখ্যা সেট করুন
. ডিফল্টরূপে 200।

--ইজিএফএন গ্লোকাল ফরোয়ার্ড ফিল্টার HMM ক্রমাঙ্কনের জন্য নমুনাকৃত অনুক্রমের সংখ্যা সেট করুন
থেকে . ডিফল্টরূপে 200।

ব্যবহার -- devhelp অতিরিক্ত দেখতে, অন্যথায় নথিভুক্ত, HMM ক্রমাঙ্কন বিকল্পগুলি ফিল্টার করুন৷

বিকল্প জন্য পরিশোধন দ্য ইনপুট শ্রেণীবিন্যাস

-- পরিমার্জন
প্রত্যাশা ব্যবহার করে মুখ্যমন্ত্রী গড়ার আগে প্রান্তিককরণ পরিমার্জিত করার চেষ্টা-
সর্বাধিকীকরণ (EM)। একটি CM প্রথমে যথারীতি প্রাথমিক প্রান্তিককরণ থেকে নির্মিত হয়। তারপর,
প্রান্তিককরণের ক্রমগুলি সর্বোত্তমভাবে পুনরায় সারিবদ্ধ করা হয় (এইচএমএম ব্যান্ডেড সিওয়াইকে সহ
অ্যালগরিদম, optimal মানে সর্বোত্তম ব্যান্ডগুলি দেওয়া হয়েছে) CM কে, এবং একটি নতুন CM তৈরি করা হয়
ফলে প্রান্তিককরণ থেকে। তারপর সিকোয়েন্সগুলি নতুন সিএম-এর সাথে সংযুক্ত করা হয় এবং ক
নতুন সিএম সেই প্রান্তিককরণ থেকে নির্মিত হয়। এটি একত্রিত না হওয়া পর্যন্ত অব্যাহত থাকে,
বিশেষ করে যখন দুটি ধারাবাহিক পুনরাবৃত্তির জন্য প্রান্তিককরণ না হয়
উল্লেখযোগ্যভাবে ভিন্ন (এর মধ্যে সমস্ত সিকোয়েন্সের সমষ্টি বিট স্কোর
দুটি ধারাবাহিক পুনরাবৃত্তির মধ্যে সারিবদ্ধকরণ 1% এর কম পরিবর্তিত হয়)। চূড়ান্ত
প্রান্তিককরণ (সিএম তৈরি করতে ব্যবহৃত প্রান্তিককরণ যা লেখা হয় ) is
লিখিত .

-l সঙ্গে -- পরিমার্জন, স্থানীয় প্রান্তিককরণ অ্যালগরিদম চালু করুন, যা প্রান্তিককরণের অনুমতি দেয়
প্রয়োজনে দুই বা ততোধিক অনুগামী স্প্যান করুন (যেমন যদি কোয়েরির কাঠামো
মডেল এবং টার্গেট সিকোয়েন্স শুধুমাত্র আংশিকভাবে ভাগ করা হয়েছে), নির্দিষ্ট বড় অনুমতি দেয়
কাঠামোর মধ্যে সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলা স্বাভাবিকের চেয়ে ভিন্নভাবে শাস্তি পাবে
indels ডিফল্ট হল বিশ্বব্যাপী ক্যোয়ারী মডেলটিকে টার্গেট সিকোয়েন্সে সারিবদ্ধ করা।

--গিবস
এর আচরণ পরিবর্তন করে -- পরিমার্জন তাই EM এর পরিবর্তে গিবস স্যাম্পলিং ব্যবহার করা হয়। দ্য
পার্থক্য হল যে প্রান্তিককরণ পর্যায়ে প্রান্তিককরণ অগত্যা নয়
সর্বোত্তম, পরিবর্তে প্রতিটি সিকোয়েন্সের জন্য একটি প্রান্তিককরণ (পার্সেট্রি) থেকে নমুনা করা হয়
অভ্যন্তরীণ অ্যালগরিদম দ্বারা নির্ধারিত সারিবদ্ধকরণের পোস্টেরিয়র ডিস্ট্রিবিউশন। কারণে
এই নমুনা পদক্ষেপ --গিবস অ-নির্ধারক, তাই একই সঙ্গে বিভিন্ন রান
প্রান্তিককরণ বিভিন্ন ফলাফল দিতে পারে। এই যখন সত্য না -- পরিমার্জন ব্যবহৃত হয়
ছাড়া --গিবস বিকল্প, যে ক্ষেত্রে চূড়ান্ত প্রান্তিককরণ এবং CM সর্বদা হবে
একই. কখন --গিবস সক্ষম করা হয়েছে, --বীজ বিকল্প বীজ ব্যবহার করা যেতে পারে
র্যান্ডম সংখ্যা জেনারেটর অনুমানযোগ্যভাবে, ফলাফল পুনরুত্পাদনযোগ্য করে তোলে। এর লক্ষ্য
দ্য --গিবস বিকল্পটি হল বিশেষজ্ঞ আরএনএ অ্যালাইনমেন্ট কিউরেটরদের কাঠামোগত পরিমার্জন করতে সাহায্য করা
তাদের বিকল্প উচ্চ স্কোরিং প্রান্তিককরণ পর্যবেক্ষণ করার অনুমতি দিয়ে প্রান্তিককরণ।

--বীজ
সঙ্গে র্যান্ডম সংখ্যা জেনারেটর বীজ , একটি পূর্ণসংখ্যা >= 0। এই বিকল্পটি শুধুমাত্র করতে পারে
এর সাথে একত্রে ব্যবহার করা হবে --গিবস If অশূন্য, এর স্টোকাস্টিক নমুনা
প্রান্তিককরণ পুনরুত্পাদনযোগ্য হবে; একই কমান্ড একই ফলাফল দেবে। যদি
হল 0, এলোমেলো সংখ্যা জেনারেটরকে ইচ্ছামত বীজ দেওয়া হয়, এবং স্টোকাস্টিক
স্যাম্পলিং একই কমান্ডের রান থেকে রানে পরিবর্তিত হতে পারে। ডিফল্ট বীজ হল 0।

--সাইক সঙ্গে -- পরিমার্জন, CYK অ্যালগরিদমের সাথে সারিবদ্ধ করুন। ডিফল্টরূপে সর্বোত্তম নির্ভুলতা
অ্যালগরিদম ব্যবহার করা হয়। এই বিষয়ে আরো তথ্য আছে cmalign ম্যানুয়াল পৃষ্ঠা।

-- না
সঙ্গে -- পরিমার্জন, কাটা প্রান্তিককরণ অ্যালগরিদম বন্ধ করুন। আরো আছে
এই বিষয়ে তথ্য cmalign ম্যানুয়াল পৃষ্ঠা।

ব্যবহার -- devhelp অতিরিক্ত, অন্যথায় নথিভুক্ত, প্রান্তিককরণ পরিমার্জন বিকল্পগুলি দেখতে
পাশাপাশি অন্যান্য আউটপুট ফাইল বিকল্প এবং একক জন্য একাধিক মডেল নির্মাণের বিকল্প
প্রান্তিককরণ

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে cmbuild ব্যবহার করুন