āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ_āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŦā§āĻ¨ā§āĻĄā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
correct_abundances - āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻā§āĻ°ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĻā§āĻļā§āĻ¯ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻĒāĻĻāĻā§āĻˇā§āĻĒ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
āĻ¸āĻ āĻŋāĻ_āĻĒā§āĻ°āĻā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽāĻ¸
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻ¸āĻžāĻĻā§āĻļā§āĻ¯ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻĒāĻĻāĻā§āĻˇā§āĻĒ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨āĨ¤
āĻĻā§āĻ°āĻˇā§āĻāĻŦā§āĻ¯: āĻ¯āĻĻāĻŋāĻ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻšāĻžāĻ¤ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻŦāĻž āĻ¸āĻžāĻĻā§āĻļā§āĻ¯ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻž āĻ¸āĻŽā§āĻāĻŦ
āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ˛āĻŋ, āĻāĻŽāĻ°āĻž āĻā§āĻ°āĻžāĻ˛ā§āĻāĻžāĻŦā§ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻĒāĻžāĻāĻĨāĻ¨ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ 'run_mappers.py' āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻ°ā§āĻļ āĻĻāĻŋāĻ
āĻāĻŦāĻ 'create_similarity_matrix.py'āĨ¤
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ
āĻ¨āĻžāĻŽāĻ¸: āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ; āĻĒā§āĻ˛ā§āĻāĻ¨ āĻā§āĻā§āĻ¸āĻ āĻ¨āĻžāĻŽ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻžāĻŽ āĻĨāĻžāĻāĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤
āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻ¨āĻžāĻŽāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽā§ āĻļāĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤āĻāĻžāĻ°ā§ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
-h, --help
āĻāĻ āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻžāĻāĻŋ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-m SMAT, --āĻ¸āĻžāĻĻā§āĻļā§āĻ¯-āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸=SMAT
āĻ¸āĻžāĻĻā§āĻļā§āĻ¯ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻĒāĻĨāĨ¤ āĻ¸āĻžāĻĻā§āĻļā§āĻ¯ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻāĻāĻ āĻ¸āĻā§āĻā§ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻž āĻāĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ
NAMES āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĨ¤ [āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: ./similarity_matrix.npy]
-s SAM, --āĻ¸ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻ¸=āĻ¸ā§āĻ¯āĻžāĻŽ
āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻžāĻ° āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ SAM āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻĻāĻŋāĻā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļ āĻāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨āĻ§āĻžāĻ°āĻ
āĻšāĻ˛ "%s"āĨ¤ [āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: ./SAM/%s.sam]
-b āĻŦā§āĻ, --āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ-āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž=āĻŦā§āĻ
āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻžāĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻ āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°āĻ¤ā§ 1 āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ [āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 100]
-o āĻāĻāĻ, --āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ=āĻāĻāĻ
āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛ āĻ§āĻžāĻ°āĻŖāĻāĻžāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ˛ā§āĻāĻ¨ āĻā§āĻā§āĻ¸āĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛. [āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: ./results.txt]
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ_āĻĒā§āĻ°āĻā§āĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨