cutadapt - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

cutadapt - cutadapt এর জন্য ম্যানুয়াল পৃষ্ঠা 1.8.3

বর্ণনাঃ

cutadapt সংস্করণ 1.8.3 কপিরাইট © 2010-2015 মার্সেল মার্টিন[ইমেল সুরক্ষিত]>

cutadapt উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং রিড থেকে অ্যাডাপ্টার সিকোয়েন্সগুলি সরিয়ে দেয়।

ব্যবহার:
cutadapt -a অ্যাডাপ্টার [বিকল্পগুলি] [-o output.fastq] input.fastq

জন্য paired-end লেখা আছে:
cutadapt -a ADAPT1 -A ADAPT2 [বিকল্প] -o out1.fastq -p out2.fastq in1.fastq
in2.fastq

আপনার 3' অ্যাডাপ্টারের প্রকৃত ক্রম দিয়ে "ADAPTER" প্রতিস্থাপন করুন। IUPAC ওয়াইল্ডকার্ড অক্ষর
সমর্থিত হয় বিপরীত পরিপূরক স্বয়ংক্রিয়ভাবে অনুসন্ধান করা হয় না *. থেকে সব পড়া
input.fastq-কে output.fastq-তে লেখা হবে এবং অ্যাডাপ্টারের ক্রম সরানো হবে। অ্যাডাপ্টার
মিল ত্রুটি-সহনশীল। একাধিক অ্যাডাপ্টার সিকোয়েন্স দেওয়া যেতে পারে (আরও ব্যবহার করুন -a
বিকল্পগুলি), কিন্তু শুধুমাত্র সেরা-ম্যাচিং অ্যাডাপ্টার সরানো হবে।

ইনপুট FASTA ফর্ম্যাটেও হতে পারে। সংকুচিত ইনপুট এবং আউটপুট সমর্থিত এবং
ফাইলের নাম (.gz, .xz, .bz2) থেকে স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা হয়েছে। স্ট্যান্ডার্ডের জন্য ফাইলের নাম '-' ব্যবহার করুন
ইনপুট আউটপুট. ছাড়া -o বিকল্প, আউটপুট স্ট্যান্ডার্ড আউটপুটে পাঠানো হয়।

কিছু অন্যান্য সহজলভ্য বৈশিষ্ট্য হয়:
* বিভিন্ন ধরনের অ্যাডাপ্টার (5' অ্যাডাপ্টার, "মিশ্র" 5'/3' অ্যাডাপ্টার ইত্যাদি) *
একটি নির্দিষ্ট সংখ্যক বেস ট্রিমিং * কোয়ালিটি ট্রিমিং * ট্রিমিং কালারস্পেস রিডস *
ফিল্টারিং বিভিন্ন মানদণ্ড দ্বারা পঠিত হয়

"cutadapt ব্যবহার করুন --help"সমস্ত কমান্ড-লাইন বিকল্প দেখতে। দেখুন
http://cutadapt.readthedocs.org/ সম্পূর্ণ ডকুমেন্টেশনের জন্য।

বিকল্প

--সংস্করণ
প্রোগ্রামের সংস্করণ নম্বর দেখান এবং প্রস্থান করুন

-h, --help
এই সাহায্য বার্তাটি দেখান এবং প্রস্থান করুন

-f বিন্যাস, --ফরম্যাট=বিন্যাসে
ইনপুট ফাইল বিন্যাস; 'fasta', 'fastq' বা 'sra-fastq' হতে পারে। উপেক্ষিত যখন
csfasta/qual ফাইল পড়া (ডিফল্ট: ফাইল নাম এক্সটেনশন থেকে স্বয়ংক্রিয় সনাক্ত)।

অ্যাডাপ্টারগুলিকে কীভাবে খুঁজে পাওয়া যায় তা প্রভাবিত করে এমন বিকল্পগুলি:

নিম্নলিখিত তিনটি প্যারামিটারের প্রতিটি (-a, -b, -g) একাধিকবার ব্যবহার করা যেতে পারে এবং
যেকোন সংমিশ্রণে সম্ভবত ভিন্ন অ্যাডাপ্টারের একটি সম্পূর্ণ সেট অনুসন্ধান করতে
প্রকার শুধুমাত্র সেরা ম্যাচিং অ্যাডাপ্টার প্রতিটি পড়া থেকে ছাঁটা হয় (কিন্তু দেখুন
--বার বিকল্প)। সরাসরি অ্যাডাপ্টার দেওয়ার পরিবর্তে, আপনি লিখতে পারেন
ফাইল:ফাইল এবং অ্যাডাপ্টারের ক্রমগুলি প্রদত্ত FILE থেকে পড়া হবে (যা হতে হবে
FASTA বিন্যাসে)।

-a অ্যাডাপ্টার, --অ্যাডাপ্টার=এডাপটার
একটি অ্যাডাপ্টারের ক্রম যা 3' প্রান্তে আটকে ছিল। অ্যাডাপ্টার নিজেই এবং
যে কিছু অনুসরণ করে ছাঁটা হয়। যদি অ্যাডাপ্টারের ক্রম '$' দিয়ে শেষ হয়
অক্ষর, অ্যাডাপ্টারটি পড়ার শেষে নোঙ্গর করা হয় এবং শুধুমাত্র পাওয়া যায় যদি এটি একটি হয়
রিড এর প্রত্যয়।

-g অ্যাডাপ্টার, --সামনে=এডাপটার
একটি অ্যাডাপ্টারের ক্রম যা 5' প্রান্তে বদ্ধ ছিল। যদি অ্যাডাপ্টার ক্রম
'^' অক্ষর দিয়ে শুরু হয়, অ্যাডাপ্টারটি 'অ্যাঙ্করড'। একটি নোঙ্গর অ্যাডাপ্টার আবশ্যক
পাঠের 5' শেষে সম্পূর্ণরূপে উপস্থিত হয় (এটি পাঠের একটি উপসর্গ)। ক
নন-অ্যাঙ্করড অ্যাডাপ্টার 5' শেষে আংশিকভাবে প্রদর্শিত হতে পারে, অথবা এটি এর মধ্যে ঘটতে পারে
পড়া যদি এটি একটি পাঠের মধ্যে পাওয়া যায়, অ্যাডাপ্টারের পূর্ববর্তী ক্রমটিও
ছাঁটা সব ক্ষেত্রে, অ্যাডাপ্টার নিজেই ছাঁটা হয়।

-b অ্যাডাপ্টার, --যে কোন জায়গায়=এডাপটার
একটি অ্যাডাপ্টারের ক্রম যা 5' বা 3' প্রান্তে আটকে ছিল। যদি অ্যাডাপ্টার হয়
রিডের মধ্যে পাওয়া যায় বা ওভারল্যাপ করা 3' রিডের শেষে, আচরণটি হয়
জন্য একই -a বিকল্প যদি অ্যাডাপ্টারটি 5' শেষকে ওভারল্যাপ করে (এর শুরুতে
পড়ুন), অ্যাডাপ্টারের সাথে মেলে রিডের প্রাথমিক অংশটি ছাঁটা হয়, কিন্তু
যা অনুসরণ করে তা রাখা হয়।

-e ত্রুটি হার, --ত্রুটি হার=ত্রুটি হার
সর্বাধিক অনুমোদিত ত্রুটির হার (সমমানের দৈর্ঘ্য দ্বারা ভাগ করা ত্রুটির সংখ্যা
অঞ্চল) (ডিফল্ট: 0.1)

--নো-ইন্ডেল
প্রান্তিককরণে indels মঞ্জুরি দেবেন না (শুধুমাত্র অমিলের অনুমতি দিন)। বর্তমানে শুধুমাত্র
নোঙ্গর অ্যাডাপ্টারের জন্য সমর্থিত. (ডিফল্ট: অমিল এবং ইনডেল উভয়ের অনুমতি দিন)

-n COUNTটি, --বার=COUNT টি
সর্বাধিক COUNT বার অ্যাডাপ্টার সরানোর চেষ্টা করুন৷ একটি অ্যাডাপ্টার সংযুক্ত করা হলে দরকারী
একাধিক বার (ডিফল্ট: 1)।

-O দৈর্ঘ্য, --ওভারল্যাপ=LENGTH এর
ন্যূনতম ওভারল্যাপ দৈর্ঘ্য। রিড এবং অ্যাডাপ্টারের মধ্যে ওভারল্যাপ ছোট হলে
LENGTH এর চেয়ে, পঠনটি পরিবর্তিত হয় না। এই সংখ্যা হ্রাস. বেস বিশুদ্ধভাবে ছাঁটা
সংক্ষিপ্ত র্যান্ডম অ্যাডাপ্টারের মিলের কারণে (ডিফল্ট: 3)।

--ম্যাচ-পড়-ওয়াইল্ডকার্ড
IUPAC ওয়াইল্ডকার্ডগুলিকে পাঠে অনুমতি দিন (ডিফল্ট: মিথ্যা)।

-N, --নো-ম্যাচ-অ্যাডাপ্টার-ওয়াইল্ডকার্ড
অ্যাডাপ্টারগুলিতে IUPAC ওয়াইল্ডকার্ডগুলিকে ব্যাখ্যা করবেন না।

প্রক্রিয়াকৃত রিডগুলির ফিল্টারিংয়ের বিকল্পগুলি:

--ছাঁটা-ছাঁটা, --বাতিল করা
ছেঁটে ফেলার পরিবর্তে অ্যাডাপ্টার ধারণ করা রিড বাতিল করুন। এছাড়াও ব্যবহার করুন -O in
অনেকগুলো এলোমেলোভাবে মিলে যাওয়া রিড ছুড়ে ফেলা এড়াতে!

--ছাড়-ছাঁটা, --শুধুমাত্র ছাঁটা
অ্যাডাপ্টার ধারণ করে না এমন রিড বাতিল করুন।

-m দৈর্ঘ্য, --সর্বনিম্ন দৈর্ঘ্য=LENGTH এর
LENGTH-এর থেকে ছোট ছাঁটা পড়া বাদ দিন। এমনকি খুব ছোট যে পড়া
অ্যাডাপ্টার অপসারণ এছাড়াও বাতিল করা হয় আগে. কালারস্পেসে, একটি প্রাথমিক প্রাইমার নয়
গণনা করা হয়েছে (ডিফল্ট: 0)।

-M দৈর্ঘ্য, --সর্বোচ্চ দর্ঘ্য=LENGTH এর
LENGTH-এর চেয়ে লম্বা ছাঁটা পড়া বাদ দিন। পড়া যে খুব দীর্ঘ এমনকি
অ্যাডাপ্টার অপসারণ এছাড়াও বাতিল করা হয় আগে. কালারস্পেসে, একটি প্রাথমিক প্রাইমার নয়
গণনা করা হয়েছে (ডিফল্ট: কোন সীমা নেই)।

--না-ছাঁটা
যথারীতি আউটপুট/আউটপুট-আউটপুটে রিডাইরেক্ট করুন এবং রিডাইরেক্ট করুন, কিন্তু অপসারণ করবেন না
অ্যাডাপ্টার।

--max-n=LENGTH এর
একটি পাঠে অনুমোদিত N এর সর্বাধিক অনুপাত। একটি সংখ্যা < 1 হিসাবে গণ্য করা হবে a
অনুপাত যখন একটি সংখ্যা > 1 সর্বাধিক N এর সংখ্যা হিসাবে গণ্য হবে
রয়েছে।

--মাস্ক-অ্যাডাপ্টার
মাস্ক অ্যাডাপ্টারগুলিকে ছাঁটাই না করে 'N' অক্ষর সহ।

যেখানে আউটপুট পাওয়া যায় তা প্রভাবিত করে এমন বিকল্পগুলি:

-- শান্ত
শেষে রিপোর্ট ছাপবেন না।

-o ফাইল, --আউটপুট=ফাইল
FILE এ পরিবর্তিত রিড লিখুন। FASTQ বা FASTA ফর্ম্যাট ইনপুটের উপর নির্ভর করে বেছে নেওয়া হয়।
সারাংশ রিপোর্ট স্ট্যান্ডার্ড আউটপুট পাঠানো হয়. ডিমাল্টিপ্লেক্সে FILE-এ '{name}' ব্যবহার করুন
একাধিক ফাইলে পড়ে। (ডিফল্ট: ছাঁটা পড়াগুলি স্ট্যান্ডার্ড আউটপুটে লেখা হয়)

--তথ্য-ফাইল=ফাইল
প্রতিটি পঠিত এবং এর অ্যাডাপ্টার FILE এর সাথে মেলে সে সম্পর্কে তথ্য লিখুন। দেখুন
ফাইল ফরম্যাটের জন্য ডকুমেন্টেশন।

-r ফাইল, --বাকি ফাইল=ফাইল
যখন অ্যাডাপ্টারটি পড়ার মাঝখানে মেলে, বাকিটি লিখুন (এর পরে
অ্যাডাপ্টার) ফাইলে।

--ওয়াইল্ডকার্ড-ফাইল=ফাইল
অ্যাডাপ্টারের ওয়াইল্ডকার্ড বেস ('N') থাকলে, ওয়াইল্ডকার্ডের সাথে মিলে যাওয়া অ্যাডাপ্টারের বেস লিখুন
FILE এর অবস্থান। যখন সারিবদ্ধকরণে indels থাকে, এটি প্রায়শই হবে না
সঠিক।

--খুব-শর্ট-আউটপুট=ফাইল
খুব ছোট রিড লিখুন (এর দ্বারা নির্দিষ্ট করা দৈর্ঘ্য অনুযায়ী -m) নথিতে.
(ডিফল্ট: পড়া বাতিল করুন)

--খুব-দীর্ঘ-আউটপুট=ফাইল
রিডগুলি লিখুন যা খুব দীর্ঘ (এর দ্বারা নির্দিষ্ট করা দৈর্ঘ্য অনুযায়ী -M) নথিতে.
(ডিফল্ট: পড়া বাতিল করুন)

--আনট্রিমড-আউটপুট=ফাইল
FILE-এর অ্যাডাপ্টার ধারণ করে না এমন রিডগুলি লিখুন৷ (ডিফল্ট: একই ফাইলে আউটপুট
ছাঁটা পড়া হিসাবে)

পাঠে অতিরিক্ত পরিবর্তন:

-u দৈর্ঘ্য, -- কাটা=LENGTH এর
প্রতিটি পাঠের শুরু বা শেষ থেকে LENGTH বেসগুলি সরান৷ যদি LENGTH ইতিবাচক হয়,
প্রতিটি পড়ার শুরু থেকে বেস মুছে ফেলা হয়। যদি LENGTH ঋণাত্মক হয়,
প্রতিটি পড়ার শেষে থেকে বেস মুছে ফেলা হয়। এই বিকল্পটি যদি দুইবার নির্দিষ্ট করা যেতে পারে
LENGTH এর বিভিন্ন চিহ্ন আছে।

-q [৫'কাটফ,]৩'কাটফ, --গুণমান-কাটঅফ=[5'কাটফ,]3'কাটফ
অ্যাডাপ্টার অপসারণের আগে রিডের 5' এবং/অথবা 3' প্রান্ত থেকে নিম্ন-মানের বেস ট্রিম করুন। যদি
একটি মান দেওয়া হয়, শুধুমাত্র 3' প্রান্ত ছাঁটা হয়। যদি দুটি কমা দিয়ে পৃথক করা হয়
প্রদত্ত, 5' প্রান্তটি প্রথম কাটঅফের সাথে ছাঁটাই করা হয়, দ্বিতীয়টির সাথে 3' শেষ। দ্য
অ্যালগরিদম BWA দ্বারা ব্যবহৃত একটির মতই (ডকুমেন্টেশন দেখুন)। (ডিফল্ট: না
ছাঁটাই)

--গুণমানের ভিত্তি=QUALITY_BASE
অনুমান করুন যে মানের মানগুলি ascii (গুণমান + QUALITY_BASE) হিসাবে এনকোড করা হয়েছে। দ্য
ডিফল্ট (33) সাধারণত সঠিক, এর কিছু সংস্করণ দ্বারা উত্পাদিত রিড ব্যতীত
ইলুমিনা পাইপলাইন, যেখানে এটি 64 সেট করা উচিত। (ডিফল্ট: 33)

--ছাঁটা-n
পড়ার শেষে ট্রিম এন।

-x প্রিফিক্স, -- উপসর্গ=প্রিফিক্স
নাম পড়তে এই উপসর্গ যোগ করুন

-y প্রত্যয়, --প্রত্যয়=প্রত্যয়
নাম পড়তে এই প্রত্যয় যোগ করুন

--স্ট্রিপ-প্রত্যয়=STRIP_SUFFIX
উপস্থিত থাকলে পড়ার নাম থেকে এই প্রত্যয়টি সরান। একাধিকবার দেওয়া যাবে।

-c, --রঙের স্থান
কালারস্পেস মোড: পাওয়া অ্যাডাপ্টারের সংলগ্ন রঙটিও ট্রিম করুন।

-d, --ডাবল-এনকোড
যখন কালারস্পেসে, ডাবল-এনকোড রং (0,1,2,3,4 থেকে A,C,G,T,N মানচিত্র)।

-t, --ট্রিম-প্রাইমার
কালারস্পেসে থাকাকালীন প্রাইমার বেস এবং প্রথম রঙটি ছাঁটাই করুন (যা রূপান্তর
প্রথম নিউক্লিওটাইড পর্যন্ত)

--strip-f3
কালারস্পেসের জন্য: পঠিত নামের _F3 প্রত্যয়টি স্ট্রিপ করুন

--maq, --বিওয়া
MAQ- এবং BWA- সামঞ্জস্যপূর্ণ কালারস্পেস আউটপুট। এটি সক্ষম করে -c, -d, -t, --strip-f3 এবং
-y '/1'।

--দৈর্ঘ্য-ট্যাগ=TAG
পঠিত বর্ণনা ক্ষেত্রে একটি দশমিক সংখ্যা দ্বারা অনুসরণ TAG জন্য অনুসন্ধান করুন.
ট্রিমড রিডের সঠিক দৈর্ঘ্য দিয়ে দশমিক সংখ্যা প্রতিস্থাপন করুন। জন্য
উদাহরণ, ব্যবহার --দৈর্ঘ্য-ট্যাগ 'দৈর্ঘ্য=' 'দৈর্ঘ্য=123' এর মতো ক্ষেত্র সংশোধন করতে।

--নো-শূন্য-ক্যাপ
নেতিবাচক মানের মান শূন্যে পরিবর্তন করবেন না। কালারস্পেস মানের মান -1
আউটপুট FASTQ ফাইলে স্পেস হিসাবে উপস্থিত হবে। যেহেতু অনেক টুলস সমস্যা আছে
এর সাথে, রঙের স্থান ডেটা ছাঁটাই করার সময় নেতিবাচক গুণাবলী শূন্যে রূপান্তরিত হয়।
নেতিবাচক গুণাবলী রাখতে এই বিকল্পটি ব্যবহার করুন।

-z, --শূন্য ক্যাপ
নেতিবাচক মানের মান শূন্যে পরিবর্তন করুন। এটি ডিফল্টরূপে সক্রিয় করা হয় যখন
-c/--রঙের স্থানও সক্রিয় করা হয়েছে। এটি নিষ্ক্রিয় করতে উপরের বিকল্পটি ব্যবহার করুন।

পেয়ারড-এন্ড বিকল্প।:

সার্জারির -A/-G/-B/-U অপশন তাদের মত কাজ করে -a/-b/-g/-u প্রতিপক্ষ।

-A এডাপটার
3' অ্যাডাপ্টারটি একটি জোড়ায় দ্বিতীয় থেকে সরানো হবে।

-G এডাপটার
5' অ্যাডাপ্টারটি একটি জোড়ায় দ্বিতীয় থেকে সরানো হবে।

-B এডাপটার
5'/3 অ্যাডাপ্টার একটি জোড়া পড়া দ্বিতীয় থেকে সরানো হবে.

-U LENGTH এর
প্রতিটি পাঠের শুরু বা শেষ থেকে LENGTH বেসগুলি সরান (দেখুন -- কাটা).

-p ফাইল, --জোড়া আউটপুট=ফাইল
FILE-এ জোড়ায় সেকেন্ড রিড লিখুন।

--আনট্রিমড-পেয়ারড-আউটপুট=ফাইল
প্রথমটিতে কোন অ্যাডাপ্টার পাওয়া না গেলে এই ফাইলটিতে একটি জোড়ায় দ্বিতীয়টি পড়ুন
পড়া এই বিকল্পটি একসাথে ব্যবহার করুন --আনট্রিমড-আউটপুট পেয়ারডেন্ড ছাঁটাই করার সময়
পড়ে (ডিফল্ট: ছাঁটা পড়া হিসাবে একই ফাইলে আউটপুট।)

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইন cutadapt ব্যবহার করুন