ডিসালফাইন্ডার - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

ডিসালফাইন্ডার - সিস্টাইনস ডিসালফাইড বন্ধন অবস্থা এবং সংযোগের পূর্বাভাসক

সাইনোপিসিস

ডিসালফাইন্ডার [বিকল্প]

বর্ণনাঃ

'ডিসালফাইন্ডার' হল সিস্টাইন এবং তাদের ডিসালফাইড বন্ধন অবস্থার পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য
ডিসালফাইড সংযোগ একা ক্রম থেকে শুরু। ডিসালফাইড সেতু একটি প্রধান ভূমিকা পালন করে
বেশ কয়েকটি প্রোটিনের জন্য ভাঁজ প্রক্রিয়ার স্থিতিশীলতায়। ডিসালফাইডের পূর্বাভাস
একা ক্রম থেকে সেতু তাই কাঠামোগত এবং কার্যকরী অধ্যয়নের জন্য দরকারী
নির্দিষ্ট প্রোটিনের বৈশিষ্ট্য। উপরন্তু, ডিসালফাইড বন্ধন অবস্থা সম্পর্কে জ্ঞান
cysteines পরীক্ষামূলক গঠন নির্ধারণ প্রক্রিয়া সাহায্য করতে পারে এবং দরকারী হতে পারে
অন্যান্য জিনোমিক টীকা কাজের মধ্যে। 'ডিসালফাইন্ডার' দুই ভাগে ডিসালফাইড প্যাটার্নের পূর্বাভাস দেয়
গণনামূলক পর্যায়গুলি: (1) প্রতিটি সিস্টাইনের ডিসালফাইড বন্ধন অবস্থা একটি দ্বারা পূর্বাভাস দেওয়া হয়
BRNN-SVM বাইনারি ক্লাসিফায়ার; (2) সিস্টাইন যা গঠনে অংশ নিতে পরিচিত
সেতুগুলির একটি সংযোগ প্যাটার্ন প্রাপ্ত করার জন্য একটি রিকার্সিভ নিউরাল নেটওয়ার্ক দ্বারা জোড়া হয়।

তথ্যসূত্র

A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo এবং P. Frasconi। ডিসালফাইন্ড: একটি ডিসালফাইড বন্ডিং স্টেট
এবং সিস্টাইন কানেক্টিভিটি প্রেডিকশন সার্ভার, নিউক্লিক অ্যাসিড রিসার্চ, 34(ওয়েব সার্ভার)
সমস্যা): W177-W181, 2006।

ডিসালফাইড সংযোগের পূর্বাভাসের জন্য দেখুন:

এ. ভুলো এবং পি. ফ্রাসকোনি। রিকার্সিভ নিউরাল ব্যবহার করে ডিসালফাইড সংযোগের পূর্বাভাস
নেটওয়ার্ক এবং বিবর্তনীয় তথ্য, বায়োইনফরমেটিক্স, 20, 653-659, 2004।

সিস্টিন বন্ধন অবস্থার ভবিষ্যদ্বাণীকারীর জন্য দেখুন:

P. Frasconi, A. Passerini, এবং A. Vullo. পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য একটি দুই-পর্যায়ের SVM আর্কিটেকচার
ডিসালফাইড বন্ডিং স্টেট অফ সিস্টাইনস, প্রক। সংকেতের জন্য নিউরাল নেটওয়ার্কের উপর IEEE কর্মশালা
প্রক্রিয়াকরণ, pp.25-34, 2002।
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini এবং A.Vullo. ডিসালফাইড বন্ধন অবস্থার পূর্বাভাস
কার্নেল মেশিনের সমন্বয়ে সিস্টাইনস, ভিএলএসআই সিগন্যাল প্রসেসিং জার্নাল, 35,
287-295, 2003।

বিকল্প

-a, --বিকল্প=NUMBER টি
বিকল্প সংযোগ নিদর্শন (ডিফল্ট=3)

-o, --আউটপুট=থেকে DIR
আউটপুট ডির যেখানে ভবিষ্যদ্বাণী সংরক্ষণ করা হবে (ডিফল্ট=$PWD)

-p, --psi2=ফাইল|ডিআইআর
psi2 ফরম্যাটে ইনপুট (ASCII তে PSI-BLAST ম্যাট্রিক্স), হয় একটি একক ফাইল বা একটি
ডিরেক্টরি(?)। "blastpgp -j দিয়ে এটি তৈরি করুন -Q ফাইল" যেখানে N >= 2।

-r, --rootdir=থেকে DIR
কাজের ডিরেক্টরি (ডিফল্ট=~/ডিসালফাইন্ডার)

-k, --pkgdatadir=থেকে DIR
প্যাকেজ ডেটা ডিরেক্টরিতে মডেল রয়েছে (default=/usr/শেয়ার/ডিসালফাইন্ডার)

-F, --format={html|ascii}
আউটপুট বিন্যাসের ধরন (ডিফল্ট = ascii)

-d --blastdb=থেকে DIR
blastpgp -d বিকল্প (ডিফল্ট=/data/sp+trembl)

-c, --ক্লিনপ্রেড
অন্তর্বর্তী ভবিষ্যদ্বাণী ফাইল পরিষ্কার করুন (ডিফল্ট = মিথ্যা)

-P, --usepssm
প্রোফাইলের জন্য গণনার পরিবর্তে pssm ব্যবহার করুন (default=false)

-সি, --জানা বন্ডিং স্টেট
অনুমান বন্ধন অবস্থা পরিচিত (ডিরেক্টরীতে প্রতিটি চেইনের জন্য একটি ফাইল
/ভবিষ্যদ্বাণী/বন্ডস্টেট/ভিটারবি) (ডিফল্ট = মিথ্যা)

-v, --সংস্করণ
ডিসালফাইন্ডার সংস্করণ

-?, --হেল্প
সাহায্য পর্দা

উদাহরণ

"ডিসালফাইন্ডার -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে ডিসালফাইন্ডার ব্যবহার করুন