āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ āĻĢāĻŋāĻāĻžāĻ°āĻāĻžāĻāĻ¨ā§āĻāĻ¸ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
āĻĢāĻŋāĻāĻžāĻ°āĻāĻžāĻāĻ¨ā§āĻāĻ¸ - āĻāĻāĻāĻŋ āĻ āĻ¤ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻĻāĻā§āĻˇ āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻžāĻ°āĻžāĻāĻļ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ
, USAGE
āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯ āĻāĻŖāĻ¨āĻž [āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ] -a -o input_file1 [input_file2]
...
āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤āĻŋ:
-a
āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽāĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ GTF āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĨ¤ āĻĻā§āĻāĻž -F āĻāĻ°ā§ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĨ¤
-o
āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻ¸āĻš āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽāĨ¤ āĻ¸āĻžāĻ°āĻžāĻāĻļ āĻ¸āĻš āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻĨāĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
āĻāĻŖāĻ¨āĻžāĻ° āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛ā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨āĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ (` .āĻ¸āĻžāĻ°āĻ¸āĻāĻā§āĻˇā§āĻĒ')
input_files
BAM āĻŦāĻž SAM āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĨ¤ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻŋ BAM āĻŦāĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ āĻ¨ā§āĻ
āĻ¸ā§āĻ¯āĻžāĻ
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤āĻŋ:
-A
āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻŽāĻž āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¯āĻžāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻā§āĻ°ā§āĻŽā§āĻā§āĻŽ āĻāĻ°āĻĢā§ āĻ¨āĻžāĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻŽā§āĻ˛ā§
āĻŦāĻŋāĻāĻāĻŽ/āĻāĻ¸āĻāĻāĻŽ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻā§āĻ°ā§āĻŽā§āĻā§āĻŽā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻā§āĻāĻžāĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ, āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻŋāĻāĻž āĻĻā§āĻā§āĻ¨āĨ¤
-F
āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻā§āĻ°āĻšāĻŖāĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§ `GTF' āĻāĻŦāĻ
'āĻāĻ¸āĻāĻāĻĢ'āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ `GTF'āĨ¤ SAF āĻĢāĻ°ā§āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻŋāĻāĻž āĻĻā§āĻā§āĻ¨āĨ¤
-t
GTF āĻā§āĻāĻžāĻ¤ā§ āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ§āĻ°āĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ 'exon'āĨ¤ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯
āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻā§āĻāĻž āĻĨā§āĻā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻŦā§āĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§āĨ¤
-g
GTF āĻā§āĻāĻžāĻ¤ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻŦāĻŋāĻāĻā§āĻ° āĻ§āĻ°āĻ¨ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ `gene_id'āĨ¤ āĻŽā§āĻāĻž āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤
āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻŽāĻžāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻā§āĻāĻž āĻĨā§āĻā§ āĻŦā§āĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§āĨ¤
-f āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻ¤āĻ°ā§ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻ¸āĻā§āĻāĻžāĻ˛āĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻāĻĻāĻžāĻšāĻ°āĻŖāĻ¸ā§āĻŦāĻ°ā§āĻĒ, āĻāĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻā§āĻ¸āĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒāĻžāĻ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž
āĻāĻŋāĻ¨)āĨ¤
-O āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻŽā§āĻāĻž-āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ (āĻŦāĻž āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¯āĻĻāĻŋ -f is
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ)āĨ¤
-s
āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ¯ āĻŽāĻžāĻ¨: 0 (āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄā§āĻĄ), 1
(āĻ āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°āĻžāĻ˛) āĻāĻŦāĻ 2 (āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤āĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻāĻā§)āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ 0āĨ¤
-M āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻ°āĻŋāĻĄāĻ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§āĨ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯, āĻāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ā§ˇ
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§āĨ¤ BAM/SAM āĻāĻ¨āĻĒā§āĻā§ 'NH' āĻā§āĻ¯āĻžāĻ āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĨ¤
-Q
āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻ¨ā§āĻ¯ā§āĻ¨āĻ¤āĻŽ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ āĻĒā§āĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤ āĻāĻ¨ā§āĻ¯
āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻĄ-āĻāĻ¨ā§āĻĄ āĻ°āĻŋāĻĄ, āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻ āĻŽāĻžāĻ¨āĻĻāĻŖā§āĻĄ āĻĒā§āĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ 0āĨ¤
-T
āĻĨā§āĻ°ā§āĻĄ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž. āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ 1.
-v āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽā§āĻ° āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖāĨ¤
-J āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻāĻā§āĻ¸āĻ¨-āĻāĻā§āĻ¸āĻ¨ āĻāĻāĻļāĻ¨ āĻ¸āĻŽāĻ°ā§āĻĨāĻ¨ āĻāĻ°ā§ āĻ°āĻŋāĻĄā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻāĻāĻļāĻ¨ āĻāĻŋāĻ˛
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻā§ āĻĨāĻžāĻāĻž āĻāĻā§āĻ¸āĻ¨-āĻ¸ā§āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ¨āĻŋāĻ āĻ°āĻŋāĻĄāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĨā§āĻā§ āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ (āĻ¸āĻŋāĻāĻāĻāĻŋāĻāĻāĻ°-āĻ 'āĻāĻ¨' āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ)āĨ¤ āĻāĻŖāĻ¨āĻžāĻ° āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛ 'āĻ¨āĻžāĻŽāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŖ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ .jcounts'
-G
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ SAM āĻŦāĻž āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ āĻ§āĻžāĻ°āĻŖāĻāĻžāĻ°ā§ Fasta āĻĢāĻžāĻāĻ˛
BAM āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĨ¤ āĻāĻāĻļāĻ¨ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻāĻ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨āĨ¤
-R āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛. āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻā§āĻ¸āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛, āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻŦāĻ āĻŽā§āĻāĻž-āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯/āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻāĻŋāĻ˛
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤. āĻāĻ°āĻ āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻžāĻ¨āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻŋāĻāĻž āĻĻā§āĻā§āĻ¨āĨ¤
--āĻ¸āĻŦāĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻĒ
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽā§āĻāĻž-āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯/āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ°āĻŋāĻĄ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ
āĻāĻžāĻāĻāĻŋ
--āĻŽāĻŋāĻ¨ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻĒ
āĻāĻāĻāĻŋ āĻ°āĻŋāĻĄ āĻāĻŦāĻ āĻ āĻāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¨ā§āĻ¯ā§āĻ¨āĻ¤āĻŽ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
āĻŽā§āĻāĻž-āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯/āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯ āĻ¯āĻž āĻ°āĻŋāĻĄ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ 1.
--read2pos <5: 3>
āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° 5' āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦā§āĻ¸ āĻŦāĻž 3' āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦā§āĻ¸ā§ āĻ°āĻŋāĻĄā§āĻ¸ āĻāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ āĻĒāĻ āĻ¨ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻ¤āĻžāĻ°āĻĒāĻ° āĻ¸āĻā§āĻāĻžāĻ˛āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻāĻāĻ āĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻāĻ°ā§ āĻ°āĻŋāĻĄ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
--āĻ°āĻŋāĻĄ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ 5 āĻ°āĻŋāĻĄ āĻāĻĒāĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻŽ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻĨā§āĻā§ āĻāĻžāĻāĻāĻŋ
5' āĻļā§āĻˇāĨ¤
--āĻ°āĻŋāĻĄ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ 3 āĻ°āĻŋāĻĄ āĻāĻĒāĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻŽ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻĨā§āĻā§ āĻāĻžāĻāĻāĻŋ
3' āĻļā§āĻˇāĨ¤
--āĻāĻā§āĻ¨āĻžāĻāĻļ
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 1 (āĻāĻ) āĻāĻŖāĻ¨āĻžāĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻā§āĻ¨āĻžāĻāĻļ āĻāĻŖāĻ¨āĻž 1/n āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻāĻŖāĻ¨āĻžāĻ¯āĻŧ āĻĒāĻĄāĻŧāĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ°āĨ¤ n āĻšāĻ˛ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻŽā§āĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĨ¤ āĻāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ '-M' āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤
--āĻĒā§āĻ°āĻžāĻĨāĻŽāĻŋāĻ
āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻžāĻĨāĻŽāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻĨāĻŽāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻŦāĻŋāĻ 0x100 in āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻāĻŋāĻšā§āĻ¨āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
SAM/BAM āĻĒāĻ¤āĻžāĻāĻž āĻā§āĻˇā§āĻ¤ā§āĻ°āĨ¤
-- āĻāĻĒā§āĻā§āĻˇāĻž āĻĄā§āĻĒ
āĻ°āĻŋāĻĄ āĻāĻžāĻāĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ āĻ āĻĄā§āĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ āĻ°āĻŋāĻĄ āĻāĻĒā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĄā§āĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ āĻ°āĻŋāĻĄ āĻŦāĻŋāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
BAM/SAM āĻĢā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ āĻā§āĻˇā§āĻ¤ā§āĻ°ā§ Ox400āĨ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ˛ā§ āĻĒā§āĻ°ā§ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻāĻŋāĻā§ āĻāĻĒā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻļā§āĻˇ āĻĄā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĄā§āĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ āĻ°āĻŋāĻĄāĨ¤
--countSplitAlignments Only āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻāĻā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨āĨ¤ āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ
CIGAR āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻ¯āĻžāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ `N' āĻāĻā§)āĨ¤ āĻŦāĻŋāĻāĻā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻĻāĻžāĻšāĻ°āĻŖ āĻšāĻ˛ āĻāĻā§āĻ¸āĻ¨-āĻ¸ā§āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ¨āĻŋāĻ āĻ°āĻŋāĻĄ
RNA-seq āĻĄā§āĻāĻžāĻ¤ā§āĨ¤
-p āĻĒā§āĻĨāĻ āĻĒāĻ āĻ¨ā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻŖā§āĻĄāĻā§āĻ˛āĻŋ (āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻĒāĻĄāĻŧā§āĻ¨) āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻāĻ¨ā§āĻ¯, āĻ¤āĻžāĻ°
BAM/SAM āĻāĻ¨āĻĒā§āĻā§ āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ°āĻŋāĻĄ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ āĻāĻā§ āĻ āĻĒāĻ°ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻ˛āĻā§āĻ¨ āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤
-P āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž-āĻļā§āĻˇ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦā§āĻ° āĻŦā§āĻ§āĻ¤āĻž āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ -d āĻāĻŦāĻ -D āĻĨā§āĻā§
āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
-d
āĻ¨ā§āĻ¯ā§āĻ¨āĻ¤āĻŽ āĻāĻŖā§āĻĄ/āĻā§āĻŽāĻĒā§āĻ˛ā§āĻ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯, āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ 50āĨ¤
-D
āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻāĻŖā§āĻĄ/āĻā§āĻŽāĻĒā§āĻ˛ā§āĻ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯, āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ 600āĨ¤
-B āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻ¸āĻĢāĻ˛āĻāĻžāĻŦā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻāĻā§āĨ¤
-S
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ 'fr' āĻāĻāĻ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻĨā§āĻā§ āĻĻā§āĻāĻŋ āĻĒāĻžāĻ ā§āĻ° āĻ āĻāĻŋāĻ¯ā§āĻāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
(āĻāĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤).
-C āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž āĻ¯ā§āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻĻā§āĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻŦāĻŋāĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻā§āĻ°ā§āĻŽā§āĻā§āĻŽā§ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻāĻ°āĻž āĻāĻā§
āĻ āĻĨāĻŦāĻž āĻāĻāĻ āĻā§āĻ°ā§āĻŽā§āĻā§āĻŽā§ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄā§āĨ¤
--āĻĄā§āĻ¨āĻāĻ¸āĻ°ā§āĻ
āĻŦāĻŋāĻāĻāĻŽ/āĻāĻ¸āĻāĻāĻŽ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻā§ āĻ°āĻŋāĻĄāĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻŦāĻžāĻāĻžāĻ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻžāĨ¤ āĻŽāĻ¨ā§ āĻ°āĻžāĻāĻŦā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻāĻāĻ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻĨā§āĻā§ āĻĒāĻĄāĻŧāĻž āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻā§ āĻāĻā§ āĻ āĻĒāĻ°ā§āĻ° āĻĒāĻžāĻļā§ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤
--maxMOp
āĻāĻāĻāĻŋ CIGAR āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ-āĻ āĻ āĻ¨ā§āĻŽā§āĻĻāĻŋāĻ¤ 'M' āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžā§ˇ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ 10. āĻāĻāĻ¯āĻŧ
'X' āĻāĻŦāĻ '=' āĻā§ 'M' āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻŦāĻŋāĻŦā§āĻāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻāĻ˛āĻā§āĻ¨ 'M' āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻļāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋ CIGAR-āĻ āĻāĻāĻ¤ā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻāĨ¤
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻĢāĻŋāĻāĻžāĻ°āĻāĻžāĻāĻ¨ā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨