formatdb - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

formatdb - ব্লাস্টের জন্য প্রোটিন বা নিউক্লিওটাইড ডেটাবেস ফরম্যাট করুন

সাইনোপিসিস

ফরম্যাটডিবি [-] [-B ফাইলের নাম] [-F ফাইলের নাম] [-L ফাইলের নাম] [-T ফাইলের নাম] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i ফাইলের নাম] [-l ফাইলের নাম] [-n Str] [-o] [-p F] [-s] [-t Str] [-v N]

বর্ণনাঃ

ফরম্যাটডিবি আগে প্রোটিন বা নিউক্লিওটাইড সোর্স ডাটাবেস ফর্ম্যাট করার জন্য ব্যবহার করা আবশ্যক
এই ডাটাবেস blastall, blastpgp বা MegaBLAST দ্বারা অনুসন্ধান করা যেতে পারে। উৎস ডাটাবেস
FASTA বা ASN.1 ফর্ম্যাটে হতে পারে। যদিও FASTA বিন্যাসটি প্রায়শই ব্যবহৃত হয়
ইনপুট ফরম্যাটডিবি, ASN.1 ব্যবহার তাদের জন্য সুবিধাজনক যারা ASN.1 হিসাবে ব্যবহার করছেন
অন্যান্য ফরম্যাটের সাধারণ উৎস যেমন GenBank রিপোর্ট। একবার একটি উৎস ডাটাবেস ফাইল
দ্বারা ফরম্যাট করা হয়েছে ফরম্যাটডিবি এটা BLAST দ্বারা প্রয়োজন হয় না. আপনি যদি দয়া করে নোট করুন
ব্যবহার করে আপনার BLAST ডাটাবেসে পর্যায়ক্রমিক আপডেট প্রয়োগ করতে যাচ্ছে fmerge(1), আপনার প্রয়োজন হবে
সোর্স ডাটাবেস ফাইল রাখুন।

বিকল্প

বিকল্পগুলির একটি সারাংশ নীচে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে।

- প্রিন্ট ব্যবহার বার্তা

-B ফাইলের নাম
বাইনারি গিফাইল দ্বারা নির্দিষ্ট করা জিফাইল থেকে উত্পাদিত -F. এই বিকল্পটি নির্দিষ্ট করে
একটি বাইনারি জিআই তালিকা ফাইলের নাম। এই বিকল্পটি সঙ্গে ব্যবহার করা উচিত -F বিকল্প ক
টেক্সট জিআই তালিকার সাথে নির্দিষ্ট করা যেতে পারে -F বিকল্প এবং -B বিকল্প উত্পাদন করবে
যে GI তালিকা বাইনারি বিন্যাসে. বাইনারি ফাইলটি ছোট এবং BLAST এর প্রয়োজন নেই
এটি রূপান্তর করতে, যাতে এটি দ্রুত পড়া যায়।

-F ফাইলের নাম
জিফাইল (জিআই-এর তালিকা ধারণকারী ফাইল) সাথে ব্যবহারের জন্য -B or -L

-L ফাইলের নাম
নামে একটি উপনাম ফাইল তৈরি করুন ফাইলের নাম, যারা অনুসন্ধান করা ক্রম সীমিত
দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে -F.

-T ফাইলের নাম
ট্যাক্সোনমি আইডিগুলি ASN.1-এ সারণী অনুসারে সেট করুন ফাইলের নাম.

-V ভার্বোস: ডাটাবেসে অ-অনন্য স্ট্রিং আইডি পরীক্ষা করুন

-a ইনপুট ফাইলটি ASN.1 ফরম্যাটে ডাটাবেস (অন্যথায় FASTA প্রত্যাশিত)

-b ASN.1 ডাটাবেস বাইনারি (ASCII পাঠ্যের বিপরীতে)

-e ইনপুট একটি Seq-এন্ট্রি। একটি উৎস ASN.1 ডাটাবেস (টেক্সট ascii বা বাইনারি) হতে পারে
একটি বায়োসেক-সেট বা শুধুমাত্র একটি বায়োসেক থাকে। পরেরটির ক্ষেত্রে -e সরবরাহ করা উচিত.

-i ফাইলের নাম
বিন্যাসের জন্য ইনপুট ফাইল(গুলি)

-l ফাইলের নাম
লগ ফাইলের নাম (ডিফল্ট = formatdb.log)

-n Str BLAST ফাইলের ভিত্তির নাম (মূল FASTA ফাইলের নামের সাথে ডিফল্ট)

-o SeqID পার্স করুন এবং সূচী তৈরি করুন। যদি উৎস ডাটাবেস FASTA বিন্যাসে হয়, তাহলে
FASTA সংজ্ঞা লাইনের ডাটাবেস শনাক্তকারীদের অবশ্যই এর নিয়মগুলি অনুসরণ করতে হবে
FASTA ডিফলাইন বিন্যাস।

-p F ইনপুট একটি নিউক্লিওটাইড, প্রোটিন নয়।

-s সূচী শুধুমাত্র যোগদান দ্বারা, অবস্থান দ্বারা নয়। এটি বিশেষ করে সিকোয়েন্স সেটের জন্য উপযোগী
EST-এর মতো যেখানে প্রবেশাধিকার এবং লোকাস নামগুলি অভিন্ন৷ Formatdb রান করে
এই বিকল্পটি ব্যবহার করা হলে দ্রুত এবং ছোট অস্থায়ী ফাইল তৈরি করে। এটা দৃঢ়ভাবে
ইএসটি, এসটিএস, জিএসএস এবং এইচটিজিএস-এর জন্য প্রস্তাবিত।

-t Str ডাটাবেস ফাইলের শিরোনাম [স্ট্রিং]

-v N বড় আকারের FASTA ফাইলগুলিকে 'ভলিউম' আকারে বিভক্ত করুন N মিলিয়ন অক্ষর (4000 দ্বারা
ডিফল্ট). একটি ভলিউম তৈরির অংশ হিসাবে, ফরম্যাটডিবি একটি নতুন ধরনের BLAST লেখে
ডাটাবেস ফাইল, এক্সটেনশন `nal' বা `pal' সহ একটি উপনাম ফাইল বলা হয়।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে ফরম্যাটডিবি ব্যবহার করুন