frendp - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

frend.pl -- ওয়েবে একটি Bio::গ্রাফিক্স ফিচার ফাইল রেন্ডার করুন

সাইনোপিসিস

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

বর্ণনাঃ

frend.pl স্ক্রিপ্ট Bio::গ্রাফিক্স মডিউলের চারপাশে একটি পাতলা সামনের প্রান্ত। এটি একটি গ্রহণ করে
সিকোয়েন্স (প্রোটিন, নিউক্লিওটাইড) বৈশিষ্ট্য সমন্বিত ফাইলের তালিকা থেকে স্থানাঙ্ক
কমান্ড লাইনে বা স্ট্যান্ডার্ড ইনপুটে তালিকাভুক্ত ফাইল(গুলি) তাদের রেন্ডার করে এবং একটি PNG তৈরি করে
স্ট্যান্ডার্ড আউটপুটে ফাইল।

স্থাপন

এই স্ক্রিপ্টটি আপনার ওয়েব সাইটের cgi-bin ডিরেক্টরিতে অনুলিপি করুন। আপনি যা চান তা নাম দিন।

বৈশিষ্ট্য নথি পত্র বিন্যাস

এই স্ক্রিপ্ট একটি সহজ ট্যাব-সীমাবদ্ধ বিন্যাসে সিকোয়েন্স টীকা গ্রহণ করে এবং প্রক্রিয়া করে বা
GFF ফরম্যাটে।

বৈশিষ্ট্য ফাইল বিন্যাসে একটি কনফিগারেশন বিভাগ এবং একটি ডেটা বিভাগ রয়েছে। কনফিগারেশন
বিভাগটি চিত্রের আকার এবং সামগ্রিক বৈশিষ্ট্য সেট আপ করে এবং ডেটা বিভাগটি দেয়
বৈশিষ্ট্য ডেটা নিজেই।

কনফিগারেশন অধ্যায়
যদি প্রদান না করা হয়, এই স্ক্রিপ্টগুলির জন্য একটি যুক্তিসঙ্গত ডিফল্ট কনফিগারেশন বিভাগ তৈরি করে
আপনি, তাই একটি যুক্তিসঙ্গত চিত্র পেতে আপনাকে একটি কনফিগারেশন বিভাগ প্রদান করতে হবে না।
যাইহোক, ছবির চেহারা টিউন করতে, আপনি সম্ভবত টুইক করতে চাইবেন
কনফিগারেশন. এখানে কনফিগারেশন বিভাগ থেকে একটি উদ্ধৃতি আছে:

# উদাহরণ ফাইল
[সাধারণ]
ভিত্তি = -1000..21000
উচ্চতা = 12

[EST]
glyph = অংশ
bgcolor = হলুদ
সংযোগকারী = কঠিন
উচ্চতা = 5

[FGENES]
glyph = প্রতিলিপি2
bgcolor = সবুজ
বর্ণনা = 1

কনফিগারেশন বিভাগটি বিভাগগুলির একটি সেটে বিভক্ত, প্রতিটিতে একটি লেবেলযুক্ত
[বিভাগের শিরোনাম]। [সাধারণ] বিভাগটি সম্পূর্ণ চিত্রের জন্য বিশ্বব্যাপী বিকল্পগুলি নির্দিষ্ট করে।
অন্যান্য বিভাগ বিশেষ বৈশিষ্ট্য ধরনের প্রযোজ্য. উপরের উদাহরণে, কনফিগারেশন
[EST] বিভাগে ESTs হিসাবে লেবেলযুক্ত বৈশিষ্ট্যগুলিতে প্রযোজ্য, যেখানে কনফিগারেশন
[FGENES] বিভাগ FGENES জিনের পূর্বাভাস হিসাবে লেবেলযুক্ত বৈশিষ্ট্যগুলিতে প্রযোজ্য
ভবিষ্যদ্বাণী প্রোগ্রাম।

প্রতিটি বিভাগের ভিতরে নাম = মান জোড়ার একটি সিরিজ রয়েছে, যেখানে নামটি একটির নাম
সেট করার বিকল্প। আপনি এটিকে আরও পঠনযোগ্য করতে = চিহ্নের চারপাশে হোয়াইটস্পেস রাখতে পারেন, বা এমনকি
আপনি পছন্দ করলে একটি কোলন (:) ব্যবহার করুন। নিম্নলিখিত বিকল্পের নাম স্বীকৃত:

বিকল্প মান উদাহরণ
------ ----- --------

সিকোয়েন্স রেঞ্জের বেস সর্বনিম্ন এবং সর্বোচ্চ (bp) 1200..60000
ছবির প্রস্থ প্রস্থ (পিক্সেল) 600
উচ্চতা প্রতিটি গ্রাফিকাল উপাদানের উচ্চতা (পিক্সেল) 10
প্রতিটি গ্রাফিকাল উপাদানের গ্লাইফ স্টাইল (নীচে দেখুন) প্রতিলিপি
fgcolor প্রতিটি উপাদানের অগ্রভাগের রঙ হলুদ
bgcolor প্রতিটি উপাদানের পটভূমির রঙ নীল
লাইনউইথ লাইনের প্রস্থ 3
লেবেল বৈশিষ্ট্যটির নাম প্রিন্ট করুন 1
বর্ণনা বৈশিষ্ট্যের বিবরণ প্রিন্ট করতে হবে কিনা 0
বাম্প উপাদানগুলির সংঘর্ষের অনুমতি নেই 1
ticks তীর 1 তে টিক চিহ্ন প্রিন্ট করুন
সংযোগকারী গ্রুপ সংযোগকারীর ধরন (ড্যাশড, টুপি বা কঠিন) ড্যাশড

"বেস" এবং "প্রস্থ" বিকল্পগুলি শুধুমাত্র [সাধারণ] বিভাগে প্রাসঙ্গিক। তারা
অনুরূপ-নামযুক্ত কমান্ড-লাইন বিকল্প দ্বারা ওভাররাইড করা হয়।

বিকল্পগুলির অবশিষ্টগুলি যে কোনও বিভাগে অবস্থিত হতে পারে, তবে যদি উপস্থিত থাকে
[সাধারণ] বিভাগ অন্যদের জন্য ডিফল্ট সেট করবে।

রং হল ইংরেজি ভাষার রঙের নাম বা ওয়েব-স্টাইল #RRGGBB রং (HTML-এ একটি বই দেখুন
ব্যাখ্যার জন্য)। সত্য/মিথ্যা মান সত্যের জন্য 1 এবং মিথ্যার জন্য 0। সাংখ্যিক ব্যাপ্তি করতে পারেন
দুটি বিন্দু দিয়ে স্টার্ট..এন্ড ফ্যাশনে বা হাইফেন দিয়ে স্টার্ট-এন্ড হিসাবে প্রকাশ করা হবে।

"গ্লিফ" বিকল্পটি বৈশিষ্ট্যগুলি কীভাবে রেন্ডার করা হয় তা নিয়ন্ত্রণ করে। নিচের গ্লিফগুলি হল
বাস্তবায়িত:

নাম বর্ণনা
----------------

বক্স A ভরা আয়তক্ষেত্র, অ-দিকনির্দেশক।
উপবৃত্ত একটি ডিম্বাকৃতি।
তীর একটি তীর; একমুখী বা হতে পারে
দ্বিমুখী এটি প্রদর্শন করতেও সক্ষম
বড় এবং ছোট টিকমার্ক সহ একটি স্কেল, এবং পারেন
অনুভূমিকভাবে বা উল্লম্বভাবে ভিত্তিক করা.
অংশগুলি কঠিন দ্বারা সংযুক্ত ভরা আয়তক্ষেত্রগুলির একটি সেট
লাইন বিঘ্নিত বৈশিষ্ট্যগুলির জন্য ব্যবহৃত হয়, যেমন
ফাঁকা প্রান্তিককরণ এবং এক্সন গ্রুপ।
অনুলিপি সেগমেন্ট অনুরূপ, কিন্তু সংযোগ লাইন হয়
একটি "টুপি" আকৃতি, এবং দিক
প্রতিলিপি একটি ছোট তীর দ্বারা নির্দেশিত হয়.
ট্রান্সক্রিপ্ট2 ট্রান্সক্রিপ্ট অনুরূপ, কিন্তু এর দিক
ট্রান্সক্রিপশন একটি টার্মিনাল সেগমেন্ট দ্বারা নির্দেশিত হয়
একটি তীরের আকারে।
প্রাইমার দুটি অভ্যন্তরীণ নির্দেশক তীর একটি লাইন দ্বারা সংযুক্ত। STS-এর জন্য ব্যবহৃত।

ছবির চেহারা নিয়ন্ত্রণের জন্য বাম্প বিকল্পটি সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ বিকল্প। সেট থাকলে
মিথ্যা থেকে (সংখ্যা 0), তারপর বৈশিষ্ট্যগুলিকে ওভারল্যাপ করার অনুমতি দেওয়া হয়। যদি সত্যে সেট করা হয় (the
সংখ্যা 1), তারপর বৈশিষ্ট্যগুলি সংঘর্ষ এড়াতে উল্লম্বভাবে সরানো হবে। উল্লেখ না থাকলে,
কোনো প্রদত্ত সিকোয়েন্স বৈশিষ্ট্যের সংখ্যা 50-এর বেশি হলে বাম্প চালু করা হয়।

উপাত্ত অধ্যায়
ডেটা বিভাগটি কনফিগারেশন বিভাগ অনুসরণ করতে বা এগিয়ে যেতে পারে। দুই বিভাগ পারে
এছাড়াও মিশ্রিত করা. ডেটা বিভাগটি একটি ট্যাব বা হোয়াইটস্পেস-ডিলিমিটেড ফাইল যা আপনি করতে পারেন
একটি স্প্রেডশীট অ্যাপ্লিকেশন বা ওয়ার্ড প্রসেসর ফাইল থেকে রপ্তানি করুন (পাঠ্য হিসাবে সংরক্ষণ করতে ভুলবেন না
কেবল!)

এখানে একটি উদাহরণ তথ্য বিভাগ আছে:

কসমিড B0511। 516-619 কসমিড B0511। 3185-3294 কসমিড
B0511। 10946-11208 Cosmid B0511। 13126-13511 কসমিড
B0511। 66-208 কসমিড B0511। 6354-6499 কসমিড B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 সুইডিশ মাছ FGENESH "জিন
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 ট্রান্সমেমব্রেন ডোমেন
FGENESH "জিন 2" - 16626-17396,17451-17597 Kinase এবং সুশি ডোমেন

ফাইলের প্রতিটি লাইনে পাঁচটি কলাম থাকে। কলামগুলি হল:

কলাম # বর্ণনা
--------------------

1 বৈশিষ্ট্যের ধরন
2 বৈশিষ্ট্যের নাম
3 তীর
4 স্থানাঙ্ক
5 বর্ণনা

বৈশিষ্ট্যের ধরন
বৈশিষ্ট্যের ধরনটি তে [ফিচার টাইপ] শিরোনামগুলির একটির সাথে সঙ্গতিপূর্ণ হওয়া উচিত
কনফিগারেশন বিভাগ। যদি এটি না হয়, [সাধারণ] বিকল্পগুলি প্রয়োগ করা হবে
এটি রেন্ডার করার সময় বৈশিষ্ট্য। বৈশিষ্ট্যের নামটি বৈশিষ্ট্যটির একটি নাম। ব্যবহার করা "." বা
"-" যদি এটি প্রাসঙ্গিক না হয়। যদি নামের মধ্যে সাদা স্থান থাকে, তাহলে একক বা ডবল রাখুন
নামের চারপাশে উদ্ধৃতি ("")।

তীরভূমি
স্ট্র্যান্ড নির্দেশ করে কোন স্ট্র্যান্ড বৈশিষ্ট্যটি চালু আছে। এটি ফরোয়ার্ডের জন্য "+" এর একটি
স্ট্র্যান্ড, "-" বিপরীত স্ট্র্যান্ডের জন্য, বা "।" এমন বৈশিষ্ট্যগুলির জন্য যা আটকে নেই।

স্থানাঙ্ক
স্থানাঙ্ক কলাম হল এক বা একাধিক ব্যাপ্তির একটি সেট যা বৈশিষ্ট্যটি দখল করে।
রেঞ্জগুলি ".." ব্যবহার করে লেখা হয় যেমন স্টার্ট..স্টপ, বা হাইফেন দিয়ে, স্টার্ট-স্টপের মতো।
বৈশিষ্ট্যগুলির জন্য যেগুলি একাধিক পরিসর নিয়ে গঠিত &em; উদাহরণস্বরূপ প্রতিলিপি যে
একাধিক exons আছে &em; আপনি হয় একই লাইনে রেঞ্জগুলিকে আলাদা করে রাখতে পারেন
কমা বা স্পেস বা রেঞ্জগুলিকে পৃথক লাইনে রাখুন এবং একই বৈশিষ্ট্য ব্যবহার করুন
তাদের গ্রুপ করার জন্য নাম এবং টাইপ করুন। উপরের উদাহরণে, Cosmid B0511 বৈশিষ্ট্যগুলি ব্যবহার করে
পৃথক লাইন শৈলী, যখন FGENESH বৈশিষ্ট্যগুলি সমস্ত-রেঞ্জ-অন-এক-লাইন ব্যবহার করে
শৈলী.

বিবরণ
শেষ কলামে কিছু বর্ণনামূলক পাঠ্য রয়েছে। যদি বর্ণনা বিকল্পটি সেট করা থাকে
সত্য, এই পাঠ্যটি রেন্ডারিংয়ের বৈশিষ্ট্যের নীচে প্রিন্ট করা হবে।

পরিশেষে, একসাথে সম্পর্কিত বৈশিষ্ট্যগুলিকে গোষ্ঠীভুক্ত করা সম্ভব। একটি উদাহরণ হল ESTs
yk53c10.5 এবং yk53c10.3, যা ক্লোনের দুই প্রান্ত থেকে পড়ার মাধ্যমে সম্পর্কিত
yk53c10। এই সম্পর্কটি নির্দেশ করতে, এমন একটি বিভাগ তৈরি করুন যা এইরকম দেখাচ্ছে:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

গোষ্ঠীটি একটি লাইন দ্বারা নির্দেশিত হয় যেখানে বৈশিষ্ট্যটি ধারণকারী মাত্র দুটি কলাম রয়েছে
টাইপ এবং গ্রুপের জন্য একটি অনন্য নাম। ফর্ম যে সমস্ত বৈশিষ্ট্য সঙ্গে এই লাইন অনুসরণ করুন
গ্রুপ, কিন্তু প্রথম কলাম (ফিচার টাইপ) ফাঁকা ছেড়ে দিন। গ্রুপ দ্বারা রেন্ডার করা হবে
গ্রুপের সকল সদস্যের মধ্যে একটি ড্যাশড রেখা আঁকা। আপনি দ্বারা এটি পরিবর্তন করতে পারেন
এই বৈশিষ্ট্যের জন্য কনফিগারেশন বিভাগে একটি ভিন্ন সংযোগকারী বিকল্প নির্দিষ্ট করা
টাইপ করুন।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইন frendp ব্যবহার করুন