এটি হল genome-music-bmr-calc-bmrp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
জিনোম সঙ্গীত bmr calc-bmr - প্রতি-জিন কভারেজ দেওয়া মিউটেশন হার গণনা করে ("সঙ্গীত থেকে
bmr calc-covg"), এবং একটি মিউটেশন তালিকা
সংস্করণ
এই নথিটি জিনোম মিউজিক বিএমআর ক্যালক-বিএমআর সংস্করণ 0.04 (2016-01-01 23:10:18 এ) বর্ণনা করে
সাইনোপিসিস
জিনোম মিউজিক bmr calc-bmr --bmr-output=? --roi-ফাইল=? --জিন-মিআর-ফাইল=?
--রেফারেন্স-সিকোয়েন্স=? --বাম-তালিকা=? --output-dir=? --maf-ফাইল=? [-এড়িয়ে যান-নন-কোডিং]
[--skip-silent] [-bmr-groups=?] [--দেখানো-বাদ দেওয়া] [--আলাদা-ছাঁটা]
[--একত্রীকরণ-সমবর্তী-মুটস] [--জিন-টু-উপেক্ষা=?]
... সঙ্গীত bmr calc-bmr \
--bam-list input_dir/bam_list \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv
... সঙ্গীত bmr calc-bmr \
--bam-list input_dir/bam_list \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv \
GENE1, GENE2-কে উপেক্ষা করার জন্য জিন
REQUIRED টি যুক্তি
bmr-আউটপুট সংখ্যা
করণীয়
roi-ফাইল পাঠ
ROI-এর ট্যাব সীমাবদ্ধ তালিকা [chr start stop gene_name] (বিবরণ দেখুন)
gene-mr-file পাঠ
করণীয়
রেফারেন্স-ক্রম পাঠ
FASTA বিন্যাসে রেফারেন্স সিকোয়েন্সের পথ
bam-তালিকা পাঠ
বিএএম ফাইলের ট্যাব সীমাবদ্ধ তালিকা [নমুনা_নাম স্বাভাবিক_বাম টিউমার_বাম] (বিবরণ দেখুন)
output-dir পাঠ
ডিরেক্টরি যেখানে আউটপুট ফাইলগুলি লেখা হবে (ক্যালক-কোভিজি-তে ব্যবহৃত একইটি ব্যবহার করুন)
maf-ফাইল পাঠ
TCGA MAF স্পেসিফিকেশন v2.3 ব্যবহার করে মিউটেশনের তালিকা
ঐচ্ছিক যুক্তি
স্কিপ-নন-কোডিং বুলিয়ান
প্রদত্ত MAF ফাইল থেকে নন-কোডিং মিউটেশন এড়িয়ে যান
ডিফল্ট মান 'সত্য' যদি নির্দিষ্ট না করা হয়
noskip-নন-কোডিং বুলিয়ান
স্কিপ-নন-কোডিং 'মিথ্যা' করুন
skip-silent বুলিয়ান
প্রদত্ত MAF ফাইল থেকে নীরব মিউটেশন এড়িয়ে যান
ডিফল্ট মান 'সত্য' যদি নির্দিষ্ট না করা হয়
noskip- নীরব বুলিয়ান
স্কিপ-সাইলেন্টকে 'মিথ্যা' করুন
bmr-গোষ্ঠী পূর্ণসংখ্যা
তুলনামূলক BMR সহ নমুনার ক্লাস্টারের সংখ্যা (বিবরণ দেখুন)
নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান '1'
শো-বাদ দেওয়া বুলিয়ান
প্রতিটি এড়িয়ে যাওয়া মিউটেশনের রিপোর্ট করুন, শুধু কতগুলি নয়
ডিফল্ট মান 'false' (-noshow-skipped) যদি নির্দিষ্ট না করা থাকে
noshow-skipped বুলিয়ান
শো-বাদিত 'মিথ্যা' করুন
পৃথক-কাটা বুলিয়ান
একটি পৃথক বিভাগ হিসাবে গ্রুপ ট্রাঙ্কেশনাল মিউটেশন
ডিফল্ট মান 'false' (--noseparate-runcations) যদি নির্দিষ্ট করা না থাকে
নাক-কাটা-কাটা বুলিয়ান
আলাদা-ছেঁটে 'মিথ্যা' করুন
merge-concurrent-muts বুলিয়ান
একই নমুনায় একটি জিনের একাধিক মিউটেশনকে 1 হিসাবে বিবেচনা করা হয়
ডিফল্ট মান 'false' (-nomerge-concurrent-muts) নির্দিষ্ট না থাকলে
nomerge-concurrent-muts বুলিয়ান
মার্জ-কনকারেন্ট-মটস 'মিথ্যা' করুন
জিন-টু-উপেক্ষা পাঠ
ব্যাকগ্রাউন্ড মিউটেশন হারের জন্য উপেক্ষা করার জন্য জিনের কমা দ্বারা সীমাবদ্ধ তালিকা
বর্ণনাঃ
একটি মিউটেশন তালিকা দেওয়া হয়েছে (এমএএফ), এবং প্রতি-জিন কভারেজ ডেটা "মিউজিক বিএমআর ক্যালক- ব্যবহার করে গণনা করা হয়েছে"
covg"), এই স্ক্রিপ্টটি সামগ্রিক ব্যাকগ্রাউন্ড মিউটেশন রেট (BMR) এবং BMRs গণনা করে
AT/CG/CpG ট্রানজিশন, AT/CG/CpG ট্রান্সভার্সন, এবং Indels-এর বিভাগ। একটি ঐচ্ছিক
ট্রাঙ্কেশনাল মিউটেশনের জন্য বিভাগও নির্দিষ্ট করা যেতে পারে। স্ক্রিপ্ট একটি ফাইল তৈরি করে
প্রতি-জিন মিউটেশন হারের সাথে যা উল্লেখযোগ্যভাবে পরীক্ষা করে এমন সরঞ্জামের সাথে ব্যবহার করা যেতে পারে
পরিবর্তিত জিন (মিউজিক এসএমজি)।
যুক্তি
--roi-ফাইল
প্রতিটি জিনের আগ্রহের অঞ্চলগুলি (ROIs) সাধারণত অঞ্চলগুলির জন্য লক্ষ্য করা হয়৷
সিকোয়েন্সিং বা 2-bp সহ জিনের এক্সন লোকি (একাধিক ট্রান্সক্রিপ্ট থেকে) একত্রিত করা হয়েছে
flanks (স্প্লিস জংশন)। একই ক্রোমোজোম থেকে ROI সংলগ্ন তালিকাভুক্ত করা আবশ্যক
এই ফাইলে একে অপরকে। এটি অন্তর্নিহিত সি-ভিত্তিক কোডকে আরও অনেক বেশি চালানোর অনুমতি দেয়
দক্ষতার সাথে এবং ওভারল্যাপিং ROI তে দেখা বেস পুনরায় গণনা এড়ান (সামগ্রিক আচ্ছাদিত জন্য
ভিত্তি গণনা)। প্রতি-জিন বেস গণনার জন্য, প্রতিবার একটি ওভারল্যাপিং বেস গণনা করা হবে
এটি একই জিনের একটি ROI-তে প্রদর্শিত হয়। এটি এড়াতে, একসাথে একত্রিত করতে ভুলবেন না
একই জিনের ওভারল্যাপিং ROI. BEDtools' mergeBed সাহায্য করতে পারে যদি প্রতি জিন ব্যবহার করা হয়।
--রেফারেন্স-ক্রম
FASTA বিন্যাসে রেফারেন্স ক্রম। যদি একটি রেফারেন্স ক্রম সূচক পাওয়া যায় না
এই ফাইলের পাশে (একটি .fai ফাইল), এটি তৈরি হবে।
--বাম-তালিকা
প্রতিটির জন্য নমুনা নাম এবং স্বাভাবিক/টিউমার BAM অবস্থান সম্বলিত একটি ফাইল প্রদান করুন। ব্যবহার করুন
ট্যাব- সীমাবদ্ধ বিন্যাস [নমুনা_নাম স্বাভাবিক_বাম টিউমার_বাম] প্রতি লাইন। অতিরিক্ত
ক্লিনিকাল ডেটার মত কলাম অনুমোদিত, কিন্তু উপেক্ষা করা হয়। নমুনা_নাম একই হতে হবে
MAF ফাইলে ব্যবহৃত টিউমার নমুনার নাম হিসাবে (16 তম কলাম, হেডার সহ
টিউমার_নমুনা_বারকোড)।
--bmr-গ্রুপ
আদর্শভাবে, আমরা একটি নমুনার বিপরীতে একটি জিনের মিউটেশন রেট (MR) পরীক্ষা করতে চাই
সেই নমুনা জুড়ে ব্যাকগ্রাউন্ড মিউটেশন রেট (BMR)। কিন্তু কিছু নমুনার বিএমআর হলে
তুলনীয়, আমরা পরিবর্তে নমুনার একটি গ্রুপ জুড়ে একটি জিনের এমআর পরীক্ষা করতে পারি
তুলনীয় BMR, সেই গ্রুপের সামগ্রিক BMR এর বিপরীতে। এই যুক্তি কিভাবে নির্দিষ্ট করে
এই ধরনের অনেক গ্রুপ আপনি ক্লাস্টার নমুনা করতে চান. ডিফল্টরূপে, এটা অনুমান করা হয় যে সব
নমুনায় তুলনামূলক BMR আছে (bmr-গ্রুপ = 1)।
--আউটপুট-ডির
"music bmr calc-covg" চালানোর সময় এটি একই আউটপুট ডিরেক্টরি ব্যবহার করা উচিত। দ্য
এই স্ক্রিপ্টের নিম্নলিখিত আউটপুটগুলিও তৈরি/লিখিত হবে: overall_bmrs: ফাইল
শ্রেণীবদ্ধ সামগ্রিক ব্যাকগ্রাউন্ড মিউটেশন হার সমন্বিত। gene_mrs: ফাইল ধারণকারী
শ্রেণীবদ্ধ প্রতি-জিন মিউটেশন হার।
--জিন-টু-উপেক্ষা
সামগ্রিক BMR গণনার জন্য উপেক্ষা করার জন্য জিনগুলির একটি কমা দ্বারা সীমাবদ্ধ তালিকা৷ তালিকাভুক্ত জিন
যেগুলি এই রোগের পরিচিত কারণ এবং যার মিউটেশনগুলিকে শ্রেণীবদ্ধ করা উচিত নয়
পটভূমি।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে genome-music-bmr-calc-bmrp অনলাইন ব্যবহার করুন
