giira - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

giira - জিন আইডেন্টিফিকেশন ইনকর্পোরটিং RNA-Seq ডেটা এবং অস্পষ্ট পাঠ

সাইনোপিসিস

গিরা -আইজি genomeFile.fasta -আইআর rnaFile.fastq -লিবপথ

বর্ণনাঃ

জিআইআরএ (জিন আইডেন্টিফিকেশন ইনকর্পোরেটিং আরএনএ-সেক ডেটা এবং অস্পষ্ট পাঠ) একটি পদ্ধতি
একটি RNA-Seq ম্যাপিং এবং অন্তর্ভুক্তির উপর ভিত্তি করে একটি জিনোমে সম্ভাব্য জিন অঞ্চলগুলি সনাক্ত করুন
অস্পষ্টভাবে ম্যাপ করা পড়া।

বিকল্প

-h : হেল্প টেক্সট এবং প্রস্থান করুন

-আইজি [pathToGenomes] : ফাস্টা ফরম্যাটে জিনোম ফাইল সহ ডিরেক্টরির পথ নির্দিষ্ট করুন

-আইআর [pathToRna] : ফাস্টকিউ ফরম্যাটে আরএনএ রিড ফাইল সহ ডিরেক্টরির পথ নির্দিষ্ট করুন

- স্ক্রিপ্ট [absolutePath] : ধারণ করা ডিরেক্টরির পরম পথ নির্দিষ্ট করুন
প্রয়োজনীয় সহায়ক স্ক্রিপ্ট, ডিফল্ট: GIIRA.jar-এর ডিরেক্টরি

-out [pathToResults] : যে ডিরেক্টরিতে ফলাফল ফাইল থাকবে তা নির্দিষ্ট করুন

-আউটনাম [outputName] : আউটপুট ফাইলের জন্য পছন্দসই নাম নির্দিষ্ট করুন, ডিফল্ট: জিন

- হ্যাভস্যাম [samfileName]: যদি একটি sam ফাইল আগে থেকেই থাকে, তাহলে নাম দিন, অন্যথায় একটি ম্যাপিং
সঞ্চালিত দ্রষ্টব্য: স্যাম ফাইলটি পড়ার নাম অনুসারে সাজাতে হবে!

-nT [numberThreads] : সর্বাধিক সংখ্যক থ্রেড নির্দিষ্ট করুন যা ব্যবহার করার অনুমতি দেওয়া হয়,
ডিফল্ট: 1

-এমটি [tophat/bwa/bwasw] : পঠিত ম্যাপিংয়ের জন্য পছন্দসই টুল নির্দিষ্ট করুন, ডিফল্ট: টপফ্যাট

-মেম [int] : cplex ব্যবহার করার অনুমতি দেওয়া মেমরির পরিমাণ নির্দিষ্ট করুন

-maxReportedHits [int] : ম্যাপিং টুল হিসাবে BWA ব্যবহার করলে, সর্বাধিক সংখ্যা উল্লেখ করুন
রিপোর্ট করা হিট, ডিফল্ট: 2

-প্রোকারিওট : যদি নির্দিষ্ট করা হয়, জিনোমকে প্রোক্যারিওটিক হিসাবে গণ্য করা হয়, কোন স্প্লাইড রিড হয় না
গৃহীত হয়, এবং কাঠামোগত জিন সমাধান করা হয়। ডিফল্ট: n

-মিনকভ [ডবল] : জিন প্রার্থী নিষ্কাশনের ন্যূনতম প্রয়োজনীয় কভারেজ নির্দিষ্ট করুন,
ডিফল্ট: -1 (ম্যাপিং থেকে অনুমান করা হয়)

-maxCov [ডবল] : ঐচ্ছিক সর্বাধিক কভারেজ থ্রেশহোল্ড, ম্যাপিং থেকেও অনুমান করা যেতে পারে
(ডিফল্ট)

-endCov [ডবল] : যদি কভারেজ এই মানের নিচে পড়ে, বর্তমানে খোলা প্রার্থী
জিন বন্ধ। এই মানটি ন্যূনতম কভারেজ থেকে অনুমান করা যেতে পারে (-1);
ডিফল্ট: -1

-dispCov [0/1] : অনুমান (1) পঠিত ম্যাপিংয়ের জন্য কভারেজ হিস্টোগ্রাম, ডিফল্ট: 0

-অন্তর [int] : নিকটবর্তী প্রার্থী জিনের মধ্যে একটি ব্যবধানের সর্বনিম্ন আকার নির্দিষ্ট করুন, যদি
"-1" এটি পড়ার দৈর্ঘ্যের সমান। ডিফল্ট: -1

-স্পলিম [ডবল] : একটি স্প্লাইস সাইট গ্রহণ করার জন্য প্রয়োজনীয় ন্যূনতম কভারেজটি নির্দিষ্ট করুন,
যদি (-1) থ্রেশহোল্ড minCov এর সমান, ডিফল্ট: -1

-আরএল [int] : পড়ার দৈর্ঘ্য নির্দিষ্ট করুন, অন্যথায় এই তথ্য SAM ফাইল থেকে বের করা হয়
(ডিফল্ট)

- samForSequential [pathToSamFile] : যদি এটি একটি ক্রোমোজোম বিশ্লেষণ করতে চান
অনুক্রমিক পদ্ধতিতে, একটি ছাড়াও একটি ক্রোমোজোম সাজানো স্যাম ফাইল প্রদান করুন
পঠিত নাম অনুসারে সাজানো, ডিফল্ট: noSequential

-noAmbiOpti : নির্দিষ্ট করা হলে, অস্পষ্ট হিট বিশ্লেষণে অন্তর্ভুক্ত করা হয় না

-সেটিং ম্যাপার [(প্যারামিটারের তালিকা)] : পছন্দসই পরামিতিগুলির একটি কমা দ্বারা পৃথক করা তালিকা
TopHat বা BWA এর জন্য। অনুগ্রহ করে সরবরাহ করুন

প্রতিটি প্যারামিটারের জন্য একজোড়া সূচক এবং মান, একটি সমতা চিহ্ন দ্বারা পৃথক করা হয়।
নোট করুন যে প্যারামিটারগুলি BWA-এর 3টি ভিন্ন অংশের (সূচীকরণ, aln, sam) উদ্দেশ্যে করা হয়েছে
একটি ছোট হাতের বার দ্বারা আলাদা করতে হবে

উদাহরণ: -সেটিং ম্যাপার [-a=is_-t=5,-N_-n=5]

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে গিরা ব্যবহার করুন