gmap - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmap - জিনোমিক ম্যাপিং এবং অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রাম

সাইনোপিসিস

gmap [বিকল্প...] <ফাস্তা নথি পত্র...>, or বিড়াল | gmap [বিকল্প...]

বিকল্প

ইনপুট অপশন (অবশ্যই অন্তর্ভুক্ত করা -d or -g)
-D, --dir=ডিরেক্টরি
জিনোম ডিরেক্টরি। ডিফল্ট (যেমন দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে --with-gmapdb কনফিগার প্রোগ্রামে)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING এর
জিনোম ডাটাবেস। যুক্তি যদি হয় '?' (উদ্ধৃতি সহ), এই কমান্ডটি তালিকাভুক্ত করে
উপলব্ধ ডাটাবেস।

-k, --কিমি=INT
জিনোম ডাটাবেসে ব্যবহার করার জন্য kmer আকার (অনুমোদিত মান: 16 বা কম)। যদি না
নির্দিষ্ট করা হয়েছে, প্রোগ্রামটি জিনোমে সর্বাধিক উপলব্ধ কিমার আকার খুঁজে পাবে
ডাটাবেজ

-- নমুনা=INT
জিনোম ডাটাবেসে ব্যবহার করার জন্য নমুনা। নির্দিষ্ট না থাকলে, প্রোগ্রামটি খুঁজে পাবে
নির্বাচিত কে-মের আকারের মধ্যে জিনোম ডাটাবেসের মধ্যে সবচেয়ে ছোট উপলব্ধ নমুনা মান

-G, --জিনোমফুল
সম্পূর্ণ জিনোম ব্যবহার করুন (সমস্ত ASCII অক্ষর অনুমোদিত; সেটআপের সময় স্পষ্টভাবে নির্মিত), না
সংকুচিত সংস্করণ

-g, --gseg=ফাইলের নাম
ব্যবহারকারী দ্বারা সরবরাহকৃত জিনোমিক সেগমেন্ট

-1, --সেলফলাইন
stdin এর মাধ্যমে FASTA বিন্যাসে নিজের বিরুদ্ধে একটি ক্রম সারিবদ্ধ করুন (পাওয়ার জন্য দরকারী
একটি নিউক্লিওটাইড ক্রম প্রোটিন অনুবাদ)

-2, -- জোড়া লাগানো
FASTA ফর্ম্যাটে stdin এর মাধ্যমে দুটি সিকোয়েন্স সারিবদ্ধ করুন, প্রথমটি জিনোমিক এবং দ্বিতীয়টি
একটি হচ্ছে cDNA

--cmdline=STRING এর,STRING
কমান্ড লাইনে প্রদত্ত এই দুটি ক্রম সারিবদ্ধ করুন, প্রথমটি জিনোমিক এবং
দ্বিতীয়টি হচ্ছে cDNA

-q, -- অংশ=INT/আইএনটি
প্রতিটি n ক্রমগুলির মধ্যে শুধুমাত্র i-th প্রক্রিয়া করুন যেমন, 0/100 বা 99/100 (এর জন্য দরকারী
একটি কম্পিউটার খামারে কাজ বিতরণ)।

--ইনপুট-বাফার-আকার=INT
ইনপুট বাফারের আকার (প্রোগ্রাম দক্ষতার জন্য এক সময়ে এই অনেকগুলি ক্রম পড়ে)
(ডিফল্ট 1000)

গণনার বিকল্প

-B, --ব্যাচ=INT
ব্যাচ মোড (ডিফল্ট = 2)

মোড অফসেট পজিশন জিনোম
0 নোট mmap mmap দেখুন
1 নোট mmap দেখুন এবং mmap প্রিলোড করুন
(ডিফল্ট) 2 নোট mmap এবং প্রিলোড mmap এবং প্রিলোড দেখুন
3 দেখুন নোট বরাদ্দ mmap এবং preload
4 দেখুন নোট বরাদ্দ বরাদ্দ
5 প্রসারিত বরাদ্দ বরাদ্দ

দ্রষ্টব্য: একটি একক অনুক্রমের জন্য, সমস্ত ডেটা স্ট্রাকচার mmap ব্যবহার করে
যদি mmap উপলব্ধ না হয় এবং বরাদ্দ না বেছে নেওয়া হয়, তাহলে ফাইলিও ব্যবহার করবে (খুব ধীর)

সম্পর্কে নোট করুন --ব্যাচ এবং অফসেট: অফসেটের সম্প্রসারণ নিয়ন্ত্রণ করা যেতে পারে
স্বাধীনভাবে দ্বারা --প্রসারিত-অফসেট পতাকা দ্য --ব্যাচ=5 বিকল্পের সমতুল্য
--ব্যাচ=4 যোগ --প্রসারিত-অফসেট=1

--প্রসারিত-অফসেট=INT
জিনোমিক অফসেট সূচকের মানগুলি প্রসারিত করতে হবে কিনা: 0 (না, ডিফল্ট), বা 1 (হ্যাঁ)।
সম্প্রসারণ দ্রুত প্রান্তিককরণ দেয়, কিন্তু আরো মেমরি প্রয়োজন

--নোসপ্লিসিং
স্প্লিসিং বন্ধ করে (একটি জিনোমে জিনোমিক ক্রম সারিবদ্ধ করার জন্য দরকারী)

--মিন-ইনট্রনলেংথ=INT
একটি অভ্যন্তরীণ ইন্ট্রনের জন্য ন্যূনতম দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 9)। এই আকারের নীচে, একটি জিনোমিক ফাঁক
একটি intron এর পরিবর্তে একটি মুছে ফেলা হিসাবে বিবেচিত হবে৷

-K, -- অন্তর্দৈর্ঘ্য=INT
একটি অভ্যন্তরীণ ইন্ট্রনের জন্য সর্বাধিক দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 200000)

-w, --স্থানীয় স্প্লাইসিস্ট=INT
সিকোয়েন্সের শেষে পরিচিত স্প্লাইস সাইটগুলির জন্য সর্বাধিক দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 2000000)

-L, --মোট দৈর্ঘ্য=INT
সর্বাধিক মোট ইন্ট্রন দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 2400000)

-x, --কাইমেরা-মার্জিন=INT
অসংযুক্ত অনুক্রমের পরিমাণ যা অবশিষ্ট অনুক্রমের জন্য অনুসন্ধান শুরু করে
(ডিফল্ট 30)। কাইমেরিক রিডের সারিবদ্ধকরণ সক্ষম করে এবং কিছুতে সাহায্য করতে পারে
নন-কাইমেরিক পড়া। বন্ধ করতে, শূন্য সেট করুন।

--নো-কাইমেরাস
কাইমেরা খুঁজে পাওয়া বন্ধ করে। হিসাবে একই প্রভাব --কাইমেরা-মার্জিন=0

-t, --nথ্রেড=INT
কর্মী থ্রেড সংখ্যা

-c, --chrsubset=স্ট্রিং
প্রদত্ত ক্রোমোজোমে অনুসন্ধান সীমাবদ্ধ করুন

-z, --অভিমুখ=STRING এর
cDNA দিক (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter, or
স্বয়ংক্রিয় (ডিফল্ট))

-H, --ট্রাইমেন্ডেক্সন=INT
প্রদত্ত সংখ্যার চেয়ে কম সংখ্যার সাথে শেষের এক্সন ট্রিম করুন (nt, ডিফল্ট 9)

--ক্যাননিকাল-মোড=INT
ক্যানোনিকাল এবং সেমি-ক্যাননিকাল ইন্ট্রোনের জন্য পুরস্কার 0=কম পুরস্কার, 1=উচ্চ পুরস্কার
(ডিফল্ট), 2=উচ্চ-পরিচয় ক্রমগুলির জন্য কম পুরস্কার এবং অন্যথায় উচ্চ পুরস্কার

--ক্রস-প্রজাতি
ক্যানোনিকাল স্প্লিসিংয়ের জন্য আরও সংবেদনশীল অনুসন্ধান ব্যবহার করুন, যা বিশেষত এর জন্য সহায়তা করে
ক্রস-প্রজাতির প্রান্তিককরণ এবং অন্যান্য কঠিন ক্ষেত্রে

--অনুমতি-বন্ধ-ইন্ডেল=INT
একে অপরের কাছাকাছি সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলার অনুমতি দিন (0=না, 1=হ্যাঁ (ডিফল্ট), 2=শুধুমাত্র
উচ্চ মানের প্রান্তিককরণের জন্য)

--মাইক্রোএক্সন-স্প্লিসপ্রব=ভাসা
স্প্লাইস সাইটের সম্ভাব্যতাগুলির মধ্যে একটি এর চেয়ে বেশি হলেই মাইক্রোএক্সনকে অনুমতি দিন
মান (ডিফল্ট 0.95)

--cmetdir=STRING এর
মিথাইলসাইটোসিন ইনডেক্স ফাইলের জন্য ডিরেক্টরি (সিমেটিন্ডেক্স ব্যবহার করে তৈরি) (ডিফল্ট হল
ব্যবহার করে নির্দিষ্ট করা জিনোম সূচক ফাইলের অবস্থান -D, -V, এবং -d)

--অটোইডির=STRING এর
A-to-I RNA সম্পাদনা সূচক ফাইলের জন্য ডিরেক্টরি (atoiindex ব্যবহার করে তৈরি) (ডিফল্ট হল
ব্যবহার করে নির্দিষ্ট করা জিনোম সূচক ফাইলের অবস্থান -D, -V, এবং -d)

--মোড=STRING এর
প্রান্তিককরণ মোড: স্ট্যান্ডার্ড (ডিফল্ট), সেমিট-স্ট্র্যান্ডেড, সিমেট-ননস্ট্র্যান্ডেড, অ্যাটোই-স্ট্র্যান্ডেড,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded, বা ttoc-nonstranded. অ-মানক মোড প্রয়োজন
আপনি আগে cmetindex বা atoiindex প্রোগ্রামগুলি চালাতে হবে (যা কভার করে
ttoc মোড) জিনোমের উপর

-p, --প্রুনলেভেল
ছাঁটাই স্তর: 0=নো ছাঁটাই (ডিফল্ট), 1=দরিদ্র সেক, 2=পুনরাবৃত্ত সেক, 3=দরিদ্র এবং
পুনরাবৃত্তিমূলক

আউটপুট প্রকার

-S, --সারসংক্ষেপ
শুধুমাত্র প্রান্তিককরণের সারাংশ দেখান

-A, -- সারিবদ্ধ
প্রান্তিককরণ দেখান

-3, --একটানা
তিনটি একটানা লাইনে সারিবদ্ধতা দেখান

-4, --একটানা-বাই-এক্সন
প্রতি এক্সন তিনটি লাইনে প্রান্তিককরণ দেখান

-Z, -- কম্প্রেস
সংকুচিত বিন্যাসে প্রিন্ট আউটপুট

-E, --এক্সন=STRING এর
প্রিন্ট এক্সন ("cdna" বা "জিনোমিক")

-P, --প্রোটিন_ডিএনএ
প্রিন্ট প্রোটিন সিকোয়েন্স (cDNA)

-Q, --প্রোটিন_জেন
প্রোটিন ক্রম প্রিন্ট করুন (জিনোমিক)

-f, --ফরম্যাট=INT
আউটপুট জন্য অন্যান্য বিন্যাস (এছাড়াও নোট করুন -A এবং -S বিকল্প এবং অন্যান্য বিকল্প তালিকাভুক্ত
আউটপুট প্রকারের অধীনে):
psl (বা 1) = PSL (BLAT) ফরম্যাট,
gff3_gene (বা 2) = GFF3 জিন বিন্যাস,
gff3_match_cdna (বা 3) = GFF3 cDNA_match বিন্যাস,
gff3_match_est (বা 4) = GFF3 EST_match বিন্যাস,
splicesites (বা 6) = splicesites আউটপুট (GSNAP স্প্লাইসিং ফাইলের জন্য),
introns = introns আউটপুট (GSNAP স্প্লিসিং ফাইলের জন্য),
map_exons (বা 7) = IIT FASTA এক্সন মানচিত্র বিন্যাস,
map_ranges (বা 8) = IIT FASTA রেঞ্জ মানচিত্র বিন্যাস,
coords (বা 9) = টেবিল বিন্যাসে coords,
sampe = SAM ফরম্যাট (প্যায়ারড_রিড বিট পতাকায় সেট করা),
samse = SAM ফরম্যাট (paired_read bit সেট না করে)

আউটপুট বিকল্পগুলি

-n, --এনপথ=INT
দেখানোর জন্য সর্বাধিক সংখ্যক পাথ (ডিফল্ট 5)। 1 এ সেট করা হলে, GMAP রিপোর্ট করবে না
কাইমেরিক প্রান্তিককরণ, যেহেতু সেগুলি দুটি পথ বোঝায়। আপনি একটি একক প্রান্তিককরণ চান
প্লাস কাইমেরিক প্রান্তিককরণ, তারপর এটি 0 তে সেট করুন।

--সাবঅপ্টিমাল-স্কোর=INT
শুধুমাত্র সেই পাথের রিপোর্ট করুন যার স্কোর সেরা পথের এই মানের মধ্যে রয়েছে। গতানুগতিক,
যদি এই বিকল্পটি প্রদান করা না হয়,
প্রোগ্রামটি পাওয়া সমস্ত পথ প্রিন্ট করে।

-O, -- আদেশ করা হয়েছে
ইনপুট হিসাবে একই ক্রমে প্রিন্ট আউটপুট (শুধুমাত্র যদি একাধিক কর্মী থাকে
সুতো)

-5, --md5
প্রতিটি ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের জন্য MD5 চেকসাম প্রিন্ট করুন

-o, --কাইমেরা-ওভারল্যাপ
কাইমেরা ব্রেকপয়েন্টে দেখাতে ওভারল্যাপ, যদি থাকে

-- ব্যর্থভাবে
শুধুমাত্র ব্যর্থ প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করুন, যার কোনো ফলাফল নেই

--নোফেলস
ব্যর্থ প্রান্তিককরণের মুদ্রণ বাদ দিন

-V, --snpsdir=STRING এর
SNPs সূচক ফাইলগুলির জন্য ডিরেক্টরি (snpindex ব্যবহার করে তৈরি) (ডিফল্ট হল এর অবস্থান
জিনোম সূচক ফাইলগুলি ব্যবহার করে নির্দিষ্ট করা হয়েছে -D এবং -d)

-v, --use-snps=STRING এর
পরিচিত SNPs ধারণকারী ডাটাবেস ব্যবহার করুন (এ .iit, পূর্বে ব্যবহার করে নির্মিত
snpindex) SNP-এর প্রতি সহনশীলতার জন্য

--বিভক্ত-আউটপুট=STRING এর
একাধিক-ফাইল আউটপুটের জন্য বেসনেম, আলাদাভাবে নোম্যাপিংয়ের জন্য,
uniq, mult, (এবং chimera, if --কাইমেরা-মার্জিন নির্বাচিত)

--ফেলড-ইনপুট=STRING এর
প্রদত্ত ইনপুট FASTA বা FASTQ বিন্যাস হিসাবে সম্পূর্ণরূপে ব্যর্থ প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করুন
ফাইল যদি --বিভক্ত-আউটপুট ফ্ল্যাগও দেওয়া হয়, এই ফাইলটি ছাড়াও তৈরি হয়
.nomapping ফাইলের আউটপুটে।

--সংযোজন-আউটপুট
কখন --বিভক্ত-আউটপুট or --ফেলইনপুট দেওয়া হয়, এই পতাকা আউটপুট যোগ করবে
বিদ্যমান ফাইল। অন্যথায়, ডিফল্ট নতুন ফাইল তৈরি করা হয়.

--আউটপুট-বাফার-আকার=INT
আউটপুট থ্রেডের জন্য বাফার আকার, প্রশ্নে (ডিফল্ট 1000)। যখন সংখ্যা
প্রিন্ট করা ফলাফল এই আকার অতিক্রম, কর্মী থ্রেড পর্যন্ত থামানো হয়
ব্যাকলগ সাফ করা হয়

-F, --পূর্ণদৈর্ঘ্য
মেট দিয়ে শুরু করে পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রোটিন ধরে নিন

-a, --cdsstart=INT
প্রদত্ত নিউক্লিওটাইড থেকে কোডন অনুবাদ করুন (1-ভিত্তিক)

-T, -- ছাঁটা
পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রোটিনের চারপাশে প্রান্তিককরণ ছেঁটে নিন, মেট টু স্টপ ইমপ্লিস -F পতাকা।

-Y, --সহনশীল
ফ্রেমশিফ্টের জন্য সংশোধন সহ cDNA অনুবাদ করে

GFF3 আউটপুট জন্য বিকল্প

--gff3-অ্যাড-সেপারেটর=INT
প্রতিটি ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের পরে একটি ### বিভাজক যোগ করতে হবে কি না মান: 0 (না), 1 (হ্যাঁ,
ডিফল্ট)

SAM আউটপুট জন্য বিকল্প

--নো-স্যাম-হেডার
'@' দিয়ে শুরু হওয়া হেডার প্রিন্ট করবেন না

--sam-use-0M
পিকার্ড দ্বারা প্রয়োজনীয় সন্নিহিত সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলার মধ্যে CIGAR-এ 0M সন্নিবেশ করান,
কিন্তু অন্যান্য টুলে ত্রুটি হতে পারে

--force-xs-dir
RNA-Seq প্রান্তিককরণের জন্য, XS:A: অনুমোদন করে? যখন ইন্দ্রিয় দিক অস্পষ্ট, এবং
এই মানটিকে ইচ্ছামত XS:A:+ দিয়ে প্রতিস্থাপন করে। কিছু প্রোগ্রামের জন্য দরকারী হতে পারে, যেমন
Cufflinks হিসাবে, যে XS পরিচালনা করতে পারে না:A:? যাইহোক, আপনি যদি এই পতাকা ব্যবহার করেন, তাহলে
XS:A:+ এর রিপোর্ট করা মান এই ক্ষেত্রে অর্থবহ হবে না।

--md-ছোট হাতের-snp
MD স্ট্রিং-এ, যখন পরিচিত SNP গুলি দ্বারা দেওয়া হয় -v পতাকা,
পার্থক্য নিউক্লিওটাইডগুলিকে ছোট হাতের হিসাবে মুদ্রণ করে যখন তারা,
রেফারেন্স থেকে ভিন্ন কিন্তু একটি পরিচিত বিকল্প অ্যালিলের সাথে মেলে

--ক্রিয়া-যদি-সিগার-ত্রুটি
CIGAR দৈর্ঘ্য এবং সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্যের মধ্যে কোনো মতভেদ থাকলে ব্যবস্থা নিতে হবে
অনুমোদিত মান: উপেক্ষা, সতর্কতা (ডিফল্ট), বাতিল

--পড়ুন-গ্রুপ-আইডি=STRING এর
রিড-গ্রুপ আইডি (RG-ID) ফিল্ডে রাখার মান

--পড়ুন-গোষ্ঠীর নাম=STRING এর
রিড-গ্রুপ নেম (RG-SM) ফিল্ডে রাখার মান

--পড়ুন-গ্রুপ-লাইব্রেরি=STRING এর
রিড-গ্রুপ লাইব্রেরি (RG-LB) ফিল্ডে রাখার মান

--পড়ুন-গ্রুপ-প্ল্যাটফর্ম=STRING এর
রিড-গ্রুপ লাইব্রেরি (RG-PL) ফিল্ডে রাখার মান

মানের স্কোর জন্য বিকল্প

--গুণমান-প্রটোকল=STRING এর
ইনপুট মানের স্কোর জন্য প্রোটোকল. অনুমোদিত মান: ইলুমিনা (ASCII 64-126)
(সমতুল্য -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (এর সমতুল্য -J 33 -j 0)

ডিফল্ট হল স্যাঞ্জার (কোন গুণমান প্রিন্ট শিফট নয়)
SAM আউটপুট ফাইলের স্যাঞ্জার প্রোটোকলে মানের স্কোর থাকা উচিত

অথবা আপনি এই পতাকা দিয়ে মুদ্রণ স্থানান্তর নির্দিষ্ট করতে পারেন:

-j, --গুণমান-প্রিন্ট-শিফ্ট=INT
আউটপুটে এই পরিমাণ দ্বারা FASTQ মানের স্কোর স্থানান্তর করুন (সাংগারের জন্য ডিফল্ট 0
প্রোটোকল; ইলুমিনা ইনপুটকে সেঞ্জার আউটপুটে পরিবর্তন করতে নির্বাচন করুন -31)

বাহ্যিক মানচিত্র ফাইল বিকল্প

-M, --mapdir=ডিরেক্টরি
মানচিত্র ডিরেক্টরি

-m, --মানচিত্র=iitfile
মানচিত্র ফাইল। যুক্তি যদি হয় '?' (উদ্ধৃতি সহ),
এই উপলব্ধ মানচিত্র ফাইল তালিকা.

-e, --ম্যাপেক্সন
প্রতিটি এক্সনকে আলাদাভাবে ম্যাপ করুন

-b, --ম্যাপবোথ
জিনোমের উভয় স্ট্র্যান্ড থেকে হিট রিপোর্ট করুন

-u, --পাশে থাকা=INT
ফ্ল্যাঙ্কিং হিট দেখান (ডিফল্ট 0)

--প্রিন্ট-মন্তব্য
প্রতিটি আঘাতের জন্য মন্তব্য লাইন দেখান

প্রান্তিককরণ আউটপুট বিকল্প

-N, --দৈর্ঘ্য
প্রান্তিককরণে কোন ইন্ট্রন দৈর্ঘ্য নেই

-I, --ইনভার্টমোড=INT
জিনোমিক (-) স্ট্র্যান্ডে প্রান্তিককরণের জন্য মোড: 0 = cDNA (ডিফল্ট) উল্টাবেন না
1=সিডিএনএ উল্টান এবং জিনোমিক (-) স্ট্র্যান্ড মুদ্রণ করুন 2=সিডিএনএ উল্টান এবং জিনোমিক মুদ্রণ করুন (+)
তীরভূমি

-i, --ইন্টরঙ্গপ=INT
নিউক্লিওটাইডগুলি ইনট্রনের প্রতিটি প্রান্তে দেখানো হবে (ডিফল্ট 3)

-l, -- মোড়ানো=INT
সারিবদ্ধকরণের জন্য মোড়ানো দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 50)

ফিল্টারিং আউটপুট বিকল্প

--মিনিট-ট্রিমড-কভারেজ=ভাসা
এই মান কম ছাঁটা কভারেজ সহ প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করবেন না (ডিফল্ট=0.0, যা
কোন ফিল্টারিং মানে) নোট করুন যে chimeric প্রান্তিককরণ এটি নির্বিশেষে আউটপুট হবে
ছাঁকনি

--মিন-পরিচয়=ভাসা
এই মান কম পরিচয় সহ প্রান্তিককরণ প্রিন্ট করবেন না (ডিফল্ট=0.0, যার মানে নেই
ফিল্টারিং) মনে রাখবেন এই ফিল্টার নির্বিশেষে কাইমেরিক সারিবদ্ধকরণ আউটপুট হবে
সাহায্য বিকল্প

--চেক
কম্পাইলার অনুমান পরীক্ষা করুন

--সংস্করণ
সংস্করণ দেখান

--help এই সাহায্য বার্তা দেখান

GMAP স্যুটের অন্যান্য টুল /usr/lib/gmap-এ অবস্থিত

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmap ব্যবহার করুন