এটি হল gmod_gff3_preprocessor.plp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
$0 - একটি চাডো ডাটাবেসে বাল্ক লোড করার জন্য একটি GFF3 ফাইল প্রস্তুত করে৷
সাইনোপিসিস
% gmod_gff_preprocessor [বিকল্প] --gfffile
কম্যান্ড-লাইন বিকল্প
--gfffile ফাইলটিতে GFF3 রয়েছে (ঐচ্ছিক, পড়তে পারে
stdin থেকে)
--outfile নামের কার্নেল যা ফলাফল ফাইলের নামকরণের জন্য ব্যবহার করা হবে
--splitfile ফাইলগুলিকে আরও পরিচালনাযোগ্য খণ্ডে বিভক্ত করে, প্রদান করে
বিভাজন নিয়ন্ত্রণ করার একটি যুক্তি
--onlysplit ফাইলগুলিকে বিভক্ত করুন এবং তারপরে প্রস্থান করুন (অর্থাৎ, সাজান না)
--nosplit ফাইলগুলিকে বিভক্ত করবেন না (যেমন, শুধুমাত্র সাজান)
--hasrefseq ফাইলটিতে একটি রেফারেন্স সিকোয়েন্স লাইন থাকলে এটি সেট করুন
(ফাইল বিভক্ত না হলেই প্রয়োজন)
--dbprofile একটি gmod.conf প্রোফাইল নাম উল্লেখ করুন (অন্যথায় ডিফল্ট ব্যবহার করুন)
--inheritance_tiers আপনি tis ফাইল থেকে উত্তরাধিকারের কত স্তর আশা করেন
আছে (ডিফল্ট: 3)
বর্ণনাঃ
splitfile -- শুধুমাত্র এই পতাকাটিকে 1 এ সেট করার ফলে ফাইলটি রেফারেন্স দ্বারা বিভক্ত হবে
ক্রম. যদি আপনি একটি ঐচ্ছিক যুক্তি প্রদান করেন, এটি অনুযায়ী আরও বিভক্ত করা হবে
এই নিয়ম:
source=1 উৎস কলামের মান অনুযায়ী ফাইলগুলিকে বিভক্ত করে
source=a,b,c মেলে এমন উৎসের সাথে লাইন রাখে (রেগুলার এক্সপ্রেশনের মাধ্যমে)
'a', 'b', বা 'c' একটি পৃথক ফাইলে
type=a,b,c টাইপের সাথে লাইন রাখে যা a-তে 'a', 'b', বা 'c' এর সাথে মেলে
পৃথক ফাইল
উদাহরণস্বরূপ, আপনি যদি আপনার সমস্ত বিশ্লেষণের ফলাফল একটি পৃথক ফাইলে যেতে চান, আপনি
ইঙ্গিত করতে পারে '--splitfile type=match', এবং সমস্ত cDNA_match, EST_match এবং
cross_genome_match বৈশিষ্ট্যগুলি পৃথক ফাইলগুলিতে যাবে (রেফারেন্স ক্রম অনুসারে আলাদা)।
inheritence_tiers -- এই ফাইলের উত্তরাধিকারের স্তরের সংখ্যা। উদাহরণস্বরূপ, যদি
ফাইলটিতে "সেন্ট্রাল ডগমা" জিন রয়েছে (জিন/এমআরএনএ/ এক্সন, পলিপেপটাইড), তারপরে 3টি রয়েছে।
4 থেকে সমর্থিত কিন্তু সংখ্যা যত বেশি হবে, তত ধীরে ধীরে সঞ্চালিত হবে। যদি আপনি না করেন
জানি, 3 একটি যুক্তিসঙ্গত অনুমান।
ফাস্ট ক্রম
যদি GFF3 ফাইলের শেষে FASTA ক্রম থাকে, তাহলে ক্রমটি একটিতে স্থাপন করা হবে
এক্সটেনশন '.fasta' সহ আলাদা ফাইল। এই fasta ফাইল পরে আলাদাভাবে লোড করা যাবে
কমান্ড ব্যবহার করে বিভক্ত এবং/অথবা সাজানো GFF3 ফাইল লোড করা হয়:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmod_gff3_preprocessor.plp ব্যবহার করুন
