এটি হল জিএমএক্স-ক্লাস্টার কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-cluster - ক্লাস্টার কাঠামো
সাইনোপিসিস
gmx ক্লাস্টার [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ডিএম [<.xpm>]] [-ওম [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.লগ>]]
[-জেলা [<.xvg>]] [-ev [<.xvg>]] [-রূপ [<.xvg>]]
[-sz [<.xvg>]] [-tr [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]]
[-ক্লিড [<.xvg>]] [-ক্ল [<.xtc/.trr/...>]] [-b ]
[-e ] [-তারিখ ] [-আপনি ] [- [না] w]
[-xvg ] [- [না] ডিস্টা] [-নলেভেল ]
[-বিছিন্ন করা ] [-[না] ফিট] [-সর্বোচ্চ ] [-এড়িয়ে যান ]
[-[না]এভি] [-ডব্লিউসিএল ] [-nst ] [-আরএমএসমিন ]
[-পদ্ধতি ] [- মন্ত্রণা ] [- [না] বাইনারি]
[-M ] [-P ] [-বীজ ] [- নাইটার ]
[- এলোমেলো ] [-ক ট ] [-[না]পিবিসি]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স গুচ্ছ বিভিন্ন পদ্ধতি ব্যবহার করে ক্লাস্টার গঠন করতে পারে। মধ্যে দূরত্ব
কাঠামো একটি ট্রাজেক্টোরি থেকে নির্ধারণ করা যেতে পারে বা একটি থেকে পড়তে পারে .xpm সঙ্গে ম্যাট্রিক্স ফাইল
-ডিএম বিকল্প ফিটিংয়ের পরে RMS বিচ্যুতি বা পরমাণু-জোড়া দূরত্বের RMS বিচ্যুতি হতে পারে
কাঠামোর মধ্যে দূরত্ব নির্ধারণ করতে ব্যবহৃত হয়।
একক সংযোগ: একটি ক্লাস্টারে একটি কাঠামো যোগ করুন যখন এর কোনো উপাদানের দূরত্ব
ক্লাস্টার এর চেয়ে কম বিছিন্ন করা.
জার্ভিস প্যাট্রিক: একটি ক্লাস্টারে একটি কাঠামো যোগ করুন যখন এই কাঠামো এবং একটি কাঠামো
ক্লাস্টার একে অপরের প্রতিবেশী হিসাবে আছে এবং তাদের অন্তত আছে P সাধারণ প্রতিবেশী। দ্য
একটি কাঠামোর প্রতিবেশী হল M নিকটতম কাঠামো বা ভিতরের সমস্ত কাঠামো বিছিন্ন করা.
মন্টে কার্লো: মন্টে কার্লো ব্যবহার করে RMSD ম্যাট্রিক্স পুনরায় সাজান যাতে ফ্রেমের ক্রম
সম্ভাব্য ক্ষুদ্রতম ইনক্রিমেন্ট ব্যবহার করছে। এটি দিয়ে মসৃণ করা সম্ভব
সবচেয়ে বড় সম্ভাব্য (যেমন) RMSD সহ অ্যানিমেশন এক কাঠামো থেকে অন্য কাঠামোতে যাচ্ছে
তাদের মধ্যে, তবে মধ্যবর্তী পদক্ষেপগুলি যতটা সম্ভব ছোট হওয়া উচিত। অ্যাপ্লিকেশন
সিমুলেশন বা একটি টান এর গড় বল ensemble এর সম্ভাব্য কল্পনা করা হতে পারে
সিমুলেশন স্পষ্টতই ব্যবহারকারীকে ট্র্যাজেক্টোরিটি ভালভাবে প্রস্তুত করতে হবে (যেমন না দ্বারা
সুপারইম্পোজিং ফ্রেম)। চূড়ান্ত ফলাফল ম্যাট্রিক্স দেখে চাক্ষুষরূপে পরিদর্শন করা যেতে পারে
.xpm ফাইল, যা নীচে থেকে উপরে মসৃণভাবে পরিবর্তিত হওয়া উচিত।
তির্যককরণ: RMSD ম্যাট্রিক্সকে তির্যক করুন।
gromos: Daura এ বর্ণিত অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন et অল। (আঙ্গু. কেম। আইএনটি। এড। 1999, 38, পিপি
236-240)। কাট-অফ ব্যবহার করে প্রতিবেশীদের সংখ্যা গণনা করুন, সর্বাধিক সংখ্যার সাথে গঠন নিন
ক্লাস্টার হিসাবে তার সমস্ত প্রতিবেশীদের সাথে প্রতিবেশী এবং ক্লাস্টারের পুল থেকে এটি নির্মূল করুন।
পুলের অবশিষ্ট কাঠামোর জন্য পুনরাবৃত্তি করুন।
যখন ক্লাস্টারিং অ্যালগরিদম প্রতিটি কাঠামোকে ঠিক একটি ক্লাস্টারে বরাদ্দ করে (একক
লিঙ্কেজ, জার্ভিস প্যাট্রিক এবং গ্রোমোস) এবং একটি ট্র্যাজেক্টরি ফাইল সরবরাহ করা হয়, এর সাথে কাঠামো
অন্যদের থেকে ক্ষুদ্রতম গড় দূরত্ব বা গড় কাঠামো বা সমস্ত কাঠামোর জন্য
প্রতিটি ক্লাস্টার একটি ট্র্যাজেক্টরি ফাইলে লেখা হবে। সমস্ত কাঠামো লেখার সময়, আলাদা করুন
প্রতিটি ক্লাস্টারের জন্য সংখ্যাযুক্ত ফাইল তৈরি করা হয়।
দুটি আউটপুট ফাইল সবসময় লেখা হয়:
· -o ম্যাট্রিক্সের উপরের বাম অর্ধেক এবং একটি গ্রাফিক্যালে RMSD মান লেখে
নীচের ডান অর্ধেক যখন ক্লাস্টার চিত্রণ - মন্ত্রণা = 1 গ্রাফিক্যাল
যখন দুটি কাঠামো একই ক্লাস্টারে থাকে তখন চিত্রণ কালো হয়। কখন - মন্ত্রণা > 1
প্রতিটি ক্লাস্টারের জন্য বিভিন্ন রং ব্যবহার করা হবে।
· -g ব্যবহৃত বিকল্পগুলির তথ্য এবং সমস্ত ক্লাস্টারগুলির একটি বিশদ তালিকা লেখে
তাদের সদস্য।
অতিরিক্তভাবে, অনেকগুলি ঐচ্ছিক আউটপুট ফাইল লেখা যেতে পারে:
· -জেলা RMSD বিতরণ লেখেন।
· -ev RMSD ম্যাট্রিক্স তির্যককরণের eigenvectors লেখেন।
· -sz ক্লাস্টারের আকার লেখে।
· -tr ক্লাস্টার জোড়ার মধ্যে সংখ্যা পরিবর্তনের একটি ম্যাট্রিক্স লেখে।
· -ntr প্রতিটি ক্লাস্টারে বা থেকে স্থানান্তরের মোট সংখ্যা লেখে।
· -ক্লিড সময় ফাংশন হিসাবে ক্লাস্টার সংখ্যা লিখে।
· -ক্ল গড় লেখেন (বিকল্প সহ -এর) বা প্রতিটি ক্লাস্টারের কেন্দ্রীয় কাঠামো বা লেখা
ক্লাস্টারের একটি নির্বাচিত সেটের জন্য ক্লাস্টার সদস্য সহ সংখ্যাযুক্ত ফাইল (বিকল্প সহ -ডব্লিউসিএল,
নির্ভর করে -nst এবং -আরএমএসমিন) একটি ক্লাস্টার কেন্দ্রের সাথে গঠন
ক্লাস্টারের অন্যান্য সমস্ত কাঠামো থেকে ক্ষুদ্রতম গড় RMSD।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (ঐচ্ছিক)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ঐচ্ছিক)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
-ডিএম [<.xpm>] (rmsd.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-ওম [<.xpm>] (rmsd-raw.xpm)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-o [<.xpm>] (rmsd-clust.xpm)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-g [<.লগ>] (cluster.log)
লগ ফাইল
-জেলা [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-ev [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-রূপ [<.xvg>] (mc-conv.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-sz [<.xvg>] (clust-size.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-tr [<.xpm>] (clust-trans.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-ntr [<.xvg>] (clust-trans.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-ক্লিড [<.xvg>] (clust-id.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-ক্ল [<.xtc/.trr/...>] (clusters.pdb) (ঐচ্ছিক)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
-আপনি (দ্রষ্টব্য)
সময়ের মানের জন্য একক: fs, ps, ns, us, ms, s
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
- [না] ডিস্টা (NO)
RMS বিচ্যুতির পরিবর্তে দূরত্বের RMSD ব্যবহার করুন
-নলেভেল (40)
এই সংখ্যার স্তরে RMSD ম্যাট্রিক্সকে আলাদা করুন
-বিছিন্ন করা (0.1)
প্রতিবেশী হওয়ার জন্য দুটি কাঠামোর জন্য RMSD কাট-অফ (nm)৷
-[না] ফিট (হ্যাঁ)
RMSD গণনার আগে ন্যূনতম স্কোয়ার ফিটিং ব্যবহার করুন
-সর্বোচ্চ (-1)
RMSD ম্যাট্রিক্সে সর্বোচ্চ স্তর
-এড়িয়ে যান (1)
শুধুমাত্র প্রতিটি nr-th ফ্রেম বিশ্লেষণ করুন
-[না]এভি (NO)
প্রতিটি ক্লাস্টারের জন্য গড় iso মধ্যম গঠন লিখুন
-ডব্লিউসিএল (0)
সংখ্যাযুক্ত ফাইলগুলিতে এই সংখ্যার ক্লাস্টারগুলির জন্য কাঠামো লিখুন
-nst (1)
প্রতি ক্লাস্টারে এই সংখ্যার বেশি স্ট্রাকচার থাকলেই কেবল সমস্ত স্ট্রাকচার লিখুন
-আরএমএসমিন (0)
স্ট্রাকচার লেখার জন্য বাকি ক্লাস্টারের সাথে ন্যূনতম rms পার্থক্য
-পদ্ধতি (সংযুক্তি)
ক্লাস্টার নির্ধারণের পদ্ধতি: লিঙ্কেজ, জার্ভিস-প্যাট্রিক, মন্টে-কার্লো,
তির্যককরণ, gromos
- মন্ত্রণা (1)
তে রঙ করার জন্য ক্লাস্টারে ন্যূনতম সংখ্যক কাঠামো .xpm ফাইল
- [না] বাইনারি (NO)
RMSD ম্যাট্রিক্সকে 0 এবং 1 নিয়ে গঠিত হিসাবে বিবেচনা করুন, যেখানে কাট-অফ দেওয়া হয়
-বিছিন্ন করা
-M (10)
জার্ভিস-প্যাট্রিক অ্যালগরিদমের জন্য বিবেচনা করা নিকটতম প্রতিবেশীর সংখ্যা, 0 ব্যবহার করা হয়
বিছিন্ন করা
-P (3)
একটি ক্লাস্টার গঠনের জন্য প্রয়োজন অভিন্ন নিকটতম প্রতিবেশীর সংখ্যা৷
-বীজ (1993)
মন্টে কার্লো ক্লাস্টারিং অ্যালগরিদমের জন্য র্যান্ডম নম্বর বীজ: <= 0 মানে জেনারেট
- নাইটার (10000)
MC-এর জন্য পুনরাবৃত্তির সংখ্যা
- এলোমেলো (0)
ফ্রেমগুলি এলোমেলো করতে MC-এর জন্য প্রথম পুনরাবৃত্তিগুলি সম্পূর্ণ এলোমেলো করা যেতে পারে
-ক ট (0.001)
মন্টে কার্লো অপ্টিমাইজেশানের জন্য বোল্টজম্যান ওয়েটিং ফ্যাক্টর (শূন্য চড়াই বন্ধ হয়ে যায়
পদক্ষেপ)
-[না]পিবিসি (হ্যাঁ)
পিবিসি চেক
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-cluster ব্যবহার করুন
