āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ gmx-covar āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
gmx-covar - āĻā§āĻāĻžāĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻ¤āĻŋāĻ°ā§āĻ¯āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-āĻāĻ° [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.āĻ˛āĻ>]] [-āĻāĻ¸āĻāĻŋ [<.dat>]]
[-āĻāĻā§āĻ¸āĻĒāĻŋāĻāĻŽ [<.xpm>]] [-āĻāĻā§āĻ¸āĻĒāĻŋāĻāĻŽāĻ [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-āĻ¤āĻžāĻ°āĻŋāĻ ] [-āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ ] [-xvg ] [-[āĻ¨āĻž] āĻĢāĻŋāĻ]
[- [āĻ¨āĻž] āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸] [- [āĻ¨āĻž] āĻāĻŽāĻāĻ¯āĻŧāĻž] [-āĻļā§āĻˇ ] [-[āĻ¨āĻž]āĻĒāĻŋāĻŦāĻŋāĻ¸āĻŋ]
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻāĻŋāĻāĻŽāĻāĻā§āĻ¸ āĻā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§ āĻāĻŦāĻ (āĻāĻ°-āĻāĻžāĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤) āĻā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸āĻā§ āĻ¤āĻŋāĻ°ā§āĻ¯āĻ āĻāĻ°ā§āĨ¤ āĻ¸āĻŦ
āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻāĻāĻžāĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻāĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻāĻāĻžāĻ° āĻĢāĻŋāĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻāĻ āĻ¯āĻāĻ¨ āĻ°āĻžāĻ¨ āĻ¨āĻ¯āĻŧ
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻā§āĻ°āĻŽāĻŋāĻāĻ¤āĻž āĻŦāĻŋāĻŦā§āĻāĻ¨āĻžāĻ¯āĻŧ āĻ¨ā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻšāĻŦā§ āĻ¨āĻžāĨ¤ āĻ¯āĻāĻ¨ āĻĢāĻŋāĻ āĻāĻŦāĻ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻā§āĻ°ā§āĻĒ
āĻ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻ¨āĻ¨ āĻāĻ°-āĻāĻāĻ¨āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤, āĻĢāĻŋāĻāĻ āĻ āĻšāĻŦā§
āĻāĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤
eigenvectors āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻāĻ°āĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻ˛ā§āĻāĻž āĻšāĻ¯āĻŧ (-v) āĻ¯āĻāĻ¨ āĻāĻāĻ āĻĒāĻ°āĻŽāĻžāĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻĢāĻŋāĻ āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ, āĻĢāĻŋāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻ āĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽā§ āĻ˛ā§āĻāĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
t=-1 āĻ¸āĻšāĨ¤ āĻāĻĄāĻŧ (āĻŦāĻž āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ¯āĻāĻ¨ -āĻ°ā§āĻĢ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ) āĻāĻ āĻ¨ t=0 āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ˛ā§āĻāĻž āĻšāĻ¯āĻŧ,
eigenvectors āĻāĻžāĻāĻŽāĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻŽā§āĻĒ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ eigenvector āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ° āĻ¸āĻš āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻ˛ā§āĻāĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
eigenvectors āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§ āĻāĻŋāĻāĻŽāĻāĻā§āĻ¸ anaeig.
āĻĒāĻāĻ¨ā§āĻĻ -āĻāĻ¸āĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ ASCII āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻ¸āĻŽāĻā§āĻ° āĻā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻ˛ā§āĻā§āĨ¤ āĻāĻ° āĻāĻĻā§āĻļ
āĻāĻĒāĻžāĻĻāĻžāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻšāĻ˛: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
āĻĒāĻāĻ¨ā§āĻĻ -āĻāĻā§āĻ¸āĻĒāĻŋāĻāĻŽ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¤ā§ āĻ¸āĻŽāĻā§āĻ° āĻā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻ˛ā§āĻā§ .xpm āĻĢāĻžāĻāĻ˛.
āĻĒāĻāĻ¨ā§āĻĻ -āĻāĻā§āĻ¸āĻĒāĻŋāĻāĻŽāĻ āĻĒāĻžāĻ°āĻŽāĻžāĻŖāĻŦāĻŋāĻ āĻā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸āĻā§ an āĻ āĻ˛ā§āĻā§ .xpm āĻĢāĻžāĻāĻ˛, āĻ āĻ°ā§āĻĨāĻžā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻĒāĻ°āĻŽāĻžāĻŖā§āĻ° āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯
xx, yy āĻāĻŦāĻ zz āĻ¸āĻšāĻ¯ā§āĻā§āĻ° āĻ¯ā§āĻāĻĢāĻ˛ āĻ˛ā§āĻāĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
āĻŽāĻ¨ā§ āĻ°āĻžāĻāĻŦā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¤āĻŋāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽā§āĻŽāĻ°āĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ āĻ¯āĻž āĻŦā§āĻĻā§āĻ§āĻŋ āĻĒāĻžāĻŦā§
āĻāĻĄāĻŧāĻŋāĻ¤ āĻĒāĻ°āĻŽāĻžāĻŖā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ° āĻŦāĻ°ā§āĻāĻā§āĻˇā§āĻ¤ā§āĻ°ā§āĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻāĻŽ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤āĨ¤ āĻāĻāĻž āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¯āĻžāĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻ¸āĻšāĻ
āĻŽā§āĻŽāĻ°āĻŋ, āĻ¯ā§ āĻā§āĻˇā§āĻ¤ā§āĻ°ā§ āĻāĻ āĻā§āĻ˛āĻāĻŋ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻŦāĻ¤ 'āĻ¸ā§āĻāĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻĢāĻ˛ā§āĻ' āĻ¸āĻš āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻŦā§āĨ¤ āĻ¤ā§āĻŽāĻžāĻ° āĻāĻāĻŋāĻ¤
āĻĒāĻ°āĻŽāĻžāĻŖā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻŽ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻŽ āĻāĻ°āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻāĻžāĻšāĻŋāĻĻāĻž āĻĒā§āĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻŦā§ āĻāĻŋāĻ¨āĻž āĻ¤āĻž āĻ¸āĻžāĻŦāĻ§āĻžāĻ¨ā§ āĻŦāĻŋāĻŦā§āĻāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
āĻāĻ¤āĻŋāĻĒāĻĨ: āĻĒāĻ°āĻŽāĻžāĻ¨āĻ¨ā§āĻĻ trr CPT GRO g96 āĻĒāĻŋāĻĄāĻŋāĻŦāĻŋ tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
āĻāĻ āĻ¨+āĻāĻ°(db): TPR GRO g96 āĻĒāĻŋāĻĄāĻŋāĻŦāĻŋ brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ)
āĻāĻ¨āĻĄā§āĻā§āĻ¸ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ:
-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr āĻĢāĻžāĻāĻ˛
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻ˛ āĻāĻ¤āĻŋāĻĒāĻĨ: trr CPT tng
-āĻāĻ° [<.gro/.g96/...>] (average.pdb)
āĻāĻžāĻ āĻžāĻŽā§ āĻĢāĻžāĻāĻ˛: GRO g96 āĻĒāĻŋāĻĄāĻŋāĻŦāĻŋ brk ent esp
-l [<.āĻ˛āĻ>] (covar.log)
āĻ˛āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
-āĻāĻ¸āĻāĻŋ [<.dat>] (covar.dat) (āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ)
āĻā§āĻ¨ā§āĻ°āĻŋāĻ āĻĄā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛
-āĻāĻā§āĻ¸āĻĒāĻŋāĻāĻŽ [<.xpm>] (covar.xpm) (āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ)
* PixMap āĻ¸āĻžāĻŽāĻā§āĻāĻ¸ā§āĻ¯āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
-āĻāĻā§āĻ¸āĻĒāĻŋāĻāĻŽāĻ [<.xpm>] (covara.xpm) (āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ)
* PixMap āĻ¸āĻžāĻŽāĻā§āĻāĻ¸ā§āĻ¯āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋ:
-b (ā§¨ā§Ļā§§ā§Ļ)
āĻā§āĻ°āĻžāĻā§āĻā§āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĨā§āĻā§ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ (ps)
-e (ā§¨ā§Ļā§§ā§Ļ)
āĻā§āĻ°āĻžāĻā§āĻā§āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĨā§āĻā§ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻļā§āĻˇ āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ (ps)
-āĻ¤āĻžāĻ°āĻŋāĻ (ā§¨ā§Ļā§§ā§Ļ)
āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯āĻāĻ¨ t MOD dt = āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽāĻŦāĻžāĻ° (ps)
-āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ (āĻĻā§āĻ°āĻˇā§āĻāĻŦā§āĻ¯)
āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧā§āĻ° āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻ: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
xvg āĻĒā§āĻ˛āĻ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸: xmgrace, xmgr, āĻā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ āĻ¨āĻ¯āĻŧ
-[āĻ¨āĻž] āĻĢāĻŋāĻ (āĻšā§āĻ¯āĻžāĻ)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻ āĻ¨ āĻŽāĻžāĻĒāĻ¸āĻ
- [āĻ¨āĻž] āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ (NO)
āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻāĻāĻžāĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻāĻ¨āĻĢāĻ°ā§āĻŽā§āĻļāĻ¨ āĻĨā§āĻā§ āĻŦāĻŋāĻā§āĻ¯ā§āĻ¤āĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§
āĻāĻĄāĻŧ
- [āĻ¨āĻž] āĻāĻŽāĻāĻ¯āĻŧāĻž (NO)
āĻāĻ°-āĻāĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻšāĻāĻ°āĻŋāĻ¤āĻž āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ
-āĻļā§āĻˇ (-1)
āĻļā§āĻˇ eigenvector āĻ¯āĻž āĻ˛āĻŋāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§ (-1 āĻļā§āĻˇ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤)
-[āĻ¨āĻž]āĻĒāĻŋāĻŦāĻŋāĻ¸āĻŋ (āĻšā§āĻ¯āĻžāĻ)
āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻā§āĻ°āĻŽāĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻž āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ gmx-covar āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨