এটি হল gmx-editconf কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-editconf - স্ট্রাকচার ফাইলগুলিকে রূপান্তর এবং ম্যানিপুলেট করে
সাইনোপিসিস
gmx editconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-বি ফল [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-মিড [<.pqr>]] [- [না] w]
[-[না]এনডিএফ] [-বিটি ] [-বক্স ]
[-কোণ ] [-d ] [-[না] গ]
[-কেন্দ্র ] [-সারিবদ্ধ কেন্দ্র ]
[-সারিবদ্ধ করা ] [-অনুবাদ করা ]
[-আবর্তিত ] [-[না] প্রিন্স] [-স্কেল ]
[- ঘনত্ব ] [-[না]পিবিসি] [-resnr ] [- [না] ধরা]
[-rvdw ] [-[না]sig56] [-[না]ভিডিওয়াইড] [-[না] পরমাণু]
[কিংবদন্তি] [-লেবেল ] [- [কোন] সংযোগ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স editconf জেনেরিক গঠন বিন্যাস রূপান্তর করে .gro, .g96 or .পিডিবি.
বাক্সটি বিকল্পগুলির সাথে পরিবর্তন করা যেতে পারে -বক্স, -d এবং -কোণ। উভয় -বক্স এবং -d কেন্দ্রে থাকবে
বাক্সে সিস্টেম, যদি না -noc ব্যবহৃত হয়.
পছন্দ -বিটি বাক্সের ধরন নির্ধারণ করে: ট্রিক্লিনিক একটি ট্রিক্লিনিক বক্স, ঘন একটি আয়তক্ষেত্রাকার
সব পক্ষ সমান সঙ্গে বক্স ডোডেকহেড্রন একটি রম্বিক ডোডেকাহেড্রন প্রতিনিধিত্ব করে এবং অষ্টাহাড্রন is
একটি ছাঁটা অষ্টহেড্রন শেষ দুটি একটি ট্রিক্লিনিক বাক্সের বিশেষ ক্ষেত্রে। এর দৈর্ঘ্য
কাটা অষ্টহেড্রনের তিনটি বক্স ভেক্টর হল দুটির মধ্যে সবচেয়ে কম দূরত্ব
বিপরীত ষড়ভুজ। কিছু পর্যায়ক্রমিক চিত্র দূরত্ব সহ একটি ঘনবক্সের সাথে সম্পর্কিত, আয়তন
এই একই পর্যায়ক্রমিক দূরত্ব সহ একটি ডোডেকাহেড্রনের ঘনক্ষেত্রের 0.71 গুণ, এবং
একটি কাটা অষ্টহেড্রনের 0.77 গুণ।
পছন্দ -বক্স একটি ঘনক, রম্বিক ডোডেকাহেড্রাল বা ছেঁটে ফেলার জন্য শুধুমাত্র একটি মান প্রয়োজন
অষ্টহেড্রাল বাক্স।
সঙ্গে -d এবং একটি ট্রিক্লিনিক বক্সে সিস্টেমের আকার x-, y-, এবং z-নির্দেশ হল
ব্যবহৃত সঙ্গে -d এবং ঘন, ডোডেকহেড্রন or অষ্টাহাড্রন বক্স, মাত্রা সেট করা হয়
সিস্টেমের ব্যাস (পরমাণুর মধ্যে সবচেয়ে বড় দূরত্ব) এবং নির্দিষ্ট দূরত্বের দ্বিগুণ।
পছন্দ -কোণ শুধুমাত্র বিকল্প সঙ্গে অর্থপূর্ণ -বক্স এবং একটি ট্রিক্লিনিক বক্স এবং ব্যবহার করা যাবে না
বিকল্প সহ -d.
কখন -n or -ndef সেট করা হয়, আকার এবং গণনার জন্য একটি গ্রুপ নির্বাচন করা যেতে পারে
জ্যামিতিক কেন্দ্র, অন্যথায় পুরো সিস্টেম ব্যবহার করা হয়।
-আবর্তিত স্থানাঙ্ক এবং বেগ ঘোরে।
-প্রিঙ্ক সিস্টেমের প্রধান অক্ষগুলিকে স্থানাঙ্কের অক্ষ বরাবর, দীর্ঘতমের সাথে সারিবদ্ধ করে
অক্ষ সঙ্গে সারিবদ্ধ x-অক্ষ এটি আপনাকে বাক্সের ভলিউম হ্রাস করার অনুমতি দিতে পারে, তবে সাবধান
যে অণুগুলি একটি ন্যানোসেকেন্ডে উল্লেখযোগ্যভাবে ঘুরতে পারে।
অন্য কোন অপারেশন সঞ্চালিত হওয়ার আগে স্কেলিং প্রয়োগ করা হয়। বাক্স এবং স্থানাঙ্ক
একটি নির্দিষ্ট ঘনত্ব দিতে স্কেল করা যেতে পারে (বিকল্প - ঘনত্ব) মনে রাখবেন যে এটি হতে পারে
একটি ক্ষেত্রে ভুল .gro ফাইল ইনপুট হিসাবে দেওয়া হয়। স্কেলিং বিকল্পের একটি বিশেষ বৈশিষ্ট্য
যখন ফ্যাক্টর -1 এক মাত্রায় দেওয়া হয়, তখন একটি মিরর ইমেজ পাওয়া যায়, মিরর করা
প্লেনের একটিতে। যখন কেউ তিন মাত্রায় -1 ব্যবহার করে, তখন একটি বিন্দু-মিরর চিত্র হয়
প্রাপ্ত।
সমস্ত ক্রিয়াকলাপ প্রয়োগ করার পরে গ্রুপগুলি নির্বাচন করা হয়।
পর্যায়ক্রম একটি অশোধিত পদ্ধতিতে সরানো যেতে পারে। এটা গুরুত্বপূর্ণ যে বক্স ভেক্টর এ
আপনার ইনপুট ফাইলের নীচে সঠিক হয় যখন পর্যায়ক্রম অপসারণ করা হয়।
লেখার সময় .পিডিবি ফাইলের সাথে বি-ফ্যাক্টর যোগ করা যায় -বি ফল বিকল্প বি-ফ্যাক্টর পড়া হয়
নিম্নলিখিত বিন্যাস সহ একটি ফাইল থেকে: প্রথম লাইনটি ফাইলে এন্ট্রির সংখ্যা উল্লেখ করে,
পরবর্তী লাইনগুলি একটি বি-ফ্যাক্টর দ্বারা অনুসরণ করে একটি সূচী প্রকাশ করে। বি ফ্যাক্টর প্রতি সংযুক্ত করা হবে
অবশিষ্টাংশ যদি একটি সূচক অবশিষ্টাংশের সংখ্যার চেয়ে বড় না হয় বা যদি না হয় -এটম পছন্দ
সেট করা হয় স্পষ্টতই, বি-ফ্যাক্টরের পরিবর্তে যেকোনো ধরনের সাংখ্যিক তথ্য যোগ করা যেতে পারে। কিংবদন্তি
সর্বনিম্ন থেকে সর্বোচ্চ পর্যন্ত বি-ফ্যাক্টর সহ CA পরমাণুর একটি সারি তৈরি করবে
মান পাওয়া গেছে, কার্যকরভাবে দেখার জন্য একটি কিংবদন্তি তৈরি করে।
অপশন সহ -মিড একটি বিশেষ .পিডিবি MEAD ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক্স প্রোগ্রামের জন্য (.pqr) ফাইল
(Poisson-Boltzmann solver) তৈরি করা যায়। আরও একটি পূর্বশর্ত হল যে ইনপুট ফাইলটি হল a
ইনপুট ফাইল চালান। বি-ফ্যাক্টর ক্ষেত্রটি তখন ভ্যান ডের ওয়ালস ব্যাসার্ধ দিয়ে পূর্ণ হয়
পরমাণু যখন দখল ক্ষেত্র চার্জ রাখা হবে.
পছন্দ - ধরা অনুরূপ, কিন্তু এটি বি-ফ্যাক্টর এবং ব্যাসার্ধে চার্জ রাখে
দখল
পছন্দ -সারিবদ্ধ করা একটি নির্দিষ্ট গোষ্ঠীর প্রধান অক্ষের বিপরীতে প্রান্তিককরণের অনুমতি দেয়
প্রদত্ত ভেক্টর, দ্বারা নির্দিষ্ট ঘূর্ণনের একটি ঐচ্ছিক কেন্দ্র সহ -সারিবদ্ধ কেন্দ্র.
অবশেষে, বিকল্প সহ -লেবেল, editconf একটি চেইন শনাক্তকারী যোগ করতে পারেন .পিডিবি ফাইল, যা করতে পারে
যেমন Rasmol সঙ্গে বিশ্লেষণের জন্য দরকারী হবে.
একটি প্যাকেজ দ্বারা উত্পাদিত একটি কাটা অক্ট্রাহেড্রন ফাইল রূপান্তর করতে যা একটি ঘনবক্স ব্যবহার করে
কোণগুলি কাটা (যেমন GROMOS), ব্যবহার করুন:
gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out
কোথায় ভেকলেন কিউবিক বাক্স বার আকার বর্গ(৩)/২।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp TPR
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
-বি ফল [<.dat>] (bfact.dat) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক ডেটা ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro) (ঐচ্ছিক)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp
-মিড [<.pqr>] (mead.pqr) (ঐচ্ছিক)
MEAD-এর জন্য সমন্বয় ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-[না]এনডিএফ (NO)
ডিফল্ট সূচক গ্রুপ থেকে আউটপুট চয়ন করুন
-বিটি (ট্রিক্লিনিক)
জন্য বক্স টাইপ -বক্স এবং -d: ট্রিক্লিনিক, কিউবিক, ডোডেকাহেড্রন, অষ্টহেড্রন
-বক্স (0 0 0)
বক্স ভেক্টর দৈর্ঘ্য (a, b, c)
-কোণ (90 90 90)
বক্স ভেক্টরের মধ্যে কোণ (bc,ac,ab)
-d (0)
দ্রবণ এবং বাক্সের মধ্যে দূরত্ব
-[না] গ (NO)
বাক্সে কেন্দ্রের অণু (এর দ্বারা উহ্য -বক্স এবং -d)
-কেন্দ্র (0 0 0)
জ্যামিতিক কেন্দ্রের স্থানাঙ্ক
-সারিবদ্ধ কেন্দ্র (0 0 0)
প্রান্তিককরণের জন্য ঘূর্ণনের কেন্দ্র
-সারিবদ্ধ করা (0 0 0)
লক্ষ্য ভেক্টর সারিবদ্ধ
-অনুবাদ করা (0 0 0)
অনুবাদ
-আবর্তিত (0 0 0)
ডিগ্রীতে X, Y এবং Z অক্ষের চারপাশে ঘূর্ণন
-[না] প্রিন্স (NO)
প্রাচ্য অণু(গুলি) তাদের প্রধান অক্ষ বরাবর
-স্কেল (1 1 1)
স্কেলিং ফ্যাক্টর
- ঘনত্ব (1000)
স্কেলিং দ্বারা অর্জিত আউটপুট বাক্সের ঘনত্ব (g/L)
-[না]পিবিসি (NO)
পর্যায়ক্রম সরান (আবার অণু সম্পূর্ণ করুন)
-resnr (-1)
resnr থেকে শুরু করে অবশিষ্টাংশগুলি পুনরায় সংখ্যা করুন
- [না] ধরা (NO)
পরমাণুর চার্জ বি-ফ্যাক্টর ক্ষেত্রে এবং পরমাণুর ব্যাসার্ধে সংরক্ষণ করুন
দখল ক্ষেত্র
-rvdw (0.12)
ডিফল্ট ভ্যান ডার ওয়ালস ব্যাসার্ধ (এনএম-এ) যদি ডাটাবেসে পাওয়া না যায় বা যদি
টপোলজি ফাইলে কোনো প্যারামিটার নেই
-[না]sig56 (NO)
সিগমা/2 এর পরিবর্তে rmin/2 (ভ্যান ডার ওয়ালস সম্ভাব্য সর্বনিম্ন) ব্যবহার করুন
-[না]ভিডিওয়াইড (NO)
ফাইল থেকে ভ্যান ডের ওয়ালস রেডিআই পড়ুন vdwradii.dat কম্পিউট করার চেয়ে
বল ক্ষেত্রের উপর ভিত্তি করে radii
-[না] পরমাণু (NO)
পরমাণু প্রতি বি-ফ্যাক্টর সংযুক্তি বল করুন
কিংবদন্তি (NO)
বি-ফ্যাক্টর কিংবদন্তি করুন
-লেবেল (ক)
সমস্ত অবশিষ্টাংশের জন্য চেইন লেবেল যোগ করুন
- [কোন] সংযোগ (NO)
CONECT রেকর্ড যোগ করুন a .পিডিবি ফাইল যখন লেখা হয়। টপোলজি হলেই করা যাবে
বর্তমান
জানা সমস্যা
· জটিল অণুর জন্য, পর্যায়ক্রমিকতা অপসারণের রুটিন ভেঙ্গে যেতে পারে, সেই ক্ষেত্রে আপনি
ব্যবহার করতে পারেন জিএমএক্স trjconv.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-editconf ব্যবহার করুন
