এটি হল gmx-gangle কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-gangle - কোণ গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx গ্যাঙ্গেল [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ওভ [<.xvg>]] [-ওল [<.xvg>]] [-উহু [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-তারিখ ] [-আপনি ]
[-xvg ] [- [না] rmpbc] [-[না]পিবিসি] [-sf ]
[-সেলরপোস ] [-সেলটাইপ ] [-g1 ]
[-g2 ] [-বিনউ ] [-1 নং দল ]
[-2 নং দল ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স গ্যাঙ্গেল ভেক্টরের মধ্যে বিভিন্ন ধরনের কোণ গণনা করে। এটি উভয় ভেক্টরকে সমর্থন করে
দুটি অবস্থান দ্বারা সংজ্ঞায়িত এবং তিনটি অবস্থান দ্বারা সংজ্ঞায়িত প্লেনের স্বাভাবিক। z অক্ষ বা
একটি গোলকের স্থানীয় স্বাভাবিক ভেক্টরগুলির মধ্যে একটি হিসাবেও ব্যবহার করা যেতে পারে। এছাড়াও আছে
বন্ধন কোণ এবং ডাইহেড্রাল গণনার জন্য সুবিধার বিকল্প 'কোণ' এবং 'ডিহেড্রাল'
তিন/চারটি অবস্থান দ্বারা সংজ্ঞায়িত।
কোণের ধরন দিয়ে উল্লেখ করা হয়েছে -g1 এবং -g2। যদি -g1 is কোণ or ডিহেড্রাল, -g2
নির্দিষ্ট করা উচিত নয়। এক্ষেত্রে, -1 নং দল এক বা একাধিক নির্বাচন নির্দিষ্ট করা উচিত, এবং
প্রতিটি অবস্থানের ত্রিপল বা চতুর্ভুজ থাকা উচিত যা কোণগুলিকে সংজ্ঞায়িত করে৷
গণনা করা
If -g1 is ভেক্টর or সমতল, -1 নং দল যে কোনো জোড়া আছে এমন নির্বাচনগুলিকে নির্দিষ্ট করা উচিত
(ভেক্টর) বা ট্রিপলেট (সমতল) পদের। ভেক্টরের জন্য, অবস্থানগুলি এর শেষ বিন্দু সেট করে
ভেক্টর, এবং প্লেনের জন্য, তিনটি অবস্থানের স্বাভাবিক গণনা করতে ব্যবহৃত হয়
প্লেন উভয় ক্ষেত্রেই, -g2 ব্যবহার করার জন্য অন্য ভেক্টর নির্দিষ্ট করে (নীচে দেখুন)।
সঙ্গে -g2 ভেক্টর or -g2 সমতল, -2 নং দল ভেক্টরের আরেকটি সেট নির্দিষ্ট করা উচিত। -1 নং দল এবং
-2 নং দল নির্বাচনের একই সংখ্যা উল্লেখ করা উচিত। এটি শুধুমাত্র একটি আছে অনুমোদিত
বিকল্পগুলির একটির জন্য একক নির্বাচন, যে ক্ষেত্রে একই নির্বাচন ব্যবহার করা হয়
অন্য গ্রুপে প্রতিটি নির্বাচন। একইভাবে, প্রতিটি নির্বাচনের জন্য -1 নং দল, দ্য
অনুরূপ নির্বাচন -2 নং দল একই সংখ্যক ভেক্টর বা একটি একক উল্লেখ করা উচিত
ভেক্টর পরবর্তী ক্ষেত্রে, সেই একক ভেক্টর এবং প্রতিটির মধ্যে কোণটি গণনা করা হয়
অন্য নির্বাচন থেকে ভেক্টর।
সঙ্গে -g2 স্ফনর্ম, প্রতিটি নির্বাচন -2 নং দল একটি একক অবস্থান উল্লেখ করা উচিত যে
গোলকের কেন্দ্র। দ্বিতীয় ভেক্টরটি কেন্দ্র থেকে ভেক্টর হিসাবে গণনা করা হয়
দ্বারা নির্দিষ্ট অবস্থানের মধ্যবিন্দু -1 নং দল.
সঙ্গে -g2 z, -2 নং দল প্রয়োজনীয় নয়, এবং প্রথম ভেক্টর এবং এর মধ্যে কোণ
ধনাত্মক Z অক্ষ গণনা করা হয়।
সঙ্গে -g2 t0, -2 নং দল প্রয়োজনীয় নয়, এবং ভেক্টর থেকে কোণগুলি হিসাবে গণনা করা হয়
প্রথম ফ্রেমে আছে।
আউটপুট জন্য তিনটি বিকল্প আছে: -ওভ সময় এবং গড় সহ একটি xvg ফাইল লেখে
প্রতিটি ফ্রেমের জন্য কোণ। -ওল সমস্ত পৃথক কোণ লিখুন. -উহু এর একটি হিস্টোগ্রাম লেখেন
কোণ বিন প্রস্থ সঙ্গে সেট করা যেতে পারে -বিনউ। জন্য -ওভ এবং -উহু, আলাদা
প্রতিটি নির্বাচনের জন্য গড়/হিস্টোগ্রাম গণনা করা হয় -1 নং দল.
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (ঐচ্ছিক)
ইনপুট ট্র্যাজেক্টোরি বা একক কনফিগারেশন: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ঐচ্ছিক)
ইনপুট কাঠামো: TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
অতিরিক্ত সূচক গ্রুপ
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-ওভ [<.xvg>] (angaver.xvg) (ঐচ্ছিক)
সময়ের ফাংশন হিসাবে গড় কোণ
-ওল [<.xvg>] (angles.xvg) (ঐচ্ছিক)
সময়ের একটি ফাংশন হিসাবে সমস্ত কোণ
-উহু [<.xvg>] (anghist.xvg) (ঐচ্ছিক)
কোণের হিস্টোগ্রাম
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যদি t MOD dt == প্রথমবার (ps)
-আপনি (দ্রষ্টব্য)
সময়ের মানের জন্য একক: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrace)
প্লট বিন্যাস: কিছুই নয়, xmgrace, xmgr
- [না] rmpbc (হ্যাঁ)
প্রতিটি ফ্রেমের জন্য অণুগুলি সম্পূর্ণ করুন
-[না]পিবিসি (হ্যাঁ)
দূরত্ব গণনার জন্য পর্যায়ক্রমিক সীমানা শর্ত ব্যবহার করুন
-sf
ফাইল থেকে নির্বাচন প্রদান
-সেলরপোস (পরমাণু)
নির্বাচনের রেফারেন্স অবস্থান: পরমাণু, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-সেলটাইপ (পরমাণু)
ডিফল্ট নির্বাচন আউটপুট অবস্থান: পরমাণু, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-g1 (কোণ)
বিশ্লেষণের ধরন/প্রথম ভেক্টর গ্রুপ: কোণ, ডাইহেড্রাল, ভেক্টর, সমতল
-g2 (কিছুই নয়)
দ্বিতীয় ভেক্টর গ্রুপের ধরন: কোনটি, ভেক্টর, সমতল, t0, z, স্ফনর্ম
-বিনউ (1)
ডিগ্রীতে -oh এর জন্য বিনউইথ
-1 নং দল
প্রথম বিশ্লেষণ/ভেক্টর নির্বাচন
-2 নং দল
দ্বিতীয় বিশ্লেষণ/ভেক্টর নির্বাচন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-gangle ব্যবহার করুন
