এটি হল gmx-h2order কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-h2order - জলের অণুর অভিযোজন গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx h2order [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-এনএম [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [- [না] w] [-xvg ] [-d ]
[-sl ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স h2 অর্ডার স্বাভাবিকের সাপেক্ষে জলের অণুর অভিযোজন গণনা করে
বাক্স প্রোগ্রামটি ডাইপোল মোমেন্টের মধ্যে কোণের গড় কোসাইন নির্ধারণ করে
জল এবং বাক্সের একটি অক্ষ। বাক্সটি স্লাইসে বিভক্ত এবং প্রতি গড় অভিযোজন
স্লাইস মুদ্রিত হয়। প্রতিটি জল অণু একটি স্লাইস বরাদ্দ করা হয়, সময় ফ্রেম প্রতি, উপর ভিত্তি করে
অক্সিজেনের অবস্থান। কখন -এনএম ব্যবহার করা হয়, জলের ডাইপোল এবং এর মধ্যে কোণ
ভরের কেন্দ্র থেকে অক্সিজেন পর্যন্ত অক্ষের মধ্যে কোণের পরিবর্তে গণনা করা হয়
ডাইপোল এবং একটি বাক্স অক্ষ।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ইনডেক্স ফাইল
-এনএম [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.xvg>] (order.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
-d (Z)
X, Y বা Z দিক দিয়ে ঝিল্লিতে স্বাভাবিক নিন।
-sl (0)
বক্স দৈর্ঘ্যের ফাংশন হিসাবে অর্ডার প্যারামিটার গণনা করুন, এই সংখ্যায় বক্সকে ভাগ করুন
টুকরা
জানা সমস্যা
প্রোগ্রামটি তিনটির প্রথম পরমাণুর উপর ভিত্তি করে একটি স্লাইসে সম্পূর্ণ জলের অণু নির্ধারণ করে
ইনডেক্স ফাইল গ্রুপে। এটি একটি অর্ডার O, H, H অনুমান করে। নাম গুরুত্বপূর্ণ না, কিন্তু আদেশ
হয় এই চাহিদা পূরণ না হলে, টুকরাগুলিতে অণু বরাদ্দ করা আলাদা।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-h2order ব্যবহার করুন
