এটি হল gmx-mdmat কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-mdmat - অবশিষ্ট যোগাযোগ মানচিত্র গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-মানে [<.xpm>]] [- ফ্রেম [<.xpm>]] [-না [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-তারিখ ] [-xvg ]
[-t ] [-নলেভেল ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স mdmat অবশিষ্টাংশের মধ্যে ক্ষুদ্রতম দূরত্ব সমন্বিত দূরত্ব ম্যাট্রিক্স তৈরি করে
জোড়া সঙ্গে - ফ্রেম, এই দূরত্ব ম্যাট্রিক্স সংরক্ষণ করা যেতে পারে যাতে পার্থক্য দেখতে
সময়ের একটি ফাংশন হিসাবে তৃতীয় কাঠামো। আপনি যদি আপনার বিকল্পগুলি অজ্ঞানতার সাথে বেছে নেন, তাহলে এটি হতে পারে
একটি বড় আউটপুট ফাইল তৈরি করুন। ডিফল্টরূপে, সমগ্রের উপর শুধুমাত্র একটি গড় ম্যাট্রিক্স
গতিপথ হল আউটপুট। এছাড়াও মধ্যে বিভিন্ন পারমাণবিক যোগাযোগের সংখ্যা একটি গণনা
পুরো ট্র্যাজেক্টোরির উপর অবশিষ্টাংশ তৈরি করা যেতে পারে। আউটপুট দিয়ে প্রক্রিয়া করা যেতে পারে জিএমএক্স
xpm2ps একটি পোস্টস্ক্রিপ্ট (tm) প্লট তৈরি করতে।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-মানে [<.xpm>] (dm.xpm)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
- ফ্রেম [<.xpm>] (dmf.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল
-না [<.xvg>] (num.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
-t (1.5)
ট্রাঙ্ক দূরত্ব
-নলেভেল (40)
এই সংখ্যার স্তরে দূরত্বকে আলাদা করুন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-mdmat ব্যবহার করুন
