gmx-mdrun - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-mdrun - একটি সিমুলেশন সঞ্চালন করুন, একটি সাধারণ মোড বিশ্লেষণ করুন বা শক্তি হ্রাস করুন

সাইনোপিসিস

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-সিপিআই [<.cpt>]] [-টেবিল [<.xvg>]]
[-tabletf [<.xvg>]] [- টেবিল [<.xvg>]] [-টেবিল [<.xvg>]]
[-পুনরায় চালান [<.xtc/.trr/...>]] [-ই আই [<.edi>]]
[- মাল্টিদির [ [...]]] [-মেম্বেড [<.dat>]] [-এমপি [<.শীর্ষ>]]
[-mn [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-সিপিও [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.লগ>]] [-ডিএইচডিএল [<.xvg>]] [-ফিল্ড [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-ইও [<.xvg>]]
[- ভক্ত [<.xvg>]] [-রানাভ [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-পিএফ [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-রা [<.লগ>]] [-আরএস [<.লগ>]]
[-আরটি [<.লগ>]] [-mtx [<.mtx>]] [-ডিএন [<.ndx>]]
[-যদি [<.xvg>]] [- অদলবদল [<.xvg>]] [-deffnm ]
[-xvg ] [-ডিডি ] [-dorder ]
[-এনপিএমই ] [-nt ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [-পিন ] [-পিনঅফসেট ]
[-পিনস্ট্রাইড ] [-gpu_id ] [-[না] ডিডিচেক]
[-rdd ] [-আরকন ] [-dlb ] [-dds ]
[-জিকম ] [-nb ] [-nstlist ] [- [না] টিউনপেমে]
[- [না] v] [- [কোন] কমপ্যাক্ট] [-pforce ] [- [কোন] রিপ্রোড]
[-cpt ] [-[না] cpnum] [-[না]সংযোজন] [-nsteps ]
[-সর্বোচ্চ ] [- মাল্টি ] [- রিপ্লেক্স ] [-পরবর্তী ]
[- reseed ]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স mdrun GROMACS-এর মধ্যে প্রধান কম্পিউটেশনাল কেমিস্ট্রি ইঞ্জিন। স্পষ্টতই, এটা
আণবিক গতিবিদ্যা সিমুলেশন সঞ্চালন করে, তবে এটি স্টোকাস্টিক ডায়নামিক্সও সম্পাদন করতে পারে,
শক্তি মিনিমাইজেশন, পরীক্ষা কণা সন্নিবেশ বা (পুনরায়) শক্তির গণনা। স্বাভাবিক অবস্থা
বিশ্লেষণ আরেকটি বিকল্প। এক্ষেত্রে mdrun একক থেকে একটি হেসিয়ান ম্যাট্রিক্স তৈরি করে
গঠন সাধারণ সাধারণ মোডের মতো গণনার জন্য, নিশ্চিত করুন যে কাঠামোটি
প্রদান করা হয় সঠিকভাবে শক্তি-নিম্ন করা হয়. উৎপন্ন ম্যাট্রিক্স দ্বারা তির্যক করা যেতে পারে জিএমএক্স
nmeig.

সার্জারির mdrun প্রোগ্রাম রান ইনপুট ফাইল পড়ে (-s) এবং যদি র্যাঙ্কের উপরে টপোলজি বিতরণ করে
প্রয়োজন ছিল। mdrun কমপক্ষে চারটি আউটপুট ফাইল তৈরি করে। একটি একক লগ ফাইল (-g) লিখিত.
ট্র্যাজেক্টোরি ফাইল (-o), স্থানাঙ্ক, বেগ এবং ঐচ্ছিকভাবে বল ধারণ করে। দ্য
গঠন ফাইল (-c) শেষ ধাপের স্থানাঙ্ক এবং বেগ ধারণ করে। শক্তি
ফাইল (-e) শক্তি ধারণ করে, তাপমাত্রা, চাপ ইত্যাদি অনেক কিছুই থাকে
লগ ফাইলেও মুদ্রিত। ঐচ্ছিকভাবে স্থানাঙ্কগুলিকে সংকুচিত করে লেখা যেতে পারে
ট্র্যাজেক্টরি ফাইল (-x).

পছন্দ -ডিএইচডিএল শুধুমাত্র বিনামূল্যে শক্তি গণনা চালু হলেই ব্যবহৃত হয়।

সমান্তরালভাবে mdrun দক্ষতার সাথে চালানো একটি জটিল বিষয়, যার অনেক দিক হল
অনলাইন ব্যবহারকারী নির্দেশিকায় আচ্ছাদিত। অনেকগুলি ব্যবহার করার বিষয়ে ব্যবহারিক পরামর্শের জন্য আপনার সেখানে দেখা উচিত
mdrun-এ উপলব্ধ বিকল্পগুলির মধ্যে।

ED (প্রয়োজনীয় গতিবিদ্যা) স্যাম্পলিং এবং/অথবা অতিরিক্ত বন্যা সম্ভাবনার দ্বারা সুইচ করা হয়
ব্যবহার করে -ই আই একটি দ্বারা অনুসরণ পতাকা .edi ফাইল। দ্য .edi দিয়ে ফাইল তৈরি করা যায়
make_edi টুল বা WHAT IF প্রোগ্রামের essdyn মেনুতে বিকল্প ব্যবহার করে। mdrun
উত্পাদন করে a .xvg আউটপুট ফাইল যেখানে অবস্থান, বেগ এবং বাহিনীর অনুমান রয়েছে
নির্বাচিত eigenvectors সম্মুখে।

যখন ব্যবহারকারী-সংজ্ঞায়িত সম্ভাব্য ফাংশন নির্বাচন করা হয়েছে .mdp ফাইল করুন -টেবিল
বিকল্প পাস করার জন্য ব্যবহার করা হয় mdrun সম্ভাব্য ফাংশন সহ একটি বিন্যাসিত টেবিল। ফাইল পড়া হয়
বর্তমান ডিরেক্টরি থেকে বা থেকে জিএমএক্সএলআইবি ডিরেক্টরি প্রি-ফরম্যাট করা একটি সংখ্যা
টেবিল উপস্থাপন করা হয় জিএমএক্সএলআইবি পরিচালক, 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 লেনার্ড-জোনসের জন্য
স্বাভাবিক কুলম্বের সাথে সম্ভাব্যতা। জোড়া মিথস্ক্রিয়া উপস্থিত হলে, জন্য একটি পৃথক টেবিল
জোড়া মিথস্ক্রিয়া ফাংশন ব্যবহার করে পড়া হয় - টেবিল বিকল্প।

টপোলজিতে যখন ট্যাবুলেড বন্ডেড ফাংশন থাকে, তখন মিথস্ক্রিয়া ফাংশন হয়
ব্যবহার করে পড়ুন -টেবিল বিকল্প প্রতিটি ভিন্ন সারণী মিথস্ক্রিয়া জন্য টেবিল টাইপ করুন
ফাইলের নাম একটি ভিন্ন উপায়ে সংশোধন করা হয়: ফাইল এক্সটেনশনের আগে একটি আন্ডারস্কোর হয়
সংযোজিত, তারপর বন্ধনের জন্য একটি 'b', কোণের জন্য একটি 'a' বা দ্বিহেড্রালের জন্য একটি 'd' এবং অবশেষে
মিথস্ক্রিয়া প্রকারের টেবিল নম্বর।

বিকল্পগুলি -px এবং -পিএফ টানানোর সময় পুল COM স্থানাঙ্ক এবং বল লেখার জন্য ব্যবহৃত হয়
নির্বাচিত হয় .mdp ফাইল.

অবশেষে কিছু পরীক্ষামূলক অ্যালগরিদম পরীক্ষা করা যেতে পারে যখন উপযুক্ত বিকল্পগুলি হয়েছে
দেওয়া বর্তমানে তদন্তের অধীনে রয়েছে: পোলারাইজেবিলিটি।

পছন্দ -মেম্বেড g_membed আগে যা করা হত, অর্থাৎ একটি ঝিল্লিতে প্রোটিন এম্বেড করে।
এই মডিউলটির জন্য অনেকগুলি সেটিংস প্রয়োজন যা একটি ডেটা ফাইলে সরবরাহ করা হয়
এই বিকল্পের যুক্তি। মেমব্রেন এম্বেডিংয়ের আরও বিশদ বিবরণের জন্য, ডকুমেন্টেশন দেখুন
ব্যবহারকারীর নির্দেশিকা। অপশন -mn এবং -এমপি সূচক এবং টপোলজি ফাইল প্রদান করতে ব্যবহৃত হয়
এমবেডিংয়ের জন্য ব্যবহৃত হয়।

পছন্দ -pforce যখন আপনি সন্দেহ করেন যে খুব বড় কারণে একটি সিমুলেশন ক্র্যাশ হয়েছে তখন এটি কার্যকর
বাহিনী এই বিকল্পের সাহায্যে a এর চেয়ে বড় একটি বল সহ পরমাণুর সমন্বয় এবং বল
নির্দিষ্ট মান stderr এ মুদ্রিত হবে।

সিস্টেমের সম্পূর্ণ অবস্থা সম্বলিত চেকপয়েন্টগুলি নিয়মিত বিরতিতে লেখা হয়
(বিকল্প) -cpt) ফাইলে -সিপিও, বিকল্প না হলে -cpt -1 সেট করা হয়েছে। আগের চেকপয়েন্ট
ব্যাক আপ করা হয় state_prev.cpt সিস্টেমের একটি সাম্প্রতিক অবস্থা সবসময় নিশ্চিত করতে
উপলব্ধ, এমনকি যখন একটি চেকপয়েন্ট লেখার সময় সিমুলেশন বন্ধ করা হয়। সঙ্গে -cpnum
সমস্ত চেকপয়েন্ট ফাইল রাখা হয় এবং ধাপ নম্বর দিয়ে যুক্ত করা হয়। একটি সিমুলেশন হতে পারে
অপশন সহ ফাইল থেকে সম্পূর্ণ অবস্থা পড়া চালিয়ে যাওয়া -সিপিআই. এই বিকল্পটি বুদ্ধিমান
যেভাবে কোনো চেকপয়েন্ট ফাইল পাওয়া না গেলে, GROMACS শুধু একটি স্বাভাবিক রান ধরে নেয় এবং
এর প্রথম ধাপ থেকে শুরু হয় .tpr ফাইল ডিফল্টরূপে আউটপুট যোগ করা হবে
বিদ্যমান আউটপুট ফাইল। চেকপয়েন্ট ফাইলে সমস্ত আউটপুট ফাইলের চেকসাম রয়েছে,
যেমন কিছু আউটপুট ফাইল পরিবর্তন, দূষিত বা খারাপ হলে আপনি কখনই ডেটা হারাবেন না
সরানো সঙ্গে তিনটি দৃশ্যকল্প আছে -সিপিআই:

* মিলিত নামের কোনো ফাইল নেই: নতুন আউটপুট ফাইল লেখা হয়

* চেকপয়েন্টে সংরক্ষিত ফাইলগুলির সাথে মেলে নাম এবং চেকসাম সহ সমস্ত ফাইল উপস্থিত থাকে
ফাইল: ফাইলগুলি যুক্ত করা হয়

* অন্যথায় কোন ফাইল পরিবর্তন করা হয় না এবং একটি মারাত্মক ত্রুটি তৈরি হয়

সঙ্গে -noappend নতুন আউটপুট ফাইল খোলা হয় এবং সিমুলেশন অংশ নম্বর সব যোগ করা হয়
আউটপুট ফাইলের নাম। নোট করুন যে সমস্ত ক্ষেত্রে চেকপয়েন্ট ফাইল নিজেই নাম পরিবর্তন করা হয় না এবং
ওভাররাইট করা হবে, যদি না এর নামের সাথে মেলে না -সিপিও বিকল্প।

চেকপয়েন্টিংয়ের সাথে আউটপুটটি পূর্বে লিখিত আউটপুট ফাইলগুলিতে যুক্ত করা হয়, যদি না
-noappend ব্যবহৃত হয় বা পূর্ববর্তী কোনো আউটপুট ফাইল উপস্থিত নেই (ব্যতীত
চেকপয়েন্ট ফাইল)। সংযুক্ত করা ফাইলগুলির অখণ্ডতা চেকসাম ব্যবহার করে যাচাই করা হয়
যা চেকপয়েন্ট ফাইলে সংরক্ষণ করা হয়। এটি নিশ্চিত করে যে আউটপুট মিশ্রিত করা যাবে না বা
ফাইল সংযোজনের কারণে দূষিত। যখন শুধুমাত্র পূর্ববর্তী কিছু আউটপুট ফাইল উপস্থিত থাকে,
একটি মারাত্মক ত্রুটি উত্পন্ন হয় এবং কোন পুরানো আউটপুট ফাইল সংশোধন করা হয় না এবং কোন নতুন আউটপুট ফাইল নেই
খোলা হয় যোগ করার ফলাফল একক রানের মতই হবে। দ্য
বিষয়বস্তু বাইনারি অভিন্ন হবে, যদি না আপনি ভিন্ন সংখ্যক র‌্যাঙ্ক বা গতিশীল ব্যবহার করেন
লোড ব্যালেন্সিং বা FFT লাইব্রেরি সময়ের মাধ্যমে অপ্টিমাইজেশন ব্যবহার করে।

বিকল্প সহ -সর্বোচ্চ একটি সিমুলেশন বন্ধ করা হয় এবং প্রথমে একটি চেকপয়েন্ট ফাইল লেখা হয়
প্রতিবেশী অনুসন্ধান পদক্ষেপ যেখানে রান সময় অতিক্রম করে -সর্বোচ্চ*0.99 ঘন্টা। এই বিকল্প হয়
সেটিংসের সাথে একত্রে বিশেষভাবে দরকারী nsteps -1 হয় mdp তে বা ব্যবহার করে
অনুরূপ নামের কমান্ড লাইন বিকল্প। এটি একটি অসীম রানের ফলাফল, শুধুমাত্র সমাপ্ত
যখন নির্ধারিত সময়সীমা -সর্বোচ্চ পৌঁছানো হয় (যদি থাকে) বা একটি সংকেত পাওয়ার পরে।

কখন mdrun একটি TERM সংকেত পায়, এটি বর্তমান ধাপ প্লাস ওয়ানে nsteps সেট করবে। কখন
mdrun একটি INT সংকেত পায় (যেমন যখন ctrl+C চাপা হয়), এটি পরেরটির পরে বন্ধ হয়ে যাবে
প্রতিবেশী অনুসন্ধান পদক্ষেপ (পরবর্তী ধাপে nstlist=0 সহ)। উভয় ক্ষেত্রেই সব স্বাভাবিক
আউটপুট ফাইলে লেখা হবে। এমপিআই দিয়ে চলার সময়, এর একটিতে একটি সংকেত mdrun পদমর্যাদার
যথেষ্ট, এই সংকেত mpirun বা পাঠানো উচিত নয় mdrun প্রক্রিয়া যে
অন্যদের অভিভাবক।

তিনটির মধ্যে অন্তত একটি ব্যবহার করে ইন্টারেক্টিভ মলিকুলার ডাইনামিকস (IMD) সক্রিয় করা যেতে পারে
IMD সুইচ: The -imdterm সুইচ একজনকে থেকে সিমুলেশনটি বন্ধ করতে দেয়
আণবিক দর্শক (যেমন VMD)। সঙ্গে - imdwait, mdrun যখনই কোনো আইএমডি ক্লায়েন্ট না থাকে তখন বিরতি দেয়
সংযুক্ত আইএমডি রিমোট থেকে টানা চালু করা যেতে পারে -imdpull. বন্দর mdrun
দ্বারা পরিবর্তন করা যেতে পারে শোনে - imdportফাইল দ্বারা নির্দেশিত -যদি পরমাণু সূচক রয়েছে এবং
আইএমডি টান ব্যবহার করা হলে ফোর্স।

কখন mdrun MPI দিয়ে শুরু করা হয়, এটি ডিফল্টরূপে সুন্দরভাবে চালানো হয় না।

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল

-সিপিআই [<.cpt>] (state.cpt) (ঐচ্ছিক)
চেকপয়েন্ট ফাইল

-টেবিল [<.xvg>] (table.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-tabletf [<.xvg>] (tabletf.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

- টেবিল [<.xvg>] (tablep.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-টেবিল [<.xvg>] (table.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-পুনরায় চালান [<.xtc/.trr/...>] (rerun.xtc) (ঐচ্ছিক)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng

-ই আই [<.edi>] (sam.edi) (ঐচ্ছিক)
ইডি স্যাম্পলিং ইনপুট

- মাল্টিদির [ [...]] (রন্ডির) (ঐচ্ছিক)
ডিরেক্টরি চালান

-মেম্বেড [<.dat>] (membed.dat) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক ডেটা ফাইল

-এমপি [<.শীর্ষ>] (membed.top) (ঐচ্ছিক)
টপোলজি ফাইল

-mn [<.ndx>] (membed.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
সম্পূর্ণ নির্ভুল গতিপথ: trr CPT tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (ঐচ্ছিক)
সংকুচিত গতিপথ (tng ফরম্যাট বা পোর্টেবল xdr ফরম্যাট)

-সিপিও [<.cpt>] (state.cpt) (ঐচ্ছিক)
চেকপয়েন্ট ফাইল

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
শক্তি ফাইল

-g [<.লগ>] (md.log)
লগ ফাইল

-ডিএইচডিএল [<.xvg>] (dhdl.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ফিল্ড [<.xvg>] (field.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ইও [<.xvg>] (edsam.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

- ভক্ত [<.xvg>] (deviatie.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-রানাভ [<.xvg>] (runaver.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-পিএফ [<.xvg>] (pullf.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ro [<.xvg>] (rotation.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-রা [<.লগ>] (rotangles.log) (ঐচ্ছিক)
লগ ফাইল

-আরএস [<.লগ>] (rotslabs.log) (ঐচ্ছিক)
লগ ফাইল

-আরটি [<.লগ>] (rottorque.log) (ঐচ্ছিক)
লগ ফাইল

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (ঐচ্ছিক)
হেসিয়ান ম্যাট্রিক্স

-ডিএন [<.ndx>] (dipole.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল

-যদি [<.xvg>] (imdforces.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

- অদলবদল [<.xvg>] (swapions.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-deffnm
সমস্ত ফাইল বিকল্পের জন্য ডিফল্ট ফাইলের নাম সেট করুন

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

-ডিডি (0 0 0)
ডোমেন পচন গ্রিড, 0 অপ্টিমাইজ

-dorder (ইন্টারলিভ)
DD র‌্যাঙ্ক অর্ডার: ইন্টারলিভ, pp_pme, কার্টেসিয়ান

-এনপিএমই (-1)
PME-এর জন্য ব্যবহৃত পৃথক র‌্যাঙ্কের সংখ্যা, -1 অনুমান

-nt (0)
শুরু করার জন্য মোট থ্রেডের সংখ্যা (0 অনুমান করা হয়)

-ntmpi (0)
শুরু করার জন্য থ্রেড-এমপিআই থ্রেডের সংখ্যা (0 অনুমান করা হয়)

-ntomp (0)
প্রতি MPI র‍্যাঙ্কে OpenMP থ্রেডের সংখ্যা শুরু হবে (0 অনুমান করা হয়)

-ntomp_pme (0)
প্রতি MPI র‍্যাঙ্কে OpenMP থ্রেডের সংখ্যা শুরু হবে (0 is -ntomp)

-পিন (অটো)
mdrun থ্রেড অ্যাফিনিটি সেট করার চেষ্টা করবে কিনা: স্বয়ংক্রিয়, চালু, বন্ধ

-পিনঅফসেট (0)
সর্বনিম্ন লজিক্যাল কোর নম্বর যেখানে mdrun প্রথম থ্রেডটি পিন করবে

-পিনস্ট্রাইড (0)
থ্রেডের জন্য লজিক্যাল কোরে পিনিং দূরত্ব, সংখ্যা কমাতে 0 ব্যবহার করুন
শারীরিক কোর প্রতি থ্রেড

-gpu_id
ব্যবহার করার জন্য GPU ডিভাইস id-s-এর তালিকা, GPU ম্যাপিং-এ প্রতি-নোড পিপি র‌্যাঙ্ক নির্দিষ্ট করে

-[না] ডিডিচেক (হ্যাঁ)
DD এর সাথে সমস্ত বন্ধনযুক্ত মিথস্ক্রিয়া পরীক্ষা করুন

-rdd (0)
DD (nm) এর সাথে বন্ডেড ইন্টারঅ্যাকশনের জন্য সর্বাধিক দূরত্ব 0 থেকে নির্ধারণ করা হয়
প্রাথমিক স্থানাঙ্ক

-আরকন (0)
P-LINCS (nm) এর জন্য সর্বাধিক দূরত্ব, 0 অনুমান

-dlb (অটো)
ডায়নামিক লোড ব্যালেন্সিং (ডিডি সহ): স্বয়ংক্রিয়, না, হ্যাঁ

-dds (0.8)
(0,1) মধ্যে ভগ্নাংশ যার পারস্পরিক দ্বারা প্রাথমিক DD কোষের আকার বৃদ্ধি করা হবে
একটি মার্জিন প্রদান করার জন্য যাতে সংরক্ষণ করার সময় গতিশীল লোড ব্যালেন্সিং কাজ করতে পারে
ন্যূনতম কোষের আকার।

-জিকম (-1)
বিশ্বব্যাপী যোগাযোগ ফ্রিকোয়েন্সি

-nb (অটো)
নন-বন্ডেড ইন্টারঅ্যাকশন গণনা করুন: auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-nstlist (0)
একটি Verlet বাফার সহনশীলতা ব্যবহার করার সময় nstlist সেট করুন (0 অনুমান করা হয়)

- [না] টিউনপেমে (হ্যাঁ)
PP/PME র‌্যাঙ্ক বা GPU/CPU-এর মধ্যে PME লোড অপ্টিমাইজ করুন

- [না] v (NO)
উচ্চস্বরে এবং শোরগোল করা

- [কোন] কমপ্যাক্ট (হ্যাঁ)
একটি কমপ্যাক্ট লগ ফাইল লিখুন

-pforce (-1)
এর থেকে বড় সমস্ত শক্তি প্রিন্ট করুন (kJ/mol nm)

- [কোন] রিপ্রোড (NO)
বাইনারি প্রজননযোগ্যতাকে প্রভাবিত করে এমন অপ্টিমাইজেশন এড়াতে চেষ্টা করুন

-cpt (15)
চেকপয়েন্ট ব্যবধান (মিনিট)

-[না] cpnum (NO)
চেকপয়েন্ট ফাইল রাখুন এবং নম্বর

-[না]সংযোজন (হ্যাঁ)
যোগ করার পরিবর্তে চেকপয়েন্ট থেকে চালিয়ে যাওয়ার সময় পূর্ববর্তী আউটপুট ফাইলগুলিতে যোগ করুন
সমস্ত ফাইল নামের সিমুলেশন অংশ নম্বর

-nsteps (-2)
এই সংখ্যক ধাপ চালান, .mdp ফাইল অপশন ওভাররাইড করে (-1 মানে অসীম, -2 মানে
এমডিপি বিকল্প ব্যবহার করুন, ছোটটি অবৈধ)

-সর্বোচ্চ (-1)
এই সময় 0.99 বার (ঘন্টা) পরে বন্ধ করুন

- মাল্টি (0)
সমান্তরালে একাধিক সিমুলেশন করুন

- রিপ্লেক্স (0)
এই সময়ের সাথে পর্যায়ক্রমে প্রতিলিপি বিনিময় করার চেষ্টা করুন (পদক্ষেপ)

-পরবর্তী (0)
প্রতিটি বিনিময় ব্যবধান সম্পাদন করার জন্য এলোমেলো এক্সচেঞ্জের সংখ্যা (N^3 হল একটি
পরামর্শ)। -নেক্স শূন্য বা নির্দিষ্ট নয় প্রতিবেশী প্রতিরূপ বিনিময় দেয়।

- reseed (-1)
প্রতিরূপ বিনিময়ের জন্য বীজ, -1 একটি বীজ উৎপন্ন হয়

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-mdrun ব্যবহার করুন